BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057B19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 11,804,644 - 11,904,135
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpm2c
Upstream gene2610301B20Rik, LOC383992, LOC100039746, Plekhf2, 2310030N02Rik, LOC546828, LOC666897, Trp53inp1, Ccne2, Ints8, Dpy19l4, Rbm35a, LOC634834, 1110037F02Rik, LOC100039847, E130016E03Rik, LOC100039862, Gem, Cdh17
Downstream geneTmem67, C430048L16Rik, LOC230010, LOC623671, LOC100039958, Rbm12b, 6720467C03Rik, LOC545592, OTTMUSG00000004461
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057B19.bB6Ng01-057B19.g
ACCDH879078DH879079
length1,0531,160
definitionDH879078|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057B19, 5' end.DH879079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057B19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,804,644 - 11,805,691)(11,902,945 - 11,904,135)
sequence
gaattctacacaaagatatccagcttccaatggtcgtgcttggtgctctc
tgcttgtccaggcttgtctgattcacaacaccaaagaaacactgcctgag
atggccctgcttggcttgtccagtgcccgtcctgtactgtctatatgacc
aataagatgaagcagggacaggagtcatgacttttacgcagggggtccac
tggaaaggtagggagcagatggtaggcagattaaaagaaagacattcatt
tgattaccaatgctctgtaatgtgctgtgagtgctctgaggatttccagt
actgtcatactcaacctgttttcctcagccacccaacatggtcttcagtc
cttccccgctgtcacttgaatagtgctgaattgctcaagtgaaattattt
ttaagattgtacaggtaggcccaatttaggaactcttatgcctgctccct
taccctctgaaagaaatctttcggtgcctgaaagcaaaaggaatatgcat
tctgaagttatttgccactttaaattgtctactttgtgcccttgtttgtt
tccttatctggcctaatggggagctgaatttatcacagacactcagcgga
acagcactttggttatcaggtaacgtggctcaaagtggaggaaccctgtg
aagctatgtggctgtgacgcacagtgacttaaaccagaccttagtggagc
acacatctcttcatgatgccagtggggtgatttccttgctgaattcaatc
aactgtgcatgttactgtcttatcacttcttgctagttctcagcacaagc
tcctaagtttaaactcttaaattcacagcaagcaacatatttaatacagc
aactgtgaaaaaataagaagaacaaaatatggatgacagcactcatctct
gttttctgagttcagactcaggaatgacatagaggagctagctttctgat
aatctcagcattctcttccatccttccagcgtgcatgaagaaagcagggg
ctgaaaaggatctggccactattagaaatcttgatgcctcctgcccgtgc
ctt
gaattcaagccaatacaaaactactgtgtaataaaatgactatgctctga
tttcccgttgtcctctaattgtcctcattagacaatttctttcttccttc
ttcctcttaccctgttttctcccttccttaatgaatggatgcaggcccca
gtcaccggcctatcatgtctctttgatatcttttaatttggagcttccca
acatctcacttttgtctttttattcctttgactttcacaacatacagatt
gaaggggtctgagcaacctgttctaggaagtgtcccgaacagtgactttg
tctacttgttttgtgattcaggttagatctaaagacattctttggttgga
aatggactccttctttactgggcattcccactgcatctcagcatcaagta
ccttctagtccacagcattaaggatagcagagttttgttaggcaggtatc
tgcaggatcttccagtataaataaaggtgccttctcaggatattgagtca
tctgcatactggagggagctcctttttccaatgcctcaatatgatctgga
tataaaagcaaatattcacacaacacaccattccacagctgaaatgcaat
acctgacatgctcagcttgagtctcatgtgtttacaacggtgaaggtgag
gttaaggttaaaactagccttcctcctttacaaaccactagccagcctcc
agcaatctaaaggcatgctcacagctttaccaacatcatccaggtttggg
gctcatctaagccttctaacctttattaaaatttgcattgctgcactaac
ctagtttcaatcccctgtgcccctgtgcccccaaactacactgaaacata
agaagcatactaaaagttaaacatattaagagccataccataggaaggca
gccccaggcttaaagcacaaatgactttaggcaatcaaagtctgcttctc
agcatgccagctgcagtgccatgataacaagagcttattctatacatttc
agcaggggggggttcatgctggccaccacgaagacatgaactgaaaagac
agacaaaaataatcctcccagccatgacataatttctgaaagtcaaatac
tctctcctttacctggaagttatgctcggtccactgacacacacatccga
agctctgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_11804644_11805691
seq2: B6Ng01-057B19.b_44_1089

seq1  GAATTCTACACAAAGATATCCAGCTTCCAATGGTCGTGCTTGGTGCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACACAAAGATATCCAGCTTCCAATGGTCGTGCTTGGTGCTCTC  50

seq1  TGCTTGTCCAGGCTTGTCTGATTCACAACACCAAAGAAACACTGCCTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTCCAGGCTTGTCTGATTCACAACACCAAAGAAACACTGCCTGAG  100

seq1  ATGGCCCTGCTTGGCTTGTCCAGTGCCCGTCCTGTACTGTCTATATGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCTGCTTGGCTTGTCCAGTGCCCGTCCTGTACTGTCTATATGACC  150

