BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-033M19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 33,157,236 - 33,278,747
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabrr2, Gabrr1, Acy1l2
Upstream geneLOC665228, LOC665232, Bach2, Gja10, Casp8ap2, Mdn1, Lyrm2, Ankrd6, LOC665298, Rragd, 4933421O10Rik, Ube2j1, LOC100039142
Downstream geneSrrp, Pnrc1, Rngtt, LOC100041919, LOC100041924, Cnr1, Spaca1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-033M19.bB6Ng01-033M19.g
ACCDH862751DH862752
length1,0941,008
definitionDH862751|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033M19, 5' end.DH862752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-033M19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,157,236 - 33,158,339)(33,277,741 - 33,278,747)
sequence
gaattcatgacctttggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagccat
gtctacagccctcagagatggatttacatggtcttggttgggcccaagca
tcagggtttttgaaagttcccagggaaccctaacacacagttaaagccaa
gaatcacctggtttaaagacaacgttggccaaacatgctagaatcaacgc
tggctggtgtatgcttcacactgctcccacttcactggatgtctagtgtg
tgttgggcattgggcttgacacagacacacagagatgcgcttagatccca
cctttcaggtcgccagagaaatacaaatagtacagcctagataccctgca
tagactaactaaccatccttcttgctgcagaataaccgtccagtaggcaa
atgctttacagtcttcggcagttgactgctcatgtgacaaagttaatctg
caaagagtataagacaatgaggagacctagctaggtgagggatggacaga
tctgtcctctggactgacagaagccactgcagctctagctggggcaagca
gtgtttagagctttggggatgtttgtgtcacaacatatttattacaaacc
atattgtaagacatgagtctcaccatgcagccctgactgccctggaactc
actcagtagaccaggctggttgtactcacagagatccccctgcctctgcc
tcctgagtgctgggatcgaaggtgtgcgtcaccaaaccatcatgctcagc
ttttgggaaattgttttaaaagaaaaaaaaaagtcataattttcaccact
ccccagcttaaacactttcatctagtcgcaactcactaagaccttggcag
gtacaaaatgtcctcaggggatgctatctgctctcaggatgttctggaag
gatctgtcctggggtggacaccttgtgagggtgtgggcagtgtagagacc
ctttagtcttctgcctcttgtgtgcatcaaaataaagaagaaatgctgaa
atgtggacctgcaggcagtcttcatccactggtctcttcagagtctcggt
gggcatgaacccattcttcttctttgcgaccatttgtaaaaaaa
gaattcactcggacaaccggatctttctacggcaaagcttttattgcttc
aacataaggaagacccgaacccggaaaatggtgctgcttatatagcctgc
agcgtgacgtttcagcacctgatgtggcgtgacagcacccgattagttgc
tcgcccatcaccccattacttacgccctgagatgggcagtggctgggcgt
gaatttactcttgcacttgcgcataaggcttgtttactagttaggcacag
tggaagccagcgccatcttataatggtgattgctcacggcatggctctcc
acacaacaaggccacacctaatccctttcaagtagtatctctccccagtg
atcatgcattcaaatataggagtctacagggaccattcttattcaaacca
ccacaagggatgttatatctatgctgttaggtgctagaaaatggaacaaa
aaaaagtatgaagactgaagagaagatacaatttattaaagagattcaag
aatacaaatcaccatgcacaagaaatccatgatgtcaaaagtagaaactg
aatacatatatgtctgggtgggcagactacgcaggaggaacccagcccag
agttacctatctttccaccacatcagatgacaacagtattactttgtaac
aagcaacctaaatagcagcttgtctctaaagtttatacacaagcctgtgt
gtagctgtctaatgagaacaaacaggatttccactgctattggcagagct
ctgctgtaaaaatttattgaagatgaatgattgtgtccattgtgatataa
atagatgatttgtgaattcagatgtcacaagcaatcaagtgtagtggtta
gatgttggtcttttgtggaaatctgtgcccagtacttagtgagttgtata
atcttggatgcccatctgtatttgagatatatagtcacactaaaaacctt
catagtttgcgatgagaaataggtatttaacatttaaacatccagaaaag
tacttggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_33157236_33158339
seq2: B6Ng01-033M19.b_48_1141

seq1  GAATTCATGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCAT  50

seq1  GTCTACAGCCCTCAGAGATGGATTTACATGGTCTTGGTTGGGCCCAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAGCCCTCAGAGATGGATTTACATGGTCTTGGTTGGGCCCAAGCA  100

seq1  TCAGGGTTTTTGAAAGTTCCCAGGGAACCCTAACACACAGTTAAAGCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTTTTTGAAAGTTCCCAGGGAACCCTAACACACAGTTAAAGCCAA  150

