BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-034K09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 79,925,856 - 80,008,641
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667922
Downstream geneTyrp1, D4Bwg0951e, Mpdz
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-034K09.bB6Ng01-034K09.g
ACCDH863339DH863340
length879737
definitionDH863339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034K09, 5' end.DH863340|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-034K09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,007,762 - 80,008,641)(79,925,856 - 79,926,390)
sequence
gaattcacaatagtgaaatgggaagtctgagaactgaaatatgaacaggg
aaaacaacctactaaacaataacaacaacaaacaacaaccaaacctggac
atggttggtaatcatgagaagaggcagaatttaaaataatcaggaaatgt
ttgtgaatgacagatttggccaggagagtagcaaaagcttggaactgttt
gctcctacccaccattaggtaggacctttgaatatgtttcaattatatga
caacatcatagaggatttgtgaatatccttaaggtctcttgaatctgttt
cttgagaggatggtattattggatgttactaattaagtgatacctgtcaa
agagtatcagaagttaatcaaagatttgaagaaatagagattatgtttgt
tgccagcattcaagaagcaagctcttgtgaacacagtggtacatcaggaa
atgaattctgccaacaacccagagtatagagatatggctgcttgccacat
cagtcttctgctttagaatacattatcactgacatttgaattccagcttg
tacaactttgagctgagaacccagccacccatggaaactatgcaacaaca
aattggtgttgttataagctataaaattgaataatgtgttacacatcaag
acagaaaaaaaaagcaacaggttcatgccgcattttcctaatgtacagta
cttgcaaatatgtctagaacaccagtaaaattcaaaattcatttctaaat
ttgtatatgatttgcacatgtactgtgccttttaatagacattttggcta
tcttaactatttttgatacattattttgttgataaaaaatcaatattaag
aattattagttattttggtagaaggagag
gaattcttcagaaggcagtatatgctttaaatcagtgtcccatatatgat
acagtttctcccatagccaggatccatgggtccagaaataaaggggtgaa
aaggggaataataatgctactcattatcactcctagtgactctccaggaa
aacttttgctttttgtcccaacaactctacgttcttctggcctagaagtt
ttggttccagatggggagtgctcctcccacgagccacagcaaacattcca
ttgaactggaagctcagacttctccctggtcattttgggcttctaatgcc
tttaaaccaacaggctaagaaaggaataacagtgttaggaggggtgatag
atccagattaccatggggaaattggattgccttttcacaatggaagtaag
caggattatgtctgtaatgcaggagatcccttaagacatctcttagtact
accatgtcctatgattacagtcaatgggaaactacaatagcctaatccaa
gtaggatgacaaaggacacacaccaatctggaacgaagatatgggtcagt
cctccaggaaaagaggcaagacctgctgagatggttgctgagggtgaagg
gaatacagaatgggtagtagaggaaggtagttataaataccagctaaggc
catgtagccagttgcagaaacgaggattataaagtaatatgagtacttct
gtcctattttgctaagaatacatttgtctttctttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_80007762_80008641
seq2: B6Ng01-034K09.b_49_927 (reverse)

seq1  CTCTCC-TCTACCAAAATCACTAATAATTTCTAATATTGACTATTTTATC  49
      |||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||| | |||||||
seq2  CTCTCCTTCTACCAAAATAACTAATAATTCTTAATATTGA-TTTTTTATC  49

seq1  AACAAAATAATGTATCAAAAATAGTTAAGATAGCCAAAATGTCTATTAAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATAATGTATCAAAAATAGTTAAGATAGCCAAAATGTCTATTAAA  99

seq1  AGGCACAGTACATGTGCAAATCATATACAAATTTAGAAATGAATTTTGAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAGTACATGTGCAAATCATATACAAATTTAGAAATGAATTTTGAA  149

seq1  TTTTACTGGTGTTTCTAGACATATTTGCAAGTACTGTACATTAGGAAAAT  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTGGTG-TTCTAGACATATTTGCAAGTACTGTACATTAGGAAAAT  198

seq1  GCGGCATGAACCTGTTGCTTTTTTTTTCTGTCTTGATGTGTAACACATTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCATGAACCTGTTGCTTTTTTTTTCTGTCTTGATGTGTAACACATTA  248

seq1  TTCAATTTTATAGCTTATAACAACACCAATTTGTTGTTGCATAGTTTCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTTATAGCTTATAACAACACCAATTTGTTGTTGCATAGTTTCCA  298

seq1  TGGGTGGCTGGGTTCTCAGCTCAAAGTTGTACAAGCTGGAATTCAAATGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGCTGGGTTCTCAGCTCAAAGTTGTACAAGCTGGAATTCAAATGT  348

