BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-060I08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 87,660,856 - 87,845,168
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMllt3, BC057079
Upstream geneSlc24a2
Downstream genePtplad2, Ifnb1, OTTMUSG00000007655, Ifna14, Ifna9, Mrpl48-ps, Ifna12, C87499, Ifna13, LOC546834, OTTMUSG00000011275, Ifna2, Ifnab, LOC546835, Klhl9, LOC100040477, Ifnz, LOC100041062, EG545645, LOC668147, OTTMUSG00000011291, OTTMUSG00000011290, OTTMUSG00000011265, Ifnz, OTTMUSG00000011269, OTTMUSG00000011270, OTTMUSG00000011272, OTTMUSG00000011268, OTTMUSG00000011273, OTTMUSG00000011282, OTTMUSG00000011285, OTTMUSG00000011289, Ifna7, Ifna11, Ifna6, Ifna5, Ifna4, Ifna1, Ifne1, LOC100040617, Mtap
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-060I08.bB6Ng01-060I08.g
ACCDH881473DH881474
length1,084886
definitionDH881473|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I08, 5' end.DH881474|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-060I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,660,856 - 87,661,937)(87,844,286 - 87,845,168)
sequence
gaattcagatggactggctggagcctcggggcaaacacacgggtttaatc
acacagctgtggcttccaactcttgcccttctctgccttagcagtgaaga
tgtccctgcccctcaaacctacaacaataatgcaaaaatatgattcagac
aagcgtggtgcttctgggactttgaacattatggcattgatgttagtggt
acttggcagtgttctagttacacacttaacccaaaaatgagtttaaagtc
aatgacttggtatttcctctccttctaaacttcacaccaaaaagcctgcg
taccaagaagaataagtcaacttccacaatcccttttggtatccgcatcc
agaagcaaaagtcagactctggaaagtatgagctgctgttcctagatctg
cccgaatggaagcagaaaaggcagcgatgtgtcatactccaagtgctaaa
attacacattctctgctgtactgaacaccagtgaggcagaagctcatacc
gtaagcccagaggttatatcccacacagcaagtttatctgccgagtagaa
atgacagcatcggaaactgataggtgttaatctcttctttggtgaagcca
tgcgaagcctacagcagctgcctaactgtgcttttacagcccaaggaagc
cttccaaggtaacactggcctgggaactagatcagcaattttagcttcag
ccaaagaaggggatagatagtgaaaacaaccttatcccccagtcactaag
ttttctgacaagctaatttttactaactttaatgtctaccctcctgtgca
tcggtgagacccgtgtcttttctgtgtgtgtagacaacattaataacttc
taaatgccggctacaagagataaacttcagatagctatcgcttctttaaa
accacttataaaaatttccaggaagagttttaactactcacaggcagaac
tgagctaaaagggaaaaagggaaacgtttagtcgctgctgctgtaaaagg
tttgaccacaaatctctgatgtatcagtttagaaacatgtagacttttgt
accattttctatatgatctatacactggtgccag
gaattctttcttccaggcaaacctatggccctcttgaattctcattggct
gtgattaactgcataagattggaattgtcggtgttgtgtcattgagaggg
gaagggctcatgaggccttctcccttcccgaggcaaagtaggcccatgcc
agtggctggcaggagtttgtaaagtacgaacctctccctcagaatctata
gacagttaatgagagagtaattttcttcagtagtaaggtaatcatgatcc
tataaatagccctttaccttgctcattcatgtaagtaaccttaaccttag
ttaagttcattgttacacacacatgcacacacatgtatatacatatgcat
gcacacaatatgcatgtcacaataaaatgccataatgaaacctgttctgt
gcataattaatacacactaataaaatgtaaaaggaaataattcatctgtt
aagagcttggctccccttgataaaaccaaccatggagatgcatctggccc
acttcgcttcctattctgacctatcaatggatacacaaattgatagcatt
attggaaggtagtagccaatctggaagaggaatctggtttgaggatctct
atgactggtagcatacctttatagagtatatcttaccccggctgtttctt
gtttctctttgcttttctagctgcgataacctaggcaatttttacccatc
atgcttttgccatggtgttttctacctagccacaaaactaaatacaacag
aaccaagcaatgatggactgaaatcatctctcctctcttatgctcttttc
aagtatttgcaaagtgacacaaattctggactaaatattctttaccctca
ctcagcacaactctagtccaaattctgaagttcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_87660856_87661937
seq2: B6Ng01-060I08.b_46_1129

