BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055F05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 44,709,174 - 44,867,252
singlet/doubletdoublet
Overlap genePax5, 5730488B01Rik, LOC545618, Zcchc7
Upstream geneOlfr70, Olfr71, LOC100039781, 5430416O09Rik, A630077J23Rik, GA_x5J8B7W5BNN-892919-892147, Olfr159, Olfr29-ps1, Olfr156, LOC100040268, Olfr155, Reck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313, OTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk
Downstream geneD4Wsu132e, Grhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik, Frmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325, Wdr32, Mcart1, Shb, LOC100040140, LOC100040557, Gm829, LOC100040567, LOC100040580, Aldh1b1, Igfbpl1, 1300002K09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055F05.bB6Ng01-055F05.g
ACCDH877806DH877807
length1,1471,117
definitionDH877806|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055F05, 5' end.DH877807|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,709,174 - 44,710,355)(44,866,123 - 44,867,252)
sequence
gaattcttaagtcccagcagatggaacaagaagagcagagagtcataggg
tcactgagaaaacctgaaatacttcaaaaaatgttcaggcatcagttgtt
agagcacaacgcaagctacaggacaaaggtaaggaccactgatcccagca
agaaagccctgagcagctaaacttgacactgttcccatctgccagggcat
ccttaaaacaaatcacatgcccaggacattaaacaaacaagcaagcaaac
ctatagatgtggtttggagttattgagagagatgggtcccagagtcattt
agccctctgtccatccagcccaagtgctgacttagccaaacataccctgg
ccagtcagcttgcctgggaaagatttgtttcctcttcttaaaacctggct
ggtgctgaggctgatgaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaac
aaaacaaaacaaaacacaggagactaaaagtctgcacagccctctgggag
ggggtcattgtcagtatttttgcttgcagcaaattgaggggtcaagtggc
aactttcaaaggtcagatttgagagttaatgtttgttgctagtttgtttt
ccagtgactgagttaatgcatacctaggatgcctgtcactatgaaagtaa
caaaacacataggagggaaattttgtagccaacatgataaggctaatgat
acaactaaagatgactgcaggcttttaaagacagaatgtactatttaaaa
gaaaacactgaggactgggggtatagctcagccggcattgcttagcatgt
acaccaacaaaaaagaaaataagaaacattcgactctggtcatgcactat
aatctattgatctccctcccacccaaacatttccttaaacccccacacac
aagctcacctaagaggtttgggggaattctaagagcctcctactcttggt
ttctttaatagttcagcagattttgagaagcacatgtcctctaacaagtc
tcctattccacgtgtcacttgaaagagagttccacagctactttgatagg
tgatctaagacttgcaagactcaagtctggtgttggagcaaatgcctcat
agctcacgggacctacacttgaacgctgcgcatctttagctctttct
gaattcaagtgcccacatattctctctccctctgtctttctcacatacac
aaaacatgcaatatatgtacatatgtatatataatatttaacatatagag
tgtgtttatattatgtggaggagagaagagaaaatggcttaattaaaaaa
aaccagactaccagtaaagttaaagcaattttcaaggaaatatattttta
tctttgagttttaaagacagttttgtttttaatctttgttgagatggcaa
cacatattttatgtttcctctcatatttatgctacctgcaaggcttcaaa
gatcagagtgatagggactctaagctgagatttaatgtaacatttttatg
ccaaccattctggtctgaccatacagatgtttatatcatagagtcaatat
aggtgaaaatacgtgacatatatatttaaaatttgttttttactataatt
ttaagccatttaccatgtgttcagtcaaatatttggcatgagcataaaga
taaagaaaaaggcaagctgggaataatggcacactcctctaatccaggtg
cttgaggcagaggcagacaaatctctgctttcaatgccagcctgatttac
atcatgagtttcagagcagcagggctatatagtgagtccatgtcttaaaa
ataacaacaaagcaaaaggcgattgacaatccaaaagattacgagccata
aattaaggtattgatctctttgatttaccaaggctcactagtatagtaat
tcaattaaaattactttgacactcccacctctattttaaaatcttgtact
tgcccacaaatcttttaagaggccatatttaattctctttgagaaagaac
ctatgataaagactagcacaagctagctattttaacttgtttctaggaaa
taagaaatcaccatctctgtcattcgtactagtgtaaagggtatttttcc
catgagatcttttgtcattatttcagcagacctcttgtaattgtggacat
tagaaagcttatgctaacatcacaattctaacccaccccaattcgtacgt
gggtgtgctggcatgcatgcgccaggcactacatgtaggcttatctctat
tacagggttatgaactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_44709174_44710355
seq2: B6Ng01-055F05.b_48_1194

