BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044N02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 132,244,327 - 132,430,616
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEya3, Xkr8, Smpdl3b, Rpa2, BC013712, LOC100039917, Ppp1r8, Stx12
Upstream genePtpru, Mecr, Sfrs4, EG664865, EG623230, Epb4.1, LOC666480, LOC100039835, Oprd1, LOC664894, Ythdf2, LOC664903, Gmeb1, Rnu11, Taf12, 9530096D07Rik, LOC100039864, Trspap1, Rcc1, Snhg3, Phactr4, Med18, Sesn2, Atpif1, Dnajc8, Ptafr
Downstream geneOTTMUSG00000010099, BC008163, Fgr, Ahdc1, LOC100041932, Wasf2, Gpr3, Cd164l2, Fcnc-ps, Map3k6, Sytl1, D4Ertd196e, LOC100041990, LOC100042018, Wdtc1, Slc9a1, 4732473B16Rik, 2300002D11Rik, 1810019J16Rik, Nudc, Nr0b2, Gpatch3, Atpbd1b, Sfn, Zdhhc18, LOC545683, Pigv, Arid1a, Rps6ka1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044N02.bB6Ng01-044N02.g
ACCDH870462DH870463
length1,1491,127
definitionDH870462|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044N02, 5' end.DH870463|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,244,327 - 132,245,492)(132,429,489 - 132,430,616)
sequence
gaattctgttcttagtggaggttttcttgctggctttcccctggagaact
ttgtgctgctcaatttggtccttctggtgggtggctgcagcaggaaccgt
gtttccctgcttgtcgtgagagagaagagttcagaactgatgcctggcaa
cactgactactaccctgtcacctgagcaaagccatgtgctatttcctaat
cactgaagtttgagcttagaacctgatagattctgtttttacaaaaatat
gtaaaatttaaagacattctaagtagttatttgatagaatacatttttac
ctgaccagatgagattttttaatcttctgagtctttgagggtttattgat
aaagtttctaaataacaaatcatagtggtgttaaaattttttattacatt
tgtgtgtgtgtgtacgaacaccgcaatacacgtgtgaaggtcagaggaca
gctcgaagtcagagctctccttccactatgtggaccccaggcctctctgc
ctcaggttctcaggttagcaccaggcagcattacctgctaagccatcctg
ctggtcctcatagtgctttctgacccacactaataacccattattttgaa
tatagccgttgtaagcattttagaggtgggggagttagctttatttctca
atgtaagtatgtccctcagcagagacataattcggggcaaatggccataa
acaataccacaacatcggactcaccagagctctacagactgtcacgtcac
gtgcaggggagtcattcttcagcttctagaaaagactaggatgatttgac
ttagtgctgacttcactggtgtggtgcgtcagtgtgagctgtgatgcatc
cgtctaggacttcccatagactcaaattgaagcaaatcctccagggtttt
gtttgtaatcaagccccactgtggtattgcatgcaaaacagtgtttgctt
tttaaaaagttgttaatggatttatgtatatggtgttttgttctctatgt
ctgggtatcatatggatgcctggtaccacatggccagaatggaggcctga
attacatggcagattagtcatctcatgggtctagaacttgaacaaggttt
ctggagagacgcagtactctaaactgagccattctgcaggttccagcat
gaattctagttatggcatgctgttcataactcaacagtagcttgccattt
aattaaaatctcattataattgcacaaggtcctctataacctggcttccc
actacctctttggccagtacttatctcttgctcactcagctttagcagta
ccacaccattggctccccttttgaggactttgccctagttaattactctc
tttgcccggactaccccctctttataagtgccttgccctgcctggcattt
tctttaggtctgtccattgtttccttatgtggccactcatgtgagtgagt
accctctgcctactccttcacctccacttccgtttattccctttggtagg
attgttatcaccttgtgtttttgttatccaccctccagatcgtaagcttc
cggaagcaagtgccacctagtgtataggacaatgtggagtaagcactgtt
ctctgagtgaacaagtcaggcctgtcactcttgggctgcttctgctcaca
tgatgcaggcgcatgctgaagccttacagcgctgcttaaggtcaaataga
agcctgccagtaaccacagtgtctgcatagtaagtgctcagtgctcctgt
ctgcaccgcccctcgttttgaaacaaggtttcatgtgactaaggttggaa
gtctttctctcatgtgagtttctgggttcaaactcaggtgtcagacttta
cagcggatgtctttatccgctaagctgtccaactggaaccagaaggatag
atttttaaactccaaacttgtagtaagtggacatccttgttgcttagctc
tggaagcactgcatatgtgttccctgtatgatggtgacagttagacaaca
gcactggcttgtcacttgcttgactaagcctgttcttctgtagtgtggtg
gcagaacgacactttgacatatccagagggaacaggaaagttgcttgcca
cagaggagctacctttgtctatgcagtgttatctgttgaaattctgcttg
caacttaaaaatgggtttcttttgtttcaccctgccccacaagataagtg
aaaagttgaagaaggaaggaaagggctcgccatagctggtatacacgacc
tggcagaataggtgccagcctttaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_132244327_132245492
seq2: B6Ng01-044N02.b_44_1192

