BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-050K18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 36,477,861 - 36,595,195
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLingo2
Downstream geneLOC100042132, LOC545600, LOC621458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-050K18.bB6Ng01-050K18.g
ACCDH874547DH874548
length1,1421,027
definitionDH874547|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050K18, 5' end.DH874548|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-050K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,594,030 - 36,595,195)(36,477,861 - 36,478,834)
sequence
gaattcactctgatgactatttaactgactggatttcacatttggaatgg
ttattcactaacctacttaatgttgtctttttatgtgtggttgtcctctt
tcaaactgttgtctggcttctgaaatttatctcatctaccctgctggtat
agtgaagctcaaacagaaaattagcctgattcctcaggtgatgaaagaaa
atgctgagttggcaactctattattagggagggtttcaattatagatatg
agagagaaaacatctggatctatcttgaagagtctgtaacagagagaaag
aaaaccagattggacattgtgagatctatagcatgcatgttgaaatgtac
ttgtggtacagaaggaacacagaggccagcatgggctttgataagctaat
aggcaccatggatatatttccctgtacccatatgtctcatctgccatagg
taagggaaatgtttcctttaatagctgtgaactagtttctgggaatgcta
gaatttatctaaccctcagaaatcctcctttactcactgtagcttgagct
cattcctggatgtttggaaagtctgtggcctcacaattatctgttttcaa
atcttccttgacttctgagtgtatttcatccactcaacgtgaagctcaaa
aggaaatttgcctgatttctcaggagatttcttctgggccagtttggttc
tgagtgtcacaatgttccttgaatcctagggcctttccacacagctgttt
ctctatcatgtacaactgtcatgcacatctgccatgcacatctgccatgc
acatctgccatgcacatctgccatgcacatctggcatacacatctgccat
gcacatctgtatgcacatctgccatgcacatctgtcatgcacatctccat
gcacatctgccatacacatctgtcatgcacatctgcatgcacatctgcat
gcacatctgcatgcacatctgcatgcacatctgcatacacatctgcatgc
acatctgttatgcaatctgcatgcacatctgttatgcacatctgcatgcc
attgtcatgccaattcaatgccatcttgcaaacacatttccatgcatctg
tcatgcaacttgcatgccaattgtcatgcaatccaggcttaa
gaattcatttgcattttttttcctcctcgatcttagacttgctttcatct
aatcattccttgcattttgtcccattttaggatgagaacatacatgacat
attattatatgctggctgtacacaattcatatttttatattcatagtgtc
agagttaagagattgtattcaatttcagaagagagtttggatatttgaac
agtattgaaactaataaatcctatgggacatttgaagttggactgaatgt
acagggtcataaatcacaagagccaggaagaaaatgtggtttgaatatga
aatgttccagagtctcatggatttgagtacttgattccaagagagtagtt
atttataaaagttcttggaccttcaggagacgagccttactggagaaaag
tgggccatctcaaggtttcttgactggcctcatgtcttcttccatcttta
cttcctgagattgtataaagtctctttgctgcaggcccctgttcctggta
ccatgctttcttcagttgcttccaggccctctccatcattgtgcattacc
ccaggactgaagaataataaagatcccttgaatttgtggatggcgttatc
acgtatgaaatgattattgtagatgatgtttgaagacaagctagtggttc
agttgatgctaccctaaaatttgaggtcagttggaaattatgataacaga
cacaggactgggctatgtgtgcttatgtggaaactcaatcaggaagtgac
cttgacagctttgtgtttcagttccattattttacatgaatacacagcaa
gttttgccttcttctttgtcataacctgctttataaacaaagctaaaatt
aaaaatcatcctttttttatatatccaaacaccactgtaatctattttaa
aaggatggtataacaatacttaaaacaaactgcagagccggaggccagac
tactgtcttatttagaaaaaaaaaaattcatagagcagaagagagagaag
agagatatatttggagtgtaataatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_36594030_36595195
seq2: B6Ng01-050K18.b_40_1181 (reverse)

seq1  TTAAGCCTGAGAAATGTGCATGACAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGAC  50
      ||||||||| ||    ||||||||| ||  |||||  ||   ||||||||
seq2  TTAAGCCTG-GA---TTGCATGACA-ATTGGCATGCAAG--TTGCATGAC  43

seq1  AGATGTGCATGGGAGATGTGTATGGCAGATGTGCATGGAGATGTGCATGA  100
      |||  ||||| ||| |||||| ||  ||||| |||| || ||  ||||||
seq2  AGA--TGCAT-GGAAATGTGTTTGCAAGATG-GCATTGA-ATTGGCATGA  88

