BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042I20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 54,315,251 - 54,407,200
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041197, Slc44a1, Fsd1l, LOC666483, Fcmd, Tal2, LOC435784, Tmem38b, LOC670124, LOC100041280
Downstream geneLOC666901, LOC100041303, LOC384018, EG666920, Zfp462, LOC670211, Rad23b, LOC666953
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042I20.bB6Ng01-042I20.g
ACCDH868898DH868899
length1,2231,105
definitionDH868898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I20, 5' end.DH868899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,405,958 - 54,407,200)(54,315,251 - 54,316,359)
sequence
gaattcttttgtataccttcaaagtcttaagtcggcttttgagcaacaca
caacatcatagttcagttcatgtagacctagctaggctgtttgtagtctg
tgttattcatgtgcagttctggagacaatgactcatttgacatggataga
cagaatttatgtacacagaaattatggccttttctgcttgtctcttttcc
agtattttctccacttttcacttctaataactaaagttttactgtgatct
ttagggaaggcctattaaaacttccccacatgagtagcacaaacttcatt
ttgttttctaactctctctctctctctctctctctctctctctctcacac
acacacacacacacatgaggaaaaccatcaattcctgctcccctttccca
aatgcttacttacttcccattggcatctacctgtttgttgacttgttcat
tcctccacctgtcagtaactgaccctttcttttttattttggaatttcta
gatgttagctgtctaaaatgagcatattgtagtagaagcaagtaaaaccc
ccaaaggctacagatgatgagttttcatttctaagtttccttttcttttc
tcttaagaggtgatacttctcacgcacatctcagggacaccaggcctctc
tgaattccaatccagttctctgagtttctacaaagggaactcttgctaac
tagagttgcctcgttagcctcaaacactcacagaaaattgcacctgagct
cacactgaataagatgactatggctctaggggacagcagagcccaggagc
caattaagccccaggtaaggaaaggattttcttcagttcactgatggaca
ccataaacagagacattggcccccgtgcatttaatgtggtcccacagttt
cttcttcagtgtaaacaaggaaccttggctggaaggactgttctagcaga
gctggggagagctttctgctttcagggcttcatgttttgccaacttgctc
atctgtgattccctggcactgggaaaaatgactttttgtagttaataggt
gtttgtgacgttccctgtattcctttggaaagggagttcagacttactag
cttcaccccatcattcactcttgagagctcacaattccaacaagtaagct
ttctatgataacacagggagtgagcgtgatataacggttgacacttcact
tggaagatcgctctctcagtaca
gaattcaagaggcccaaagagcaaaatgaataacttggaattcctctgtg
attgtgattcctagcttcgatgggtctttcaggtagtattcagggagaac
ttacttattccacacaccctgaggactcacagaaatgatagccttctatt
agtttccagtaatagaggttgataataacaataaataatcacaataaata
tttatataatgatccctatgcagcaagaatttgagctgtgagcacctacc
tgtaacacatagtgactagaaaataataatgtaccctgccctcattgaaa
atatattagagacaataagacatggacccagataggactcaccaaagctg
gttaaaggacagccagcatcaccaactcaaacagaagtgaactataaaca
ttttcagataaacgataataaaacttgtcagtaatagacccactcaatca
gaaatgctaaaggaggttataaaaactgaacattacaaatagcaatggag
aaaaaccttcaaaggaagccagagatgtcaaatgtataggcaaatagaaa
ggattgtctttacttcattccaggtagcttgactgtgtgtctctgcagta
ctcctaggtggaaaaatgaaacagggtagcagaagcccacatgtctctaa
agaaagacaacttgaacatgtcatgtgtccatggtacacatataatttgc
cagtggagactttccccatcaaaaactgggagagattttgatccagttaa
gtcagcaaagaactcaaggatttttctctgatagaatcccagagtcccag
ttcacttacaactagaagagtctaaatgggcaagatgccagtcccacctg
ctccaaacatccttattagacagcagagtcaagtgttgaaaggattagaa
agcagtctgggaattcattagagttggaagaaggctcagctctgggcaag
ttttcttcaaccctacagtgtgctgaggaatggtgtgtgattcaagaaca
atatccatcgtagtacatgttaagggccagtctaagatgctgaagaattt
tggaatttgtattagttgcatagtagagatcttacatgtattgttcttgg
tatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_54405958_54407200
seq2: B6Ng01-042I20.b_43_1265 (reverse)

seq1  TGTACTGAGAGAAGCAGATCTCAAGAGTGAGAGTTAGCTCAGATACGTTT  50
      ||||||||||| ||| |||||    ||||| |||    |||   ||  ||
seq2  TGTACTGAGAG-AGC-GATCTTCCAAGTGA-AGT---GTCA---ACCGTT  41

seq1  TAATCACAGCTCAAACTCTCCTGTGTTATCATAGATAGCTTTACTTTGTG  100
        ||||| ||||  |||| |||||||||||||||| ||| ||||||  ||
seq2  ATATCAC-GCTC--ACTC-CCTGTGTTATCATAGAAAGC-TTACTTGTTG  86

seq1  TTGAATTGTAGACTTCTCAAGAGTGAAATGAT-GGGTGAAGCTAGTTAAG  149
        ||||||| ||  ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||
seq2  --GAATTGT-GAGCTCTCAAGAGTG-AATGATGGGGTGAAGCTAG-TAAG  131

seq1  TCTGAACTCCTTTTCAAAAGGAATACAGGGAACGTCACAAACACCTATTA  199
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACTCCCTTTCCAAAGGAATACAGGGAACGTCACAAACACCTATTA  181

seq1  ACTACAAAGAGTCATATCTCCCAGTGCCAGGGAATCACAGATGAGCAAGT  249
      |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAAAAAGTCATTTTTCCCAGTGCCAGGGAATCACAGATGAGCAAGT  231

seq1  TGGCAAAACATGAAGCCCTGAAAGCAGAAAGCTCTCCCCAGCTCCTGCTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGCAAAACATGAAGCCCTGAAAGCAGAAAGCTCTCCCCAGCT-CTGCTA  280

seq1  GAACAGTCCTTCCAGCCAAGGTTCCTTGTTTACACTGAAGAAGAAACTGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTCCTTCCAGCCAAGGTTCCTTGTTTACACTGAAGAAGAAACTGT  330

seq1  GGGACCCACATTAAATGCACGGGGGCCAATGTCTCTGTTTATGGTGTCCA  399
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGA-CCACATTAAATGCACGGGGGCCAATGTCTCTGTTTATGGTGTCCA  379

seq1  TCAGTGAACTGAAGAAAATCCTTTCCTTACCTGGGGCTTAATTGGCTCCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAACTGAAGAAAATCCTTTCCTTACCTGGGGCTTAATTGGCTCCT  429

seq1  GGGCTCTGCTGTCCCCTAGAGCCATAGTCATCTTATTCAGTGTGAGCTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGCTGTCCCCTAGAGCCATAGTCATCTTATTCAGTGTGAGCTCA  479

seq1  GGTGCAATTTTCTGTGAGTGTTTGAGGCTAACGAGGCAACTCTAGTTAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAATTTTCTGTGAGTGTTTGAGGCTAACGAGGCAACTCTAGTTAGC  529

seq1  AAGAGTTCCCTTTGTAGAAACTCAGAGAACTGGATTGGAATTCAGAGAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTCCCTTTGTAGAAACTCAGAGAACTGGATTGGAATTCAGAGAGG  579

seq1  CCTGGTGTCCCTGAGATGTGCGTGAGAAGTATCACCTCTTAAGAGAAAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGTCCCTGAGATGTGCGTGAGAAGTATCACCTCTTAAGAGAAAAG  629

seq1  AAAAGGAAACTTAGAAATGAAAACTCATCATCTGTAGCCTTTGGGGGTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAAACTTAGAAATGAAAACTCATCATCTGTAGCCTTTGGGGGTTT  679

seq1  TACTTGCTTCTACTACAATATGCTCATTTTAGACAGCTAACATCTAGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCTTCTACTACAATATGCTCATTTTAGACAGCTAACATCTAGAAA  729

seq1  TTCCAAAATAAAAAAGAAAGGGTCAGTTACTGACAGGTGGAGGAATGAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAATAAAAAAGAAAGGGTCAGTTACTGACAGGTGGAGGAATGAAC  779

seq1  AAGTCAACAAACAGGTAGATGCCAATGGGAAGTAAGTAAGCATTTGGGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAACAAACAGGTAGATGCCAATGGGAAGTAAGTAAGCATTTGGGAA  829

seq1  AGGGGAGCAGGAATTGATGGTTTTCCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGCAGGAATTGATGGTTTTCCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  879

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTAGAAAACAAAATGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTAGAAAACAAAATGAA  929

seq1  GTTTGTGCTACTCATGTGGGGAAGTTTTAATAGGCCTTCCCTAAAGATCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGCTACTCATGTGGGGAAGTTTTAATAGGCCTTCCCTAAAGATCA  979

seq1  CAGTAAAACTTTAGTTATTAGAAGTGAAAAGTGGAGAAAATACTGGAAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAACTTTAGTTATTAGAAGTGAAAAGTGGAGAAAATACTGGAAAA  1029

seq1  GAGACAAGCAGAAAAGGCCATAATTTCTGTGTACATAAATTCTGTCTATC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAGCAGAAAAGGCCATAATTTCTGTGTACATAAATTCTGTCTATC  1079

seq1  CATGTCAAATGAGTCATTGTCTCCAGAACTGCACATGAATAACACAGACT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAAATGAGTCATTGTCTCCAGAACTGCACATGAATAACACAGACT  1129

seq1  ACAAACAGCCTAGCTAGGTCTACATGAACTGAACTATGATGTTGTGTGTT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAGCCTAGCTAGGTCTACATGAACTGAACTATGATGTTGTGTGTT  1179

seq1  GCTCAAAAGCCGACTTAAGACTTTGAAGGTATACAAAAGAATTC  1243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAAGCCGACTTAAGACTTTGAAGGTATACAAAAGAATTC  1223

seq1: chr4_54315251_54316359
seq2: B6Ng01-042I20.g_66_1170

seq1  GAATTCAAGAGGCCCAAAGAGCAAAATGAATAACTTGGAATTCCTCTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGGCCCAAAGAGCAAAATGAATAACTTGGAATTCCTCTGTG  50

seq1  ATTGTGATTCCTAGCTTCGATGGGTCTTTCAGGTAGTATTCAGGGAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGATTCCTAGCTTCGATGGGTCTTTCAGGTAGTATTCAGGGAGAAC  100

seq1  TTACTTATTCCACACACCCTGAGGACTCACAGAAATGATAGCCTTCTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTATTCCACACACCCTGAGGACTCACAGAAATGATAGCCTTCTATT  150

seq1  AGTTTCCAGTAATAGAGGTTGATAATAACAATAAATAATCACAATAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCAGTAATAGAGGTTGATAATAACAATAAATAATCACAATAAATA  200

seq1  TTTATATAATGATCCCTATGCAGCAAGAATTTGAGCTGTGAGCACCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATAATGATCCCTATGCAGCAAGAATTTGAGCTGTGAGCACCTACC  250

seq1  TGTAACACATAGTGACTAGAAAATAATAATGTACCCTGCCCTCATTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACACATAGTGACTAGAAAATAATAATGTACCCTGCCCTCATTGAAA  300

seq1  ATATATTAGAGACAATAAGACATGGACCCAGATAGGACTCACCAAAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTAGAGACAATAAGACATGGACCCAGATAGGACTCACCAAAGCTG  350

seq1  GTTAAAGGACAGCCAGCATCACCAACTCAAACAGAAGTGAACTATAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGGACAGCCAGCATCACCAACTCAAACAGAAGTGAACTATAAACA  400

seq1  TTTTCAGATAAACGATAATAAAACTTGTCAGTAATAGACCCACTCAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGATAAACGATAATAAAACTTGTCAGTAATAGACCCACTCAATCA  450

seq1  GAAATGCTAAAGGAGGTTATAAAAACTGAACATTACAAATAGCAATGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTAAAGGAGGTTATAAAAACTGAACATTACAAATAGCAATGGAG  500

seq1  AAAAACCTTCAAAGGAAGCCAGAGATGTCAAATGTATAGGCAAATAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCTTCAAAGGAAGCCAGAGATGTCAAATGTATAGGCAAATAGAAA  550

seq1  GGATTGTCTTTACTTCATTCCAGGTAGCTTGACTGTGTGTCTCTGCAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTCTTTACTTCATTCCAGGTAGCTTGACTGTGTGTCTCTGCAGTA  600

seq1  CTCCTAGGTGGAAAAATGAAACAGGGTAGCAGAAGCCCACATGTCTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGGTGGAAAAATGAAACAGGGTAGCAGAAGCCCACATGTCTCTAA  650

seq1  AGAAAGACAACTTGAACATGTCATGTGTCCATGGTACACATATAATTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACAACTTGAACATGTCATGTGTCCATGGTACACATATAATTTGC  700

seq1  CAGTGGAGACTTTCCCCATCAAAAACTGGGAGAGATTTTGATCCAGTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAGACTTTCCCCATCAAAAACTGGGAGAGATTTTGATCCAGTTAA  750

seq1  GTCAGCAAAGAACTCAAGGATTTTTCTCTGATAGAATCCCAGAGTCCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAAAGAACTCAAGGATTTTTCTCTGATAGAATCCCAGAGTCCCAG  800

seq1  TTCACTTACAACTAGAAGAGTCTAAATGGGCAAGATGCCAGTCCCACCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTACAACTAGAAGAGTCTAAATGGGCAAGATGCCAGTCCCACCTG  850

seq1  CTCCAAACATCCTTATTAGACAGCAGAGTCAAGTGTTGAAAGGATTAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAACATCCTTATTAGACAGCAGAGTCAAGTGTTGAAAGGATTAGAA  900

seq1  AGCAGTCTGGGAATTCATTAGAGTTGGAAGAAGGCTCAGCTCTGGGCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCTGGGAATTCATTAGAGTTGGAAGAAGGCTCAGCTCTGGGCAAG  950

seq1  TTTTCTTCAACCCTACAGGTGTGCTGAGGAATGGTGTGTGATTCAAGAAC  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCAACCCTACA-GTGTGCTGAGGAATGGTGTGTGATTCAAGAAC  999

seq1  AATATCCAATCGTAGTACATGTTAAGGGCCAGTCTAAAGATGCTGAAG-A  1049
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  AATATCC-ATCGTAGTACATGTTAAGGGCCAGTCT-AAGATGCTGAAGAA  1047

seq1  TTTTGGAATTTGTATTAAGTTTGCATAGTAGGAGATCTTACATGTATTG-  1098
      |||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  TTTTGGAATTTGTATTA--GTTGCATAGTA-GAGATCTTACATGTATTGT  1094

seq1  TCTTGGTATGA  1109
      |||||||||||
seq2  TCTTGGTATGA  1105