seq1  GAATTCTTAAGTCCCAGCAGATGGAACAAGAAGAGCAGAGAGTCATAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGTCCCAGCAGATGGAACAAGAAGAGCAGAGAGTCATAGGG  50

seq1  TCACTGAGAAAACCTGAAATACTTCAAAAAATGTTCAGGCATCAGTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGAAAACCTGAAATACTTCAAAAAATGTTCAGGCATCAGTTGTT  100

seq1  AGAGCACAACGCAAGCTACAGGACAAAGGTAAGGACCACTGATCCCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACAACGCAAGCTACAGGACAAAGGTAAGGACCACTGATCCCAGCA  150

seq1  AGAAAGCCCTGAGCAGCTAAACTTGACACTGTTCCCATCTGCCAGGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCCCTGAGCAGCTAAACTTGACACTGTTCCCATCTGCCAGGGCAT  200

seq1  CCTTAAAACAAATCACATGCCCAGGACATTAAACAAACAAGCAAGCAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAACAAATCACATGCCCAGGACATTAAACAAACAAGCAAGCAAAC  250

seq1  CTATAGATGTGGTTTGGAGTTATTGAGAGAGATGGGTCCCAGAGTCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGATGTGGTTTGGAGTTATTGAGAGAGATGGGTCCCAGAGTCATTT  300

seq1  AGCCCTCTGTCCATCCAGCCCAAGTGCTGACTTAGCCAAACATACCCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCTGTCCATCCAGCCCAAGTGCTGACTTAGCCAAACATACCCTGG  350

seq1  CCAGTCAGCTTGCCTGGGAAAGATTTGTTTCCTCTTCTTAAAACCTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCAGCTTGCCTGGGAAAGATTTGTTTCCTCTTCTTAAAACCTGGCT  400

seq1  GGTGCTGAGGCTGATGAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGAGGCTGATGAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAC  450

seq1  AAAACAAAACAAAACACAGGAGACTAAAAGTCTGCACAGCCCTCTGGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACAAAACACAGGAGACTAAAAGTCTGCACAGCCCTCTGGGAG  500

seq1  GGGGTCATTGTCAGTATTTTTGCTTGCAGCAAATTGAGGGGTCAAGTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCATTGTCAGTATTTTTGCTTGCAGCAAATTGAGGGGTCAAGTGGC  550

seq1  AACTTTCAAAGGTCAGATTTGAGAGTTAATGTTTGTTGCTAGTTTGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCAAAGGTCAGATTTGAGAGTTAATGTTTGTTGCTAGTTTGTTTT  600

seq1  CCAGTGACTGAGTTAATGCATACCTAGGATGCCTGTCACTATGAAAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGACTGAGTTAATGCATACCTAGGATGCCTGTCACTATGAAAGTAA  650

seq1  CAAAACACATAGGAGGGAAATTTTGTAGCCAACATGATAAGGCTAATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACATAGGAGGGAAATTTTGTAGCCAACATGATAAGGCTAATGAT  700

seq1  ACAACTAAAGATGACTGCAGGCTTTTAAAGACAGAATGTACTATTTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTAAAGATGACTGCAGGCTTTTAAAGACAGAATGTACTATTTAAAA  750