seq1  GAATTCTGTTCTTAGTGGAGGTTTTCTTGCTGGCTTTCCCCTGGAGAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTCTTAGTGGAGGTTTTCTTGCTGGCTTTCCCCTGGAGAACT  50

seq1  TTGTGCTGCTCAATTTGGTCCTTCTGGTGGGTGGCTGCAGCAGGAACCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTGCTCAATTTGGTCCTTCTGGTGGGTGGCTGCAGCAGGAACCGT  100

seq1  GTTTCCCTGCTTGTCGTGAGAGAGAAGAGTTCAGAACTGATGCCTGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCTGCTTGTCGTGAGAGAGAAGAGTTCAGAACTGATGCCTGGCAA  150

seq1  CACTGACTACTACCCTGTCACCTGAGCAAAGCCATGTGCTATTTCCTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGACTACTACCCTGTCACCTGAGCAAAGCCATGTGCTATTTCCTAAT  200

seq1  CACTGAAGTTTGAGCTTAGAACCTGATAGATTCTGTTTTTACAAAAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAGTTTGAGCTTAGAACCTGATAGATTCTGTTTTTACAAAAATAT  250

seq1  GTAAAATTTAAAGACATTCTAAGTAGTTATTTGATAGAATACATTTTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTTAAAGACATTCTAAGTAGTTATTTGATAGAATACATTTTTAC  300

seq1  CTGACCAGATGAGATTTTTTAATCTTCTGAGTCTTTGAGGGTTTATTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAGATGAGATTTTTTAATCTTCTGAGTCTTTGAGGGTTTATTGAT  350

seq1  AAAGTTTCTAAATAACAAATCATAGTGGTGTTAAAATTTTTTATTACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTCTAAATAACAAATCATAGTGGTGTTAAAATTTTTTATTACATT  400

seq1  TGTGTGTGTGTGTACGAACACCGCAATACACGTGTGAAGGTCAGAGGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTACGAACACCGCAATACACGTGTGAAGGTCAGAGGACA  450

seq1  GCTCGAAGTCAGAGCTCTCCTTCCACTATGTGGACCCCAGGCCTCTCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGAAGTCAGAGCTCTCCTTCCACTATGTGGACCCCAGGCCTCTCTGC  500

seq1  CTCAGGTTCTCAGGTTAGCACCAGGCAGCATTACCTGCTAAGCCATCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTTCTCAGGTTAGCACCAGGCAGCATTACCTGCTAAGCCATCCTG  550

seq1  CTGGTCCTCATAGTGCTTTCTGACCCACACTAATAACCCATTA-TTTGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGGTCCTCATAGTGCTTTCTGACCCACACTAATAACCCATTATTTTGAA  600

seq1  TATAGCCGTTGTAAGCATTTTAGAGGTGGGGGAGTTAGCTTTATTTCTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCGTTGTAAGCATTTTAGAGGTGGGGGAGTTAGCTTTATTTCTCA  650

