BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057F04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 99,991,434 - 100,160,310
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRor1, Ube2u
Upstream geneLOC665212, LOC638890, LOC100042589, Foxd3, Alg6, Itgb3bp, BC020077, Pgm2
Downstream geneLOC277707, LOC621573, Cachd1, LOC100039747, Raver2, Jak1, E130102H24Rik, Ak3l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057F04.bB6Ng01-057F04.g
ACCDH879226DH879227
length1,1181,022
definitionDH879226|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057F04, 5' end.DH879227|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057F04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,159,181 - 100,160,310)(99,991,434 - 99,992,459)
sequence
gaattctttgttaatactggagttttctctttgggaagcacaatcaagct
acattttcatgattataataattgcctaaataagaattcggtgcggatcc
cactatacctttcaaagtgggtggaaagcaggtgaaacttcttttcctgg
gcaagttcttggtctctggctgccgggaggatcttagttaccaaagcatg
cctggcaaatgttatttcgtattttctcattaactgatgtgtgagggcct
aacttaagatggaggtatatgcttctaaggatgtgggtcccttggtgact
atgacatttgggaaccagacattgacctgacaagaggatatgtttggttt
catcattcgtcagctttgatacgaacttacaagagagagcagctagcact
ctctggaacaaagaagaaagctgaatacatgaaggtgtagccagtgactc
gcctatgaggcaggggagcctaaagaattatgaaatactcacaggaagcc
atgttaagggttagaagctgaaataaagcctgactatatgtccacaattg
aaaacatctccatgctcccccactttttataaaatgtgtattctttgatt
gtgaagggctttaactatcaatttcaaaataagtctgcagctaaagaccc
actctctagttcctgatgaagagatttttgattgacacagcttgctctga
tcctttgaggatttaaatatgctctgtacatggtatcccttaagtgatga
gtaagtgagagaattagatatgttaaagcattaagtcaggcatggaggtg
catgtctgtaattccagttcccaggacagggaggcagcagaatcatgagt
tcaaaaccagcctgagactacatggtgagccccccacccccttattaaag
agaatcgcacacacatacttacacacaggaacatgtatcattgcaatagc
tgtattcttaactgtagatcagtaagatgctgagtactgtataattcgtg
tccacttgccaggcttgtccaaaagtctatactgggttccggttatgggt
ctactgtattaaataatatatatatatcatccaaattagcatctaaatga
catctctaagaaaagggg
gaattcacagtgcaagcgcttacatgcagatggacacccctaaaaaaatt
aaaagtagaactttttacttgtgtaaaacttaaccagtaagacaggaatc
taacccctacttgagggaatccacttgagtaacctgcatctactttccct
ggggtttatgtggtcatgtgtactggagaggaggaaacaccaaccccaaa
tgaggacccatgcaaatgtctctccatccatccatatgtctctccatcta
accatctatccatctgtccatccatccatctatccatccatccacccatc
catccatcaatccaacaacccaatataaccaagcaaactcctgctatatg
tgacacatgctgaaagctgaagatgtagtcagaggaacgttcccagttta
tggtcatcctggtcaggtgaacttcctggggccttgcctggccttgtgtt
ttaactgctggtagccgatcacaggattgtgttcagcatctcttctagtc
ttttgttagtcttggcaggacctatttgtcccacctccttacctggtgcc
tttatccatagccttccctcaagcagtgcttattgattcccagggactcc
cgtccagtgtggactcttgaacctctgggggttcacttggccattcctta
ccccatgggacaccatgtcctccagcactccaagcagagtgaactaactg
gaaaggcatcagaggacaaggctgggagtttctgtaatcacatctcgtaa
ggcagattccctgtctaaatgtagaggtgtggtgtgagcaagatagttat
caaggccacgttgtaaacactcaccagggctggatgctcaggtagttgga
tgtaagctgttagttgtcttatcaacttcactggagcacagggctgatgt
ttgtcaagcagagatgtaccacgtgacacgactgccatgctggcaatcct
gaaggaaggactcctcaccaacatgtcactggtgtctcttcaggaacatg
gagagaacgctgtgggataagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_100159181_100160310
seq2: B6Ng01-057F04.b_45_1162 (reverse)

seq1  CCCCTTTTCTTGATGATGTCATTATGATGCTAAGTTTTGAATGATAATAT  50
      |||||||||||   |||||||||  ||||||||  |||| ||||| ||||
seq2  CCCCTTTTCTTAGAGATGTCATTTAGATGCTAA--TTTGGATGAT-ATAT  47

seq1  TAATATATTATTTTAATACAGTAGACCCATATACCGGTAAACCCAGTATA  100
        |||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||
seq2  --ATATATTA-TTTAATACAGTAGACCCATA-ACCGG--AACCCAGTATA  91