seq1  CAGTGATAATGTATTCTAAAGCAGAAGACTGATGTGGCAAGCAGCCATAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATAATGTATTCTAAAGCAGAAGACTGATGTGGCAAGCAGCCATAT  398

seq1  CTCTATACTCTGGGTTGTTGGCAGAATTCATTTCCTGATGTACCACTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATACTCTGGGTTGTTGGCAGAATTCATTTCCTGATGTACCACTGTG  448

seq1  TTCACAAGAGCTTGCTTCTTGAATGCTGGCAACAAACATAATCTCTATTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAAGAGCTTGCTTCTTGAATGCTGGCAACAAACATAATCTCTATTT  498

seq1  CTTCAAATCTTTGATTAACTTCTGATACTCTTTGACAGGTATCACTTAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATCTTTGATTAACTTCTGATACTCTTTGACAGGTATCACTTAAT  548

seq1  TAGTAACATCCAATAATACCATCCTCTCAAGAAACAGATTCAAGAGACCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAACATCCAATAATACCATCCTCTCAAGAAACAGATTCAAGAGACCT  598

seq1  TAAGGATATTCACAAATCCTCTATGATGTTGTCATATAATTGAAACATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATATTCACAAATCCTCTATGATGTTGTCATATAATTGAAACATAT  648

seq1  TCAAAGGTCCTACCTAATGGTGGGTAGGAGCAAACAGTTCCAAGCTTTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGTCCTACCTAATGGTGGGTAGGAGCAAACAGTTCCAAGCTTTTG  698

seq1  CTACTCTCCTGGCCAAATCTGTCATTCACAAACATTTCCTGATTATTTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCTCCTGGCCAAATCTGTCATTCACAAACATTTCCTGATTATTTTA  748

seq1  AATTCTGCCTCTTCTCATGATTACCAACCATGTCCAGGTTTGGTTGTTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGCCTCTTCTCATGATTACCAACCATGTCCAGGTTTGGTTGTTGT  798

seq1  TTGTTGTTGTTATTGTTTAGTAGGTTGTTTTCCCTGTTCATATTTCAGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGTTATTGTTTAGTAGGTTGTTTTCCCTGTTCATATTTCAGTT  848

seq1  CTCAGACTTCCCATTTCACTATTGTGAATTC  880
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACTTCCCATTTCACTATTGTGAATTC  879

seq1: chr4_79925856_79926390
seq2: B6Ng01-034K09.g_271_805

seq1  GGTTCCAGATGGGGAGTGCTCCTCCCACGAGCCACAGCAAACATTCCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCAGATGGGGAGTGCTCCTCCCACGAGCCACAGCAAACATTCCATT  50

seq1  GAACTGGAAGCTCAGACTTCTCCCTGGTCATTTTGGGCTTCTAATGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGAAGCTCAGACTTCTCCCTGGTCATTTTGGGCTTCTAATGCCTT  100

seq1  TAAACCAACAGGCTAAGAAAGGAATAACAGTGTTAGGAGGGGTGATAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAACAGGCTAAGAAAGGAATAACAGTGTTAGGAGGGGTGATAGAT  150

seq1  CCAGATTACCATGGGGAAATTGGATTGCCTTTTCACAATGGAAGTAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTACCATGGGGAAATTGGATTGCCTTTTCACAATGGAAGTAAGCA  200

seq1  GGATTATGTCTGTAATGCAGGAGATCCCTTAAGACATCTCTTAGTACTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATGTCTGTAATGCAGGAGATCCCTTAAGACATCTCTTAGTACTAC  250

seq1  CATGTCCTATGATTACAGTCAATGGGAAACTACAATAGCCTAATCCAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTATGATTACAGTCAATGGGAAACTACAATAGCCTAATCCAAGT  300

seq1  AGGATGACAAAGGACACACACCAATCTGGAACGAAGATATGGGTCAGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGACAAAGGACACACACCAATCTGGAACGAAGATATGGGTCAGTCC  350

seq1  TCCAGGAAAAGAGGCAAGACCTGCTGAGATGGTTGCTGAGGGTGAAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAAAAGAGGCAAGACCTGCTGAGATGGTTGCTGAGGGTGAAGGGA  400

seq1  ATACAGAATGGGTAGTAGAGGAAGGTAGTTATAAATACCAGCTAAGGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAATGGGTAGTAGAGGAAGGTAGTTATAAATACCAGCTAAGGCCA  450

seq1  TGTAGCCAGTTGCAGAAACGAGGATTATAAAGTAATATGAGTACTTCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCAGTTGCAGAAACGAGGATTATAAAGTAATATGAGTACTTCTGT  500

seq1  CCTATTTTGCTAAGAATACATTTGTCTTTCTTTCA  535
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTGCTAAGAATACATTTGTCTTTCTTTCA  535