BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-049D11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 155,448,961 - 155,604,793
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9430015G10Rik, EG667357, Agrn, LOC100038882, AW011738, LOC677185, 2310042D19Rik, Plekhn1, Klhl17
Upstream geneRer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik, Ssu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l, Pusl1, Centb5, Ube2j2, C1qdc2, B3galt6, Sdf4, LOC100043436, Tnfrsf4, Tnfrsf18, Ttll10
Downstream geneLOC100042378
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-049D11.bB6Ng01-049D11.g
ACCDH873543DH873544
length9721,051
definitionDH873543|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049D11, 5' end.DH873544|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-049D11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,448,961 - 155,449,942)(155,603,730 - 155,604,793)
sequence
gaattctgggattgagttaaacaaggggagatttgcctggacacactgaa
cccagaagccctgagccatgccacaattaagatgtttagtctttcctttc
ctacacggactatcttggacaagcctcagtccccatctgtatcaagaaaa
caccgatatatcggcttctggaggaaccatacagggtacccatacttttc
tcctttcttctttttttttctaagacaaatccctagtaaggtgggaagca
agaagcaaaaagttactctgagcaattgaagcagcaggtagctaaagtta
aaatgcttttctaaagaagattttggtaaatcttgctttcagcagcatgg
cccagatcaaagatgttctctgtttgcaccagctaagaacagaaatggga
cacacctcagcacagaacaaaaaggtctctgagcttgagactcagtcagg
cctttctctcgcctccagttttcaaatgcccacattgcactgaatatagt
ttaagccattgttggccccttctttcaaaatcacagacctgggggtgaag
gtgtagctctgtagcagagaacttgctacttgcctaacatacacaaaacc
cttagtttaacacccaccgacaaacagcaacaacatacacatatgatggg
aatcagagggagcatgtgagcttgcaagctgtccaagacctgtacacaac
catactgttcctggattcttgtggttgttattgttgggtttgttttgttt
gaggcaggtttttcctatgtagccctagctggtctggaattcacagagac
agttatgtctctgatcccaagtactgggattaagggcattaaagacacgt
gccacaatgctcagctattcttggattatgaggctggcacgggcttgtca
gaaaaacatttatatcctcaggttgtgagatgctccataagtatttgcca
cacactgtgtgaaagtttccca
gaattcatggacacctgtagcttccatgctgagccggcgcagctcagcag
gagtagcagtgctggagggtgccctgtatgtcgcagggggcaatgatggc
acaagctgcctcaactcagtggagagatatagcaccaaggctggtgcctg
ggagagtgtggcacccatgaatatccgcaggtgtataaggccaggggcgg
gtggtgagtggttctgccactacatctggtttattccaggagtgtagccc
caggggttgtgcacacagcacctcaacagtacggcaggtccttgggttcc
ccccgggcatagggggctcctttcgttgccctgtccctatggttactccc
tctgtgccccactcatttggcctgtctcttggcttgccccttgggcttac
tcttgcctatccaactccccaggagcacacatgacctggtggccatggac
ggctggctctacgccgtggggggcaatgacggcagctccagcctcaactc
catagagaagtacaacccgaggaccaacaagtgggtggcggcatcctgca
tgttcacaagacgcagcagtgtgggcgtggcggtgctggagctgctcaac
ttcccaccaccttcctcacccacgctgtctgtgtcctctaccagcctctg
acacgcgccagactgcacagaggccctgcagccccccacatgccttaaac
cctacggggtggccctaccgactctgtcttctctaccaagtgttagggca
gatcacgtagcccaccagagatttcctgtccttcggtcttggtctcggtg
ttcatttgtcctcgttcatttatgtgtgcgctgtttgtctactcacgtat
tattgactcattatttactgatggatgagaagtgctgcagctacaggttc
acacatttactctcgattgtcagctctcctgcatgagggactaggacccc
ttagagtgtcccttgcctgtttcctctgtggacaattagaatgctggtaa
aacttcactgaagagagatgagcaaacagcttggcttgcagccagaaggg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_155448961_155449942
seq2: B6Ng01-049D11.b_47_1018

seq1  GAATTCTGGGATTGAGTTAAACAAGGGGAGATTTGCCTGGACACACTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGATTGAGTTAAACAAGGGGAGATTTGCCTGGACACACTGAA  50

seq1  CCCAGAAGCCCTGAGCCATGCCACAATTAAGATGTTTAGTCTTTCCTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGCCCTGAGCCATGCCACAATTAAGATGTTTAGTCTTTCCTTTC  100

seq1  CTACACGGACTATCTTGGACAAGCCTCAGTCCCCATCTGTATCAAGAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACGGACTATCTTGGACAAGCCTCAGTCCCCATCTGTATCAAGAAAA  150

