BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047B21
Chromosome4 (Build37)
Map Location 124,157,733 - 124,279,966
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700057H15Rik, LOC100039332
Upstream geneMacf1, LOC100039110, Ndufs5, 6330407G11Rik, Rhbdl2, LOC667064, Mycbp, Rragc
Downstream genePou3f1, Utp11l, Fhl3, Sf3a3, LOC664991, Inpp5b, LOC100039433, Mtf1, Yrdc, Gm50, Epha10, Cdca8, 9930104L06Rik, Rspo1, Gnl2, Dnali1, Snip1, 2310005N01Rik, Zc3h12a, LOC100039298, Grik3, Ftl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047B21.bB6Ng01-047B21.g
ACCDH872066DH872067
length1,1001,017
definitionDH872066|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047B21, 5' end.DH872067|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047B21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,157,733 - 124,158,849)(124,278,931 - 124,279,966)
sequence
gaattctcctccagtggttaattcaatcttaatagacgctgatttttttt
ttctcccagaagagaagggaacaatacatctttagaacgggtttataagt
gtcatgatttttctactaatttacgctgcattctctgctttaaaatgtga
aattacctcattgtgtctctgaatatcctccatgcttgggcctgaaatta
agctcgtcggagaggagcctaaatgaccacaatttgctgtgtgaaatgcc
ctgattgcaagagcaatcccaagcaatccccagccccagcgcagcccagc
tcacttgagctgattggccttccctcttggctttgccaaatacacctggt
gctacctgctgtgggggaaggggtgtcagggaagtcacccgccaggccaa
tctagccactccctgtccccacaagcagacaaccggctgtcttctggctc
atctcccaggatccaaagagcatatgcttcttgctcagacacccaaactt
ctgtccaataaacagcgctcacaggtaagtatgaacttcaatctccaggc
cactttggaccaagctttcagggacatcatgatcacctttattcttttgg
gagattctgtgatctcatctcttctcctaggtcttagcctatcgtgaaat
gtcatccacaacatgctaggcctttggcatcagcctttggccactttggc
atctgtatgcagactcctcaagttcaaaggccagcactataacatgctat
ctgcgtgactgggtaaactacgcatgtctctgggtctctgttttcctcct
ctgacttggaaacactcagaaaaagagaagtcaacaggattgattaatcg
aaggcaacagagagctgaacagtttgatgggcctgtgttctacatatcta
gatgtggaaggattctactatctacacacccttcagtagaaagtcatata
tgatagtgtgcctgtgcggggtgcatgtgcacacgcgcgtgcacatacac
aaagccagaggatacttatattgttgttcatcagaaggcatcataatttt
gaagacaggtctatcatgactggggttccagttactagctagacagctgg

gaattctcttagtggggactgtgtgtcccagtgtgcgcagggcaggcagg
gaagcaaagtgtgaagtattggtttggggaagaccgacttaaagtgggtt
tcattaggttggattgcaaagcagggtggggagatccaacttagaagtta
ccttttactgatggtgtgcagagctcactgtccataaatgcacatgtgcc
gtctcattgattccgtaaaagagcctgggcctgcctgcccccattttaat
ttgagtttcaaagatcttgtgtgacttgacttagatcataggattagtaa
ctaaaagagtctggcctcggactcaggccatccgacttcagactctacct
cattcatcatgtttctgataatacaagtgacactttagtgggccttagac
taaggtagaggtgacaaaggttgagaggaggaacaaaggacattgggtca
acaaaaccttagatatgtgtgcatcagtcagaaaccacaccagggcagca
gttatctatcatttatctattagataccagtccacctattatctatcaac
ctatgtatctgtctatctgtctatttatctgtctacctaacctacctacc
tacctacctacctacctacctacctacctacctattatctatctatctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatcatctacctaccta
cctacctacctacctatattgtctgtgatttttttgttgttgttttgttt
tttgtttgtttgtttgtttgagacagggtttctctgtgtagccctggctg
tcctggaactcactttgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatctgc
ctgcctctgcctctcgagtgctgggattaaggcgtgccgccaccatgcct
gcttcttgtctgttttgtgccgggattgactcagacttcgtgtctactag
tgatagttacactgagcatacctcacttctatcatcttttagagtacctt
tggctgagtctagacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_124157733_124158849
seq2: B6Ng01-047B21.b_42_1141

seq1  GAATTCTCCTCCAGTGGTTAATTCAATCTTAATAGACGCTGATTTTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTCCAGTGGTTAATTCAATCTTAATAGACGCTGATTTTTTTT  50