seq1  ATGTAAGTATGTCCCTCAGCAGAGACATAATTCGGGGCAAATGGCCATAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGTATGTCCCTCAGCAGAGACATAATTCGGGGCAAATGGCCATAA  700

seq1  ACAATACCACAACATCGGACTCACCAGAGCTCTACAGACTGTCACGTCAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACCACAACATCGGACTCACCAGAGCTCTACAGACTGTCACGTCAC  750

seq1  GTGCAGGGGAGTCATTCTTCAGCTTCTAGAAAAGACTAGGATGATTTGAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGGGAGTCATTCTTCAGCTTCTAGAAAAGACTAGGATGATTTGAC  800

seq1  TTAGTGCTGACTTCACTGGTGTGGTGCGTCAGTGTGAGCTGTGATGCATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCTGACTTCACTGGTGTGGTGCGTCAGTGTGAGCTGTGATGCATC  850

seq1  CGTCTAGGACTTCCCATAGACTCAAATTGAAGCAAATCCTCCAGGGTTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTAGGACTTCCCATAGACTCAAATTGAAGCAAATCCTCCAGGGTTTT  900

seq1  GTTTGTAATCAAGCCCCACTGTGGTATTGCATGCAAAACAAGTGTTTGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  GTTTGTAATCAAGCCCCACTGTGGTATTGCATGCAAAAC-AGTGTTTGC-  948

seq1  TTTTTAAAAAGTTGTTAATGGATTTTATGTATATGGTGTTTTGTTTCTTC  999
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||
seq2  TTTTTAAAAAGTTGTTAATGGA-TTTATGTATATGGTGTTTTGTT--CTC  995

seq1  TATGTCTGTGTATCATATGTATGCCTGGTACCACAGAGGCCAGAAGGAGG  1049
      |||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |  |
seq2  TATGTCTGGGTATCATATGGATGCCTGGTACCACA-TGGCCAGAATGGAG  1044

seq1  GCCTGGAGTTACAT-GCAGTTTTGAGTCATCATATGGGTGCTAGAACTTG  1098
      |||| || |||||| |||| ||  |||||||  |||||| ||||||||||
seq2  GCCT-GAATTACATGGCAGATT--AGTCATCTCATGGGT-CTAGAACTTG  1090

seq1  AACCCAGGTTTTCTGGAAGAGCAGCCAGTACTCTTTAACAACTGAGCCAT  1148
      ||  || | ||||||| |||| |  |||||||||     |||||||||||
seq2  AA--CAAGGTTTCTGG-AGAG-ACGCAGTACTCT----AAACTGAGCCAT  1132

seq1  CTCTCCAGCTTCCAGCAT  1166
       ||| ||| |||||||||
seq2  -TCTGCAGGTTCCAGCAT  1149

seq1: chr4_132429489_132430616
seq2: B6Ng01-044N02.g_67_1193 (reverse)

seq1  GATTAAAGGCCTGCACCATCACTGCCAGGCTGGTGTTTA-CAGCTGATGG  49
      ||||||||||  |||||    |||||||| | |||| || ||||| ||||
seq2  GATTAAAGGCTGGCACCTATTCTGCCAGG-TCGTGTATACCAGCT-ATGG  48

seq1  CGCAGCCTTTCCTTCCTTCTCCA--CTCTCACTTATCTTGTGGGGCAGGG  97
      ||   ||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCCCTTTCCTTCCTTCTTCAACTTTTCACTTATCTTGTGGGGCAGGG  98

seq1  TGAAAACAAAGGAAACCCATTTTTAAGTTGC-AGCAGAATTTCAACAGAT  146
      || ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TG-AAACAAAAGAAACCCATTTTTAAGTTGCAAGCAGAATTTCAACAGAT  147

seq1  AACACTGCATAGACAAAGGTAGCTCCTCTGTGGCAAGCACCTTTCCTGTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACACTGCATAGACAAAGGTAGCTCCTCTGTGGCAAGCAACTTTCCTGTT  197

seq1  CCCTCTGGATAATGTCAAAGTGTCGTTCCTGCCACCACACTACAGAAGAA  246
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGGAT-ATGTCAAAGTGTCGTT-CTGCCACCACACTACAGAAGAA  245

