BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034B18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 56,019,111 - 56,160,500
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneZfp462, LOC670211, Rad23b, LOC666953, LOC100041348, Klf4
Downstream geneActl7b, Actl7a, Ikbkap, BC026590, Ctnnal1, D730040F13Rik, 6430704M03Rik, Epb4.1l4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034B18.bB6Ng01-034B18.g
ACCDH862966DH862967
length1,0731,024
definitionDH862966|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034B18, 5' end.DH862967|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034B18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,159,409 - 56,160,500)(56,019,111 - 56,020,131)
sequence
gaattcctgtgttctcccgtgctcccaccttcatccacttcttcattgtg
tcatcacctaaatgtttgtgtattagtcttttggtgagccactgtgatgt
gtcaggaggtttccaaggaatatggtaagatatgagctgggacatagaga
ctgctcagcctgctctatcaggcaggtaaactgtgactgcagacatttct
ttttctaaatgaaattatctaaaagaacacaagtcatttattgtgcaatt
ttaaattaatgccctgttgctagaacatactgtccaagcacactataaca
gttgttttaaaatactggaattatcttgtgactaacaggataactccagc
aatctgtcttggagatattgatttgttgtatgaagatacttaaaataaag
catgatttttacaatttcatgataatattgcataattttagaaaatcata
ttagaagtttagaaagtaaatataatcccatcttgacattcaaaaaaccg
tggggcagtggtgtcatggtgggatagatattttcagttgatgttttaca
atgtccaacagactccccaccgatcctagatcaagaaactgtgtgctcat
ggacacaaaaacctggagcttgctatggacctagagattcgatcattttt
ccattctgttgccggtggctgtccacacacagctctgagatagaaatact
ggaggcaccatgatgctctgagctttctcagagtcaagcttggctttgaa
tggtagacacagaacaggaatgaagagagacaaagtgtccccactcccac
agcttcattacagtatacccagcaaataaatatgatggcaggagcttcca
caaagtaggattattgtgcagatgatgtgacaaagaagacgatggcagag
gggagtcaggcagggagagggctggctacacgcatttctactgtgtatag
ggtagcacagagttttcctcatgtctgactcctgctggggggttacatgg
tccttagccttctagtaagacggcctatgccattattgtttactgggtct
cttgtcactgcagctactcatcc
gaattccacagttgagttactcctgcatgaacacttaacatcctgggctc
ctgagcctttccacagcctcattgtccttgtctggagctgtgtcactgaa
atcatacccacgcacagtcttacaaagctgatgaaataggacacgtgaag
cagctaacagagccctagccttctgcaagagctcagtaaacgttagtgtg
aggataatagtgatggctgacatgatactgttatgaacaactaaagtagg
gggaagctgcggttatgagctcatggaggtaccacatggaaggagggatt
cctgttgggatacactagttgagtaagaggacagcaggcaagaaaggcct
gtgtagaaaggagttgacaaggaagtgtaggattgtcttgcttagaaaac
aataataacctaaagtatatctgtgtggaggctgagtttcttctaaagca
tctatagatgattggaaggtaaaggtattcttcatgggcttaaggaacct
tgaataccaggatgaggacttctggttttgtctagaaggctagagcctgc
ttctcttttttccttccccctttttcctgtccttccacttcagtccttct
gttagtgggtccatttgtttgaaaacaacattaaacagtcttcaatataa
agaacgtgtagagatgggcttctctgttcaaaagacagtcatggatatct
ttaaacctggtctaggttcccctaggaagcacaacctgtgatgagtacat
aggtgcatacttgctttggaggatataaacctctgtgaataacagtcata
gggctaggttacaggaaaggaccaagccattatatagtgtgacatacata
gctgatcatcactattggactcttgctatggaatattatcctctaggcat
aacatgctaccacctgaaatcagactagctatggttattcagtgaacact
tgaaacagaagcctatggaacatttcctcatactaggaattggcgaagag
aaaatcattagattctttatctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_56159409_56160500
seq2: B6Ng01-034B18.b_44_1116 (reverse)

seq1  GGATGAGTAGCTGGCAGTTGACAAGGAGACACAAGTAAACAAATAAATGG  50
      |||||||||||| |||| |||||| ||||| | |||||||||   |||||
seq2  GGATGAGTAGCT-GCAG-TGACAA-GAGAC-CCAGTAAACAA--TAATGG  44

seq1  CATATGGCCGTCTTAACTAGAAAGCTAAAGGACCATTGTAACCCCACAGC  100
      |||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||
seq2  CATA-GGCCGTCTT-ACTAGAAGGCT-AAGGACCA-TGTAACCCCCCAGC  90