seq1  TTCTCCCAGAAGAGAAGGGAACAATACATCTTTAGAACGGGTTTATAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCAGAAGAGAAGGGAACAATACATCTTTAGAACGGGTTTATAAGT  100

seq1  GTCATGATTTTTCTACTAATTTACGCTGCATTCTCTGCTTTAAAATGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGATTTTTCTACTAATTTACGCTGCATTCTCTGCTTTAAAATGTGA  150

seq1  AATTACCTCATTGTGTCTCTGAATATCCTCCATGCTTGGGCCTGAAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACCTCATTGTGTCTCTGAATATCCTCCATGCTTGGGCCTGAAATTA  200

seq1  AGCTCGTCGGAGAGGAGCCTAAATGACCACAATTTGCTGTGTGAAATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGTCGGAGAGGAGCCTAAATGACCACAATTTGCTGTGTGAAATGCC  250

seq1  CTGATTGCAAGAGCAATCCCAAGCAATCCCCAGCCCCAGCGCAGCCCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGCAAGAGCAATCCCAAGCAATCCCCAGCCCCAGCGCAGCCCAGC  300

seq1  TCACTTGAGCTGATTGGCCTTCCCTCTTGGCTTTGCCAAATACACCTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGAGCTGATTGGCCTTCCCTCTTGGCTTTGCCAAATACACCTGGT  350

seq1  GCTACCTGCTGTGGGGGAAGGGGTGTCAGGGAAGTCACCCGCCAGGCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTGCTGTGGGGGAAGGGGTGTCAGGGAAGTCACCCGCCAGGCCAA  400

seq1  TCTAGCCACTCCCTGTCCCCACAAGCAGACAACCGGCTGTCTTCTGGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCACTCCCTGTCCCCACAAGCAGACAACCGGCTGTCTTCTGGCTC  450

seq1  ATCTCCCAGGATCCAAAGAGCATATGCTTCTTGCTCAGACACCCAAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCAGGATCCAAAGAGCATATGCTTCTTGCTCAGACACCCAAACTT  500

seq1  CTGTCCAATAAACAGCGCTCACAGGTAAGTATGAACTTCAATCTCCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAATAAACAGCGCTCACAGGTAAGTATGAACTTCAATCTCCAGGC  550

seq1  CACTTTGGACCAAGCTTTCAGGGACATCATGATCACCTTTATTCTTTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGGACCAAGCTTTCAGGGACATCATGATCACCTTTATTCTTTTGG  600

seq1  GAGATTCTGTGATCTCATCTCTTCTCCTAGGTCTTAGCCTATCGTGAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTCTGTGATCTCATCTCTTCTCCTAGGTCTTAGCCTATCGTGAAAT  650

seq1  GTCATCCACAACATGCTAGGCCTTTGGCATCAGCCTTTGGCCACTTTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCACAACATGCTAGGCCTTTGGCATCAGCCTTTGGCCACTTTGGC  700

seq1  ATCTGTATGCAGACTCCTCAAGTTCAAAGGCCAGCACTATAACATGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTATGCAGACTCCTCAAGTTCAAAGGCCAGCACTATAACATGCTAT  750

seq1  CTGCGTGACTGGGTAAACTACGCATGTCTCTGGGTCTCTGTTTTCCTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGTGACTGGGTAAACTACGCATGTCTCTGGGTCTCTGTTTTCCTCCT  800

seq1  CTGACTTGGAAACACTCAGAAAAAGAGAAGTCAACAGGATTGATTAATCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTGGAAACACTCAGAAAAAGAGAAGTCAACAGGATTGATTAATCG  850

seq1  AAGGCAACAGAGAGCTGAACAGTTTGATGGGCCTGTGTTCTACATATCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAACAGAGAGCTGAACAGTTTGATGGGCCTGTGTTCTACATATCTA  900

seq1  GATGTGGAAGGATTCTAACTATTCTAACACACCCTTCAAGTAGAAAAGTT  950
      |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||   |
seq2  GATGTGGAAGGATTCT-ACTA-TCT-ACACACCCTTC-AGTAGAAA--GT  944

seq1  CATATAATGATAAGTGTGCCTGTGC-GTGTGCATGTGCACACGCGCGTGC  999
      ||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  CATAT-ATGAT-AGTGTGCCTGTGCGGGGTGCATGTGCACACGCGCGTGC  992

seq1  ACATACACAAAGCCCAGAGGATAACTTATA-TGTTGTTCATCAGAAGCCA  1048
      |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  ACATACACAAAG-CCAGAGGAT-ACTTATATTGTTGTTCATCAGAAGGCA  1040