seq1  CAGGCTTAGTCAAGCAAGTGACAAGCCAGTGCTGTTGTCTAACTGTCACC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTAGTCAAGCAAGTGACAAGCCAGTGCTGTTGTCTAACTGTCACC  295

seq1  ATCATACAGGGAACACATATGCAGTGCTTCCAGAGCTAAGCAACAAGGAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACAGGGAACACATATGCAGTGCTTCCAGAGCTAAGCAACAAGGAT  345

seq1  GTCCACTTACTACAAGTTTGGAGTTTAAAAATCTATCCTTCTGGTTCCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTTACTACAAGTTTGGAGTTTAAAAATCTATCCTTCTGGTTCCAG  395

seq1  TTGGACAGCTTAGCGGATAAAGACATCCGCTGTAAAGTCTGACACCTGAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAGCTTAGCGGATAAAGACATCCGCTGTAAAGTCTGACACCTGAG  445

seq1  TTTGAACCCAGAAACTCACATGAGAGAAAGACTTCCAACCTTAGTCACAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACCCAGAAACTCACATGAGAGAAAGACTTCCAACCTTAGTCACAT  495

seq1  GAAACCTTGTTTCAAAACGAGGGGCGGTGCAGACAGGAGCACTGAGCACT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTTGTTTCAAAACGAGGGGCGGTGCAGACAGGAGCACTGAGCACT  545

seq1  TACTATGCAGACACTGTGGTTACTGGCAGGCTTCTATTTGACCTTAAGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGCAGACACTGTGGTTACTGGCAGGCTTCTATTTGACCTTAAGCA  595

seq1  GCGCTGTAAGGCTTCAGCATGCGCCTGCATCATGTGAGCAGAAGCAGCCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGTAAGGCTTCAGCATGCGCCTGCATCATGTGAGCAGAAGCAGCCC  645

seq1  AAGAGTGACAGGCCTGACTTGTTCACTCAGAGAACAGTGCTTACTCCACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGACAGGCCTGACTTGTTCACTCAGAGAACAGTGCTTACTCCACA  695

seq1  TTGTCCTATACACTAGGTGGCACTTGCTTCCGGAAGCTTACGATCTGGAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTATACACTAGGTGGCACTTGCTTCCGGAAGCTTACGATCTGGAG  745

seq1  GGTGGATAACAAAAACACAAGGTGATAACAATCCTACCAAAGGGAATAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATAACAAAAACACAAGGTGATAACAATCCTACCAAAGGGAATAAA  795

seq1  CGGAAGTGGAGGTGAAGGAGTAGGCAGAGGGTACTCACTCACATGAGTGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAGTGGAGGTGAAGGAGTAGGCAGAGGGTACTCACTCACATGAGTGG  845

seq1  CCACATAAGGAAACAATGGACAGACCTAAAGAAAATGCCAGGCAGGGCAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAAGGAAACAATGGACAGACCTAAAGAAAATGCCAGGCAGGGCAA  895

seq1  GGCACTTATAAAGAGGGGGTAGTCCGGGCAAAGAGAGTAATTAACTAGGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTATAAAGAGGGGGTAGTCCGGGCAAAGAGAGTAATTAACTAGGG  945

seq1  CAAAGTCCTCAAAAGGGGAGCCAATGGTGTGGTACTGCTAAAGCTGAGTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCCTCAAAAGGGGAGCCAATGGTGTGGTACTGCTAAAGCTGAGTG  995

seq1  AGCAAGAGATAAGTACTGGCCAAAGAGGTAGTGGGAAGCCAGGTTATAGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAGATAAGTACTGGCCAAAGAGGTAGTGGGAAGCCAGGTTATAGA  1045

seq1  GGACCTTGTGCAATTATAATGAGATTTTAATTAAATGGCAAGCTACTGTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTTGTGCAATTATAATGAGATTTTAATTAAATGGCAAGCTACTGTT  1095

seq1  GAGTTATGAACAGCATGCCATAACTAGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATGAACAGCATGCCATAACTAGAATTC  1127