seq1  GAATCACCTGGTTTAAAGACAACGTTGGCCAAACATGCTAGAATCAACGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACCTGGTTTAAAGACAACGTTGGCCAAACATGCTAGAATCAACGC  200

seq1  TGGCTGGTGTATGCTTCACACTGCTCCCACTTCACTGGATGTCTAGTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGTGTATGCTTCACACTGCTCCCACTTCACTGGATGTCTAGTGTG  250

seq1  TGTTGGGCATTGGGCTTGACACAGACACACAGAGATGCGCTTAGATCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGCATTGGGCTTGACACAGACACACAGAGATGCGCTTAGATCCCA  300

seq1  CCTTTCAGGTCGCCAGAGAAATACAAATAGTACAGCCTAGATACCCTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCAGGTCGCCAGAGAAATACAAATAGTACAGCCTAGATACCCTGCA  350

seq1  TAGACTAACTAACCATCCTTCTTGCTGCAGAATAACCGTCCAGTAGGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTAACTAACCATCCTTCTTGCTGCAGAATAACCGTCCAGTAGGCAA  400

seq1  ATGCTTTACAGTCTTCGGCAGTTGACTGCTCATGTGACAAAGTTAATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTACAGTCTTCGGCAGTTGACTGCTCATGTGACAAAGTTAATCTG  450

seq1  CAAAGAGTATAAGACAATGAGGAGACCTAGCTAGGTGAGGGATGGACAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGTATAAGACAATGAGGAGACCTAGCTAGGTGAGGGATGGACAGA  500

seq1  TCTGTCCTCTGGACTGACAGAAGCCACTGCAGCTCTAGCTGGGGCAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCTGGACTGACAGAAGCCACTGCAGCTCTAGCTGGGGCAAGCA  550

seq1  GTGTTTAGAGCTTTGGGGATGTTTGTGTCACAACATATTTATTACAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTAGAGCTTTGGGGATGTTTGTGTCACAACATATTTATTACAAACC  600

seq1  ATATTGTAAGACATGAGTCTCACCATGCAGCCCTGACTGCCCTGGAACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTAAGACATGAGTCTCACCATGCAGCCCTGACTGCCCTGGAACTC  650

seq1  ACTCAGTAGACCAGGCTGGTTGTACTCACAGAGATCCCCCTGCCTCTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTAGACCAGGCTGGTTGTACTCACAGAGATCCCCCTGCCTCTGCC  700

seq1  TCCTGAGTGCTGGGATCGAAGGTGTGCGTCACCAAACCATCATGCTCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGTGCTGGGATCGAAGGTGTGCGTCACCAAACCATCATGCTCAGC  750

seq1  -TTTGGGAAATTGTTTTAAAAGAAAAAAAAAAGTCATAATTTTCACCACT  799
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGAAATTGTTTTAAAAGAAAAAAAAAAGTCATAATTTTCACCACT  800

seq1  CCCCAGCTTAAACACTTTCATCTAGTCGCAACTCACTAAGACCTTGGCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCTTAAACACTTTCATCTAGTCGCAACTCACTAAGACCTTGGCAG  850

seq1  GTACAAAATGTCCTCAGGGGATGCTATCTGCTCTCAGGAATGTTCTGGAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTACAAAATGTCCTCAGGGGATGCTATCTGCTCTCAGG-ATGTTCTGGAA  899

seq1  GGATCTGTCCTGGGGTGGACATCCTTGTGAGGGTGTGGGCAGTGTAGAGA  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGTCCTGGGGTGGACA-CCTTGTGAGGGTGTGGGCAGTGTAGAGA  948

seq1  CCCTTTAGTCTTCTGCCTCCTTGTGTGCATCAGAATAAAGAAGAAATGCT  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAGTCTTCTGCCT-CTTGTGTGCATCAAAATAAAGAAGAAATGCT  997

seq1  GAACAGGTGGACCCTGCAGGCAGTCTTCCATCCACTCGGTCTCTCCAGAG  1049
      ||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||
seq2  GAA-ATGTGGA-CCTGCAGGCAGTCTT-CATCCACT-GGTCTCTTCAGAG  1043

seq1  CCTCGGTGGGCCATGGAAACCCATTTCTCTTTCTTTGCAGCCATTTGTAT  1099
       ||||||||| ||||  |||||| ||||  ||||||||  ||||||||| 
seq2  TCTCGGTGGG-CATG--AACCCA-TTCTTCTTCTTTGCGACCATTTGTAA  1089

seq1  AAAAA  1104
      |||||
seq2  AAAAA  1094

seq1: chr4_33277741_33278747
seq2: B6Ng01-033M19.g_68_1075 (reverse)