seq1  TCCATATTTTTG-AGACAAGGTCTATCATTGGACTGGGGTTCCCCAGTTA  1097
      | |||| ||||| |||| |||||||||||  ||||||||||  |||||||
seq2  T-CATAATTTTGAAGAC-AGGTCTATCAT--GACTGGGGTT--CCAGTTA  1084

seq1  ACCTAGGCTAGACCAGCTGG  1117
        ||| |||||| |||||||
seq2  --CTA-GCTAGA-CAGCTGG  1100

seq1: chr4_124278931_124279966
seq2: B6Ng01-047B21.g_66_1082 (reverse)

seq1  GTGTCTACGACCTCAGGCAAAGTGTACTCTAAAAGATTGATAGAAGTGAG  50
      ||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGTCTA-GA-CTCAGCCAAAG-GTACTCTAAAAGA-TGATAGAAGTGAG  46

seq1  GTATTGCTCAGTGGTAAACTATTCACTTAGTAGACACGAGGTTCTGAGTC  100
      ||| |||||||||   ||||| |||| |||||||||||| | ||||||||
seq2  GTA-TGCTCAGTG--TAACTA-TCAC-TAGTAGACACGAAG-TCTGAGTC  90

seq1  AATCCCCGGCACCAAAAAACAGACAAGAAGCCAGGCATGGTGGC-GCACG  149
      ||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AAT-CCCGGCAC---AAAACAGACAAGAAG-CAGGCATGGTGGCGGCACG  135

seq1  CCTTTAATCCCAGCACTCGAGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCG  199
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-TTAATCCCAGCACTCGAGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCG  184

seq1  AGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAG  234

seq1  AGAAACCCTGTCTCAAACAAACAAACAAACAAAAAACAAAACAACAACAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCTGTCTCAAACAAACAAACAAACAAAAAACAAAACAACAACAA  284

seq1  AAAAATCACAGACAATATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGATGATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
seq2  AAAAATCACAGACAATATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGAT----  330

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  380

seq1  TAATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTAGGTTA  430

seq1  GGTAGACAGATAAATAGACAGATAGACAGATACATAGGTTGATAGATAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACAGATAAATAGACAGATAGACAGATACATAGGTTGATAGATAAT  480

seq1  AGGTGGACTGGTATCTAATAGATAAATGATAGATAACTGCTGCCCTGGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGACTGGTATCTAATAGATAAATGATAGATAACTGCTGCCCTGGTG  530

seq1  TGGTTTCTGACTGATGCACACATATCTAAGGTTTTGTTGACCCAATGTCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTGACTGATGCACACATATCTAAGGTTTTGTTGACCCAATGTCC  580

seq1  TTTGTTCCTCCTCTCAACCTTTGTCACCTCTACCTTAGTCTAAGGCCCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCCTCCTCTCAACCTTTGTCACCTCTACCTTAGTCTAAGGCCCAC  630

seq1  TAAAGTGTCACTTGTATTATCAGAAACATGATGAATGAGGTAGAGTCTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGTCACTTGTATTATCAGAAACATGATGAATGAGGTAGAGTCTGA  680

seq1  AGTCGGATGGCCTGAGTCCGAGGCCAGACTCTTTTAGTTACTAATCCTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGATGGCCTGAGTCCGAGGCCAGACTCTTTTAGTTACTAATCCTAT  730

seq1  GATCTAAGTCAAGTCACACAAGATCTTTGAAACTCAAATTAAAATGGGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAAGTCAAGTCACACAAGATCTTTGAAACTCAAATTAAAATGGGGG  780

seq1  CAGGCAGGCCCAGGCTCTTTTACGGAATCAATGAGACGGCACATGTGCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGCCCAGGCTCTTTTACGGAATCAATGAGACGGCACATGTGCAT  830

seq1  TTATGGACAGTGAGCTCTGCACACCATCAGTAAAAGGTAACTTCTAAGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGACAGTGAGCTCTGCACACCATCAGTAAAAGGTAACTTCTAAGTT  880

seq1  GGATCTCCCCACCCTGCTTTGCAATCCAACCTAATGAAACCCACTTTAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTCCCCACCCTGCTTTGCAATCCAACCTAATGAAACCCACTTTAAG  930

seq1  TCGGTCTTCCCCAAACCAATACTTCACACTTTGCTTCCCTGCCTGCCCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCTTCCCCAAACCAATACTTCACACTTTGCTTCCCTGCCTGCCCTG  980

seq1  CGCACACTGGGACACACAGTCCCCACTAAGAGAATTC  1036
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACTGGGACACACAGTCCCCACTAAGAGAATTC  1017