BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-031C13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 140,725,945 - 140,879,697
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbxo42, 6330545A04Rik, Arhgef19, Epha2
Upstream geneIgsf21, LOC100040728, Arhgef10l, Rcc2, Padi6, Padi4, Padi3, Padi1, Padi2, Sdhb, Atp13a2, Mfap2, Crocc, Necap2, LOC638991, Spata21, D4Ertd22e
Downstream geneGm693, Clcnka, Clcnkb, Hspb7, Gm694, Zbtb17, Spen, LOC100042951, B330016D10Rik, Fblim1, BC025833, Slc25a34, Plekhm2, Ddi2, Agmat, Dnajc16, Casp9, Ela2a, Ctrc, Efhd2, Fhad1, Tmem51, 9030409G11Rik, EG665983
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-031C13.bB6Ng01-031C13.g
ACCDH860853DH860854
length1,1741,023
definitionDH860853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031C13, 5' end.DH860854|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-031C13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,725,945 - 140,727,150)(140,878,666 - 140,879,697)
sequence
gaattcctgatcgctatgatctaactctgtagacactgcttcatcatatt
ctttcacagagctaagttacttcccccctgtgctttgtagtaaatgctac
cagttgtcttccttgcctcatggtagccaccagcacgaggacaaggatta
tcacctgagctgagtcagtaccttacacacacctctcaacttcctctggc
ttgataaagtgcagtctgtccttcctccctcccttccttccttccttctc
tttttaaagatttatttatttattttatgtctgagtacatgatagctgtc
ttcagacacagcacaagagggcgtcagatcccattaaagatggttgtgag
ccaccatgtggttgttgggagctgaactcaggacctttggaagagcagtc
agtgctcttaaccactgagccatctctccagcccaaaatgcagttctttc
aatttgacattccttgattctgtttcctttctttgaacaaaaatgagaaa
tttggacttcctccaaaatatacaagtgagaaagcagttaaaagatacaa
ttttgccaggtggtggtggcccacgcctttagtcccagcacttgggaggc
agaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcctagtttacccagtgag
ttccaggacagccagggctgcacagagaaaccctgtctcgaaaaaccaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaagatacatttgtaatgattttccctctgatg
ttagtatctaagctgagggctttggtttttctcacctttaggtgtggccc
accagtgttaccatggcttcatgaaggctgtccaggaaggaacattcagt
gggagagccggacttacccttatccgggaacccctatcactcagcgcttc
tcccacagtgagtatccacactgcctgtgctgtgtctctagaactttctt
ggagacatggcgtttcgtctggcttctgatgaagagactgtaaatgaggg
tttctaaagaattaggaagaagtgaatgtagaaacgtggtggagactgaa
gtataacatggtagattctgccagaagccaagccgacctgacagataagt
gctaggcctgatcatgtaatgggctttttatttgactcgactccgctcga
ccctgaaggtaggttggcatgtgc
gaattccaggcaaacaatttgttgcctggcaacatcatcgccctgatgtg
tcatttctgaaccccgtaacagccctgacccccccaccaccaccagatat
ccagttgtcctgagaagccaaggagtccatatgaatgaacacggatgcta
cctcaggcacaggacacaagactcaccggggatcaaagtcagccagcgtc
ttgagggagtcgggggctcggatgagcttgtccaggatgctaacgatgtc
ggcaaacttgggtcggcgggagcgctcttgctgccagcactgcatcatga
gctggtaaatggctgaagggcagtccatgggcgtagggagccggaagccg
tcgttgatggctttcatgacctggggggacataagcatcggggtggcctt
agcagggaaaccacatggaactgctacagagacctcccttggaggcccca
acacaggaacagaggggagaccccaagaaatggatcagcaccctttccta
aggacacacacagttttagagccatccatggggcaagtgccgaggggctg
tgtccaggaccgtagaggtcaaccttgtgcacccacaattcagcctccta
tctctgtctactcccacatttggggctctctctcccttccgccatgtctt
agcctatctgccttactgtctgtctcctaggcctctgcagggatgtgacc
cctacaagcaaaatcccaggcctccagcctaggcaaggcatcaggttaca
tgtaaatgtgcatacatatatgtatgtacacatatacacatgtatatgta
cacacacattcacatacctacatgcagctatatccacatgatcagatcac
acatatgcatatccacacgcacagcacacatgaacgtgtacatacaccct
tccccttgggctgcctttgtattcagtatagcacagctgggtcctaccca
gatagccacagaacaactggtgctgtctctactctatgcagatgatccca
agggcccagggtttgaagaggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_140725945_140727150
seq2: B6Ng01-031C13.b_47_1220

seq1  GAATTCCTGATCGCTATGATCTAACTCTGTAGACACTGCTTCATCATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATCGCTATGATCTAACTCTGTAGACACTGCTTCATCATATT  50

seq1  CTTTCACAGAGCTAAGTTACTTCCCCCCTGTGCTTTGTAGTAAATGCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACAGAGCTAAGTTACTTCCCCCCTGTGCTTTGTAGTAAATGCTAC  100

seq1  CAGTTGTCTTCCTTGCCTCATGGTAGCCACCAGCACGAGGACAAGGATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTCTTCCTTGCCTCATGGTAGCCACCAGCACGAGGACAAGGATTA  150

seq1  TCACCTGAGCTGAGTCAGTACCTTACACACACCTCTCAACTTCCTCTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGAGCTGAGTCAGTACCTTACACACACCTCTCAACTTCCTCTGGC  200

seq1  TTGATAAAGTGCAGTCTGTCCTTCCTCCCTCCCTTCCTTCCTTCCTTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAAGTGCAGTCTGTCCTTCCTCCCTCCCTTCCTTCCTTCCTTCTC  250

seq1  TTTTTAAAGATTTATTTATTTATTTTATGTCTGAGTACATGATAGCTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAGATTTATTTATTTATTTTATGTCTGAGTACATGATAGCTGTC  300

seq1  TTCAGACACAGCACAAGAGGGCGTCAGATCCCATTAAAGATGGTTGTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACACAGCACAAGAGGGCGTCAGATCCCATTAAAGATGGTTGTGAG  350

seq1  CCACCATGTGGTTGTTGGGAGCTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATGTGGTTGTTGGGAGCTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTC  400

seq1  AGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCAAAATGCAGTTCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCAAAATGCAGTTCTTTC  450

seq1  AATTTGACATTCCTTGATTCTGTTTCCTTTCTTTGAACAAAAATGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGACATTCCTTGATTCTGTTTCCTTTCTTTGAACAAAAATGAGAAA  500

seq1  TTTGGACTTCCTCCAAAATATACAAGTGAGAAAGCAGTTAAAAGATACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACTTCCTCCAAAATATACAAGTGAGAAAGCAGTTAAAAGATACAA  550

seq1  TTTTGCCAGGTGGTGGTGGCCCACGCCTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCAGGTGGTGGTGGCCCACGCCTTTAGTCCCAGCACTTGGGAGGC  600

seq1  AGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTAGTTTACCCAGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTAGTTTACCCAGTGAG  650

seq1  TTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACCAAA  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  TTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACC---  697

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATACATTTGTAATGATTTTCCCTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATACATTTGTAATGATTTTCCCTCTG  747

seq1  ATGTTAGTATCTAAGCTGAGGGCTTTGGTTTTTCTCACCTTTAGGTGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGTATCTAAGCTGAGGGCTTTGGTTTTTCTCACCTTTAGGTGTGG  797

seq1  CCCACCAGTGTTACCATGGCTTCATGAAGGCTGTCCAGGAAGGAAACATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCACCAGTGTTACCATGGCTTCATGAAGGCTGTCCAGGAAGG-AACATT  846

seq1  CAGTGGGAGAGCCGGACTTACCCTTATCCGGGAACCCCTATCACTCAGCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGAGAGCCGGACTTACCCTTATCCGGGAACCCCTATCACTCAGCG  896

seq1  CTTCTCCCACAGTGAGTATCCACACTGCCTGTGCTGTGTCTCTAGAACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCCACAGTGAGTATCCACACTGCCTGTGCTGTGTCTCTAGAACTT  946

seq1  TCTTGGAGACATGGCGTTTCGTCTGGCTTCTGAATGAAGAGACTGTAAAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TCTTGGAGACATGGCGTTTCGTCTGGCTTCTG-ATGAAGAGACTGT-AAA  994

seq1  TGAGGGTTTCTAACAGAATTAGGAAGAAGTGAATGTAGACACGTGGTGAG  1050
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  
seq2  TGAGGGTTTCTAA-AGAATTAGGAAGAAGTGAATGTAGAAACGTGGTGGA  1043

seq1  GACTGAAGTATAACAGTGGTAGAGTGCTTGCCCAGGAAGGCCCAGGCTCA  1100
      ||||||||||||||| ||||||| |   ||||   ||||  ||| ||  |
seq2  GACTGAAGTATAACA-TGGTAGATT--CTGCC--AGAAG--CCAAGCCGA  1086

seq1  GACCCTGACAGATAAGGTGCTAGGGCTTGATCATGTTAGATTGTGCTTTT  1150
         |||||||||||| |||||| ||| |||||||||   | || || |||
seq2  ---CCTGACAGATAA-GTGCTA-GGCCTGATCATGT---AATGGGC-TTT  1127

seq1  TTATTTGACTCGACTCCTGCTTCAGACTCCTGAAGGTGATGGTTTTGGGC  1200
      ||||||||||||||||| |||   ||| |||||||||   ||||   |||
seq2  TTATTTGACTCGACTCC-GCT--CGAC-CCTGAAGGT--AGGTT---GGC  1168

