BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038H19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 38,720,872 - 38,829,582
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC277771, LOC100039448, LOC665520
Downstream geneLOC100039487, 1700009N14Rik, LOC435775, LOC329824
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038H19.bB6Ng01-038H19.g
ACCDH866032DH866033
length1,177244
definitionDH866032|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038H19, 5' end.DH866033|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038H19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,720,872 - 38,722,067)(38,829,339 - 38,829,582)
sequence
gaattctgatttataaggctgtcagattagagattcttgccaaacatgac
ttagagaagtctatcccctcccatttatactatccatgtttctaaaataa
taataaaggaaatatgaaaacttattcaatgattatatcaaataagaaag
atgaattagaaattacaaagtcagacaaatgaaagttcttggcacagcaa
agagcactaatcaacacaggagagctattttatcattattatctttaagt
acagaatttccaatctcagcaaggtcataccttttcaggggtcatgatat
caattaagcttcggtcatatgataattttctgggagcattttgctggcca
agttagggtcatttcagttatggtaatatcacaaaacacattatgtctgt
cttaagtcagtatttaaaagtattcattaaaagtgtctattatgtcataa
agcacagtgattatgtttttgaatttaaatatccaagtattatattgttg
caaaggtgattgcaatgatgactccttccagtgattgaatgattgaaacc
attataattcgttatatgtcttcattttgtttttttattttttaaagctt
aggattcctttttagacaggatctctaaggtcaggttggctctaaactat
gtagctaaagttggctttgaaatcaaagtcttaagtctttgaaaccaaat
acttgaggggacagttttcaaccaacaaatctttggattatgaaacagtc
caccatactttgaatcatgttaacagtaatttttctctctgtgtgtatgt
aaatgtatatatgtatgtatatatacatttgggtatttgtgtatgcatgt
cagagcatctgtatgaagataagttctcctctaatttccacttgataatt
tttgtaagcttttgagatttcatgtaagtttttatcatattctccttccc
ctcaccccccgcaaatgcttctcagatctactcttccttcccttttcact
taatagcagtcaaaccagcttagtctgtccaaatattattttaggggtat
cttcaactggattgtgatctacgtaacatggagtccatttccactaaaga
gtaccatttctctagctaagatgaaagttatgtcagcttcccctccatgc
tgagatgtatcttgtctgcaagtcttg
cttattttttcaagacatgcagggatgctgaattttctcaaatgcttttc
agcatctaatgaaatgatcacgtaggtttttttctttgagtttgtttatg
tagtggattactctgatggatgtccatatattaaaccatgtatactccat
ttttaaattttgtctgttgatgtccaactaaagtaaaatagaaaattggg
tgcaagaagggaggaatgaagggagatgggtgtgagggattgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_38720872_38722067
seq2: B6Ng01-038H19.b_46_1222

seq1  GAATTCTGATTTATAAGGCTGTCAGATTAGAGATTCTTGCCAAACATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGATTTATAAGGCTGTCAGATTAGAGATTCTTGCCAAACATGAC  50

seq1  TTAGAGAAGTCTATCCCCTCCCATTTATACTATCCATGTTTCTAAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGAAGTCTATCCCCTCCCATTTATACTATCCATGTTTCTAAAATAA  100

seq1  TAATAAAGGAAATATGAAAACTTATTCAATGATTATATCAAATAAGAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGGAAATATGAAAACTTATTCAATGATTATATCAAATAAGAAAG  150

seq1  ATGAATTAGAAATTACAAAGTCAGACAAATGAAAGTTCTTGGCACAGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTAGAAATTACAAAGTCAGACAAATGAAAGTTCTTGGCACAGCAA  200

seq1  AGAGCACTAATCAACACAGGAGAGCTATTTTATCATTATTATCTTTAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACTAATCAACACAGGAGAGCTATTTTATCATTATTATCTTTAAGT  250

seq1  ACAGAATTTCCAATCTCAGCAAGGTCATACCTTTTCAGGGGTCATGATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATTTCCAATCTCAGCAAGGTCATACCTTTTCAGGGGTCATGATAT  300

seq1  CAATTAAGCTTCGGTCATATGATAATTTTCTGGGAGCATTTTGCTGGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAGCTTCGGTCATATGATAATTTTCTGGGAGCATTTTGCTGGCCA  350

seq1  AGTTAGGGTCATTTCAGTTATGGTAATATCACAAAACACATTATGTCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGGTCATTTCAGTTATGGTAATATCACAAAACACATTATGTCTGT  400

seq1  CTTAAGTCAGTATTTAAAAGTATTCATTAAAAGTGTCTATTATGTCATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTCAGTATTTAAAAGTATTCATTAAAAGTGTCTATTATGTCATAA  450