seq1  GACTTTTTGGACAAGCCTGGCAAGTGGAACACGAATTATACAGTACTCAG  150
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAC-TTTTGGACAAGCCTGGCAAGTGG-ACACGAATTATACAGTACTCAG  139

seq1  CATCTTACTTGATCTACAGGTAAGAATACAGCTATTGCAATGATACATGT  200
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAC-TGATCTACAGTTAAGAATACAGCTATTGCAATGATACATGT  188

seq1  TCCTGTGTGTAAGTATGTGTGTGCGATTCTCTTTAATAAGGGGGTGGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTGTAAGTATGTGTGTGCGATTCTCTTTAATAAGGGGGTGGGGG  238

seq1  GCTCACCATGTAGTCTCAGGCTGGTTTTGAACTCATGATTCTGCTGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACCATGTAGTCTCAGGCTGGTTTTGAACTCATGATTCTGCTGCCTC  288

seq1  CCTGTCCTGGGAACTGGAATTACAGACATGCACCTCCATGCCTGACTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCTGGGAACTGGAATTACAGACATGCACCTCCATGCCTGACTTAA  338

seq1  TGCTTTAACATATCTAATTCTCTCACTTACTCATCACTTAAGGGATACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAACATATCTAATTCTCTCACTTACTCATCACTTAAGGGATACCA  388

seq1  TGTACAGAGCATATTTAAATCCTCAAAGGATCAGAGCAAGCTGTGTCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGAGCATATTTAAATCCTCAAAGGATCAGAGCAAGCTGTGTCAAT  438

seq1  CAAAAATCTCTTCATCAGGAACTAGAGAGTGGGTCTTTAGCTGCAGACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATCTCTTCATCAGGAACTAGAGAGTGGGTCTTTAGCTGCAGACTT  488

seq1  ATTTTGAAATTGATAGTTAAAGCCCTTCACAATCAAAGAATACACATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAATTGATAGTTAAAGCCCTTCACAATCAAAGAATACACATTTT  538

seq1  ATAAAAAGTGGGGGAGCATGGAGATGTTTTCAATTGTGGACATATAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGTGGGGGAGCATGGAGATGTTTTCAATTGTGGACATATAGTCA  588

seq1  GGCTTTATTTCAGCTTCTAACCCTTAACATGGCTTCCTGTGAGTATTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTATTTCAGCTTCTAACCCTTAACATGGCTTCCTGTGAGTATTTCA  638

seq1  TAATTCTTTAGGCTCCCCTGCCTCATAGGCGAGTCACTGGCTACACCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTTTAGGCTCCCCTGCCTCATAGGCGAGTCACTGGCTACACCTTC  688

seq1  ATGTATTCAGCTTTCTTCTTTGTTCCAGAGAGTGCTAGCTGCTCTCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTCAGCTTTCTTCTTTGTTCCAGAGAGTGCTAGCTGCTCTCTCTT  738

seq1  GTAAGTTCGTATCAAAGCTGACGAATGATGAAACCAAACATATCCTCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTTCGTATCAAAGCTGACGAATGATGAAACCAAACATATCCTCTTG  788

seq1  TCAGGTCAATGTCTGGTTCCCAAATGTCATAGTCACCAAGGGACCCACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCAATGTCTGGTTCCCAAATGTCATAGTCACCAAGGGACCCACAT  838

seq1  CCTTAGAAGCATATACCTCCATCTTAAGTTAGGCCCTCACACATCAGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAAGCATATACCTCCATCTTAAGTTAGGCCCTCACACATCAGTTA  888

seq1  ATGAGAAAATACGAAATAACATTTGCCAGGCATGCTTTGGTAACTAAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAATACGAAATAACATTTGCCAGGCATGCTTTGGTAACTAAGAT  938

seq1  CCTCCCGGCAGCCAGAGACCAAGAACTTGCCCAGGAAAAGAAGTTTCACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCGGCAGCCAGAGACCAAGAACTTGCCCAGGAAAAGAAGTTTCACC  988

seq1  TGCTTTCCACCCACTTTGAAAGGTATAGTGGGATCCGCACCGAATTCTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCCACCCACTTTGAAAGGTATAGTGGGATCCGCACCGAATTCTTA  1038

seq1  TTTAGGCAATTATTATAATCATGAAAATGTAGCTTGATTGTGCTTCCCAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCAATTATTATAATCATGAAAATGTAGCTTGATTGTGCTTCCCAA  1088