seq1  CACCGATATATCGGCTTCTGGAGGAACCATACAGGGTACCCATACTTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGATATATCGGCTTCTGGAGGAACCATACAGGGTACCCATACTTTTC  200

seq1  TCCTTTCTTCTTTTTTTTTCTAAGACAAATCCCTAGTAAGGTGGGAAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTTCTTTTTTTTTCTAAGACAAATCCCTAGTAAGGTGGGAAGCA  250

seq1  AGAAGCAAAAAGTTACTCTGAGCAATTGAAGCAGCAGGTAGCTAAAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAAAAAGTTACTCTGAGCAATTGAAGCAGCAGGTAGCTAAAGTTA  300

seq1  AAATGCTTTTCTAAAGAAGATTTTGGTAAATCTTGCTTTCAGCAGCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTTTCTAAAGAAGATTTTGGTAAATCTTGCTTTCAGCAGCATGG  350

seq1  CCCAGATCAAAGATGTTCTCTGTTTGCACCAGCTAAGAACAGAAATGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATCAAAGATGTTCTCTGTTTGCACCAGCTAAGAACAGAAATGGGA  400

seq1  CACACCTCAGCACAGAACAAAAAGGTCTCTGAGCTTGAGACTCAGTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTCAGCACAGAACAAAAAGGTCTCTGAGCTTGAGACTCAGTCAGG  450

seq1  CCTTTCTCTCGCCTCCAGTTTTCAAATGCCCACATTGCACTGAATATAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCTCGCCTCCAGTTTTCAAATGCCCACATTGCACTGAATATAGT  500

seq1  TTAAGCCATTGTTGGCCCCTTCTTTCAAAATCACAGACCTGGGGGTGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCCATTGTTGGCCCCTTCTTTCAAAATCACAGACCTGGGGGTGAAG  550

seq1  GTGTAGCTCTGTAGCAGAGAACTTGCTACTTGCCTAACATACACAAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGCTCTGTAGCAGAGAACTTGCTACTTGCCTAACATACACAAAACC  600

seq1  CTTAGTTTAACACCCACCGACAAACAGCAACAACATACACATATGATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTTTAACACCCACCGACAAACAGCAACAACATACACATATGATGGG  650

seq1  AATCAGAGGGAGCATGTGAGCTTGCAAGCTGTCCAAGACCTGTACACAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAGGGAGCATGTGAGCTTGCAAGCTGTCCAAGACCTGTACACAAC  700

seq1  CATACTGTTCCTGGATTCTTGTGGTTGTTATTGTTGGGTTTGTTTTGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CATACTGTTCCTGGATTCTTGTGGTTGTTATTGTTGGGTTTGTTTTG-TT  749

seq1  TGAGGCAGGTTTTTCCTATGTAGCCCTAGCTGGTCTGGAATTCACAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAGGTTTTTCCTATGTAGCCCTAGCTGGTCTGGAATTCACAGAGA  799

seq1  CAGTTATGTCTCTGATTCCCAAGTACTGGGATTAAGGGCATTAAAGACAC  850
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATGTCTCTGA-TCCCAAGTACTGGGATTAAGGGCATTAAAGACAC  848

seq1  GTGCCACAATGCTCAGCTATTCTTGGATTATGAGGCTGGCACGGGCTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACAATGCTCAGCTATTCTTGGATTATGAGGCTGGCACGGGCTTGT  898

seq1  CAGAAAACACATTTATAATCCTCAGGGTTGTGAGATGGCTCCATAAAGTA  950
      ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CAGAAAA-ACATTTAT-ATCCTCA-GGTTGTGAGAT-GCTCCAT-AAGTA  943

seq1  TTTGCCACACAACTGTGATGACAAGTTTCCCA  982
      |||||||||| |||||| ||| ||||||||||
seq2  TTTGCCACAC-ACTGTG-TGA-AAGTTTCCCA  972

seq1: chr4_155603730_155604793
seq2: B6Ng01-049D11.g_67_1117 (reverse)

seq1  CCCCTTCCTGCTTGCAAGGCCCAGCTGTGTTGCTCATCCTCCTTCAGTGA  50
      |||||| |||  ||||| ||| |||||| |||||||||   |||||||||
seq2  CCCCTT-CTGGCTGCAA-GCCAAGCTGT-TTGCTCATCTCTCTTCAGTGA  47

seq1  GTGTCTACCCAGCATTCTCTATTGTCCCACAGAGGGAGACAGGCAAGAGA  100
        || |  ||||||||||  ||||| ||||||| ||| ||||||||| | 
seq2  -AGTTTTACCAGCATTCT-AATTGT-CCACAGA-GGAAACAGGCAAG-GG  92