seq1  AATAAGATGAAGCAGGGACAGGAGTCATGACTTTTACGCAGGGGGTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGATGAAGCAGGGACAGGAGTCATGACTTTTACGCAGGGGGTCCAC  200

seq1  TGGAAAGGTAGGGAGCAGATGGTAGGCAGATTAAAAGAAAGACATTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGGTAGGGAGCAGATGGTAGGCAGATTAAAAGAAAGACATTCATT  250

seq1  TGATTACCAATGCTCTGTAATGTGCTGTGAGTGCTCTGAGGATTTCCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACCAATGCTCTGTAATGTGCTGTGAGTGCTCTGAGGATTTCCAGT  300

seq1  ACTGTCATACTCAACCTGTTTTCCTCAGCCACCCAACATGGTCTTCAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCATACTCAACCTGTTTTCCTCAGCCACCCAACATGGTCTTCAGTC  350

seq1  CTTCCCCGCTGTCACTTGAATAGTGCTGAATTGCTCAAGTGAAATTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCGCTGTCACTTGAATAGTGCTGAATTGCTCAAGTGAAATTATTT  400

seq1  TTAAGATTGTACAGGTAGGCCCAATTTAGGAACTCTTATGCCTGCTCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATTGTACAGGTAGGCCCAATTTAGGAACTCTTATGCCTGCTCCCT  450

seq1  TACCCTCTGAAAGAAATCTTTCGGTGCCTGAAAGCAAAAGGAATATGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTGAAAGAAATCTTTCGGTGCCTGAAAGCAAAAGGAATATGCAT  500

seq1  TCTGAAGTTATTTGCCACTTTAAATTGTCTACTTTGTGCCCTTGTTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGTTATTTGCCACTTTAAATTGTCTACTTTGTGCCCTTGTTTGTT  550

seq1  TCCTTATCTGGCCTAATGGGGAGCTGAATTTATCACAGACACTCAGCGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATCTGGCCTAATGGGGAGCTGAATTTATCACAGACACTCAGCGGA  600

seq1  ACAGCACTTTGGTTATCAGGTAACGTGGCTCAAAGTGGAGGAACCCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACTTTGGTTATCAGGTAACGTGGCTCAAAGTGGAGGAACCCTGTG  650

seq1  AAGCTATGTGGCTGTGACGCACAGTGACTTAAACCAGACCTTAGTGGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATGTGGCTGTGACGCACAGTGACTTAAACCAGACCTTAGTGGAGC  700

seq1  ACACATCTCTTCATGATGCCAGT-GGGTGATTTCCTTGCTGAATTCAATC  749
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCTCTTCATGATGCCAGTGGGGTGATTTCCTTGCTGAATTCAATC  750

seq1  AACTGTGCATGTTACTGTCTTATCACTTCTTGCTAGTTCTCAGCACAAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGCATGTTACTGTCTTATCACTTCTTGCTAGTTCTCAGCACAAGC  800

seq1  TCCTAAGTTTAAACTCTTAAATTCACAGCAAGCAACATATTTAATACAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGTTTAAACTCTTAAATTCACAGCAAGCAACATATTTAATACAGC  850

seq1  AACTGTGAAAAAATAAGAAGAAACAAAATATGGATGACAGCACTCATCTC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGAAAAAATAAGAAG-AACAAAATATGGATGACAGCACTCATCTC  899

seq1  TGTTTTCTGAGTTCAGACTCAGGAAATGACATAGAGGAGCTAGCTTTCTG  949
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTGAGTTCAGACTCAGG-AATGACATAGAGGAGCTAGCTTTCTG  948

seq1  ATAATCTCAGCATTC-CCTCCATCCTTCCAGCGTGCATGAGAAAAGCAGG  998
      ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||| |
seq2  ATAATCTCAGCATTCTCTTCCATCCTTCCAGCGTGCATGAAGAAAGCA-G  997

seq1  GGGCTGAAAAGGATCTGGCCACTATTAGACATCCTTGATGCCCCCTGCCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||
seq2  GGGCTGAAAAGGATCTGGCCACTATTAGAAAT-CTTGATGCCTCCTGCCC  1046

seq1: chr4_11902945_11904135
seq2: B6Ng01-057B19.g_68_1227 (reverse)

seq1  CCCCAGAGACTTTCCGGATGTGTTTGTGGTCCACTGAGTACCGAAGCAAT  50
      |||||||| |||  ||||||||| |||      | | | |||| ||| ||
seq2  CCCCAGAG-CTT--CGGATGTGTGTGT------CAGTGGACCG-AGC-AT  39

seq1  AACTTCCAGCTAAAGCAGAGAGTATTTTGACCTCTCAGAAATTATTGTCA  100
      ||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||||| |||||
seq2  AACTTCCAGGTAAAGGAGAGAGTA-TTTGA-CTTTCAGAAATTA-TGTCA  86