seq1  AGAGAAAACTCCAGTATTAACAAAGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAACTCCAGTATTAACAAAGAATTC  1118

seq1: chr4_99991434_99992459
seq2: B6Ng01-057F04.g_69_1090

seq1  GAATTCACAGTGCAAGCGCTTACATGCAGATGGACACCCCTAAAAAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGCAAGCGCTTACATGCAGATGGACACCCCTAAAAAAATT  50

seq1  AAAAGTAGAACTTTTTACTTGTGTAAAACTTAACCAGTAAGACAGGAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAGAACTTTTTACTTGTGTAAAACTTAACCAGTAAGACAGGAATC  100

seq1  TAACCCCTACTTGAGGGAATCCACTTGAGTAACCTGCATCTACTTTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCCTACTTGAGGGAATCCACTTGAGTAACCTGCATCTACTTTCCCT  150

seq1  GGGGTTTATGTGGTCATGTGTACTGGAGAGGAGGAAACACCAACCCCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTATGTGGTCATGTGTACTGGAGAGGAGGAAACACCAACCCCAAA  200

seq1  TGAGGACCCATGCAAATGTCTCTCCATCCATCCATATGTCTCTCCATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACCCATGCAAATGTCTCTCCATCCATCCATATGTCTCTCCATCTA  250

seq1  ACCATCTATCCATCTGTCCATCCATCCATCTATCCATCCATCCACCCATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTATCCATCTGTCCATCCATCCATCTATCCATCCATCCACCCATC  300

seq1  CATCCATCAATCCAACAACCCAATATAACCAAGCAAACTCCTGCTATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATCAATCCAACAACCCAATATAACCAAGCAAACTCCTGCTATATG  350

seq1  TGACACATGCTGAAAGCTGAAGATGTAGTCAGAGGAACGTTCCCAGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACATGCTGAAAGCTGAAGATGTAGTCAGAGGAACGTTCCCAGTTTA  400

seq1  TGGTCATCCTGGTCAGGTGAACTTCCTGGGGCCTTGCCTGGCCTTGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATCCTGGTCAGGTGAACTTCCTGGGGCCTTGCCTGGCCTTGTGTT  450

seq1  TTAACTGCTGGTAGCCGATCACAGGATTGTGTTCAGCATCTCTTCTAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGCTGGTAGCCGATCACAGGATTGTGTTCAGCATCTCTTCTAGTC  500

seq1  TTTTGTTAGTCTTGGCAGGACCTATTTGTCCCACCTCCTTACCTGGTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAGTCTTGGCAGGACCTATTTGTCCCACCTCCTTACCTGGTGCC  550

seq1  TTTATCCATAGCCTTCCCTCAAGCAGTGCTTATTGATTCCCAGGGACTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCATAGCCTTCCCTCAAGCAGTGCTTATTGATTCCCAGGGACTCC  600

seq1  CGTCCAGTGTGGACTCTTGAACCTCTGGGGGTTCACTTGGCCATTCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCAGTGTGGACTCTTGAACCTCTGGGGGTTCACTTGGCCATTCCTTA  650

seq1  CCCCATGGGACACCATGTCCTCCAGCACTCCAAGCAGAGTGAACTAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGGGACACCATGTCCTCCAGCACTCCAAGCAGAGTGAACTAACTG  700

seq1  GAAAGGCATCAGAGGACAAGGCTGGGAGTTTCTGTAATCACATCTCGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCATCAGAGGACAAGGCTGGGAGTTTCTGTAATCACATCTCGTAA  750

seq1  GGCAGATTCCCTGTCTAAATGTAGAGGTGTGGTGTGAGCAAGATAGTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTCCCTGTCTAAATGTAGAGGTGTGGTGTGAGCAAGATAGTTAT  800

seq1  CAAGGCCACGTTGTAAACACTCACCAGGGCTGGATGCTCAGGTAGTTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCACGTTGTAAACACTCACCAGGGCTGGATGCTCAGGTAGTTGGA  850

seq1  TGTAAGCTGTTAGTTGTCTTATCAACTTCACTGGAGCACAGGGCTGATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCTGTTAGTTGTCTTATCAACTTCACTGGAGCACAGGGCTGATGT  900

seq1  TTGTCAAGCAGAGATGTACCACGTGACACGACTGCCATGCTGGCAATCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAGCAGAGATGTACCACGTGACACGACTGCCATGCTGGCAATCCT  950

seq1  GAAGGAAGGACTCCTCACCAAACATGTCACTGGTGTCTCTTCAGGGAAAC  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  GAAGGAAGGACTCCTCACC-AACATGTCACTGGTGTCTCTTCAGG--AAC  997

seq1  AATGGAGAGAGCGCTGTGGGATAAGG  1026
       ||||||||| |||||||||||||||
seq2  -ATGGAGAGAACGCTGTGGGATAAGG  1022