BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-057M09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 75,794,602 - 75,922,781
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprd
Upstream geneLOC636847, 3110001D03Rik, LOC623529, LOC100039833, LOC100039884, LOC667845
Downstream geneLOC667858, LOC667862
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-057M09.bB6Ng01-057M09.g
ACCDH879540DH879541
length1,1181,083
definitionDH879540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057M09, 5' end.DH879541|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-057M09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,921,651 - 75,922,781)(75,794,602 - 75,795,696)
sequence
gaattctgtttttcaacttttcttcaaagaggaagccaagtagcaacaaa
aaaaaaaaaaaaaagcacaagaatgctaagcatagaggggtgggtgctaa
tctctaataacgtatggttaagaaagtggttgaacagttagtggaagttg
cagtcttatgttcagtcggggctgtgttgggtgagtgcagagggctagat
gaattgatgttcttttgtatgcacgttcttaatctctgagctctatgaag
aatgtcattttctaaatatttaatgcattgaggactttcagaaatatagc
tgtagtttaaaatctttgcctatattttattgtcatacttcacggctggg
atcccaagccatcctacagtgaagctgtcattaaaagcagcaaggaagag
acacttgggctgcatcaacaaagagcccagagaccagaggagatggagac
acataggggaatgagatcctcggctgatgaaaataactgcctcttttttc
tccctctgaagcatccatcttagaactaagtgcgtttcttattcaccttg
ctaatgccatctccactgcctctggtctcactgtcttaataacagaggtt
acattacaacatgccatagggaagcttgaatttctgaataaaaattgtaa
ttacgttgcacattatacttggtggtttctgagaattgtgtagcaatttg
attttgaaagtttgcaattccattttgtaatttattccattaaatctgac
aaatcactgccatgttgtatatctctcattttatattaaattggattttt
gtgctaatatgaggtcttgaagcataccatttgactattttcattacata
agtaatcccatatatgttcaccctatgaagttgtttcgttcacttatcca
ttcattcatccccccttcatgcaatttttctaatacaaatgattttggat
tccttactattggcagatactatgaatgaattataagaaaaaaagaattt
taaaaacggctagtacctgccggtaaattttattaaaggtaaataaaggt
tcccagaatgctctggataggaatctttaagggtttattagggggtccac
aagatacatggggatgga
gaattcagtaagtcagctatatccctatgacccaacgaagggatttctta
gaatcatagatattattagttttattctcagataactttccaattctgaa
aacacatgattattcaaaatcaaatatattaaagaatatacttgtactat
atcaacaaaggctaacagagttcttcctttctattcagtcctagaaactc
aattcatgccacactgaaatgagcaagaatggtatactgaactaatgaga
catttctgccccctactaagtactgtgatgctctgcaaatctaaaacaag
tgcccgagcctctgtgggcagcaaaatcgtgacagtggcagtgtctgaac
gcccattatctatggacataaatcagccttcataatgaacttacaagtca
aacaaactgcaaatgttcaagtctttaggttttagagtgattgcattttc
atttgatttcaactttattgtgcttcctgtatgctaagtgcttgtcctaa
aataaatatgcatcatgaatagttatggcctcttacccagggcctgctca
atataagcacactggaaaacacaatgcttgggcatcttttatgttttaag
aagaaaatattagacattaccctcacatagcatgtgatagtgatttgtca
aattcctatacttcaaacatcctttcttagacgtgtaccaattgagtact
tattaagttaccattgggttttaggtagaggtaaaggaaaagatacatga
gtcatggaaaactatgaaacacacatgagaaacattgaatacactgccta
ggatcccaaattcactgtgtctgtatctttgaattctgttgaggacagta
atggtttcatgtttgttgtaaccagacagcaaattagtttctttgtaaac
agtttacatatccagccacatgtgagaagccaaacacattcatgctgtta
ccttaagtcttaaggatctctagccatgactagttgtatctgcctgaaga
actgtcacagttcatggaatagaagggggagagatgtttgcaacttggta
catcatgtacttcaagcaatattttcaagataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_75921651_75922781
seq2: B6Ng01-057M09.b_47_1164 (reverse)

seq1  TCCATCCCCATTTGTATCTTTCTGAGACCACCTAAATAAACCTTACAGAG  50
      ||||||||||  |||||| || || |||| |||||  || ||||| ||| 
seq2  TCCATCCCCA--TGTATC-TTGTG-GACCCCCTAATAAACCCTTAAAGA-  45

seq1  TTCCTACTACA-AGCATACTTGGGAACCTTATATATCACCTCTAATAAAA  99
      |||||| | || ||||| | |||||||||| ||| | |||| ||||||||
seq2  TTCCTA-TCCAGAGCATTC-TGGGAACCTT-TAT-TTACCTTTAATAAAA  91

seq1  TTTATCAGCAAGTACTAGCCAGTTTTTTAAAAATCTTTTTTTTCTTATAA  149
      |||| | ||| ||||||||| ||||||  |||||  ||||||||||||||
seq2  TTTACCGGCAGGTACTAGCC-GTTTTT--AAAATTCTTTTTTTCTTATAA  138

seq1  -TCATTACTATGTACTCTGTCAATAGTAAGGATTCAAAATACATTTGTAT  198
       |||||  || ||| |||| |||||||||||| || |||  |||||||||
seq2  TTCATTCATA-GTA-TCTGCCAATAGTAAGGAATCCAAAATCATTTGTAT  186

seq1  TAGAAAAGTTGCATGGATGGGTGGATGAATGAATGGATAAGTGAACGAAA  248
      ||||||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATTGCAT-GAAGGGGGGATGAATGAATGGATAAGTGAACGAAA  235

seq1  CAACTTCATAGGGTGAACATATATGGGATTACTTATGTAATGAAAATAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTCATAGGGTGAACATATATGGGATTACTTATGTAATGAAAATAGT  285

seq1  CAAATGGTATGCTTCAAGACCTCATATTAGCACAAAAATCCAATTTAATA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGTATGCTTCAAGACCTCATATTAGCACAAAAATCCAATTTAATA  335

seq1  TAAAATGAGAGATATACAACATGGCAGTGATTTGTCAGATTTAATGGAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGAGAGATATACAACATGGCAGTGATTTGTCAGATTTAATGGAAT  385

seq1  AAATTACAAAATGGAATTGCAAACTTTCAAAATCAAATTGCTACACAATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACAAAATGGAATTGCAAACTTTCAAAATCAAATTGCTACACAATT  435

seq1  CTCAGAAACCACCAAGTATAATGTGCAACGTAATTACAATTTTTATTCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAACCACCAAGTATAATGTGCAACGTAATTACAATTTTTATTCAG  485

seq1  AAATTCAAGCTTCCCTATGGCATGTTGTAATGTAACCTCTGTTATTAAGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCAAGCTTCCCTATGGCATGTTGTAATGTAACCTCTGTTATTAAGA  535

seq1  CAGTGAGACCAGAGGCAGTGGAGATGGCATTAGCAAGGTGAATAAGAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGACCAGAGGCAGTGGAGATGGCATTAGCAAGGTGAATAAGAAAC  585

seq1  GCACTTAGTTCTAAGATGGATGCTTCAGAGGGAGAAAAAAGAGGCAGTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAGTTCTAAGATGGATGCTTCAGAGGGAGAAAAAAGAGGCAGTTA  635

seq1  TTTTCATCAGCCGAGGATCTCATTCCCCTATGTGTCTCCATCTCCTCTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCAGCCGAGGATCTCATTCCCCTATGTGTCTCCATCTCCTCTGG  685

seq1  TCTCTGGGCTCTTTGTTGATGCAGCCCAAGTGTCTCTTCCTTGCTGCTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGCTCTTTGTTGATGCAGCCCAAGTGTCTCTTCCTTGCTGCTTT  735

seq1  TAATGACAGCTTCACTGTAGGATGGCTTGGGATCCCAGCCGTGAAGTATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACAGCTTCACTGTAGGATGGCTTGGGATCCCAGCCGTGAAGTATG  785

seq1  ACAATAAAATATAGGCAAAGATTTTAAACTACAGCTATATTTCTGAAAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAAATATAGGCAAAGATTTTAAACTACAGCTATATTTCTGAAAGT  835

seq1  CCTCAATGCATTAAATATTTAGAAAATGACATTCTTCATAGAGCTCAGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATGCATTAAATATTTAGAAAATGACATTCTTCATAGAGCTCAGAG  885

seq1  ATTAAGAACGTGCATACAAAAGAACATCAATTCATCTAGCCCTCTGCACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAACGTGCATACAAAAGAACATCAATTCATCTAGCCCTCTGCACT  935

seq1  CACCCAACACAGCCCCGACTGAACATAAGACTGCAACTTCCACTAACTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAACACAGCCCCGACTGAACATAAGACTGCAACTTCCACTAACTGT  985

seq1  TCAACCACTTTCTTAACCATACGTTATTAGAGATTAGCACCCACCCCTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCACTTTCTTAACCATACGTTATTAGAGATTAGCACCCACCCCTCT  1035

seq1  ATGCTTAGCATTCTTGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGCTACTTGGCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGCATTCTTGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGCTACTTGGCT  1085

seq1  TCCTCTTTGAAGAAAAGTTGAAAAACAGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTGAAGAAAAGTTGAAAAACAGAATTC  1118

seq1: chr4_75794602_75795696
seq2: B6Ng01-057M09.g_71_1153

seq1  GAATTCAGTAAGTCAGCTATATCCCTATGACCCAACGAAGGGATTTCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAAGTCAGCTATATCCCTATGACCCAACGAAGGGATTTCTTA  50

seq1  GAATCATAGATATTATTAGTTTTATTCTCAGATAACTTTCCAATTCTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCATAGATATTATTAGTTTTATTCTCAGATAACTTTCCAATTCTGAA  100

seq1  AACACATGATTATTCAAAATCAAATATATTAAAGAATATACTTGTACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGATTATTCAAAATCAAATATATTAAAGAATATACTTGTACTAT  150

seq1  ATCAACAAAGGCTAACAGAGTTCTTCCTTTCTATTCAGTCCTAGAAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACAAAGGCTAACAGAGTTCTTCCTTTCTATTCAGTCCTAGAAACTC  200

seq1  AATTCATGCCACACTGAAATGAGCAAGAATGGTATACTGAACTAATGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGCCACACTGAAATGAGCAAGAATGGTATACTGAACTAATGAGA  250

seq1  CATTTCTGCCCCCTACTAAGTACTGTGATGCTCTGCAAATCTAAAACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTGCCCCCTACTAAGTACTGTGATGCTCTGCAAATCTAAAACAAG  300

seq1  TGCCCGAGCCTCTGTGGGCAGCAAAATCGTGACAGTGGCAGTGTCTGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCGAGCCTCTGTGGGCAGCAAAATCGTGACAGTGGCAGTGTCTGAAC  350

seq1  GCCCATTATCTATGGACATAAATCAGCCTTCATAATGAACTTACAAGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTATCTATGGACATAAATCAGCCTTCATAATGAACTTACAAGTCA  400

seq1  AACAAACTGCAAATGTTCAAGTCTTTAGGTTTTAGAGTGATTGCATTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTGCAAATGTTCAAGTCTTTAGGTTTTAGAGTGATTGCATTTTC  450

seq1  ATTTGATTTCAACTTTATTGTGCTTCCTGTATGCTAAGTGCTTGTCCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATTTCAACTTTATTGTGCTTCCTGTATGCTAAGTGCTTGTCCTAA  500

seq1  AATAAATATGCATCATGAATAGTTATGGCCTCTTACCCAGGGCCTGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATATGCATCATGAATAGTTATGGCCTCTTACCCAGGGCCTGCTCA  550

seq1  ATATAAGCACACTGGAAAACACAATGCTTGGGCATCTTTTATGTTTTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGCACACTGGAAAACACAATGCTTGGGCATCTTTTATGTTTTAAG  600

seq1  AAGAAAATATTAGACATTACCCTCACATAGCATGTGATAGTGATTTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATATTAGACATTACCCTCACATAGCATGTGATAGTGATTTGTCA  650

seq1  AATTCCTATACTTCAAACATCCTTTCTTAGACGTGTACCAATTGAGTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTATACTTCAAACATCCTTTCTTAGACGTGTACCAATTGAGTACT  700

seq1  TATTAAGTTACCATTGGGTTTTAGGTAGAGGTAAAGGAAAAGATACATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGTTACCATTGGGTTTTAGGTAGAGGTAAAGGAAAAGATACATGA  750

seq1  GTCATGGAAAACTATGAAACACACATGAGAAACATTGAATACACTGCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGAAAACTATGAAACACACATGAGAAACATTGAATACACTGCCTA  800

seq1  GGATCCCAAATTCACTGTGTCTGTATCTTTGAATTCTGTTGAGGACAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGATCCCAAATTCACTGTGTCTGTATCTTTGAATTCTGTTGAGGACAGT-  849

seq1  AATGGTTTCATGTTTGTTGTAACCAGACAGCAAAATTAGTTTCTTTGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTTCATGTTTGTTGTAACCAGACAGC-AAATTAGTTTCTTTGTAA  898

seq1  ACAGTTTACATATCCAGCCACATGTGAGAAGCCAAAACACATTCATGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTACATATCCAGCCACATGTGAGAAGCC-AAACACATTCATGCTG  947

seq1  TTACCTTAAGTCTTAAGGGATCTCTAGCCATGACTAGTTGTATCTGTCTG  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTACCTTAAGTCTTAA-GGATCTCTAGCCATGACTAGTTGTATCTGCCTG  996

seq1  AAGAAACTGTCACAGTTTCATGGAATAGAAAGGGGAGAGATGTTTGCAAC  1050
      ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAG-AACTGTCACAG-TTCATGGAATAGAAGGGGGAGAGATGTTTGCAAC  1044

seq1  TTTGGTAAACATCAATGTACTTCAAGCAATTATTTTTCAAGATAA  1095
       |||||  ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  -TTGGT--ACATC-ATGTACTTCAAGCAAT--ATTTTCAAGATAA  1083