BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032L20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 45,233,602 - 45,367,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325, Wdr32
Upstream geneMelk, Pax5, 5730488B01Rik, LOC545618, Zcchc7, D4Wsu132e, Grhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik
Downstream geneMcart1, Shb, LOC100040140, LOC100040557, Gm829, LOC100040567, LOC100040580, Aldh1b1, Igfbpl1, 1300002K09Rik, Tdrd7, Tmod1, BC057893, AU014645, Xpa, LOC624430, LOC666379, LOC666389, Foxe1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032L20.bB6Ng01-032L20.g
ACCDH861984DH861985
length1,0821,052
definitionDH861984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032L20, 5' end.DH861985|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032L20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,233,602 - 45,234,689)(45,366,604 - 45,367,666)
sequence
gaattcagagtcttgtctgtattaggcgtttatcctagcccagctttctc
tgattctctgggagttaatcacgaggcttgatttattttgcaactcactt
tacatccttactgctgccccccttcccagtcactcctcacacagtcccac
ctccaaccccctcccctcactttacatccttactgctgccccccttccca
gtcacccctcacacagtcccacctccaaccccctccccttctcctctaag
aggttggagctgcccccctaggtaactaccccaccccacccctgccctca
gcacatcaagtctctgcaggactaggcacatcctttcccactaaggccag
acagggttgcccagttaggggagtgtaatccacacacaggcaacagagtc
agccacccaattcctgtcccccatgtggcttgattttaagcctccttacc
catcctagttccttgaaaatgtgatcccccaccaaaaaagacagacccag
ttatatccatatcctataacttgcccgctaacttgatcccctagacgaac
tcataggctattgcctttggaaacaatattccagcgacttgactgcacat
ttgttttgctgcctctgcgtcgtcggaagtctaagacttcattccttttc
ttctattgtaagtgtcacagaaatccagtgtgattttcgtgtctgtgtca
ggggaacgttaaataacctttataataaaagagtgcctgaaaggaaggaa
ggaagacagacgttccagtaaaaaaacaaaacaaaacaaaacacaacaca
acaacaacaacaaaacaacaacagggaggggttgagggagaggaagcaga
aacagcaacaaaataacagtaagtaaacaaaggtgaccaagagaaattgt
cagatgagcttatcatgaagtcacttaagtcacactgcagtgagcttgtg
tagggaagatgcccaagatgcatttacagcttaagagtgcagccgggtat
gtggcacatgctataatcccagcatttgggagacagagcagtgcggattt
ctgagttcaggcagcctgtcctacaagtgagt
gaattcactctgtagaccagcagagacctcagattcttaacctcttaagt
tacttgtgcttctaaataaacttcaaaatccattttcctagccaacaaat
cggaaggagtaggctcaagtttgtaggcatggtgctgtggcagcacactg
agagcagcacatgagagctgacattgataaagaattcaaacaggttagtc
aaaggtcattttgagtggggcaaaccaacttgacacaagtctattctttt
tgagatataaaaaattttaattgtaaaatattagaaatagagacaattag
aacaaatataatgaacacctgtgatacccaccacccagctttatcaaatt
ttaacattttgttatctttcagagttgcctgaaaatacaaacatatttga
agtatatcgtgagtccctccccacaccccttcccctccctccctctctct
ccagagggaaccactatccaaaatttgtcattccccatgcacgtgtttaa
taccataaagtaataatatgtatatcaccatttttcatacggtttgtatc
caatttactctgaaaatatttagcaagcacccatcatgtacaaggcacag
ttccaggtgctaggagaaaacagagcaaatgcatggcttcatcaagctta
tgtttataaagtttaaatgtttatataaatggtatcacaccatacagccc
attctacagtttgcctttctgtctcatcctcacacttctgggatattttt
ggctcatttaactgatatatagtattccattgagactaagatttatcttt
cctcttaggagttctgggacattcaagttctccttttcgttactccaatg
ctgtagtgaacctttccttcttccgcgtctaattcatgtggttatggata
aatttaattgcaatggtcttaatttaccaggcattgctggactgtttgaa
aacagtgttacctatagacttcatcagtctactcaggtctacttctcagt
gctgcccacgctgtacttcctcactgacaactgatgggctcgtcatgccc
at
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_45233602_45234689
seq2: B6Ng01-032L20.b_47_1128

seq1  GAATTCAGAGTCTTGTCTGTATTAGGCGTTTATCCTAGCCCAGCTTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGTCTTGTCTGTATTAGGCGTTTATCCTAGCCCAGCTTTCTC  50

seq1  TGATTCTCTGGGAGTTAATCACGAGGCTTGATTTATTTTGCAACTCACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTCTGGGAGTTAATCACGAGGCTTGATTTATTTTGCAACTCACTT  100

