BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-042O23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 131,271,606 - 131,414,483
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtpru, Mecr
Upstream genePum1, Sdc3, Laptm5, Matn1, LOC622681, LOC100041575, Gm831, EG664832, LOC100039799
Downstream geneSfrs4, EG664865, EG623230, Epb4.1, LOC666480, LOC100039835, Oprd1, LOC664894, Ythdf2, LOC664903, Gmeb1, Rnu11, Taf12, 9530096D07Rik, LOC100039864, Trspap1, Rcc1, Snhg3, Phactr4, Med18, Sesn2, Atpif1, Dnajc8, Ptafr, Eya3, Xkr8, Smpdl3b, Rpa2, BC013712, LOC100039917, Ppp1r8, Stx12
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-042O23.bB6Ng01-042O23.g
ACCDH869152DH869153
length1,0161,069
definitionDH869152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042O23, 5' end.DH869153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-042O23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,413,469 - 131,414,483)(131,271,606 - 131,272,670)
sequence
gaattcagtaacactctggctgcttacttgctgagggatttcatgtaaca
gctcacctctctgggtctgttccctcgctgatgaaaaggaagactgaaca
ttctgtagtcagcctctggcatccctgctctccatatggatgagcagtta
ggtgagtcaggggaggtgaagcctgggtcagaacttgttggcctgggctt
gggtacttaatccctaacaagggccctttctgcatccctctgaagatgtg
acccttgcagagaggatgcctgcaaaggcgctcatgctagtggaagtgct
gagcagaactattaccactgagttcagcactttattgaaaacagtggcta
tgtttgtctcccatggctttgtgtccccaaagcttagcatagctcaacac
atttttgctgtgtgacaacattctagccctagctctgggaaatgtgacca
gcacttcttacagtgtgtcctctgagggttttctaggaacccatcgaaca
tctttttacttaagagcagtaagagccactcagttagagcctgtcactgc
ccccagggaccctctctccaccatgtgtgccagcaagtccccaagtcctt
tgagccaggattttggtgcaccccagtgggaagaccctggcttgctcccc
cagcttgtaggttcctacctggctgcagctgttcaaagtccaccaacatc
ctgtaggctgtgcaggggttgacacctagggtggcagcgctctggagagg
aatgtccttagggattccaatcagtgcttcctcactgaacaccgcctcag
tccgccaggttcctgaatcacgatgagcagggtagtgagagaggagccct
gcacacccaggcccctctccttgatacaaggacatcgaggagagcagact
tggggaggaaagaacaaagctcatggtgttcaagtccttcgtgaacagtt
acatgtccggggatgtaaataataaagcaattttaattaaggtttgaaag
tcatagcctggggggg
gaattccaaggacatcccatggcttctaagacagaccatcccagaagttt
gacatttagtgaaaatcttcaaagctgcttttgccagcttagatgacaga
caggcaagcacacaggcaggcagatagataaccagacagacagagggatg
gacaggcagacagatggatggatggactgacagatagacagggaggcagg
caggcagagacagacaggacttggtttacagtagtgagcacagaagatac
cgtggcaggaaacgggccacagtacttcagggattgtccctaaggctcag
tttcaccgtgttccacaagaggcacacgctgctttcagaatgatctcggt
aggtaaaagctgactgcgtatcagagggtggtggcacacacccgtaacct
agcactcatgaggctgagctagaaagatcatggtttgctctcggtgtgac
atttgtacccctccaaacctcatcattaacagcattaccagatccatgct
cataggagttgggacaccatcatcttcatgccacatgagcaggagcagag
gctacattggcctccaatgaaggtgagcctagtgcccctcctagggccag
aggacaccagcagccactgtcatggtcatgctcttgcagccctgagagtt
ggggaccagacaggaaagtcaaggcatggccaggcttcaggaggcccgtg
tctggtccccaagcttgttggctttctgaattggatcctctgcactcttc
ctgaaaaggcacaaaatcaaaacaaaatgatttccctaagctgggctgca
gaggaatcccctggggaggggaagaggcaggaaggtgtctaagttcccac
ccaagattctgatagttctcacttagtgtatcttggaggagcctggagtt
tgtttgggggcactggggtcagaacccaagcctctgtgcatactagacaa
gccctccacccactgagcttatccccagctcagttttttaaaaacagtaa
gcacaaggctgggggttggattcctgatcatcctgcttcaaggttcaaac
tggcgggattaaaggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_131413469_131414483
seq2: B6Ng01-042O23.b_49_1064 (reverse)

seq1  CCCCCCCAGGCTATGACTTTCAAAACCTAATTTAAATTGCTTTATTATTT  50
      |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||
seq2  CCCCCCCAGGCTATGACTTTCAAACCTTAATTAAAATTGCTTTATTA-TT  49