seq1  AGCACAGTGATTATGTTTTTGAATTTAAATATCCAAGTATTATATTGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGTGATTATGTTTTTGAATTTAAATATCCAAGTATTATATTGTTG  500

seq1  CAAAGGTGATTGCAATGATGACTCCTTCCAGTGATTGAATGATTGAAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTGATTGCAATGATGACTCCTTCCAGTGATTGAATGATTGAAACC  550

seq1  ATTATAATTCGTTATATGTCTTCATTTTGTTTTTTTATTTTTTAAAGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATTCGTTATATGTCTTCATTTTGTTTTTTTATTTTTTAAAGCTT  600

seq1  AGGATTCCTTTTTAGACAGGATCTCTAAGGTCAGGTTGGCTCTAAACTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCCTTTTTAGACAGGATCTCTAAGGTCAGGTTGGCTCTAAACTAT  650

seq1  GTAGCTAAAGTTGGCTTTGAAATCAAAGTCTTAAGTCTTTGAAACCAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTAAAGTTGGCTTTGAAATCAAAGTCTTAAGTCTTTGAAACCAAAT  700

seq1  ACTTGAGGGGACAGTTTTCAACCAACAAATCTTTGGATTATGAAACAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGGGGACAGTTTTCAACCAACAAATCTTTGGATTATGAAACAGTC  750

seq1  CACCATACTTTGAATCATGTTAACAGTAATTTTTCTCTCTGTGTGTATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATACTTTGAATCATGTTAACAGTAATTTTTCTCTCTGTGTGTATGT  800

seq1  AAATGTATATATGTATGTATATATACATTTGGGTATTTGTGTATGCATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATATATGTATGTATATATACATTTGGGTATTTGTGTATGCATGT  850

seq1  CAGAGCATCTGTATGAAGATAAGTTCTCCTCTAATTTCCACTTGATAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCATCTGTATGAAGATAAGTTCTCCTCTAATTTCCACTTGATAATT  900

seq1  TTTGTAAGCTTTTGAGAATTTCATGTAAGTTTTTATCATATTCTCCTTCC  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAGCTTTTGAG-ATTTCATGTAAGTTTTTATCATATTCTCCTTCC  949

seq1  CCTCACCCCCCGCAAATGCTTCCCAGATCTACTCTTCCTTCCCTTTTCAC  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCCCCGCAAATGCTTCTCAGATCTACTCTTCCTTCCCTTTTCAC  999

seq1  TTAATAGCAGTCAAAACCAGCTTAGTCTGTCCAAATATTATTTTAGGTGT  1050
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTAATAGCAGTC-AAACCAGCTTAGTCTGTCCAAATATTATTTTAGGGGT  1048

seq1  ATCTTCAACTGGATTGTGATCTACGTAACATGGAGTTCCATTTCCACT-A  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  ATCTTCAACTGGATTGTGATCTACGTAACATGGAG-TCCATTTCCACTAA  1097

seq1  AGAGTTACCATTTCCTCTTTGGCTAAGGATGAAAGTTTATGTCCAGCTTC  1149
      |||| |||||||   ||| | ||||| |||||||| |||||| |||||||
seq2  AGAG-TACCATT---TCTCTAGCTAA-GATGAAAG-TTATGT-CAGCTTC  1140

seq1  CCTCTCCATGCTGAGATTTGGTATATCTTTGTCTTGCACAAGTCTTG  1196
      || ||||||||||||||   ||||    ||||||    |||||||||
seq2  CC-CTCCATGCTGAGAT---GTAT---CTTGTCT---GCAAGTCTTG  1177

seq1: chr4_38829339_38829582
seq2: B6Ng01-038H19.g_74_317 (reverse)

seq1  TACAATCCCTCACACCCATCTCCCTTCATTCCTCCCTTCTTGCACCCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCCCTCACACCCATCTCCCTTCATTCCTCCCTTCTTGCACCCAAT  50

seq1  TTTCTATTTTACTTTAGTTGGACATCAACAGACAAAATTTAAAAATGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTTACTTTAGTTGGACATCAACAGACAAAATTTAAAAATGGAG  100

seq1  TATACATGGTTTAATATATGGACATCCATCAGAGTAATCCACTACATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGGTTTAATATATGGACATCCATCAGAGTAATCCACTACATAAA  150

seq1  CAAACTCAAAGAAAAAAACCTACGTGATCATTTCATTAGATGCTGAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCAAAGAAAAAAACCTACGTGATCATTTCATTAGATGCTGAAAAG  200

seq1  CATTTGAGAAAATTCAGCATCCCTGCATGTCTTGAAAAAATAAG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGAAAATTCAGCATCCCTGCATGTCTTGAAAAAATAAG  244