seq1  ACCAAGTGCTTTTCTGGATGTTTTAAATGTT-AATACCTATTTCTCATCC  49
      ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  ACCAAGTACTTTTCTGGATG-TTTAAATGTTAAATACCTATTTCTCATCG  49

seq1  CAACCTATG-AGGTTTTTAGTGTGACTAT-TATCTTCAAATTACAGATGG  97
      ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||
seq2  CAAACTATGAAGGTTTTTAGTGTGACTATATATC-TCAAA-TACAGATGG  97

seq1  GCATCCAAGATTATACAACTCACTAAGTACTGGGCACAGATTTCCACAAA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCAAGATTATACAACTCACTAAGTACTGGGCACAGATTTCCACAAA  147

seq1  AGA-CAACATCTAACCACTACACTTGATTGCTTGTGACATCTGAATTCAC  196
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAACATCTAACCACTACACTTGATTGCTTGTGACATCTGAATTCAC  197

seq1  AAATCATCTATTTATATCACAATGGACACAATCATTCATCTTCAATAAAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATCTATTTATATCACAATGGACACAATCATTCATCTTCAATAAAT  247

seq1  TTTTACAGCAGAGCTCTGCCAATAGCAGTGGAAATCCTGTTTGTTCTCAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAGCAGAGCTCTGCCAATAGCAGTGGAAATCCTGTTTGTTCTCAT  297

seq1  TAGACAGCTACACACAGGCTTGTGTATAAACTTTAGAGACAAGCTGCTAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGCTACACACAGGCTTGTGTATAAACTTTAGAGACAAGCTGCTAT  347

seq1  TTAGGTTGCTTGTTACAAAGTAATACTGTTGTCATCTGATGTGGTGGAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTGCTTGTTACAAAGTAATACTGTTGTCATCTGATGTGGTGGAAA  397

seq1  GATAGGTAACTCTGGGCTGGGTTCCTCCTGCGTAGTCTGCCCACCCAGAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTAACTCTGGGCTGGGTTCCTCCTGCGTAGTCTGCCCACCCAGAC  447

seq1  ATATATGTATTCAGTTTCTACTTTTGACATCATGGATTTCTTGTGCATGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTATTCAGTTTCTACTTTTGACATCATGGATTTCTTGTGCATGG  497

seq1  TGATTTGTATTCTTGAATCTCTTTAATAAATTGTATCTTCTCTTCAGTCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGTATTCTTGAATCTCTTTAATAAATTGTATCTTCTCTTCAGTCT  547

seq1  TCATACTTTTTTTTGTTCCATTTTCTAGCACCTAACAGCATAGATATAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTTTTTTTTGTTCCATTTTCTAGCACCTAACAGCATAGATATAAC  597

seq1  ATCCCTTGTGGTGGTTTGAATAAGAATGGTCCCTGTAGACTCCTATATTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTGTGGTGGTTTGAATAAGAATGGTCCCTGTAGACTCCTATATTT  647

seq1  GAATGCATGATCACTGGGGAGAGATACTACTTGAAAGGGATTAGGTGTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCATGATCACTGGGGAGAGATACTACTTGAAAGGGATTAGGTGTGG  697

seq1  CCTTGTTGTGTGGAGAGCCATGCCGTGAGCAATCACCATTATAAGATGGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGTGTGGAGAGCCATGCCGTGAGCAATCACCATTATAAGATGGC  747

seq1  GCTGGCTTCCACTGTGCCTAACTAGTAAACAAGCCTTATGCGCAAGTGCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTCCACTGTGCCTAACTAGTAAACAAGCCTTATGCGCAAGTGCA  797

seq1  AGAGTAAATTCACGCCCAGCCACTGCCCATCTCAGGGCGTAAGTAATGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAATTCACGCCCAGCCACTGCCCATCTCAGGGCGTAAGTAATGGG  847

seq1  GTGATGGGCGAGCAACTAATCGGGTGCTGTCACGCCACATCAGGTGCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGCGAGCAACTAATCGGGTGCTGTCACGCCACATCAGGTGCTGA  897

seq1  AACGTCACGCTGCAGGCTATATAAGCAGCACCATTTTCCGGGTTCGGGTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTCACGCTGCAGGCTATATAAGCAGCACCATTTTCCGGGTTCGGGTC  947

seq1  TTCCTTATGTTGAAGCAATAAAAGCTTTGCCGTAGAAAGATCCGGTTGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATGTTGAAGCAATAAAAGCTTTGCCGTAGAAAGATCCGGTTGTC  997

seq1  CGAGTGAATTC  1007
      |||||||||||
seq2  CGAGTGAATTC  1008