seq1  ACACTCCGAAGGGGTCCTTGGTCCCCTCAATGCAGGAGAGCTGACAATCG  150
      ||||| | |||||||||| |   ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACACT-CTAAGGGGTCCTAG--TCCCTC-ATGCAGGAGAGCTGACAATCG  138

seq1  AGAGTAAATGTGTGAACCTGTAGCTGCAGCACTTCTCATCCATCAGTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAATGTGTGAACCTGTAGCTGCAGCACTTCTCATCCATCAGTAAA  188

seq1  TAGTGAGTCAATAAATACGTGAGTAGACAAACAGCGCACACATAAATGAA  250
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTCAAT-AATACGTGAGTAGACAAACAGCGCACACATAAATGAA  237

seq1  CGAGGACAAATGAACACCGAGACCAAGACCGAAGGACAGGAAATCTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGACAAATGAACACCGAGACCAAGACCGAAGGACAGGAAATCTCTGG  287

seq1  TGGGCTACGTGATCTGCCCTAACACTTGGTAGAGAAGACAGAGTCGGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTACGTGATCTGCCCTAACACTTGGTAGAGAAGACAGAGTCGGTAG  337

seq1  GGCCACCCCGTAGGGTTTAAGGCATGTGGGGGGCTGCAGGGCCTCTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCCCGTAGGGTTTAAGGCATGTGGGGGGCTGCAGGGCCTCTGTGC  387

seq1  AGTCTGGCGCGTGTCAGAGGCTGGTAGAGGACACAGACAGCGTGGGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGCGCGTGTCAGAGGCTGGTAGAGGACACAGACAGCGTGGGTGAG  437

seq1  GAAGGTGGTGGGAAGTTGAGCAGCTCCAGCACCGCCACGCCCACACTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGGTGGGAAGTTGAGCAGCTCCAGCACCGCCACGCCCACACTGCT  487

seq1  GCGTCTTGTGAACATGCAGGATGCCGCCACCCACTTGTTGGTCCTCGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTTGTGAACATGCAGGATGCCGCCACCCACTTGTTGGTCCTCGGGT  537

seq1  TGTACTTCTCTATGGAGTTGAGGCTGGAGCTGCCGTCATTGCCCCCCACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTCTCTATGGAGTTGAGGCTGGAGCTGCCGTCATTGCCCCCCACG  587

seq1  GCGTAGAGCCAGCCGTCCATGGCCACCAGGTCATGTGTGCTCCTGGGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGAGCCAGCCGTCCATGGCCACCAGGTCATGTGTGCTCCTGGGGAG  637

seq1  TTGGATAGGCAAGAGTAAGCCCAAGGGGCAAGCCAAGAGACAGGCCAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATAGGCAAGAGTAAGCCCAAGGGGCAAGCCAAGAGACAGGCCAAAT  687

seq1  GAGTGGGGCACAGAGGGAGTAACCATAGGGACAGGGCAACGAAAGGAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGGCACAGAGGGAGTAACCATAGGGACAGGGCAACGAAAGGAGCC  737

seq1  CCCTATGCCCGGGGGGAACCCAAGGACCTGCCGTACTGTTGAGGTGCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGCCCGGGGGGAACCCAAGGACCTGCCGTACTGTTGAGGTGCTGT  787

seq1  GTGCACAACCCCTGGGGCTACACTCCTGGAATAAACCAGATGTAGTGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAACCCCTGGGGCTACACTCCTGGAATAAACCAGATGTAGTGGCA  837

seq1  GAACCACTCACCACCCGCCCCTGGCCTTATACACCTGCGGATATTCATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACTCACCACCCGCCCCTGGCCTTATACACCTGCGGATATTCATGG  887

seq1  GTGCCACACTCTCCCAGGCACCAGCCTTGGTGCTATATCTCTCCACTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACACTCTCCCAGGCACCAGCCTTGGTGCTATATCTCTCCACTGAG  937

seq1  TTGAGGCAGCTTGTGCCATCATTGCCCCCTGCGACATACAGGGCACCCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCAGCTTGTGCCATCATTGCCCCCTGCGACATACAGGGCACCCTC  987

seq1  CAGCACTGCTACTCCTGCTGAGCTGCGCCGGCTCAGCATGGAAGCTACAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGCTACTCCTGCTGAGCTGCGCCGGCTCAGCATGGAAGCTACAG  1037

seq1  GTGTCCATGAATTC  1064
      ||||||||||||||
seq2  GTGTCCATGAATTC  1051