BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-041E11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 88,110,600 - 88,253,972
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIfnb1, OTTMUSG00000007655, Ifna14, Ifna9, Mrpl48-ps, Ifna12
Upstream geneMllt3, BC057079, Ptplad2
Downstream geneC87499, Ifna13, LOC546834, OTTMUSG00000011275, Ifna2, Ifnab, LOC546835, Klhl9, LOC100040477, Ifnz, LOC100041062, EG545645, LOC668147, OTTMUSG00000011291, OTTMUSG00000011290, OTTMUSG00000011265, Ifnz, OTTMUSG00000011269, OTTMUSG00000011270, OTTMUSG00000011272, OTTMUSG00000011268, OTTMUSG00000011273, OTTMUSG00000011282, OTTMUSG00000011285, OTTMUSG00000011289, Ifna7, Ifna11, Ifna6, Ifna5, Ifna4, Ifna1, Ifne1, LOC100040617, Mtap, LOC625574, Cdkn2a, Cdkn2b, LOC664785
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-041E11.bB6Ng01-041E11.g
ACCDH867984DH867985
length1,161928
definitionDH867984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041E11, 5' end.DH867985|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-041E11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,110,600 - 88,111,762)(88,253,044 - 88,253,972)
sequence
gaattcaaagagaacacaaccaaacagctaataaaataaggaagttagca
caggatatgaaagtgcaatttaatacagagagatacggaaagacatgaaa
tattggaactgagaagttcagtaagtcaaatagtggaagggctcaacaat
aagacagatcaaaggaggacacgacatcaggtcccaggggagacaagtga
cttaaaactcagacaatggtgaagataagctaacatgaaagtacaaatag
aacacaggctatctatggacactatgaaagatcaaataacatgagctatg
agcataaaagtagaattgtatgctaaggacaaagagaataggtacagaag
caagcagaactccaaacaggcatggccagaaaagaacttcccccacagta
catccatgttaaaacactaaatatacagaacaaagagagaataattaaag
gtaaagtcacacttaaaagcagatctgtcagaataaaagcatattttttt
caacagaagctgaaaaagtaaggagagcatgaagtgatatgtttcaagat
ctaaaatacagtaactgctaatccagattctacacacagaagagactcat
tcacccaagaagccccaggaacaaacaaactgcactagatcaggagaaaa
agaacccacaaaatcctcatgttatcccccttcccccttttccctctgta
aaccccatatcccacccctttctccagccacccacccactcctgcctccc
tgctctagaattctgctatgctggagcatcaagtgttcagaggaccaagg
gcctcccctctagttgacggcagataaggccatcctctgccacatatgca
gctggagccatgggtttctccatgtgtattctttggttggtggtttagtc
ctccagagctctgggaggtctggctagttgatattgttcttcctatgggg
ttacaaaccctttcagcttctttagtccttcccctaagtcctccactggg
gtcctgtgatcagtccaatggttgcctgcaagcatcaccattctgtaatt
gttaggctctggcagactcctctggaaaccaatatattcagctcctgtca
gcaagccacttattgacatcaccatatgactcggatttggtactgcgatg
gatggaatacc
gaattctatttcctggcagatttcctccacatgcaaacagttttccccag
aaaaacagacatcattggaagacaacattcccatcagttctcatcataag
gaaggaaaaatgctctctggtccacagaggtcatgtcccctgaacaacag
ccagttaaatgtgcacaaaatggccatttgtgtcctttccttctagcctt
ctacaatgctgtttctctggagaaggaggagtctgtgtgcagtcccctta
gtagctattcacaaccaagctcacatctttttgatgattgagttaaatct
gtggtatgaactgtgaaactgatagaactacccctgagctagcaatgctg
aaaacgagcaactaaatccacagaagagattcatcacttttatggtcttt
tgatctgtaactttgagacttcaggtaacctgttccacaatggcacattg
tgaaaccatgtgccacttgctatgatgtgagtctgtgttccagggcaagg
gtattcttaattgatgcatacatagtaacccagttcttattcctattggg
gcaagatctgttctttacagggggcacagctcaacagaccagggcctctt
gacccatcagcccctttgggttcttcaggacacatgaaggaaggaagaca
atgtgcatctgtatgtagagctgctaagaaaatcgtagagcttcatcagc
tccttcttaagagtaagctgtcaattacaaattcctctctgatatgggtc
ctgccacttgactccatggtcaggaaaaagttgtcactgtctctatggat
gagaaatgtgctcagggacagacacttgtgatctgtatatttggggataa
tcaagtaatactaaagtgacctacaaatcttgtattgaagtagactgagg
gtggattatggttataggataaatttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_88110600_88111762
seq2: B6Ng01-041E11.b_47_1207

seq1  GAATTCAAAGAGAACACAACCAAACAGCTAATAAAATAAGGAAGTTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAGAACACAACCAAACAGCTAATAAAATAAGGAAGTTAGCA  50

seq1  CAGGATATGAAAGTGCAATTTAATACAGAGAGATACGGAAAGACATGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATATGAAAGTGCAATTTAATACAGAGAGATACGGAAAGACATGAAA  100

seq1  TATTGGAACTGAGAAGTTCAGTAAGTCAAATAGTGGAAGGGCTCAACAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGAACTGAGAAGTTCAGTAAGTCAAATAGTGGAAGGGCTCAACAAT  150

seq1  AAGACAGATCAAAGGAGGACACGACATCAGGTCCCAGGGGAGACAAGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAGATCAAAGGAGGACACGACATCAGGTCCCAGGGGAGACAAGTGA  200

seq1  CTTAAAACTCAGACAATGGTGAAGATAAGCTAACATGAAAGTACAAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACTCAGACAATGGTGAAGATAAGCTAACATGAAAGTACAAATAG  250

seq1  AACACAGGCTATCTATGGACACTATGAAAGATCAAATAACATGAGCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGGCTATCTATGGACACTATGAAAGATCAAATAACATGAGCTATG  300

seq1  AGCATAAAAGTAGAATTGTATGCTAAGGACAAAGAGAATAGGTACAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAAAAGTAGAATTGTATGCTAAGGACAAAGAGAATAGGTACAGAAG  350

seq1  CAAGCAGAACTCCAAACAGGCATGGCCAGAAAAGAACTTCCCCCACAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGAACTCCAAACAGGCATGGCCAGAAAAGAACTTCCCCCACAGTA  400

seq1  CATCCATGTTAAAACACTAAATATACAGAACAAAGAGAGAATAATTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGTTAAAACACTAAATATACAGAACAAAGAGAGAATAATTAAAG  450

seq1  GTAAAGTCACACTTAAAAGCAGATCTGTCAGAATAAAAGCATATTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTCACACTTAAAAGCAGATCTGTCAGAATAAAAGCATATTTTTTT  500

seq1  CAACAGAAGCTGAAAAAGTAAGGAGAGCATGAAGTGATATGTTTCAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGAAGCTGAAAAAGTAAGGAGAGCATGAAGTGATATGTTTCAAGAT  550

seq1  CTAAAATACAGTAACTGCTAATCCAGATTCTACACACAGAAGAGACTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATACAGTAACTGCTAATCCAGATTCTACACACAGAAGAGACTCAT  600

seq1  TCACCCAAGAAGCCCCAGGAACAAACAAACTGCACTAGATCAGGAGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAAGAAGCCCCAGGAACAAACAAACTGCACTAGATCAGGAGAAAA  650

seq1  AGAACCCACAAAATCCTCATGTTATCCCCCTTCCCCCTTTTCCCTCTGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCACAAAATCCTCATGTTATCCCCCTTCCCCCTTTTCCCTCTGTA  700

seq1  AACCCCATATCCCACCCCTTTCTCCAGCCACCCACCCACTCCTGCCTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCATATCCCACCCCTTTCTCCAGCCACCCACCCACTCCTGCCTCCC  750

seq1  TGCTCTAGAATTCTGCTATGCTGGAGCATCAAGTGTTCAGAGGACCAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTAGAATTCTGCTATGCTGGAGCATCAAGTGTTCAGAGGACCAAGG  800

seq1  GCCTCCCCTCTAGTTGACGGCAGATAAGGCCATCCTCTGCCACATATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCCTCTAGTTGACGGCAGATAAGGCCATCCTCTGCCACATATGCA  850

seq1  GCTGGAGCCATGGGTTTCTCCATGTGTATTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCCATGGGTTTCTCCATGTGTATTCTTTGGTTGGTGGTTTAGTC  900

seq1  CTCCAGAGCTCTGGGAGGTCTGGCTAGTTGATATTGTTCTTCCTATGGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAGCTCTGGGAGGTCTGGCTAGTTGATATTGTTCTTCCTATGGGG  950

seq1  TTACAAACCCTTTCAGCTCCTTTAGTCCTTCCCCTAAGTCCTCCACTGGG  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAACCCTTTCAGCTTCTTTAGTCCTTCCCCTAAGTCCTCCACTGGG  1000

seq1  GTCCTGTGATCAGTCCAATGGTTGCCTGCAAGCATCCACA-TCTGTATTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||
seq2  GTCCTGTGATCAGTCCAATGGTTGCCTGCAAGCATCACCATTCTGTAATT  1050

seq1  GTTAGGCTCTGGCAGAGCCTCTCGGGAGACAGATATATCAGGCTCCTGTC  1099
      |||||||||||||||| |  ||| ||| ||  ||||||   |||||||||
seq2  GTTAGGCTCTGGCAGA-CTCCTCTGGAAACCAATATATTCAGCTCCTGTC  1099

seq1  AGCAAG-CACTTATTGACATCAGCAATAGTGACT-GGATTTGGTATCTGC  1147
      |||||| ||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||| ||||
seq2  AGCAAGCCACTTATTGACATCA-CCATA-TGACTCGGATTTGGTA-CTGC  1146

seq1  AGATGGGATGAATACC  1163
       |||||   |||||||
seq2  -GATGGATGGAATACC  1161

seq1: chr4_88253044_88253972
seq2: B6Ng01-041E11.g_69_996 (reverse)

seq1  CCAAATTTATCCTATAACCATAATCCACCCTCAGTCTACTTCAATTACAA  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCAAATTTATCCTATAACCATAATCCACCCTCAGTCTACTTCAA-TACAA  49

seq1  GATTTGTAGGTCACTTTAGTATTACTTGATTATCCCCAAATATACAGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTAGGTCACTTTAGTATTACTTGATTATCCCCAAATATACAGATC  99

seq1  ACAAGTGTCTGTCCCTGAGCACATTTCTCATCCATAGAGACAGTGACAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGTCTGTCCCTGAGCACATTTCTCATCCATAGAGACAGTGACAAC  149

seq1  TTTTTCCTGACCATGGAGTCAAGTGGCAGGACCCATATCAGAGAGGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTGACCATGGAGTCAAGTGGCAGGACCCATATCAGAGAGGAATT  199

seq1  TGTAATTGACAGCTTACTCTTAAGAAGGAGCTGATGAAGCTCTACGATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTGACAGCTTACTCTTAAGAAGGAGCTGATGAAGCTCTACGATTT  249

seq1  TCTTAGCAGCTCTACATACAGATGCACATTGTCTTCCTTCCTTCATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCAGCTCTACATACAGATGCACATTGTCTTCCTTCCTTCATGTGT  299

seq1  CCTGAAGAACCCAAAGGGGCTGATGGGTCAAGAGGCCCTGGTCTGTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGAACCCAAAGGGGCTGATGGGTCAAGAGGCCCTGGTCTGTTGAG  349

seq1  CTGTGCCCCCTGTAAAGAACAGATCTTGCCCCAATAGGAATAAGAACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCCCTGTAAAGAACAGATCTTGCCCCAATAGGAATAAGAACTGG  399

seq1  GTTACTATGTATGCATCAATTAAGAATACCCTTGCCCTGGAACACAGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTATGTATGCATCAATTAAGAATACCCTTGCCCTGGAACACAGACT  449

seq1  CACATCATAGCAAGTGGCACATGGTTTCACAATGTGCCATTGTGGAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCATAGCAAGTGGCACATGGTTTCACAATGTGCCATTGTGGAACAG  499

seq1  GTTACCTGAAGTCTCAAAGTTACAGATCAAAAGACCATAAAAGTGATGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCTGAAGTCTCAAAGTTACAGATCAAAAGACCATAAAAGTGATGAA  549

seq1  TCTCTTCTGTGGATTTAGTTGCTCGTTTTCAGCATTGCTAGCTCAGGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTGTGGATTTAGTTGCTCGTTTTCAGCATTGCTAGCTCAGGGGT  599

seq1  AGTTCTATCAGTTTCACAGTTCATACCACAGATTTAACTCAATCATCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATCAGTTTCACAGTTCATACCACAGATTTAACTCAATCATCAAA  649

seq1  AAGATGTGAGCTTGGTTGTGAATAGCTACTAAGGGGACTGCACACAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTGAGCTTGGTTGTGAATAGCTACTAAGGGGACTGCACACAGACT  699

seq1  CCTCCTTCTCCAGAGAAACAGCATTGTAGAAGGCTAGAAGGAAAGGACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCTCCAGAGAAACAGCATTGTAGAAGGCTAGAAGGAAAGGACAC  749

seq1  AAATGGCCATTTTGTGCACATTTAACTGGCTGTTGTTCAGGGGACATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCCATTTTGTGCACATTTAACTGGCTGTTGTTCAGGGGACATGAC  799

seq1  CTCTGTGGACCAGAGAGCATTTTTCCTTCCTTATGATGAGAACTGATGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGACCAGAGAGCATTTTTCCTTCCTTATGATGAGAACTGATGGG  849

seq1  AATGTTGTCTTCCAATGATGTCTGTTTTTCTGGGGAAAACTGTTTGCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGTCTTCCAATGATGTCTGTTTTTCTGGGGAAAACTGTTTGCATG  899

seq1  TGGAGGAAATCTGCCAGGAAATAGAATTC  929
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAAATCTGCCAGGAAATAGAATTC  928