BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042I09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 7,489,302 - 7,611,782
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTox, LOC100039421, LOC666700
Downstream geneCar8, LOC100039494, LOC100039505, LOC100039478, Rab2, EG666752, LOC666760
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042I09.bB6Ng01-042I09.g
ACCDH868876DH868877
length1,0781,091
definitionDH868876|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I09, 5' end.DH868877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,489,302 - 7,490,386)(7,610,676 - 7,611,782)
sequence
gaattccagtcacagtgtaagtatagcagccatagagaacacacaggctg
tatgaacaagatggtgataaaccattaataaatttcgtgttaaggcttgg
gtcccctaaaaaagatgcctccatatgaatatttattttgaaacccttaa
atttcaaattccaaagtatttttgtccttagtatttgagaggaggaatgt
gtctcctatacaagagaaatcagcttcaagtgatttcacatggtttagtt
tctttattcatgaagaagataaaatagagatgtgctaagatcagagctaa
aagcagtggcagccacctcagttttcctcataattggatatctggaccac
aatgtggacacaaaaacacttacactagcagtagacatctttattactat
ggctccagaaactcaagattttgctttgggtctggtcatgacaaactctg
acactacttgaaagtcttggaatgtcttctgtcattgagagtaatcacaa
cttgatggacctcaacttcacctcacatattttagatgaatgcaactgat
aaactgttttgaaaagcagcttgtaagtaaatgtaatatctctgggtatt
tattatcaccctatcagcataccaaattagaactaaagctcttcagggat
gcttaatgcactgaagagaagatgtttctcaacacaaagggtgggcgcaa
atataaatagaaagaaacacaagatttgaatagacataacgaaagtgata
attaaatatgttctgaagcttctgaaataatcacaaaattttctccaaat
attcttaaatattttttctgctagcatagttgaaagctgatcatcataaa
aaggaatgacatcctgtcattcacagctacacacataaaaccagaggaca
ctgtaatgcaatgggctgaacacacaaggaccaatgtaacacattcttct
ttgtagaggggcacattgtagaggaaagagaagagatggggaggagaatt
gatatgagatcgaatcgccggaggtcacattgagtcccaacaggtatcaa
ctcttggctaagaaggatgagttgaaga

gaattccaaatgtgaacagcagtgtgggtacaagaacaatgcattatttt
cactttattcccttcattcctagctgaaaaagaatgatgtgcaccgatgc
tcaaagaacacagattcctcagcactggaagcccatacgtttaaaaatgc
agtagagcaatgtagattccactgtacagaaaatacaagtaactcttttc
tcatctagcctatactccaaactgttaaactctccacctctctgtctctg
tctctgtctctgtctctgtctctgtctctctgtctcttctctttctctct
ctttttgtgcatgtgtgtttatctataatttctcataacacaatgctaat
gggtgtttaaagaaacatgtcaagtattgaaacagaagttgaacttttag
ctacctacacatgtcattggtgttgttaagacagtagggattagctatat
gttcagcatgaatcaggtatcctgcagttccttgctaaattgctattgtt
ggttattatgtgaaaaagaaaagtgacttgggtccttaaatataagtgaa
tgttggagtgtttcatatgtgtttgtctattgctctttaatatttttaca
attagatcaagtctttgttgtcaatttagttctacacatttgcctgggtt
ttttagatccataaataagtgctttgtggttaaaatcatcaattttacca
tctagatattaaaaagaaatatatgcaattttggcaaggtgcccattaat
gtaacattcaagcaactgcattagttttgacacttgtaacattcatactg
tgttaatttaatttccagaagtacattagtatgagaactatactaggaac
agtatcttgaaatgagtaatatgaagatattatgaacctttttctagtta
cctttgtaactgttatattttagttggaaagccaaatggggtagatggaa
tagatacagctttaaacatgactggtctgctgctgagacagcttccttcc
cttatgtgggagatcatcacaaaacagttcaataagatagactcagttta
ccgctttctgtcagaagcattggtagagagtgatgatttac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_7489302_7490386
seq2: B6Ng01-042I09.b_44_1121

seq1  GAATTCCAGTCACAGTGTAAGTATAGCAGCCATAGAGAACACACAGGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCACAGTGTAAGTATAGCAGCCATAGAGAACACACAGGCTG  50

seq1  TATGAACAAGATGGTGATAAACCATTAATAAATTTCGTGTTAAGGCTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAAGATGGTGATAAACCATTAATAAATTTCGTGTTAAGGCTTGG  100

seq1  GTCCCCTAAAAAAGATGCCTCCATATGAATATTTATTTTGAAACCCTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTAAAAAAGATGCCTCCATATGAATATTTATTTTGAAACCCTTAA  150