seq1  TACATCACCGTACATGTAACTGTTCACG-AGGACTTGAACACCATGAGCT  99
      |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCCCGGACATGTAACTGTTCACGAAGGACTTGAACACCATGAGCT  99

seq1  TTGTTCTTTCCT-CCCAAGTCTGCTCTCCTCGATGTCCTTGTATCAAGGA  148
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTTCCTCCCCAAGTCTGCTCTCCTCGATGTCCTTGTATCAAGGA  149

seq1  GAGGGGCCTGGGTGTGCAGGGCTCCTCTCTCACTACCCTGCTCATCCTGA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGGGGCCTGGGTGTGCAGGGCTCCTCTCTCACTACCCTGCTCATCGTGA  199

seq1  TTCAGGAACCTGGCGGACTGAGGCGGTGTTCAGTGAGGAAGCACTGATTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAACCTGGCGGACTGAGGCGGTGTTCAGTGAGGAAGCACTGATTG  249

seq1  GAATCCCTAAGGACATTCCTCTCCAGAGCGCTGCCACCCTAGGTGTCAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCTAAGGACATTCCTCTCCAGAGCGCTGCCACCCTAGGTGTCAAC  299

seq1  CCCTGCACAGCCTACAGGATGTTGGTGGACTTTGAACAGCTGCAGCCAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCACAGCCTACAGGATGTTGGTGGACTTTGAACAGCTGCAGCCAGG  349

seq1  TAGGAACCTACAAGCTGGGGGAGCAAGCCAGGGTCTTCCCACTGGGGTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACCTACAAGCTGGGGGAGCAAGCCAGGGTCTTCCCACTGGGGTGC  399

seq1  ACCAAAATCCTGGCTCAAAGGACTTGGGGACTTGCTGGCACACATGGTGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATCCTGGCTCAAAGGACTTGGGGACTTGCTGGCACACATGGTGG  449

seq1  AGAGAGGGTCCCTGGGGGCAGTGACAGGCTCTAACTGAGTGGCTCTTACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGTCCCTGGGGGCAGTGACAGGCTCTAACTGAGTGGCTCTTACT  499

seq1  GCTCTTAAGTAAAAAGATGTTCGATGGGTTCCTAGAAAACCCTCAGAGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTAAGTAAAAAGATGTTCGATGGGTTCCTAGAAAACCCTCAGAGGA  549

seq1  CACACTGTAAGAAGTGCTGGTCACATTTCCCAGAGCTAGGGCTAGAATGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTAAGAAGTGCTGGTCACATTTCCCAGAGCTAGGGCTAGAATGT  599

seq1  TGTCACACAGCAAAAATGTGTTGAGCTATGCTAAGCTTTGGGGACACAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACACAGCAAAAATGTGTTGAGCTATGCTAAGCTTTGGGGACACAAA  649

seq1  GCCATGGGAGACAAACATAGCCACTGTTTTCAATAAAGTGCTGAACTCAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGGAGACAAACATAGCCACTGTTTTCAATAAAGTGCTGAACTCAG  699

seq1  TGGTAATAGTTCTGCTCAGCACTTCCACTAGCATGAGCGCCTTTGCAGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATAGTTCTGCTCAGCACTTCCACTAGCATGAGCGCCTTTGCAGGC  749

seq1  ATCCTCTCTGCAAGGGTCACATCTTCAGAGGGATGCAGAAAGGGCCCTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTCTGCAAGGGTCACATCTTCAGAGGGATGCAGAAAGGGCCCTTG  799

seq1  TTAGGGATTAAGTACCCAAGCCCAGGCCAACAAGTTCTGACCCAGGCTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGATTAAGTACCCAAGCCCAGGCCAACAAGTTCTGACCCAGGCTTC  849

seq1  ACCTCCCCTGACTCACCTAACTGCTCATCCATATGGAGAGCAGGGATGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCTGACTCACCTAACTGCTCATCCATATGGAGAGCAGGGATGCC  899

seq1  AGAGGCTGACTACAGAATGTTCAGTCTTCCTTTTCATCAGCGAGGGAACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTGACTACAGAATGTTCAGTCTTCCTTTTCATCAGCGAGGGAACA  949

seq1  GACCCAGAGAGGTGAGCTGTTACATGAAATCCCTCAGCAAGTAAGCAGCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGAGAGGTGAGCTGTTACATGAAATCCCTCAGCAAGTAAGCAGCC  999

seq1  AGAGTGTTACTGAATTC  1015
      |||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTTACTGAATTC  1016

seq1: chr4_131271606_131272670
seq2: B6Ng01-042O23.g_66_1134

seq1  GAATTCCAAGGACATCCCATGGCTTCTAAGACAGACCATCCCAGAAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGACATCCCATGGCTTCTAAGACAGACCATCCCAGAAGTTT  50