seq1  TACATCCTTACTGCTGCCCCCCTTCCCAGTCACTCCTCACACAGTCCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCTTACTGCTGCCCCCCTTCCCAGTCACTCCTCACACAGTCCCAC  150

seq1  CTCCAACCCCCTCCCCTCACTTTACATCCTTACTGCTGCCCCCCTTCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACCCCCTCCCCTCACTTTACATCCTTACTGCTGCCCCCCTTCCCA  200

seq1  GTCACCCCTCACACAGTCCCACCTCCAACCCCCTCCCCTTCTCCTCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCCCTCACACAGTCCCACCTCCAACCCCCTCCCCTTCTCCTCTAAG  250

seq1  AGGTTGGAGCTGCCCCCCTAGGTAACTACCCCACCCCACCCCTGCCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGAGCTGCCCCCCTAGGTAACTACCCCACCCCACCCCTGCCCTCA  300

seq1  GCACATCAAGTCTCTGCAGGACTAGGCACATCCTTTCCCACTAAGGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATCAAGTCTCTGCAGGACTAGGCACATCCTTTCCCACTAAGGCCAG  350

seq1  ACAGGGTTGCCCAGTTAGGGGAGTGTAATCCACACACAGGCAACAGAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTTGCCCAGTTAGGGGAGTGTAATCCACACACAGGCAACAGAGTC  400

seq1  AGCCACCCAATTCCTGTCCCCCATGTGGCTTGATTTTAAGCCTCCTTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCCAATTCCTGTCCCCCATGTGGCTTGATTTTAAGCCTCCTTACC  450

seq1  CATCCTAGTTCCTTGAAAATGTGATCCCCCACCAAAAAAGACAGACCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAGTTCCTTGAAAATGTGATCCCCCACCAAAAAAGACAGACCCAG  500

seq1  TTATATCCATATCCTATAACTTGCCCGCTAACTTGATCCCCTAGACGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCCATATCCTATAACTTGCCCGCTAACTTGATCCCCTAGACGAAC  550

seq1  TCATAGGCTATTGCCTTTGGAAACAATATTCCAGCGACTTGACTGCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGCTATTGCCTTTGGAAACAATATTCCAGCGACTTGACTGCACAT  600

seq1  TTGTTTTGCTGCCTCTGCGTCGTCGGAAGTCTAAGACTTCATTCCTTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGCTGCCTCTGCGTCGTCGGAAGTCTAAGACTTCATTCCTTTTC  650

seq1  TTCTATTGTAAGTGTCACAGAAATCCAGTGTGATTTTCGTGTCTGTGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTGTAAGTGTCACAGAAATCCAGTGTGATTTTCGTGTCTGTGTCA  700

seq1  GGGGAACGTTAAATAACCTTTATAATAAAAGAGTGCCTGAAAGGAAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAACGTTAAATAACCTTTATAATAAAAGAGTGCCTGAAAGGAAGGAA  750

seq1  GGAAGACAGACGTTCCAGTAAAAAAACAAAACAAAACAAAACACAACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACAGACGTTCCAGTAAAAAAACAAAACAAAACAAAACACAACACA  800

seq1  ACAACAACAACAAAAACAACAACAGGGAGGGGTTGAGGGAGAGGAAGCAG  850
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAAC-AAAACAACAACAGGGAGGGGTTGAGGGAGAGGAAGCAG  849

seq1  AAACAGCAACAAAATAACAGTAAGTAAACAAAGGTGACCAAGAGAAATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAACAAAATAACAGTAAGTAAACAAAGGTGACCAAGAGAAATTG  899

seq1  TCAGATGAGCTAATCATGAAGTCACTTAAGTCACACTGCAGTGAGCCTGT  950
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAGATGAGCTTATCATGAAGTCACTTAAGTCACACTGCAGTGAGCTTGT  949

seq1  GTAGGGGAAGATGCCCAAGATGCATTTACAGCTTAAGAGTGCAGCCGGGT  1000
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTA-GGGAAGATGCCCAAGATGCATTTACAGCTTAAGAGTGCAGCCGGGT  998

seq1  ATGGTGGCACATGCTATAATCCCAGCATTTGGGAGACAGAGGCAG-GCGG  1049
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  AT-GTGGCACATGCTATAATCCCAGCATTTGGGAGACAGA-GCAGTGCGG  1046

seq1  ATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGT  1088
      |||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||
seq2  ATTTCTGAGTTC-AGG-CAGCCTGTCCTAC-AAGTGAGT  1082

seq1: chr4_45366604_45367666
seq2: B6Ng01-032L20.g_68_1119 (reverse)