seq1  TGGCTGTGAGGATCTATTTTTGTCCTGCTTTCTCAAGTTCATGTTCTCTG  150
      |||||| |||||| ||||||||| |||  || || |||||||| |||  |
seq2  TGGCTGGGAGGAT-TATTTTTGT-CTGTCTTTTC-AGTTCATG-TCTTCG  132

seq1  TGGTGGCCAGCAATGAAACCACCCCCCTGCTGAAGTGTAATAGAATAAGC  200
      ||||||||||| |||||  | ||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TGGTGGCCAGC-ATGAA--CCCCCCCCTGCTGAAATGT-ATAGAATAAGC  178

seq1  TCTGTGTTATCCATGGCACTGCAGCCTTGGCATGCTGAGAAGCAGACTTT  250
      ||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  TCT-TGTTAT-CATGGCACTGCAGC--TGGCATGCTGAGAAGCAGACTTT  224

seq1  GATTTGCCTAAAGTCATTTTGTGCTTTAAGCCTTGGGGCTGCCTTCCTAT  300
      || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GA-TTGCCTAAAGTCA-TTTGTGCTTTAAGCC-TGGGGCTGCCTTCCTAT  271

seq1  GGTATGGCTCTTTAATATGTTTAACTTTTAGTATGCCTTCTTATGTTTCA  350
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTATGGCTC-TTAATATGTTTAACTTTTAGTATG-CTTCTTATGTTTCA  319

seq1  GTGTAGTTTGGGGGCACAGGGGCACAGGGGATTGAAACTAGGTTAGTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTTTGGGGGCACAGGGGCACAGGGGATTGAAACTAGGTTAGTGCA  369

seq1  GCAATGCAAATTTTAATAAAGGTTAGAAGGCTTAGATGAGCCCCAAACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGCAAATTTTAATAAAGGTTAGAAGGCTTAGATGAGCCCCAAACCT  419

seq1  GGATGATGTTGGTAAAGCTGTGAGCATGCCTTTAGATTGCTGGAGGCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGTTGGTAAAGCTGTGAGCATGCCTTTAGATTGCTGGAGGCTGG  469

seq1  CTAGTGGTTTGTAAAGGAGGAAGGCTAGTTTTAACCTTAACCTCACCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGTTTGTAAAGGAGGAAGGCTAGTTTTAACCTTAACCTCACCTTC  519

seq1  ACCGTTGTAAACACATGAGACTCAAGCTGAGCATGTCAGGTATTGCATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTGTAAACACATGAGACTCAAGCTGAGCATGTCAGGTATTGCATTT  569

seq1  CAGCTGTGGAATGGTGTGTTGTGTGAATATTTGCTTTTATATCCAGATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGGAATGGTGTGTTGTGTGAATATTTGCTTTTATATCCAGATCA  619

seq1  TATTGAGGCATTGGAAAAAGGAGCTCCCTCCAGTATGCAGATGACTCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGGCATTGGAAAAAGGAGCTCCCTCCAGTATGCAGATGACTCAAT  669

seq1  ATCCTGAGAAGGCACCTTTATTTATACTGGAAGATCCTGCAGATACCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAGAAGGCACCTTTATTTATACTGGAAGATCCTGCAGATACCTGC  719

seq1  CTAACAAAACTCTGCTATCCTTAATGCTGTGGACTAGAAGGTACTTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAAACTCTGCTATCCTTAATGCTGTGGACTAGAAGGTACTTGATG  769

seq1  CTGAGATGCAGTGGGAATGCCCAGTAAAGAAGGAGTCCATTTCCAACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGCAGTGGGAATGCCCAGTAAAGAAGGAGTCCATTTCCAACCAA  819

seq1  AGAATGTCTTTAGATCTAACCTGAATCACAAAACAAGTAGACAAAGTCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTCTTTAGATCTAACCTGAATCACAAAACAAGTAGACAAAGTCAC  869

seq1  TGTTCGGGACACTTCCTAGAACAGGTTGCTCAGACCCCTTCAATCTGTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGGGACACTTCCTAGAACAGGTTGCTCAGACCCCTTCAATCTGTAT  919

seq1  GTTGTGAAAGTCAAAGGAATAAAAAGACAAAAGTGAGATGTTGGGAAGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAAAGTCAAAGGAATAAAAAGACAAAAGTGAGATGTTGGGAAGCT  969

seq1  CCAAATTAAAAGATATCAAAGAGACATGATAGGCCGGTGACTGGGGCCTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTAAAAGATATCAAAGAGACATGATAGGCCGGTGACTGGGGCCTG  1019

seq1  CATCCATTCATTAAGGAAGGGAGAAAACAGGGTAAGAGGAAGAAGGAAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTCATTAAGGAAGGGAGAAAACAGGGTAAGAGGAAGAAGGAAGA  1069

seq1  AAGAAATTGTCTAATGAGGACAATTAGAGGACAACGGGAAATCAGAGCAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTGTCTAATGAGGACAATTAGAGGACAACGGGAAATCAGAGCAT  1119

seq1  AGTCATTTTATTACACAGTAGTTTTGTATTGGCTTGAATTC  1191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTTATTACACAGTAGTTTTGTATTGGCTTGAATTC  1160