seq1  GACATTTAGTGAAAATCTTCAAAGCTGCTTTTGCCAGCTTAGATGACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTAGTGAAAATCTTCAAAGCTGCTTTTGCCAGCTTAGATGACAGA  100

seq1  CAGGCAAGCACACAGGCAGGCAGATAGATAACCAGACAGACAGAGGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAGCACACAGGCAGGCAGATAGATAACCAGACAGACAGAGGGATG  150

seq1  GACAGGCAGACAGATGGATGGATGGACTGACAGATAGACAGGGAGGCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCAGACAGATGGATGGATGGACTGACAGATAGACAGGGAGGCAGG  200

seq1  CAGGCAGAGACAGACAGGACTTGGTTTACAGTAGTGAGCACAGAAGATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGAGACAGACAGGACTTGGTTTACAGTAGTGAGCACAGAAGATAC  250

seq1  CGTGGCAGGAAACGGGCCACAGTACTTCAGGGATTGTCCCTAAGGCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCAGGAAACGGGCCACAGTACTTCAGGGATTGTCCCTAAGGCTCAG  300

seq1  TTTCACCGTGTTCCACAAGAGGCACACGCTGCTTTCAGAATGATCTCGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCGTGTTCCACAAGAGGCACACGCTGCTTTCAGAATGATCTCGGT  350

seq1  AGGTAAAAGCTGACTGCGTATCAGAGGGTGGTGGCACACACCCGTAACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAAGCTGACTGCGTATCAGAGGGTGGTGGCACACACCCGTAACCT  400

seq1  AGCACTCATGAGGCTGAGCTAGAAAGATCATGGTTTGCTCTCGGTGTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCATGAGGCTGAGCTAGAAAGATCATGGTTTGCTCTCGGTGTGAC  450

seq1  ATTTGTACCCCTCCAAACCTCATCATTAACAGCATTACCAGATCCATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTACCCCTCCAAACCTCATCATTAACAGCATTACCAGATCCATGCT  500

seq1  CATAGGAGTTGGGACACCATCATCTTCATGCCACATGAGCAGGAGCAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGAGTTGGGACACCATCATCTTCATGCCACATGAGCAGGAGCAGAG  550

seq1  GCTACATTGGCCTCCAATGAAGGTGAGCCTAGTGCCCCTCCTAGGGCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATTGGCCTCCAATGAAGGTGAGCCTAGTGCCCCTCCTAGGGCCAG  600

seq1  AGGACACCAGCAGCCACTGTCATGGTCATGCTCTTGCAGCCCTGAGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCAGCAGCCACTGTCATGGTCATGCTCTTGCAGCCCTGAGAGTT  650

seq1  GGGGACCAGACAGGAAAGTCAAGGCATGGCCAGGCTTCAGGAGGCCCGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACCAGACAGGAAAGTCAAGGCATGGCCAGGCTTCAGGAGGCCCGTG  700

seq1  TCTGGTCCCCAAGCTTGTTGGCTTTCTGAATTGGATCCTCTGCACTCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCCCCAAGCTTGTTGGCTTTCTGAATTGGATCCTCTGCACTCTTC  750

seq1  CTGAAAAGGCACAAAATCAAAACAAAATGATTTCCCTAAGCTGGGCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGGCACAAAATCAAAACAAAATGATTTCCCTAAGCTGGGCTGCA  800

seq1  GAGGAATCCCCTGGGGAGGGGAAGAGGCAGGAAGGTGTCTAAGTTCCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATCCCCTGGGGAGGGGAAGAGGCAGGAAGGTGTCTAAGTTCCCAC  850

seq1  CCAAGATTCTGATAGTTCTCACTTAGTGTATCTTGGAGGAGCCTGGAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATTCTGATAGTTCTCACTTAGTGTATCTTGGAGGAGCCTGGAGTT  900

seq1  TGTTTGGGGGCACTGGGGTCAGAACCCAAGCCTCTGTGCATACTAGACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGGGGCACTGGGGTCAGAACCCAAGCCTCTGTGCATACTAGACAA  950

seq1  GCCCTCCA-CCACTGAGCTATATCCCCAGCTCAGTTTTTTAAAAACAGT-  998
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCCTCCACCCACTGAGCT-TATCCCCAGCTCAGTTTTTTAAAAACAGTA  999

seq1  AGCAC-AGGCT-GGGGTTGGATTCTTGGTCATCCTGCTTCAA-GCTCAGA  1045
      ||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||| | ||| |
seq2  AGCACAAGGCTGGGGGTTGGATTCCTGATCATCCTGCTTCAAGGTTCAAA  1049

seq1  CTGGCGGGATTAGAGGTGTG  1065
      |||||||||||| |||||||
seq2  CTGGCGGGATTAAAGGTGTG  1069