seq1  ATGGGCACTGAACGAGCCCATCAGTTGTCAGTGAGGAAGTACAAGCGTGG  50
      ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGGGCA-TG-ACGAGCCCATCAGTTGTCAGTGAGGAAGTAC-AGCGTGG  47

seq1  GCAGCACTGAGAAGTAGACCCTGAGGTAGACTGATGGAGTCTAATAGGTA  100
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||
seq2  GCAGCACTGAGAAGTAGA-CCTGA-GTAGACTGATGAAGTCT-ATAGGTA  94

seq1  ACACTGTTTTCAAACAGTCCAGCAATGCCTGGTAAAATTAAAGACCATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||
seq2  ACACTGTTTTCAAACAGTCCAGCAATGCCTGGTAAA--TTAAGACCATTG  142

seq1  CAATTAAAAATTTAATCCATAACCACATGAATTAGACGCGGAAGAAGGAA  200
      ||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAA---TTTATCCATAACCACATGAATTAGACGCGGAAGAAGGAA  189

seq1  AGGTTCACTACAGCATTGGAGTAACGAAAAGGAGAACTTGAATGTCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCACTACAGCATTGGAGTAACGAAAAGGAGAACTTGAATGTCCCAG  239

seq1  AACTCCTAAGAGGAAAGATAAATCTTAGTCTCAATGGAATACTATATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTAAGAGGAAAGATAAATCTTAGTCTCAATGGAATACTATATATC  289

seq1  AGTTAAATGAGCCAAAAATATCCCAGAAGTGTGAGGATGAGACAGAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAATGAGCCAAAAATATCCCAGAAGTGTGAGGATGAGACAGAAAGG  339

seq1  CAAACTGTAGAATGGGCTGTATGGTGTGATACCATTTATATAAACATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGTAGAATGGGCTGTATGGTGTGATACCATTTATATAAACATTTA  389

seq1  AACTTTATAAACATAAGCTTGATGAAGCCATGCATTTGCTCTGTTTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTATAAACATAAGCTTGATGAAGCCATGCATTTGCTCTGTTTTCTC  439

seq1  CTAGCACCTGGAACTGTGCCTTGTACATGATGGGTGCTTGCTAAATATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACCTGGAACTGTGCCTTGTACATGATGGGTGCTTGCTAAATATTT  489

seq1  TCAGAGTAAATTGGATACAAACCGTATGAAAAATGGTGATATACATATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTAAATTGGATACAAACCGTATGAAAAATGGTGATATACATATTA  539

seq1  TTACTTTATGGTATTAAACACGTGCATGGGGAATGACAAATTTTGGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTATGGTATTAAACACGTGCATGGGGAATGACAAATTTTGGATAG  589

seq1  TGGTTCCCTCTGGAGAGAGAGGGAGGGAGGGGAAGGGGTGTGGGGAGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCCCTCTGGAGAGAGAGGGAGGGAGGGGAAGGGGTGTGGGGAGGGA  639

seq1  CTCACGATATACTTCAAATATGTTTGTATTTTCAGGCAACTCTGAAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGATATACTTCAAATATGTTTGTATTTTCAGGCAACTCTGAAAGAT  689

seq1  AACAAAATGTTAAAATTTGATAAAGCTGGGTGGTGGGTATCACAGGTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATGTTAAAATTTGATAAAGCTGGGTGGTGGGTATCACAGGTGTT  739

seq1  CATTATATTTGTTCTAATTGTCTCTATTTCTAATATTTTACAATTAAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATATTTGTTCTAATTGTCTCTATTTCTAATATTTTACAATTAAAAT  789

seq1  TTTTTATATCTCAAAAAGAATAGACTTGTGTCAAGTTGGTTTGCCCCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATATCTCAAAAAGAATAGACTTGTGTCAAGTTGGTTTGCCCCACT  839

seq1  CAAAATGACCTTTGACTAACCTGTTTGAATTCTTTATCAATGTCAGCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGACCTTTGACTAACCTGTTTGAATTCTTTATCAATGTCAGCTCT  889

seq1  CATGTGCTGCTCTCAGTGTGCTGCCACAGCACCATGCCTACAAACTTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCTGCTCTCAGTGTGCTGCCACAGCACCATGCCTACAAACTTGAG  939

seq1  CCTACTCCTTCCGATTTGTTGGCTAGGAAAATGGATTTTGAAGTTTATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCCTTCCGATTTGTTGGCTAGGAAAATGGATTTTGAAGTTTATTT  989

seq1  AGAAGCACAAGTAACTTAAGAGGTTAAGAATCTGAGGTCTCTGCTGGTCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCACAAGTAACTTAAGAGGTTAAGAATCTGAGGTCTCTGCTGGTCT  1039

seq1  ACAGAGTGAATTC  1063
      |||||||||||||
seq2  ACAGAGTGAATTC  1052