BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-056J23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 26,466,392 - 26,580,342
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC625732, Fut9, LOC100040780, Hn1-ps1, Manea, Bhmt-ps1, LOC665079, Gng2-ps1
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056J23.bB6Ng01-056J23.g
ACCDH878726DH878727
length1,0851,048
definitionDH878726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056J23, 5' end.DH878727|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056J23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,466,392 - 26,467,491)(26,579,291 - 26,580,342)
sequence
gaattctaagtataattgtaacatttcaagagacatattcatagtaagaa
agatcatttctggttttggaacatttatagaaaattgatctataacaatg
aaatcctgattttgagctgtttatcatcaaaattttagttttacatcttc
agatctatttacaaatgtcatgtattattagttgactttttgagtaactg
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gaattctgtgtctacttgcaagactaccatcaaaactgacatatactctt
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tgtcacctaatgttgtcattatgttaatattgtttaggcaaccatatttt
ttgagatttcatgactagtttccatgacatatacagaagacaatatctca
aggtagatgttctgactggctctttaaattgtttcacctccttttcctca
atgatcaaattacaaatcaaagattgtaatataattatatatgcattata
atatatgtatatgtatatatgcatatgtacatgtgtttcatatgtataat
gtatagtatataaatcatatgccctaatgtacatatgtatattttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_26466392_26467491
seq2: B6Ng01-056J23.b_48_1132

seq1  GAATTCTAAGTATAATTGTAACATTTCAAGAGACATATTCATAGTAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGTATAATTGTAACATTTCAAGAGACATATTCATAGTAAGAA  50

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGATCTATTTACAAATGTCATGTATTATTAGTTGACTTTTTGAGTAACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTATTTACAAATGTCATGTATTATTAGTTGACTTTTTGAGTAACTG  200

seq1  ATTGAGGCCAAAGAACTAGTTTCTTCCTTTTGCTTTTGTTTGATTTGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTTTACCAAAAAAGATTGGTTTTCCCTTATTAATATTAAAAGTAC  300

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCAAAAACAATTTGACCTTAATTAAGAGTTTATTTTCAGTCTCTT  350

seq1  GATTGTGTATCATGGTATATTGGTCTATATATCTTCATTGATGTCACTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGTATCATGGTATATTGGTCTATATATCTTCATTGATGTCACTAG  400

seq1  TGTGTTTTAGTTACTATAGTTTTTAACTATACTTTTGAGTCAGGAAATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTAGTTACTATAGTTTTTAACTATACTTTTGAGTCAGGAAATAT  450

seq1  GAGTCCTGCTGTGTTGTTCTTACTCAAGATGAGTTTGAACAGTTATAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTGCTGTGTTGTTCTTACTCAAGATGAGTTTGAACAGTTATAAAG  500

seq1  TTTGTGTTTTTACATAAAATATATGCTTATATACTTCTTTTTGTTTGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTTTTACATAAAATATATGCTTATATACTTCTTTTTGTTTGTTT  550

seq1  TATTGTTTGTTTGTTTCCTGGTTGTCCTGGAACTCACTCTATAGACCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTGTTTGTTTCCTGGTTGTCCTGGAACTCACTCTATAGACCAGG  600

seq1  CTGGCGTCAAACTCAGAAGTCCTCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTTCTGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCGTCAAACTCAGAAGTCCTCCTGCCTCTGCCTCCTAAGTTCTGGGA  650

seq1  TTAAAGGCATGCGACACCACTGCCCAGCTACTTATATGTTTTTTATTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGCATGCGACACCACTGCCCAGCTACTTATATGTTTTTTATTTAA  700

seq1  ATAATAGGATTACAATTTGATAGGGACTGTGTTTATTCTATGCATAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGGATTACAATTTGATAGGGACTGTGTTTATTCTATGCATAATTT  750

seq1  TCAGTGGGATGGATATTTATTTTAATCTATGAGTTGAAGATTTTTCGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGATGGATATTTATTTTAATCTATGAGTTGAAGATTTTTCGATT  800

seq1  TTATAGATGTTCTTTATAATATCTTCATTAACTATTAAAGAGCTTTGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGATGTTCTTTATAATATCTTCATTAACTATTAAAGAGCTTTGATG  850

seq1  GCAGATGTTTACTTCTTTTTCATTTCCTGACTGCTTTCTCAATGACTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGTTTACTTCTTTTTCATTTCCTGACTGCTTTCTCAATGACTTCT  900

seq1  AGTAGTTCATTTTATTAGATGAAAGTAACATCAATGCAGTCTTACATACA  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTCA-TTTATTAGATGAAAGTAACATCAATGCAGTCTTACATACA  949

seq1  GAATGCTAGAGAAATAAGATATTTAACTTTTCCCTGTCGAGTGAAACATT  1000
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTAGAAAAATAAGATATTTAACTTTT-CCTGTCGAGTGAAACATT  998

seq1  AGCTTAAAGCCTATTTAAAAAGTTTCTATTCTGTGGTTTTAATCACTTAT  1050
      |||||||||| || ||||||||||| ||||| | ||||   ||||| |||
seq2  AGCTTAAAGCTTA-TTAAAAAGTTT-TATTCCGGGGTT---ATCACCTAT  1043

seq1  TTGGTTGATAGGTTCTATTATGTTTAATGATTTCCATGTCAGGCCACCTT  1100
      |  | ||| ||| ||||||  |||| | ||  ||||||||||| ||||||
seq2  T--GGTGA-AGG-TCTATTTAGTTT-AGGA--TCCATGTCAGG-CACCTT  1085

seq1: chr4_26579291_26580342
seq2: B6Ng01-056J23.g_69_1116 (reverse)

seq1  TATAAATATATACATATGTACATATATGTGCATATAGATATATATACTAT  50
      |||||| |||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||||||||
seq2  TATAAA-ATATACATATGTACAT-TA-GGGCATAT-GATTTATATACTAT  46

seq1  ACA-TATACATATGTAAACACATGTACATATGCATATATACATATACATA  99
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATACATATG-AAACACATGTACATATGCATATATACATATACATA  95

seq1  TATTATAATGCATATATAATTATATTACAATCTTTGATTTGTAATTTGAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATAATGCATATATAATTATATTACAATCTTTGATTTGTAATTTGAT  145

seq1  CATTGAGGAAAAGGAGGTGAAACAATTTAAAGAGCCAGTCAGAACATCTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGGAAAAGGAGGTGAAACAATTTAAAGAGCCAGTCAGAACATCTA  195

seq1  CCTTGAGATATTGTCTTCTGTATATGTCATGGAAACTAGTCATGAAATCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGATATTGTCTTCTGTATATGTCATGGAAACTAGTCATGAAATCT  245

seq1  CAAAAAATATGGTTGCCTAAACAATATTAACATAATGACAACATTAGGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAATATGGTTGCCTAAACAATATTAACATAATGACAACATTAGGTG  295

seq1  ACATAATAACATGGGTAGGAGAAATTTCACAATGTTGTAAGGGATATAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATAACATGGGTAGGAGAAATTTCACAATGTTGTAAGGGATATAGG  345

seq1  AAAACTCTGGCTGGTCAGAGAGGGAAAATGAGTCTTCTCCAAGAACAACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCTGGCTGGTCAGAGAGGGAAAATGAGTCTTCTCCAAGAACAACT  395

seq1  TTCTGGATAGGTTATTCAATATTATGTTCAAATTTAAACAAACTATATAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATAGGTTATTCAATATTATGTTCAAATTTAAACAAACTATATAG  445

seq1  GGATGGCAATAAATATATTCAGAAAAATATGTTATATAATTTATTTAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCAATAAATATATTCAGAAAAATATGTTATATAATTTATTTAATT  495

seq1  ATATATATACAATTACAGAAATTATATATATATGTATATGTATATATCTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATACAATTACAGAAATTATATATATATGTATATGTATATATCTA  545

seq1  TGTATATACATACACACATACAATTTAAAAAGTCATAAATTGGCAATTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATACATACACACATACAATTTAAAAAGTCATAAATTGGCAATTAA  595

seq1  ATGTGGAGACATAAAAGCAGTCATAGGAGAGATACTGAGAAAATGATATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGACATAAAAGCAGTCATAGGAGAGATACTGAGAAAATGATATA  645

seq1  TATCCATTATTTATGCCTGAAATTCTCAAAACATGTAAATAAAAATTGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATTATTTATGCCTGAAATTCTCAAAACATGTAAATAAAAATTGAT  695

seq1  TGAAGAAAAATGACTTTAAATGAATATAATACAACCCATTATATTCATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAAATGACTTTAAATGAATATAATACAACCCATTATATTCATAA  745

seq1  TTTTCCTCCATTATTTGTTAACTTCTTTAACTCTGAAAAAAATTATTATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCCATTATTTGTTAACTTCTTTAACTCTGAAAAAAATTATTATA  795

seq1  GAATGCTAGGTTTATAGAACTGTCTAAAGACCGACAACTGGATCAATTAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTTAAACTAAAATTACCTATGTGTATAAAATATCATAATGAAACTTTTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTTCTATATTAATTAAAAATCATTAATAAAAATTTAAATATCAGGTATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATATTAATTAAAAATCATTAATAAAAATTTAAATATCAGGTATAT  995

seq1  AACAAGAGTATATGTCAGTTTTGATGGTAGTCTTGCAAGTAGACACAGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAGTATATGTCAGTTTTGATGGTAGTCTTGCAAGTAGACACAGAA  1045

seq1  TTC  1052
      |||
seq2  TTC  1048