seq1  CAGAGTCAGAACAATGGAGGAAAAACTCTGTGGCTACCCTATACACAGTA  150
        ||||||| |||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCAG-ACA--TGAGG-AAAACTCTGT-GCTACCCTATACACAGTA  135

seq1  GAAATGCGTGGTAGCCAGCCCTCTCCCTGCCTGACTCCCCCTCTGCCATC  200
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAATGCGT-GTAGCCAGCCCTCTCCCTGCCTGACT-CCCCTCTGCCATC  183

seq1  TGTCTTTCTTTGTCACATCATCTTGCACAAT-ATCCTACTTTGTTGAAGC  249
       ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||
seq2  -GTC-TTCTTTGTCACATCATC-TGCACAATAATCCTACTTTGTGGAAGC  230

seq1  TCCTGCCATCATATTTATTTGCTGGGTATACTGTAATGGAAGCTGTGGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCTGCCATCATATTTATTTGCTGGGTATACTGTAAT-GAAGCTGTGGGA  279

seq1  GTGGGGACACTTTGTCTCTCTTCATTCCTGTTCTGTGTCTACCATTCAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGACACTTTGTCTCTCTTCATTCCTGTTCTGTGTCTACCATTCAAA  329

seq1  GCCAAGCTTGACTCTGAG-AAGCTCAGAGCATCATGGTGCCTCCAGTATT  398
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCTTGACTCTGAGAAAGCTCAGAGCATCATGGTGCCTCCAGTATT  379

seq1  TCTATCTCAGAGCTGTGTGTGGACAGCCACCGGCAACAGAATGGAAAAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTCAGAGCTGTGTGTGGACAGCCACCGGCAACAGAATGGAAAAAT  429

seq1  GATCGAATCTCTAGGTCCATAGCAAGCTCCAGGTTTTTGTGTCCATGAGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGAATCTCTAGGTCCATAGCAAGCTCCAGGTTTTTGTGTCCATGAGC  479

seq1  ACACAGTTTCTTGATCTAGGATCGGTGGGGAGTCTGTTGGACATTGTAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTTTCTTGATCTAGGATCGGTGGGGAGTCTGTTGGACATTGTAAA  529

seq1  ACATCAACTGAAAATATCTATCCCACCATGACACCACTGCCCCACGGTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAACTGAAAATATCTATCCCACCATGACACCACTGCCCCACGGTTT  579

seq1  TTTGAATGTCAAGATGGGATTATATTTACTTTCTAAACTTCTAATATGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGTCAAGATGGGATTATATTTACTTTCTAAACTTCTAATATGAT  629

seq1  TTTCTAAAATTATGCAATATTATCATGAAATTGTAAAAATCATGCTTTAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAAATTATGCAATATTATCATGAAATTGTAAAAATCATGCTTTAT  679

seq1  TTTAAGTATCTTCATACAACAAATCAATATCTCCAAGACAGATTGCTGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTATCTTCATACAACAAATCAATATCTCCAAGACAGATTGCTGGA  729

seq1  GTTATCCTGTTAGTCACAAGATAATTCCAGTATTTTAAAACAACTGTTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCCTGTTAGTCACAAGATAATTCCAGTATTTTAAAACAACTGTTAT  779

seq1  AGTGTGCTTGGACAGTATGTTCTAGCAACAGGGCATTAATTTAAAATTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGCTTGGACAGTATGTTCTAGCAACAGGGCATTAATTTAAAATTGC  829

seq1  ACAATAAATGACTTGTGTTCTTTTAGATAATTTCATTTAGAAAAAGAAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAATGACTTGTGTTCTTTTAGATAATTTCATTTAGAAAAAGAAAT  879

seq1  GTCTGCAGTCACAGTTTACCTGCCTGATAGAGCAGGCTGAGCAGTCTCTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGTCACAGTTTACCTGCCTGATAGAGCAGGCTGAGCAGTCTCTA  929

seq1  TGTCCCAGCTCATATCTTACCATATTCCTTGGAAACCTCCTGACACATCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCAGCTCATATCTTACCATATTCCTTGGAAACCTCCTGACACATCA  979

seq1  CAGTGGCTCACCAAAAGACTAATACACAAACATTTAGGTGATGACACAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCTCACCAAAAGACTAATACACAAACATTTAGGTGATGACACAAT  1029

seq1  GAAGAAGTGGATGAAGGTGGGAGCACGGGAGAACACAGGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGTGGATGAAGGTGGGAGCACGGGAGAACACAGGAATTC  1073