seq1  GAATTCAGATGGACTGGCTGGAGCCTCGGGGCAAACACACGGGTTTAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGGACTGGCTGGAGCCTCGGGGCAAACACACGGGTTTAATC  50

seq1  ACACAGCTGTGGCTTCCAACTCTTGCCCTTCTCTGCCTTAGCAGTGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTGTGGCTTCCAACTCTTGCCCTTCTCTGCCTTAGCAGTGAAGA  100

seq1  TGTCCCTGCCCCTCAAACCTACAACAATAATGCAAAAATATGATTCAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGCCCCTCAAACCTACAACAATAATGCAAAAATATGATTCAGAC  150

seq1  AAGCGTGGTGCTTCTGGGACTTTGAACATTATGGCATTGATGTTAGTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGTGGTGCTTCTGGGACTTTGAACATTATGGCATTGATGTTAGTGGT  200

seq1  ACTTGGCAGTGTTCTAGTTACACACTTAACCCAAAAATGAGTTTAAAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCAGTGTTCTAGTTACACACTTAACCCAAAAATGAGTTTAAAGTC  250

seq1  AATGACTTGGTATTTCCTCTCCTTCTAAACTTCACACCAAAAAGCCTGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTTGGTATTTCCTCTCCTTCTAAACTTCACACCAAAAAGCCTGCG  300

seq1  TACCAAGAAGAATAAGTCAACTTCCACAATCCCTTTTGGTATCCGCATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGAAGAATAAGTCAACTTCCACAATCCCTTTTGGTATCCGCATCC  350

seq1  AGAAGCAAAAGTCAGACTCTGGAAAGTATGAGCTGCTGTTCCTAGATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAAAAGTCAGACTCTGGAAAGTATGAGCTGCTGTTCCTAGATCTG  400

seq1  CCCGAATGGAAGCAGAAAAGGCAGCGATGTGTCATACTCCAAGTGCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAATGGAAGCAGAAAAGGCAGCGATGTGTCATACTCCAAGTGCTAAA  450

seq1  ATTACACATTCTCTGCTGTACTGAACACCAGTGAGGCAGAAGCTCATACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACATTCTCTGCTGTACTGAACACCAGTGAGGCAGAAGCTCATACC  500

seq1  GTAAGCCCAGAGGTTATATCCCACACAGCAAGTTTATCTGCCGAGTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCCAGAGGTTATATCCCACACAGCAAGTTTATCTGCCGAGTAGAA  550

seq1  ATGACAGCATCGGAAACTGATAGGTGTTAATCTCTTCTTTGGTGAAGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGCATCGGAAACTGATAGGTGTTAATCTCTTCTTTGGTGAAGCCA  600

seq1  TGCGAAGCCTACAGCAGCTGCCTAACTGTGCTTTTACAGCCCAAGGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAAGCCTACAGCAGCTGCCTAACTGTGCTTTTACAGCCCAAGGAAGC  650

seq1  CTTCCAAGGTAACACTGGCCTGGGAACTAGATCAGCAATTTTAGCTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGGTAACACTGGCCTGGGAACTAGATCAGCAATTTTAGCTTCAG  700

seq1  CCAAAGAAGGGGATAGATAGTGAAAACAACCTTATCCCCCAGTCACTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAAGGGGATAGATAGTGAAAACAACCTTATCCCCCAGTCACTAAG  750

seq1  TTTTCTGACAAGCTAATTTTTACTAACTTTAATGTCTACCCTCCTGTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGACAAGCTAATTTTTACTAACTTTAATGTCTACCCTCCTGTGCA  800

seq1  TCGGTGAGACCCGTGTC-TTTCTGTGTGTGTAGACAACATTAATAACTTC  849
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGAGACCCGTGTCTTTTCTGTGTGTGTAGACAACATTAATAACTTC  850

seq1  TAAATGCCGGCTACAAGAGATAAACTTCAGATAGCTATCGCTTCTTTAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCGGCTACAAGAGATAAACTTCAGATAGCTATCGCTTCTTTAAA  900

seq1  ACCACTTATAAAAACTTCCAGGAAGAGTTTTAACTACTCACAGGCAGAAC  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTATAAAAATTTCCAGGAAGAGTTTTAACTACTCACAGGCAGAAC  950

seq1  TGAGCTAAAAGGGAAAAAGGGAAACGTTTAGCCGCTGCTGCTGTAAAAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTAAAAGGGAAAAAGGGAAACGTTTAGTCGCTGCTGCTGTAAAAGG  1000

seq1  TTTGACCACAAATCTCTGATTGTATCAGTTTAGAAACATGTAGAC-TTTG  1048
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTGACCACAAATCTCTGA-TGTATCAGTTTAGAAACATGTAGACTTTTG  1049

seq1  TACCA-TTTCTATATGATCTAATACACT-GTGCCAG  1082
      ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TACCATTTTCTATATGATCT-ATACACTGGTGCCAG  1084

seq1: chr4_87844286_87845168
seq2: B6Ng01-060I08.g_71_956 (reverse)

seq1  GGTGAACTTTCAGGATTTGTGACTAGAGTTGTGCTGAGTGA-GGTTAAGA  49
      ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  GGTGAAC-TTCAGAATTTG-GACTAGAGTTGTGCTGAGTGAGGGTAAAGA  48

seq1  ATATTTTAGT-CAGAATTTGTGTCACTTTGGCAAATACTTGAAAAGAGCA  98
      ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATA-TTTAGTCCAGAATTTGTGTCACTTT-GCAAATACTTGAAAAGAGCA  96

seq1  TAAGAGAGGAGAGATGATTTCAGTCCATCATTGCTTGGTTCTGTTGTATT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGAGGAGAGATGATTTCAGTCCATCATTGCTTGGTTCTGTTGTATT  146

seq1  TAGTTCTGTGGCTAGGTAG-AAACACCATGGC-AAAGCATGATGGGT-AA  195
      ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  TAGTTTTGTGGCTAGGTAGAAAACACCATGGCAAAAGCATGATGGGTAAA  196

seq1  AATTGCCTAGGTTATCGCAGCTAG-AAAGCAAAGAGAAACAAG-AACAGC  243
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATTGCCTAGGTTATCGCAGCTAGAAAAGCAAAGAGAAACAAGAAACAGC  246

seq1  CGGGGTAAGATATACTCTATAAAGGTATGCTACCAGTCATAGAGATCCTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTAAGATATACTCTATAAAGGTATGCTACCAGTCATAGAGATCCTC  296

seq1  AAACCAGATTCCTCTTCCAGATTGGCTACTACCTTCCAATAATGCTATCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGATTCCTCTTCCAGATTGGCTACTACCTTCCAATAATGCTATCA  346

seq1  ATTTGTGTATCCATTGATAGGTCAGAATAGGAAGCGAAGTGGGCCAGATG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTATCCATTGATAGGTCAGAATAGGAAGCGAAGTGGGCCAGATG  396

seq1  CATCTCCATGGTTGGTTTTATCAAGGGGAGCCAAGCTCTTAACAGATGAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCATGGTTGGTTTTATCAAGGGGAGCCAAGCTCTTAACAGATGAA  446

seq1  TTATTTCCTTTTACATTTTATTAGTGTGTATTAATTATGCACAGAACAGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCTTTTACATTTTATTAGTGTGTATTAATTATGCACAGAACAGG  496

seq1  TTTCATTATGGCATTTTATTGTGACATGCATATTGTGTGCATGCATATGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTATGGCATTTTATTGTGACATGCATATTGTGTGCATGCATATGT  546

seq1  ATATACATGTGTGTGCATGTGTGTGTAACAATGAACTTAACTAAGGTTAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATGTGTGTGCATGTGTGTGTAACAATGAACTTAACTAAGGTTAA  596

seq1  GGTTACTTACATGAATGAGCAAGGTAAAGGGCTATTTATAGGATCATGAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACTTACATGAATGAGCAAGGTAAAGGGCTATTTATAGGATCATGAT  646

seq1  TACCTTACTACTGAAGAAAATTACTCTCTCATTAACTGTCTATAGATTCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTACTACTGAAGAAAATTACTCTCTCATTAACTGTCTATAGATTCT  696

seq1  GAGGGAGAGGTTCGTACTTTACAAACTCCTGCCAGCCACTGGCATGGGCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAGGTTCGTACTTTACAAACTCCTGCCAGCCACTGGCATGGGCC  746

seq1  TACTTTGCCTCGGGAAGGGAGAAGGCCTCATGAGCCCTTCCCCTCTCAAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGCCTCGGGAAGGGAGAAGGCCTCATGAGCCCTTCCCCTCTCAAT  796

seq1  GACACAACACCGACAATTCCAATCTTATGCAGTTAATCACAGCCAATGAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAACACCGACAATTCCAATCTTATGCAGTTAATCACAGCCAATGAG  846

seq1  AATTCAAGAGGGCCATAGGTTTGCCTGGAAGAAAGAATTC  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGAGGGCCATAGGTTTGCCTGGAAGAAAGAATTC  886