BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057E13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 88,177,006 - 88,347,844
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOTTMUSG00000007655, Ifna14, Ifna9, Mrpl48-ps, Ifna12, C87499, Ifna13, LOC546834, OTTMUSG00000011275, Ifna2, Ifnab
Upstream geneMllt3, BC057079, Ptplad2, Ifnb1
Downstream geneLOC546835, Klhl9, LOC100040477, Ifnz, LOC100041062, EG545645, LOC668147, OTTMUSG00000011291, OTTMUSG00000011290, OTTMUSG00000011265, Ifnz, OTTMUSG00000011269, OTTMUSG00000011270, OTTMUSG00000011272, OTTMUSG00000011268, OTTMUSG00000011273, OTTMUSG00000011282, OTTMUSG00000011285, OTTMUSG00000011289, Ifna7, Ifna11, Ifna6, Ifna5, Ifna4, Ifna1, Ifne1, LOC100040617, Mtap, LOC625574, Cdkn2a, Cdkn2b, LOC664785
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057E13.bB6Ng01-057E13.g
ACCDH879198DH879199
length919498
definitionDH879198|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057E13, 5' end.DH879199|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057E13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,177,006 - 88,177,725)(88,347,341 - 88,347,844)
sequence
gaattcagaaataaaagaggagatattttaactgctaagagaagtacaaa
ggatcatgagagaccactgtgaaaaatggaatatggcaaatagccaaaaa
tgaaagggtcacactgcttgtacccaccacgtgacccatgatgggtaagt
tgtgaacaagtagaaacatagaacagataaatcctgacaaaagagactcc
aatcacaatccaaaatctccagggaagggaggtgctttgctggaaaattc
catggatagttaaagagtgaactcagtgcttctcaagtctatccaaacac
tggagacgatagatcattttcaatgtactttatgaggccaaaaccactgt
cctagtttacttctctattgctatggtaaaagtgattttggggaaggaaa
agatttattgggtttatagtttgtcaaccattattgagggaagccaaggc
tggaactcaaggtgggaacctggaggcaggcaccgaagccaagaccatgg
aggagatgatgtttactagggtataagccacctttcttacacagcacagg
gatacctctttatagtaccacctatagtggtctcagccttcctatgtcaa
taaacaattaagaaaatgctccagagacatggtcctagctcagtcagatg
gaggcaattccttggttgaggttctctgtttccaggtaattctgggctgt
gttaagctgaccgctgaaaagctaactgtgctatgaataaaaatgaaaaa
ttaatgactgacatacttaataagcaaaatgcaaaaaaaaaaaatcagcc
aaccaaaatcagcaacacagcagatgctggtgtatctcatgatgtggatt
ctgtaatgtgaactcaatgctacgatcatctcagttgtactgttgagatt
tctctcacttttgcgattt
tgaagcttcctcattcctgagttgcagtggtcaagacccactaatgtcca
ataatatacagaaaacatttaaataaagagccttaatcacataagccaac
ccccagtgaattggttaaggatgtaggagcccgtctttcccttgttcagg
tatttcttcatttttgctccactagaagacaaagcacaggaagtctattt
gcttacaatgcaaatgtgtcctgtgagagaacacagaagggaagcagagt
agaatgaaacatttctaagagcattctgagggatggagcaagcactgggc
tatgtggagttaaccatttaaaagttttcatttagaaaatggagatgact
gaagaagcttctgagagcccactgctgttccagggagaaggcaccaacag
ccagtgtccccagcatgcgtgactaaggtcacaggggcctgtggactatt
agaaaggggctctataggttattttagcatcctttgtaaccgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_88177006_88177725
seq2: B6Ng01-057E13.b_259_964

seq1  AATCTCCAGGGAAGGGAGGTGCTTTGCTGGAAAATTCCATGGATAGTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCAGGGAAGGGAGGTGCTTTGCTGGAAAATTCCATGGATAGTTAA  50

seq1  AGAGTGAACTCAGTGCTTCTCAAGTCTATCCAAACACTGGAGACGATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAACTCAGTGCTTCTCAAGTCTATCCAAACACTGGAGACGATAGA  100

seq1  TCATTTTCAATGTACTTTATGAGGCCAAAACCACTGTCCTAGTTTACTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCAATGTACTTTATGAGGCCAAAACCACTGTCCTAGTTTACTTC  150

seq1  TCTATTGCTATGGTAAAAGTGATTTTGGGGAAGGAAAAGATTTATTGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGCTATGGTAAAAGTGATTTTGGGGAAGGAAAAGATTTATTGGGT  200

seq1  TTATAGTTTGTCAACCATTATTGAGGGAAGCCAAGGCTGGAACTCAAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTTTGTCAACCATTATTGAGGGAAGCCAAGGCTGGAACTCAAGGT  250

seq1  GGGAACCTGGAGGCAGGCACCGAAGCCAAGACCATGGAGGAGATGATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACCTGGAGGCAGGCACCGAAGCCAAGACCATGGAGGAGATGATGTT  300

seq1  TACTAGGGTATAAGCCACCTTTCTTACACAGCACAGGGATACCTCTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGGGTATAAGCCACCTTTCTTACACAGCACAGGGATACCTCTTTAT  350

seq1  AGTACCACCTATAGTGGTCTCAGCCTTCCTATGTCAATAAACAATTAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCACCTATAGTGGTCTCAGCCTTCCTATGTCAATAAACAATTAAGA  400

seq1  AAATGCTCCAGAGACATGGTCCTAGCTCAGTCAGATGGAGGCAATTCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTCCAGAGACATGGTCCTAGCTCAGTCAGATGGAGGCAATTCCTT  450

seq1  GGTTGAGGTTCTCTGTTTCCAGGTAATTCTGGGCTGTGTTAAGCTGACCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGGTTCTCTGTTTCCAGGTAATTCTGGGCTGTGTTAAGCTGACCG  500

seq1  CTGAAAAGCTAACTGTGCTATGAATAAAAATGAAAAATTAATGACTGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGCTAACTGTGCTATGAATAAAAATGAAAAATTAATGACTGACA  550

seq1  TACTTAATAAGCAAAAATGCAAAAAAAAAAAAATCAGCCAACCAAAATCA  600
      |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAATAAGC-AAAATGC-AAAAAAAAAAAATCAGCCAACCAAAATCA  598

seq1  GCAACACAGCAGAAGCATGGTGTATCTCAATGATGTGGAGTTCTGTAATG  650
      ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GCAACACAGCAGATGC-TGGTGTATCTC-ATGATGTGGA-TTCTGTAATG  645

seq1  TGAAACTCAGATGCCTACGATCATCTCTAGTTTGTACTGTTTGAGAGTCT  700
      || |||||| ||| ||||||||||||| || |||||||| |||||| | |
seq2  TG-AACTCA-ATG-CTACGATCATCTC-AG-TTGTACTG-TTGAGA-TTT  688

seq1  CTCTACACTTCTTGCGATTT  720
      |||| ||||| |||||||||
seq2  CTCT-CACTT-TTGCGATTT  706

seq1: chr4_88347341_88347844
seq2: B6Ng01-057E13.g_71_574 (reverse)

seq1  CACACACGGTTACAAAGGATGCTAAAATAACCTATAGAGCCCCTTTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACGGTTACAAAGGATGCTAAAATAACCTATAGAGCCCCTTTCTAA  50

seq1  TAGTCCACAGGCCCCTGTGACCTTAGTCACGCATGCTGGGGACACTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCACAGGCCCCTGTGACCTTAGTCACGCATGCTGGGGACACTGGCT  100

seq1  GTTGGTGCCTTCTCCCTGGAACAGCAGTGGGCTCTCAGAAGCTTCTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGCCTTCTCCCTGGAACAGCAGTGGGCTCTCAGAAGCTTCTTCAG  150

seq1  TCATCTCCATTTTCTAAATGAAAACTTTTAAATGGTTAACTCCACATAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCATTTTCTAAATGAAAACTTTTAAATGGTTAACTCCACATAGC  200

seq1  CCAGTGCTTGCTCCATCCCTCAGAATGCTCTTAGAAATGTTTCATTCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTTGCTCCATCCCTCAGAATGCTCTTAGAAATGTTTCATTCTAC  250

seq1  TCTGCTTCCCTTCTGTGTTCTCTCACAGGACACATTTGCATTGTAAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCCCTTCTGTGTTCTCTCACAGGACACATTTGCATTGTAAGCAA  300

seq1  ATAGACTTCCTGTGCTTTGTCTTCTAGTGGAGCAAAAATGAAGAAATACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTCCTGTGCTTTGTCTTCTAGTGGAGCAAAAATGAAGAAATACC  350

seq1  TGAACAAGGGAAAGACGGGCTCCTACATCCTTAACCAATTCACTGGGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAGGGAAAGACGGGCTCCTACATCCTTAACCAATTCACTGGGGGT  400

seq1  TGGCTTATGTGATTAAGGCTCTTTATTTAAATGTTTTCTGTATATTATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTATGTGATTAAGGCTCTTTATTTAAATGTTTTCTGTATATTATTG  450

seq1  GACATTAGTGGGTCTTGACCACTGCAACTCAGGAATGAGGAAGCTTCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTAGTGGGTCTTGACCACTGCAACTCAGGAATGAGGAAGCTTCAGA  500

seq1  ATTC  504
      ||||
seq2  ATTC  504