seq1: chr4_56019111_56020131
seq2: B6Ng01-034B18.g_67_1090

seq1  GAATTCCACAGTTGAGTTACTCCTGCATGAACACTTAACATCCTGGGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGTTGAGTTACTCCTGCATGAACACTTAACATCCTGGGCTC  50

seq1  CTGAGCCTTTCCACAGCCTCATTGTCCTTGTCTGGAGCTGTGTCACTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCTTTCCACAGCCTCATTGTCCTTGTCTGGAGCTGTGTCACTGAA  100

seq1  ATCATACCCACGCACAGTCTTACAAAGCTGATGAAATAGGACACGTGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACCCACGCACAGTCTTACAAAGCTGATGAAATAGGACACGTGAAG  150

seq1  CAGCTAACAGAGCCCTAGCCTTCTGCAAGAGCTCAGTAAACGTTAGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAACAGAGCCCTAGCCTTCTGCAAGAGCTCAGTAAACGTTAGTGTG  200

seq1  AGGATAATAGTGATGGCTGACATGATACTGTTATGAACAACTAAAGTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAATAGTGATGGCTGACATGATACTGTTATGAACAACTAAAGTAGG  250

seq1  GGGAAGCTGCGGTTATGAGCTCATGGAGGTACCACATGGAAGGAGGGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCTGCGGTTATGAGCTCATGGAGGTACCACATGGAAGGAGGGATT  300

seq1  CCTGTTGGGATACACTAGTTGAGTAAGAGGACAGCAGGCAAGAAAGGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGGGATACACTAGTTGAGTAAGAGGACAGCAGGCAAGAAAGGCCT  350

seq1  GTGTAGAAAGGAGTTGACAAGGAAGTGTAGGATTGTCTTGCTTAGAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAAAGGAGTTGACAAGGAAGTGTAGGATTGTCTTGCTTAGAAAAC  400

seq1  AATAATAACCTAAAGTATATCTGTGTGGAGGCTGAGTTTCTTCTAAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAACCTAAAGTATATCTGTGTGGAGGCTGAGTTTCTTCTAAAGCA  450

seq1  TCTATAGATGATTGGAAGGTAAAGGTATTCTTCATGGGCTTAAGGAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGATGATTGGAAGGTAAAGGTATTCTTCATGGGCTTAAGGAACCT  500

seq1  TGAATACCAGGATGAGGACTTCTGGTTTTGTCTAGAAGGCTAGAGCCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACCAGGATGAGGACTTCTGGTTTTGTCTAGAAGGCTAGAGCCTGC  550

seq1  TTCTCTTTTTTCCTTCCCCCTTTTTCCTGTCCTTCCACTTCAGTCCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTTTTCCTTCCCCCTTTTTCCTGTCCTTCCACTTCAGTCCTTCT  600

seq1  GTTAGTGGGTCCATTTGTTTGAAAACAACATTAAACAGTCTTCAATATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGGGTCCATTTGTTTGAAAACAACATTAAACAGTCTTCAATATAA  650

seq1  AGAACGTGTAGAGATGGGCTTCTCTGTTCAAAAGACAGTCATGGATATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGTGTAGAGATGGGCTTCTCTGTTCAAAAGACAGTCATGGATATCT  700

seq1  TTAAACCTGGTCTAGGTTCCCCTAGGAAGCACAACCTGTGATGAGTACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCTGGTCTAGGTTCCCCTAGGAAGCACAACCTGTGATGAGTACAT  750

seq1  AGGTGCATACTTGCTTTGGAGGATAT-AACCTCTGTGAATAACAGTCATA  799
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCATACTTGCTTTGGAGGATATAAACCTCTGTGAATAACAGTCATA  800

seq1  GGGCTAGGTTACAGGAAAGGACCAAAGCCATTATATAGTGTGACATACAT  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAGGTTACAGGAAAGGACC-AAGCCATTATATAGTGTGACATACAT  849

seq1  AGCTGATCATCACTA-TGGACTCTTGCTATGGAATATTATCCTCTAGGCA  898
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGATCATCACTATTGGACTCTTGCTATGGAATATTATCCTCTAGGCA  899

seq1  TAACATGCTACCACCTGAAATCAGACTAGCTATGGTTATTCAGTGAACAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGCTACCACCTGAAATCAGACTAGCTATGGTTATTCAGTGAACAC  949

seq1  TGGAAACAGAAAGCCTAT-GAACATTTTCTCATACTAGGAATTGGCG-AG  996
      | ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGAAACAG-AAGCCTATGGAACATTTCCTCATACTAGGAATTGGCGAAG  998

seq1  AGAAAATCATTAGATTC-TTATCTGA  1021
      ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAAAATCATTAGATTCTTTATCTGA  1024