seq1  CAGATGTGCATGGCAGATGTGCATAACAGATGTGCATGGCAGATGTGCAT  150
      || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  CA-ATG-GCAT-GCAGATGTGCATAACAGATGTGCAT-GCAGAT-TGCAT  133

seq1  AACAGATGTGCATGGCAGATGTGTATGCCAGATGTGCATGGCAGATGTGC  200
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  AACAGATGTGCAT-GCAGATGTGTATG-CAGATGTGCAT-GCAGATGTGC  180

seq1  ATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGACAGATGT  250
      || |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AT-GCAGATGTGCAT-GCAGATGTGCAT-GCAGATGTGCATGACAGATGT  227

seq1  GTATGGCAGATGTGCATGGAGATGTGCATGACAGATGTGCATGGCAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGCAGATGTGCATGGAGATGTGCATGACAGATGTGCATGGCAGATG  277

seq1  TGCATAACAGATGTGCATGGCAGATGTGTATGCCAGATGTGCATGGCAGA  350
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAT-ACAGATGTGCATGGCAGATGTGTATGCCAGATGTGCATGGCAGA  326

seq1  TGTGCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGGCAGATGTGCATGACA  376

seq1  GTTGTACATGATAGAGAAACAGCTGTGTGGAAAGGCCCTAGGATTCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACATGATAGAGAAACAGCTGTGTGGAAAGGCCCTAGGATTCAAGG  426

seq1  AACATTGTGACACTCAGAACCAAACTGGCCCAGAAGAAATCTCCTGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGTGACACTCAGAACCAAACTGGCCCAGAAGAAATCTCCTGAGAA  476

seq1  ATCAGGCAAATTTCCTTTTGAGCTTCACGTTGAGTGGATGAAATACACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGCAAATTTCCTTTTGAGCTTCACGTTGAGTGGATGAAATACACTC  526

seq1  AGAAGTCAAGGAAGATTTGAAAACAGATAATTGTGAGGCCACAGACTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCAAGGAAGATTTGAAAACAGATAATTGTGAGGCCACAGACTTTC  576

seq1  CAAACATCCAGGAATGAGCTCAAGCTACAGTGAGTAAAGGAGGATTTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCCAGGAATGAGCTCAAGCTACAGTGAGTAAAGGAGGATTTCTG  626

seq1  AGGGTTAGATAAATTCTAGCATTCCCAGAAACTAGTTCACAGCTATTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTAGATAAATTCTAGCATTCCCAGAAACTAGTTCACAGCTATTAAA  676

seq1  GGAAACATTTCCCTTACCTATGGCAGATGAGACATATGGGTACAGGGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACATTTCCCTTACCTATGGCAGATGAGACATATGGGTACAGGGAAA  726

seq1  TATATCCATGGTGCCTATTAGCTTATCAAAGCCCATGCTGGCCTCTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCATGGTGCCTATTAGCTTATCAAAGCCCATGCTGGCCTCTGTGT  776

seq1  TCCTTCTGTACCACAAGTACATTTCAACATGCATGCTATAGATCTCACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGTACCACAAGTACATTTCAACATGCATGCTATAGATCTCACAA  826

seq1  TGTCCAATCTGGTTTTCTTTCTCTCTGTTACAGACTCTTCAAGATAGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAATCTGGTTTTCTTTCTCTCTGTTACAGACTCTTCAAGATAGATC  876

seq1  CAGATGTTTTCTCTCTCATATCTATAATTGAAACCCTCCCTAATAATAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTTTCTCTCTCATATCTATAATTGAAACCCTCCCTAATAATAGA  926

seq1  GTTGCCAACTCAGCATTTTCTTTCATCACCTGAGGAATCAGGCTAATTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCAACTCAGCATTTTCTTTCATCACCTGAGGAATCAGGCTAATTTT  976

seq1  CTGTTTGAGCTTCACTATACCAGCAGGGTAGATGAGATAAATTTCAGAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAGCTTCACTATACCAGCAGGGTAGATGAGATAAATTTCAGAAG  1026

seq1  CCAGACAACAGTTTGAAAGAGGACAACCACACATAAAAAGACAACATTAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACAACAGTTTGAAAGAGGACAACCACACATAAAAAGACAACATTAA  1076

seq1  GTAGGTTAGTGAATAACCATTCCAAATGTGAAATCCAGTCAGTTAAATAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTAGTGAATAACCATTCCAAATGTGAAATCCAGTCAGTTAAATAG  1126

seq1  TCATCAGAGTGAATTC  1166
      ||||||||||||||||
seq2  TCATCAGAGTGAATTC  1142

seq1: chr4_36477861_36478834
seq2: B6Ng01-050K18.g_122_1087

seq1  TTCCTTGCATTTTGTCCCATTTTAGGATGAGAACATACATGACATATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGCATTTTGTCCCATTTTAGGATGAGAACATACATGACATATTAT  50

seq1  TATATGCTGGCTGTACACAATTCATATTTTTATATTCATAGTGTCAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCTGGCTGTACACAATTCATATTTTTATATTCATAGTGTCAGAGT  100

seq1  TAAGAGATTGTATTCAATTTCAGAAGAGAGTTTGGATATTTGAACAGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGATTGTATTCAATTTCAGAAGAGAGTTTGGATATTTGAACAGTAT  150

seq1  TGAAACTAATAAATCCTATGGGACATTTGAAGTTGGACTGAATGTACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTAATAAATCCTATGGGACATTTGAAGTTGGACTGAATGTACAGG  200

seq1  GTCATAAATCACAAGAGCCAGGAAGAAAATGTGGTTTGAATATGAAATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAAATCACAAGAGCCAGGAAGAAAATGTGGTTTGAATATGAAATGT  250

seq1  TCCAGAGTCTCATGGATTTGAGTACTTGATTCCAAGAGAGTAGTTATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGTCTCATGGATTTGAGTACTTGATTCCAAGAGAGTAGTTATTTA  300

seq1  TAAAAGTTCTTGGACCTTCAGGAGACGAGCCTTACTGGAGAAAAGTGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTCTTGGACCTTCAGGAGACGAGCCTTACTGGAGAAAAGTGGGC  350

seq1  CATCTCAAGGTTTCTTGACTGGCCTCATGTCTTCTTCCATCTTTACTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCAAGGTTTCTTGACTGGCCTCATGTCTTCTTCCATCTTTACTTCC  400

seq1  TGAGATTGTATAAAGTCTCTTTGCTGCAGGCCCCTGTTCCTGGTACCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTGTATAAAGTCTCTTTGCTGCAGGCCCCTGTTCCTGGTACCATG  450

seq1  CTTTCTTCAGTTGCTTCCAGGCCCTCTCCATCATTGTGCATTACCCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTCAGTTGCTTCCAGGCCCTCTCCATCATTGTGCATTACCCCAGG  500

seq1  ACTGAAGAATAATAAAGATCCCTTGAATTTGTGGATGGCGTTATCACGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGAATAATAAAGATCCCTTGAATTTGTGGATGGCGTTATCACGTA  550

seq1  TGAAATGATTATTGTAGATGATGTTTGAAGACAAGCTAGTGGTTCAGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGATTATTGTAGATGATGTTTGAAGACAAGCTAGTGGTTCAGTTG  600

seq1  ATGCTACCCTAAAATTTGAGGTCAGTTGGAAATTATGATAACAGACACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTACCCTAAAATTTGAGGTCAGTTGGAAATTATGATAACAGACACAG  650

seq1  GACTGGGCTATGTGTGCTTATGTGGAAACTCAATCAGGAAGTGACCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGCTATGTGTGCTTATGTGGAAACTCAATCAGGAAGTGACCTTGA  700

seq1  CAGCTTTGTGTTTCAGTTCCATTATTTTACATGAATACACAGCAAGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTGTGTTTCAGTTCCATTATTTTACATGAATACACAGCAAGTTTT  750

seq1  GCCTTCTTCTTTGTCATAACCTGCTTTATAAACAAAGCTAAAATTAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCTTCTTTGTCATAACCTGCTTTATAAACAAAGCTAAAATTAAAAA  800

seq1  TCATCCTTTTTTTATATATCCAAACACCACTGTAATCTATTTTAAAAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTTTTTTTATATATCCAAACACCACTGTAATCTATTTTAAAAGGA  850

seq1  TGGTATAACAATACTTAAAAACAAACTGCAGAGCCGGAGGCCAGACTACT  900
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATAACAATACTT-AAAACAAACTGCAGAGCCGGAGGCCAGACTACT  899

seq1  GTCTTATTTAGAAAAAAAAAAATTCATAGAAGCAGGAGGAGAGAGGAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||    ||
seq2  GTCTTATTTAGAAAAAAAAAAATTCATAG-AGCA-GAAGAGAGA----GA  943

seq1  AGAGGGATAATATTTGAAGTGTAA  974
      |||| ||| ||||||| |||||||
seq2  AGAGAGAT-ATATTTGGAGTGTAA  966