seq1  ATGTGC  1206
      ||||||
seq2  ATGTGC  1174

seq1: chr4_140878666_140879697
seq2: B6Ng01-031C13.g_72_1094 (reverse)

seq1  CTCCTCTCCCTCCCAAACCCTGGGGCCCTGGGATCAATCTGCATAGAGTA  50
      |||||||      ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCCTCT-----TCAAACCCTGGGCCCTTGGGATC-ATCTGCATAGAGTA  44

seq1  GAGACAGCACCAGTTGTTCTGTGGCCTATCTTGGGTAGGACCCAGCCTGT  100
      |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GAGACAGCACCAGTTGTTCTGTGG-CTATC-TGGGTAGGACCCAG-CTGT  91

seq1  GCTATACTGAATACAAAGGCAGCCCAAGGGGAAGGGTGTATGTACACGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATACTGAATACAAAGGCAGCCCAAGGGGAAGGGTGTATGTACACGTT  141

seq1  CATGTGTGCTGTGCGTGTGGATATGCATATGTGTGATCTGATCATGTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGCTGTGCGTGTGGATATGCATATGTGTGATCTGATCATGTGGA  191

seq1  TATAGCTGCATGTAGGTATGTGAATGTGTGTGTACATATACATGTGTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTGCATGTAGGTATGTGAATGTGTGTGTACATATACATGTGTATA  241

seq1  TGTGTACATACATATATGTATGCACATTTACATGTAACCTGATGCCTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACATACATATATGTATGCACATTTACATGTAACCTGATGCCTTGC  291

seq1  CTAGGCTGGAGGCCTGGGATTTTGCTTGTAGGGGTCACATCCCTGCAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGGAGGCCTGGGATTTTGCTTGTAGGGGTCACATCCCTGCAGAG  341

seq1  GCCTAGGAGACAGACAGTAAGGCAGATAGGCTAAGACATGGCGGAAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGGAGACAGACAGTAAGGCAGATAGGCTAAGACATGGCGGAAGGGA  391

seq1  GAGAGAGCCCCAAATGTGGGAGTAGACAGAGATAGGAGGCTGAATTGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGCCCCAAATGTGGGAGTAGACAGAGATAGGAGGCTGAATTGTGG  441

seq1  GTGCACAAGGTTGACCTCTACGGTCCTGGACACAGCCCCTCGGCACTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAAGGTTGACCTCTACGGTCCTGGACACAGCCCCTCGGCACTTGC  491

seq1  CCCATGGATGGCTCTAAAACTGTGTGTGTCCTTAGGAAAGGGTGCTGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGATGGCTCTAAAACTGTGTGTGTCCTTAGGAAAGGGTGCTGATC  541

seq1  CATTTCTTGGGGTCTCCCCTCTGTTCCTGTGTTGGGGCCTCCAAGGGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTTGGGGTCTCCCCTCTGTTCCTGTGTTGGGGCCTCCAAGGGAGG  591

seq1  TCTCTGTAGCAGTTCCATGTGGTTTCCCTGCTAAGGCCACCCCGATGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTAGCAGTTCCATGTGGTTTCCCTGCTAAGGCCACCCCGATGCTT  641

seq1  ATGTCCCCCCAGGTCATGAAAGCCATCAACGACGGCTTCCGGCTCCCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCCCCAGGTCATGAAAGCCATCAACGACGGCTTCCGGCTCCCTAC  691

seq1  GCCCATGGACTGCCCTTCAGCCATTTACCAGCTCATGATGCAGTGCTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGGACTGCCCTTCAGCCATTTACCAGCTCATGATGCAGTGCTGGC  741

seq1  AGCAAGAGCGCTCCCGCCGACCCAAGTTTGCCGACATCGTTAGCATCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGCGCTCCCGCCGACCCAAGTTTGCCGACATCGTTAGCATCCTG  791

seq1  GACAAGCTCATCCGAGCCCCCGACTCCCTCAAGACGCTGGCTGACTTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCTCATCCGAGCCCCCGACTCCCTCAAGACGCTGGCTGACTTTGA  841

seq1  TCCCCGGTGAGTCTTGTGTCCTGTGCCTGAGGTAGCATCCGTGTTCATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCGGTGAGTCTTGTGTCCTGTGCCTGAGGTAGCATCCGTGTTCATTC  891

seq1  ATATGGACTCCTTGGCTTCTCAGGACAACTGGATATCTGGTGGTGGTGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGACTCCTTGGCTTCTCAGGACAACTGGATATCTGGTGGTGGTGGG  941

seq1  GGGGTCAGGGCTGTTACGGGGTTCAGAAATGACACATCAGGGCGATGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCAGGGCTGTTACGGGGTTCAGAAATGACACATCAGGGCGATGATG  991

seq1  TTGCCAGGCAACAAATTGTTTGCCTGGAATTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGGCAACAAATTGTTTGCCTGGAATTC  1023