seq1  GAAAACACTGAGGACTGGGGGTATAGCTCAGCCGGCATTGCTTAGCATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACACTGAGGACTGGGGGTATAGCTCAGCCGGCATTGCTTAGCATGT  800

seq1  ACACCAACAAAAAAGAAAATAAAGAAACATTCGACTCTGGTCATGCACTA  850
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAACAAAAAAGAAAAT-AAGAAACATTCGACTCTGGTCATGCACTA  849

seq1  TAATCTATTGATCTCCCTCCCACCCAACCATTTCCTTAAACCCCCACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTATTGATCTCCCTCCCACCCAAACATTTCCTTAAACCCCCACACA  899

seq1  CAAGCTCACCTAAGAGGTTTGGGGGAAATTCTTAAGAGCCTCCTACTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCACCTAAGAGGTTTGGGGG-AATTC-TAAGAGCCTCCTACTCTT  947

seq1  GGTTTCTTTAAAATAGTTCAGCAGATTTTTGAGAAGCACATTGTCCCTCC  1000
      |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||   |
seq2  GGTTTCTTT--AATAGTTCAGCAGA-TTTTGAGAAGCACA-TGTCC--TC  991

seq1  TAACAAAGTCTCCCTATTCCACGTGTCACTGAAAAGAGGAGTTTCCACAG  1050
      |||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||
seq2  TAAC-AAGTCT-CCTATTCCACGTGTCACTTGAAAGA-GAG-TTCCACAG  1037

seq1  CTACTTTGAATAGGGTGATCTCAAAGACTTTGCAAAGACTCAAGTGCTGG  1100
      |||||||| ||| ||||||||  ||||| |||| ||||||||||| || |
seq2  CTACTTTG-ATA-GGTGATCT--AAGAC-TTGC-AAGACTCAAGT-CT-G  1079

seq1  GTGTATGGAGCAAAATGCCCGCCATAGTCTCACGGGGACACTAGCACCTT  1150
      |||| |||||| |||||||   ||||| ||||| ||||| ||| || |||
seq2  GTGT-TGGAGC-AAATGCC--TCATAG-CTCAC-GGGAC-CTA-CA-CTT  1120

seq1  GAACAGCTGCGGGCTATCTTTTAGCTCTTTCT  1182
      |||| ||||||    ||| |||||||||||||
seq2  GAAC-GCTGCG---CATC-TTTAGCTCTTTCT  1147

seq1: chr4_44866123_44867252
seq2: B6Ng01-055F05.g_66_1182 (reverse)

seq1  CAGTTCATAACCACTGATATAAAGATAAAAGCACTACATGTATGTGCCT-  49
      |||||||||||| |||  ||| ||||  |||| ||||||||| |||||| 
seq2  CAGTTCATAACC-CTGTAATAGAGAT--AAGC-CTACATGTA-GTGCCTG  45

seq1  GCGCATGCATGCACGCACACACACGTACAGATTGGGGGTGGGTAGAATTT  99
      ||||||||||||  |||||| |||||||  |||||||  || ||||||| 
seq2  GCGCATGCATGCCAGCACACCCACGTACGAATTGGGGTGGGTTAGAATT-  94

seq1  GTTGATGTTTAGCATAAGCTTCTAAATGTCCACAATTACAAAGAGGTCTG  149
        ||||| |||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -GTGATG-TTAGCATAAGCTTTCTAATGTCCACAATTAC-AAGAGGTCTG  141

seq1  CTGACATAATGAC-AAAGATCTTCATTGGAAAAATTACCCTTTACACTAG  198
      |||| |||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGAAATAATGACAAAAGATC-TCATGGGAAAAA-TACCCTTTACACTAG  189

seq1  TACGAATGACAGAGATGGTGATTTCTTATTTCCTAGAAAACAAGTTAAAA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TACGAATGACAGAGATGGTGATTTCTTATTTCCTAG-AAACAAGTT-AAA  237

seq1  ATAGCTAGCTTGTGCTAGTCTTTATCATAGGTTCTTTCTCAAAGAGAATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTAGCTTGTGCTAGTCTTTATCATAGGTTCTTTCTCAAAGAGAATT  287

seq1  AAAGTATGGCTTCTTAAAAGATTTGTGGGCAAAGTACAAGATTTTTAAAT  348
      ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  AAA-TATGGCCTCTTAAAAGATTTGTGGGC-AAGTACAAGATTTTAAAAT  335

seq1  AGAGGTGGGAGTGTCAAAGTAATTTTAATTGAATTACTATACTAGTGAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGGAGTGTCAAAGTAATTTTAATTGAATTACTATACTAGTGAGC  385

seq1  CTTGGTAAATCAAAGAGATCAATACCTTAATTTATGGCTCGTAATCTTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTAAATCAAAGAGATCAATACCTTAATTTATGGCTCGTAATCTTTT  435

seq1  GGATTGTCAATCGCCTTTTGCTTTGTTGTTATTTTTAAGACATGGACTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTCAATCGCCTTTTGCTTTGTTGTTATTTTTAAGACATGGACTCA  485

seq1  CTATATAGCCCTGCTGCTCTGAAACTCATGATGTAAATCAGGCTGGCATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAGCCCTGCTGCTCTGAAACTCATGATGTAAATCAGGCTGGCATT  535

seq1  GAAAGCAGAGATTTGTCTGCCTCTGCCTCAAGCACCTGGATTAGAGGAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGAGATTTGTCTGCCTCTGCCTCAAGCACCTGGATTAGAGGAGT  585

seq1  GTGCCATTATTCCCAGCTTGCCTTTTTCTTTATCTTTATGCTCATGCCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCATTATTCCCAGCTTGCCTTTTTCTTTATCTTTATGCTCATGCCAA  635

seq1  ATATTTGACTGAACACATGGTAAATGGCTTAAAATTATAGTAAAAAACAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGACTGAACACATGGTAAATGGCTTAAAATTATAGTAAAAAACAA  685

seq1  ATTTTAAATATATATGTCACGTATTTTCACCTATATTGACTCTATGATAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAATATATATGTCACGTATTTTCACCTATATTGACTCTATGATAT  735

seq1  AAACATCTGTATGGTCAGACCAGAATGGTTGGCATAAAAATGTTACATTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCTGTATGGTCAGACCAGAATGGTTGGCATAAAAATGTTACATTA  785

seq1  AATCTCAGCTTAGAGTCCCTATCACTCTGATCTTTGAAGCCTTGCAGGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCAGCTTAGAGTCCCTATCACTCTGATCTTTGAAGCCTTGCAGGTA  835

seq1  GCATAAATATGAGAGGAAACATAAAATATGTGTTGCCATCTCAACAAAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAATATGAGAGGAAACATAAAATATGTGTTGCCATCTCAACAAAGA  885

seq1  TTAAAAACAAAACTGTCTTTAAAACTCAAAGATAAAAATATATTTCCTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACAAAACTGTCTTTAAAACTCAAAGATAAAAATATATTTCCTTG  935

seq1  AAAATTGCTTTAACTTTACTGGTAGTCTGGTTTTTTTTAATTAAGCCATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGCTTTAACTTTACTGGTAGTCTGGTTTTTTTTAATTAAGCCATT  985

seq1  TTCTCTTCTCTCCTCCACATAATATAAACACACTCTATATGTTAAATATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCTCTCCTCCACATAATATAAACACACTCTATATGTTAAATATT  1035

seq1  ATATATACATATGTACATATATTGCATGTTTTGTGTATGTGAGAAAGACA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATACATATGTACATATATTGCATGTTTTGTGTATGTGAGAAAGACA  1085

seq1  GAGGGAGAGAGAATATGTGGGCACTTGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAGAGAATATGTGGGCACTTGAATTC  1117