seq1  ATTTCAAATTCCAAAGTATTTTTGTCCTTAGTATTTGAGAGGAGGAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAATTCCAAAGTATTTTTGTCCTTAGTATTTGAGAGGAGGAATGT  200

seq1  GTCTCCTATACAAGAGAAATCAGCTTCAAGTGATTTCACATGGTTTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTATACAAGAGAAATCAGCTTCAAGTGATTTCACATGGTTTAGTT  250

seq1  TCTTTATTCATGAAGAAGATAAAATAGAGATGTGCTAAGATCAGAGCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTCATGAAGAAGATAAAATAGAGATGTGCTAAGATCAGAGCTAA  300

seq1  AAGCAGTGGCAGCCACCTCAGTTTTCCTCATAATTGGATATCTGGACCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTGGCAGCCACCTCAGTTTTCCTCATAATTGGATATCTGGACCAC  350

seq1  AATGTGGACACAAAAACACTTACACTAGCAGTAGACATCTTTATTACTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGACACAAAAACACTTACACTAGCAGTAGACATCTTTATTACTAT  400

seq1  GGCTCCAGAAACTCAAGATTTTGCTTTGGGTCTGGTCATGACAAACTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCAGAAACTCAAGATTTTGCTTTGGGTCTGGTCATGACAAACTCTG  450

seq1  ACACTACTTGAAAGTCTTGGAATGTCTTCTGTCATTGAGAGTAATCACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACTTGAAAGTCTTGGAATGTCTTCTGTCATTGAGAGTAATCACAA  500

seq1  CTTGATGGACCTCAACTTCACCTCACATATTTTAGATGAATGCAACTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGGACCTCAACTTCACCTCACATATTTTAGATGAATGCAACTGAT  550

seq1  AAACTGTTTTGAAAAGCAGCTTGTAAGTAAATGTAATATCTCTGGGTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTTTTGAAAAGCAGCTTGTAAGTAAATGTAATATCTCTGGGTATT  600

seq1  TATTATCACCCTATCAGCATACCAAATTAGAACTAAAGCTCTTCAGGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCACCCTATCAGCATACCAAATTAGAACTAAAGCTCTTCAGGGAT  650

seq1  GCTTAATGCACTGAAGAGAAGATGTTTCTCAACACAAAGGGTGGGCGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATGCACTGAAGAGAAGATGTTTCTCAACACAAAGGGTGGGCGCAA  700

seq1  ATATAAATAGAAAGAAACACAAGATTTGAATAGACATAACGAAAGTGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATAGAAAGAAACACAAGATTTGAATAGACATAACGAAAGTGATA  750

seq1  ATTAAATATGTTCTGAAGCTTCTGAAATAATCACAAAATTTTCTCCAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATGTTCTGAAGCTTCTGAAATAATCACAAAATTTTCTCCAAAT  800

seq1  ATTCTTAAATATTTTTTCTGCTAGCATAGTTGAAAGCTGATCATCATAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAAATATTTTTTCTGCTAGCATAGTTGAAAGCTGATCATCATAAA  850

seq1  AAGGAATGACATCCTGTCATTCACAGCTACACACATAAAACCAGAGGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATGACATCCTGTCATTCACAGCTACACACATAAAACCAGAGGACA  900

seq1  CTGTAATGCAATGGGCTGAACACACAAGGACCAATGTAACACATTCTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATGCAATGGGCTGAACACACAAGGACCAATGTAACACATTCTTCT  950

seq1  TTGTAGA-GGGCACATTGTTAGAGGAAAAGAGAAGAGATGGGGAGGAGAA  999
      ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAGGGGCACATTG-TAGAGG-AAAGAGAAGAGATGGGGAGGAGAA  998

seq1  ATGATATGAGATCAGATACAGCGGAGGTCACATATGAGGTCCAACAGGTA  1049
       |||||||||||| ||  |  |||||||||||| ||||  ||||||||||
seq2  TTGATATGAGATC-GAATCGCCGGAGGTCACAT-TGAGTCCCAACAGGTA  1046

seq1  TCAAACTCTTGCACAAAGAAGGATTGAGTTTGAAGA  1085
      || ||||||||  | |||||||| |||| |||||||
seq2  TC-AACTCTTG-GCTAAGAAGGA-TGAG-TTGAAGA  1078


seq1: chr4_7610676_7611782
seq2: B6Ng01-042I09.g_67_1157 (reverse)

seq1  GTAAATCATCAACTCTCTACCAATGCTTCTTGAACAGAAAGCGGGTAAAA  50
      |||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| |||||| 
seq2  GTAAATCATC-ACTCTCTACCAATGCTTCT--GACAGAAAGC-GGTAAA-  45

seq1  CCTGAGTCTATCTTTATTGAACTGTTTTGTGATTGATCTCCCACATAAGG  100
       ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  -CTGAGTCTATC-TTATTGAACTGTTTTGTGA-TGATCTCCCACATAA-G  91

seq1  GGAAGGAAGCCTGTTCTCAGCAGCAGACCAGTCATGTTTAAAAGCTGTAT  150
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGAAGGAAG-CTG-TCTCAGCAGCAGACCAGTCATGTTT-AAAGCTGTAT  138

seq1  CTTATTCCATTCTACCCCATTTGGCTTTCCAACTAAAATATAAACAGTTA  200
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  C-TATTCCA-TCTACCCCATTTGGCTTTCCAACTAAAATAT-AACAGTTA  185

seq1  CAAAGGTAACTAGAAAAAAGGTTCATAATATCTTCATATTACTCATTTCA  250
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTAACTAG-AAAAAGGTTCATAATATCTTCATATTACTCATTTCA  234

seq1  AGATACTGTTCCTAGTATAGTTCTCATACTAATGTACTTCTGGAAATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTGTTCCTAGTATAGTTCTCATACTAATGTACTTCTGGAAATTAA  284

seq1  ATTAACACAGTATGAATGTTACAAGTGTCAAAACTAATGCAGTTGCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACACAGTATGAATGTTACAAGTGTCAAAACTAATGCAGTTGCTTGA  334

seq1  ATGTTACATTAATGGGCACCTTGCCAAAATTGCATATATTTCTTTTTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACATTAATGGGCACCTTGCCAAAATTGCATATATTTCTTTTTAAT  384

seq1  ATCTAGATGGTAAAATTGATGATTTTAACCACAAAGCACTTATTTATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGATGGTAAAATTGATGATTTTAACCACAAAGCACTTATTTATGGA  434

seq1  TCTAAAAAACCCAGGCAAATGTGTAGAACTAAATTGACAACAAAGACTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAAACCCAGGCAAATGTGTAGAACTAAATTGACAACAAAGACTTG  484

seq1  ATCTAATTGTAAAAATATTAAAGAGCAATAGACAAACACATATGAAACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATTGTAAAAATATTAAAGAGCAATAGACAAACACATATGAAACAC  534

seq1  TCCAACATTCACTTATATTTAAGGACCCAAGTCACTTTTCTTTTTCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACATTCACTTATATTTAAGGACCCAAGTCACTTTTCTTTTTCACAT  584

seq1  AATAACCAACAATAGCAATTTAGCAAGGAACTGCAGGATACCTGATTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCAACAATAGCAATTTAGCAAGGAACTGCAGGATACCTGATTCAT  634

seq1  GCTGAACATATAGCTAATCCCTACTGTCTTAACAACACCAATGACATGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACATATAGCTAATCCCTACTGTCTTAACAACACCAATGACATGTG  684

seq1  TAGGTAGCTAAAAGTTCAACTTCTGTTTCAATACTTGACATGTTTCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGCTAAAAGTTCAACTTCTGTTTCAATACTTGACATGTTTCTTTA  734

seq1  AACACCCATTAGCATTGTGTTATGAGAAATTATAGATAAACACACATGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCCATTAGCATTGTGTTATGAGAAATTATAGATAAACACACATGCA  784

seq1  CAAAAAGAGAGAGAAAGAGAAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGAGAGAGAAAGAGAAGAGACAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAG  834

seq1  ACAGAGACAGAGACAGAGAGGTGGAGAGTTTAACAGTTTGGAGTATAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGAGACAGAGAGGTGGAGAGTTTAACAGTTTGGAGTATAGGC  884

seq1  TAGATGAGAAAAGAGTTACTTGTATTTTCTGTACAGTGGAATCTACATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAGAAAAGAGTTACTTGTATTTTCTGTACAGTGGAATCTACATTG  934

seq1  CTCTACTGCATTTTTAAACGTATGGGCTTCCAGTGCTGAGGAATCTGTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTGCATTTTTAAACGTATGGGCTTCCAGTGCTGAGGAATCTGTGT  984

seq1  TCTTTGAGCATCGGTGCACATCATTCTTTTTCAGCTAGGAATGAAGGGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGCATCGGTGCACATCATTCTTTTTCAGCTAGGAATGAAGGGAA  1034

seq1  TAAAGTGAAAATAATGCATTGTTCTTGTACCCACACTGCTGTTCACATTT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGAAAATAATGCATTGTTCTTGTACCCACACTGCTGTTCACATTT  1084

seq1  GGAATTC  1107
      |||||||
seq2  GGAATTC  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |