BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-051D16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 65,714,240 - 65,799,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn2
Upstream genePappa, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-051D16.bB6Ng01-051D16.g
ACCDH874934DH874935
length1,1291,063
definitionDH874934|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051D16, 5' end.DH874935|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-051D16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,714,240 - 65,715,380)(65,798,877 - 65,799,948)
sequence
gaattcagcaacctagtcaggaccactatgtctcctgcacagcattatgc
ctcgggcttgccacatatctgcacttttcactgagatcttcaattatacg
ctagcttattttgatcaacatcacttccaatgtgagctgtaacccagctc
cccgggagcttataacagttctggagatggagctcagtcttcattcccca
caagggccagcgtcatatttaacctgcaactgtcaataaacaaagttatt
agattgagcatgaaattcagacttgatgaaacaatatcaaaatccatgaa
tgattaacaagaaaacagaggcattgggaggatgtagacttccaggaaga
cactaaacttgtcaatggtgaggtactgacttaggcacacatctcacttt
agtctagtattccttgctttatgcaagaccacttccagctaataaggcaa
aattcctatccagtgtcagcctatcgtttcatctctgtcattagctaatt
ctgtagacaaccacgacaatggtaagcctcaaacaacttttatctccaat
ggttatggacttgaccaaacacagcactgtttgcttatcaaacagagtct
ttagacagcagcgcagtcttataatatgagttagattcattttaccaagc
actgtgaaatcgccaacctgctttctgaaccagatgtacaggtcggacaa
cttgttagatataggtttagggtggcagtgagataactatggcctgcaga
taaatttggatcagcgtactatggaaaataaagcattaccagagcacatt
tgtttacatgtgttcatttatatgcagtctacaggcatcctcacggaatg
tcagtgaaggtgagttgttctaacagaatgtacagtctgtaaggctgaac
atggttacaaactagacatttacagcaaaagtattgttgatcctatatat
aggaaatgctacaacacacacacacacacacacacacacacacactcaca
cacacacacagcacatcatctctcctgtctcttgcactgactacatttct
tcatccttacctttttgaccttgtacgaagtctactggccactagtcatc
ttccaaaacagtcttaataaaatcttttt
gaattctcccaaccacaactcccctcagctacatatttccattcattttt
ctgtccctctgtgcttctctcctgtctctccccatgcctgatccttaccc
ctattacacgcaatactcccctctctcactcaagtccctccctcccctac
ctcccataactgttttgttttcagtcctaagtgagatttaaacatcttta
cttggccttccttcttgtttaacttctttgtttataggggtgtatcaggg
gtattctgaactttttggttaacatccacttatcaatggctacataccat
tcatgacttttggatttgggttatcacattcaagatgatattttctagtt
ccatccacttgcctgcaaaattcatgatgtcctatttttaataggtgatt
agtattctattgtgtaaatggaatctaaatcccaaatctataagcacaat
ttctggttgcctcctagaaaactaagcaactttaaatctccaggcacaga
ctctccccagattttctgccttgttctgatcaattctttggtggcttcac
cagctccattttttccttcagtaatgcttctaacatcccccccccccttt
gcttgagaaatcacactaagcacacatcactctttgactagtctatggtt
atttgtgcttccaatgtctgtttataattactcagcattatcttaattac
aatgatgcaaagcagagcatggggggtattttaaaaaatggtgcaggaat
aaaatacgccatgagaaataattcacagctagatgacgacaaggctgtgg
ttttggttgtaattggaatagcactattaatacgatagccattcattcta
tataatgaaaaaaattgaagcactttttgcaattaccccattccaaatga
attaacattccatggcattttccataaatggttcgttgcatacatccgtg
gagacaattagcctggagctgacgaagtctgcaactggagatagatgagt
agggatagtcagacatagctagaggaaaagttgcaaaataaccccatcct
ttgcatcaggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_65714240_65715380
seq2: B6Ng01-051D16.b_42_1170

seq1  GAATTCAGCAACCTAGTCAGGACCACTATGTCTCCTGCACAGCATTATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAACCTAGTCAGGACCACTATGTCTCCTGCACAGCATTATGC  50

seq1  CTCGGGCTTGCCACATATCTGCACTTTTCACTGAGATCTTCAATTATACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGCTTGCCACATATCTGCACTTTTCACTGAGATCTTCAATTATACG  100

seq1  CTAGCTTATTTTGATCAACATCACTTCCAATGTGAGCTGTAACCCAGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTATTTTGATCAACATCACTTCCAATGTGAGCTGTAACCCAGCTC  150

seq1  CCCGGGAGCTTATAACAGTTCTGGAGATGGAGCTCAGTCTTCATTCCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGGAGCTTATAACAGTTCTGGAGATGGAGCTCAGTCTTCATTCCCCA  200

seq1  CAAGGGCCAGCGTCATATTTAACCTGCAACTGTCAATAAACAAAGTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCCAGCGTCATATTTAACCTGCAACTGTCAATAAACAAAGTTATT  250

seq1  AGATTGAGCATGAAATTCAGACTTGATGAAACAATATCAAAATCCATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGAGCATGAAATTCAGACTTGATGAAACAATATCAAAATCCATGAA  300

seq1  TGATTAACAAGAAAACAGAGGCATTGGGAGGATGTAGACTTCCAGGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAACAAGAAAACAGAGGCATTGGGAGGATGTAGACTTCCAGGAAGA  350

seq1  CACTAAACTTGTCAATGGTGAGGTACTGACTTAGGCACACATCTCACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAACTTGTCAATGGTGAGGTACTGACTTAGGCACACATCTCACTTT  400

seq1  AGTCTAGTATTCCTTGCTTTATGCAAGACCACTTCCAGCTAATAAGGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGTATTCCTTGCTTTATGCAAGACCACTTCCAGCTAATAAGGCAA  450

seq1  AATTCCTATCCAGTGTCAGCCTATCGTTTCATCTCTGTCATTAGCTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTATCCAGTGTCAGCCTATCGTTTCATCTCTGTCATTAGCTAATT  500

seq1  CTGTAGACAACCACGACAATGGTAAGCCTCAAACAACTTTTATCTCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGACAACCACGACAATGGTAAGCCTCAAACAACTTTTATCTCCAAT  550

seq1  GGTTATGGACTTGACCAAACACAGCACTGTTTGCTTATCAAACAGAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGGACTTGACCAAACACAGCACTGTTTGCTTATCAAACAGAGTCT  600

seq1  TTAGACAGCAGCGCAGTCTTATAATATGAGTTAGATTCATTTTACCAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACAGCAGCGCAGTCTTATAATATGAGTTAGATTCATTTTACCAAGC  650

seq1  ACTGTGAAATCGCCAACCTGCTTTCTGAACCAGATGTACAGGTCGGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAAATCGCCAACCTGCTTTCTGAACCAGATGTACAGGTCGGACAA  700

seq1  CTTGTTAGATATAGGTTTAGGGTGGCAGTGAGATAACTATGGCCTGCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAGATATAGGTTTAGGGTGGCAGTGAGATAACTATGGCCTGCAGA  750

seq1  TAAATTTGGATCAGCGTACTATGGAAAATAAAGCATTACCAGAGCACATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTGGATCAGCGTACTATGGAAAATAAAGCATTACCAGAGCACATT  800

seq1  TGTTTACATGTGTTCATTTATATGCAGTCTACAGGCATCCTCACGGAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACATGTGTTCATTTATATGCAGTCTACAGGCATCCTCACGGAATG  850

seq1  TCAGTGAAGGTGAGTTGTTCTAACAGAATGTACAGTCTGTAAGGCTGAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAAGGTGAGTTGTTCTAACAGAATGTACAGTCTGTAAGGCTGAAC  900

seq1  ATGGTTACAAACTAGACATTTACAGCAAAAGGTATTGTTGATCCTATATA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTACAAACTAGACATTTACAGCAAAA-GTATTGTTGATCCTATATA  949

seq1  TAGGAAATGCTACAACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGGAAATGCTACAACACACACACACACACACACACACACACACACTCAC  999

seq1  ACACACACACAGCACAATCATCTCTCCTTGTCTCTTTGCCACTGTCTACA  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||   ||||| |||||
seq2  ACACACACACAGCAC-ATCATCTCTCC-TGTCTCTT--GCACTGACTACA  1045

seq1  TTTCTTCATCCCTTACACTTTTTTGACCTTGTAACGAAGTCTACCTGGCC  1100
      ||||||||||| |   || ||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TTTCTTCATCCTT---ACCTTTTTGACCTTGT-ACGAAGTCTA-CTGGCC  1090

seq1  ACTAAGTCATCTTTCCAAAACAGTCTTATAAATATCTTTTT  1141
      ||| ||||||| ||||||||||||||||  || ||||||||
seq2  ACT-AGTCATC-TTCCAAAACAGTCTTAATAAAATCTTTTT  1129

seq1: chr4_65798877_65799948
seq2: B6Ng01-051D16.g_62_1124 (reverse)

seq1  TCACCTGATGCAAAGGATGAGTTTATTTTTGCAACTTTCTCCTCTTAGCT  50
      ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| ||||| |||||
seq2  TCACCTGATGCAAAGGATGGGGTTA-TTTTGCAACTTT-TCCTC-TAGCT  47

seq1  ATGTCTGACTATCCCTACTCCATCCTATCTCCAGTTGCAGACTTCGTTCA  100
      ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGTCTGACTATCCCTACT-CAT-CTATCTCCAGTTGCAGACTTCG-TCA  94

seq1  GCTCCAGGCTAATTGTCTCCACCGATGTATGCAAACGAACCATTTATGGA  150
      |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGGCTAATTGTCTCCACGGATGTATGC-AACGAACCATTTATGGA  143

seq1  AAATGCCATGGAATGTTAATTTCATTTGGAATGGGGTAATTGCAAAAAGT  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCATGGAATGTTAA-TTCATTTGGAATGGGGTAATTGCAAAAAGT  192

seq1  GCTTCAATTTTTTTCATTATATAGAATGAATGGCTATCGTATTAATAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAATTTTTTTCATTATATAGAATGAATGGCTATCGTATTAATAGTG  242

seq1  CTATTTCCAATTACAACCAAAACCACAGCCTTGTCGTCATCTAGCTGTGA  300
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTA-TTCCAATTACAACCAAAACCACAGCCTTGTCGTCATCTAGCTGTGA  291

seq1  ATTATTTCTCATGGCGTATTTTATTCCTGCACCATTTTTTAAAATACCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTCTCATGGCGTATTTTATTCCTGCACCATTTTTTAAAATACCCC  341

seq1  CCATGCTCTGCTTTGCATCATTGTAATTAAGATAATGCTGAGTAATTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTCTGCTTTGCATCATTGTAATTAAGATAATGCTGAGTAATTATA  391

seq1  AACAGACATTGGAAGCACAAATAACCATAGACTAGTCAAAGAGTGATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACATTGGAAGCACAAATAACCATAGACTAGTCAAAGAGTGATGTG  441

seq1  TGCTTAGTGTGATTTCTCAAGCAAAGGGGGGGGGGGATGTTAGAAGCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGTGTGATTTCTCAAGCAAAGGGGGGGGGGGATGTTAGAAGCATT  491

seq1  ACTGAAGGAAAAAATGGAGCTGGTGAAGCCACCAAAGAATTGATCAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGGAAAAAATGGAGCTGGTGAAGCCACCAAAGAATTGATCAGAAC  541

seq1  AAGGCAGAAAATCTGGGGAGAGTCTGTGCCTGGAGATTTAAAGTTGCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGAAAATCTGGGGAGAGTCTGTGCCTGGAGATTTAAAGTTGCTTA  591

seq1  GTTTTCTAGGAGGCAACCAGAAATTGTGCTTATAGATTTGGGATTTAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTAGGAGGCAACCAGAAATTGTGCTTATAGATTTGGGATTTAGAT  641

seq1  TCCATTTACACAATAGAATACTAATCACCTATTAAAAATAGGACATCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTACACAATAGAATACTAATCACCTATTAAAAATAGGACATCATG  691

seq1  AATTTTGCAGGCAAGTGGATGGAACTAGAAAATATCATCTTGAATGTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGCAGGCAAGTGGATGGAACTAGAAAATATCATCTTGAATGTGAT  741

seq1  AACCCAAATCCAAAAGTCATGAATGGTATGTAGCCATTGATAAGTGGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAATCCAAAAGTCATGAATGGTATGTAGCCATTGATAAGTGGATG  791

seq1  TTAACCAAAAAGTTCAGAATACCCCTGATACACCCCTATAAACAAAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCAAAAAGTTCAGAATACCCCTGATACACCCCTATAAACAAAGAAG  841

seq1  TTAAACAAGAAGGAAGGCCAAGTAAAGATGTTTAAATCTCACTTAGGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACAAGAAGGAAGGCCAAGTAAAGATGTTTAAATCTCACTTAGGACT  891

seq1  GAAAACAAAACAGTTATGGGAGGTAGGGGAGGGAGGGACTTGAGTGAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAAAACAGTTATGGGAGGTAGGGGAGGGAGGGACTTGAGTGAGAG  941

seq1  AGGGGAGTATTGCGTGTAATAGGGGTAAGGATCAGGCATGGGGAGAGACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGTATTGCGTGTAATAGGGGTAAGGATCAGGCATGGGGAGAGACA  991

seq1  GGAGAGAAGCACAGAGGGACAGAAAAATGAATGGAAATATGTAGCTGAGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGAAGCACAGAGGGACAGAAAAATGAATGGAAATATGTAGCTGAGG  1041

seq1  GGAGTTGTGGTTGGGAGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGTGGTTGGGAGAATTC  1063