BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-061J06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 152,510,249 - 152,653,596
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042089
Upstream geneEspn, LOC100043284, Hes2, Acot7, Gpr153, Hes3, Icmt, Rnf207, Rpl22, Chd5, Kcnab2, LOC100042028, Nphp4, LOC667039, Gm833
Downstream geneAjap1, BC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-061J06.bB6Ng01-061J06.g
ACCDH882215DH882216
length1,140632
definitionDH882215|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061J06, 5' end.DH882216|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-061J06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,510,249 - 152,511,408)(152,652,965 - 152,653,596)
sequence
gaattcacctgtcaaagaaaatacatgtatttttccatcactaaggaatg
gctttattaatctcgcaatgggaaggagtgagctatgatgctgggagaca
tgcccagaaacagcctccaagtgcacctccagaagaaaagggcattctgt
gtggaatggttcaaacaggagagaagattgcgggcatgtgcgccagacac
accatgctagattccgggcatgcgctaccagtcatgccattgggcatgcg
ccatcagacccgctgtgctggattccgggcatgcgcgttcagacacgcca
ttgagcatgtgcagtgagacatgctatgctggattggcggctgaagtcga
cgtattttattttgggattctagattctcaggatagttttcttgtggaaa
aagaaggagtcttgtttcagatttctgtggagaatagaaagctagctaat
acatggttgcgagctcatgtctgcatcagacacatgattgttaatattaa
cgctcagcttcgcagcatcttgagtcccgaagaagacaaacctttcagca
tggaagtttctagattaggttaacggaggtggaaagacaagatagaaagc
caggattggtacctgagcttcttctccaccttccacatatgtgcagaggt
acacacgtatcaatcatgcatgttgtatgaaggttggctttcgatcttat
ctgagacagacttccttgctgtttgtatctgtgtcaggatagctgaccta
agcttgcagagatgccctgtctcatgttccatctcaccacaggaatgctg
ggattgcagatacgtccttcctttaagtagatagtaggatccaaatccag
gtccttacatctgtatggcaaagtgctttgcccactgaggtgtctctcca
gaccgggcttcccattctgtttcattgatctgttggccattgttattaca
cactacctcatcgatagcttaagtttcttatcatctgtctaataaggaaa
tgatactcttccaacctgcttggacctttgctactctgagagccaaatag
cactctggatatcattgaatttgcggatcaattgtcagtcctggggtagt
ctttgggagttgcaggatgcagtactctaagttcatgagg
gaattcaaagaacttagctccaactttgcctcatgtaaccatttccaaac
tctgtcagctggaatacaagacttggaataagtttgtcttgggaccttca
ggaaatgtgagccactgtcctataatgtgcccacagcagatgtaactaac
caatcatggcaaccactctcgtccttcttaggagaccttatgtcagtgca
gaatagacataagaagggtcaccgcctatcatatgactgtctttatatct
ttgggaatgagtccagtgagggtgtcagctgtggagtagccagggttcca
caggagtagatttgggaactctctttctcctggatatggagttaggttgt
aaaagttgaaccgtcttctgtcctaccatcaaaggaacaggacatcagaa
catggacttaggtccttcgacagagaaaacagacaacaaaggcagcactg
tagcccccaaacttgtgtgatgacatcctaattccaggctctcaagagtg
tgctagagtctgagtggatttgatggtgtgtgtgtaaagagggagctaag
ctaaagtgaggccatttgggtgagaggtcaccaggtgactctcatgcatc
cctgtgttggtggggaggtaggggcagatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_152510249_152511408
seq2: B6Ng01-061J06.b_44_1183

seq1  GAATTCACCTGTCAAAGAAAATACATGTATTTTTCCATCACTAAGGAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGTCAAAGAAAATACATGTATTTTTCCATCACTAAGGAATG  50

seq1  GCTTTATTAATCTCGCAATGGGAAGGAGTGAGCTATGATGCTGGGAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATTAATCTCGCAATGGGAAGGAGTGAGCTATGATGCTGGGAGACA  100

seq1  TGCCCAGAAACAGCCTCCAAGTGCACCTCCAGAAGAAAAGGGCATTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGAAACAGCCTCCAAGTGCACCTCCAGAAGAAAAGGGCATTCTGT  150

seq1  GTGGAATGGTTCAAACAGGAGAGAAGATTGCGGGCATGTGCGCCAGACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATGGTTCAAACAGGAGAGAAGATTGCGGGCATGTGCGCCAGACAC  200

seq1  ACCATGCTAGATTCCGGGCATGCGCTACCAGTCATGCCATTGGGCATGCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCTAGATTCCGGGCATGCGCTACCAGTCATGCCATTGGGCATGCG  250

seq1  CCATCAGACCCGCTGTGCTGGATTCCGGGCATGCGCGTTCAGACACGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGACCCGCTGTGCTGGATTCCGGGCATGCGCGTTCAGACACGCCA  300

seq1  TTGAGCATGTGCAGTGAGACATGCTATGCTGGATTGGCGGCTGAAGTCGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCATGTGCAGTGAGACATGCTATGCTGGATTGGCGGCTGAAGTCGA  350

seq1  CGTATTTTATTTTGGGATTCTAGATTCTCAGGATAGTTTTCTTGTGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATTTTATTTTGGGATTCTAGATTCTCAGGATAGTTTTCTTGTGGAAA  400

seq1  AAGAAGGAGTCTTGTTTCAGATTTCTGTGGAGAATAGAAAGCTAGCTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAGTCTTGTTTCAGATTTCTGTGGAGAATAGAAAGCTAGCTAAT  450

seq1  ACATGGTTGCGAGCTCATGTCTGCATCAGACACATGATTGTTAATATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTTGCGAGCTCATGTCTGCATCAGACACATGATTGTTAATATTAA  500

seq1  CGCTCAGCTTCGCAGCATCTTGAGTCCCGAAGAAGACAAACCTTTCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCAGCTTCGCAGCATCTTGAGTCCCGAAGAAGACAAACCTTTCAGCA  550

seq1  TGGAAGTTTCTAGATTAGGTTAACGGAGGTGGAAAGACAAGATAGAAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTTTCTAGATTAGGTTAACGGAGGTGGAAAGACAAGATAGAAAGC  600

seq1  CAGGATTGGTACCTGAGCTTCTTCTCCACCTTCCACATATGTGCAGAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTGGTACCTGAGCTTCTTCTCCACCTTCCACATATGTGCAGAGGT  650

seq1  ACACACGTATCAATCATGCATGTTGTATGAAGGTTGGCTTTCGATCTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACGTATCAATCATGCATGTTGTATGAAGGTTGGCTTTCGATCTTAT  700

seq1  CTGAGACAGACTTCCTTGCTGTTTGTATCTGTGTCAGGATAGCTGACCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACAGACTTCCTTGCTGTTTGTATCTGTGTCAGGATAGCTGACCTA  750

seq1  AGCTTGCAGAGATGCCCTGTCTCATGTTCCATCTCACCACAGGAATGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCAGAGATGCCCTGTCTCATGTTCCATCTCACCACAGGAATGCTG  800

seq1  GGATTGCAGATACGTCCTTCCTTTAAGTAGATAGTAGGATCCAAATCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAGATACGTCCTTCCTTTAAGTAGATAGTAGGATCCAAATCCAG  850

seq1  GTCCTTACATCTGTATGGCAAAGTGCTTTGCCCACTGAGGTGTCTCTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTACATCTGTATGGCAAAGTGCTTTGCCCACTGAGGTGTCTCTCCA  900

seq1  GACCGGGCTTCCCATTCTGTTTCATTGATCTGTTTGGCCATTGTTATTTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GACCGGGCTTCCCATTCTGTTTCATTGATCTG-TTGGCCATTGTTA-TTA  948

seq1  CACACTACCTCATCGATTAGCTTAAGTTTCTTATCATCTGTCTAATAAGG  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTACCTCATCGA-TAGCTTAAGTTTCTTATCATCTGTCTAATAAGG  997

seq1  AAATGATACTCTCCCAACCCTGCTTTGGACCTTTGGCTACCCTGAGTAGC  1050
      |||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||| ||||| |||
seq2  AAATGATACTCTTCCAA-CCTGC-TTGGACCTTT-GCTACTCTGAG-AGC  1043

seq1  CAAATATGCACTCCTGGATATTCATATGAATTTGCGGATCAATTTGTCAG  1100
      |||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAATA-GCACT-CTGGATA-TCAT-TGAATTTGCGGATCAA-TTGTCAG  1088

seq1  TCCTGGGTGTAGGTCCTTTGGAGTTTTGCAAGGATGGCAGCAACTCTAAG  1150
      ||||||| ||| ||| || ||||  |||| ||||| ||||  ||||||||
seq2  TCCTGGG-GTA-GTCTTTGGGAG--TTGC-AGGAT-GCAG-TACTCTAAG  1131

seq1  TTCAATGAGG  1160
      ||| ||||||
seq2  TTC-ATGAGG  1140

seq1: chr4_152652965_152653596
seq2: B6Ng01-061J06.g_70_701 (reverse)

seq1  CAGATCTGCCCCTACCTCCCCACCAACACAGGGATGCATGAGAGTCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGCCCCTACCTCCCCACCAACACAGGGATGCATGAGAGTCACCT  50

seq1  GGTGACCTCTCACCCAAATGGCCTCACTTTAGCTTAGCTCCCTCTTTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCTCTCACCCAAATGGCCTCACTTTAGCTTAGCTCCCTCTTTACA  100

seq1  CACACACCATCAAATCCACTCAGACTCTAGCACACTCTTGAGAGCCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCATCAAATCCACTCAGACTCTAGCACACTCTTGAGAGCCTGGA  150

seq1  ATTAGGATGTCATCACACAAGTTTGGGGGCTACAGTGCTGCCTTTGTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGATGTCATCACACAAGTTTGGGGGCTACAGTGCTGCCTTTGTTGT  200

seq1  CTGTTTTCTCTGTCGAAGGACCTAAGTCCATGTTCTGATGTCCTGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTCTGTCGAAGGACCTAAGTCCATGTTCTGATGTCCTGTTCCT  250

seq1  TTGATGGTAGGACAGAAGACGGTTCAACTTTTACAACCTAACTCCATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGTAGGACAGAAGACGGTTCAACTTTTACAACCTAACTCCATATC  300

seq1  CAGGAGAAAGAGAGTTCCCAAATCTACTCCTGTGGAACCCTGGCTACTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAAAGAGAGTTCCCAAATCTACTCCTGTGGAACCCTGGCTACTCC  350

seq1  ACAGCTGACACCCTCACTGGACTCATTCCCAAAGATATAAAGACAGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGACACCCTCACTGGACTCATTCCCAAAGATATAAAGACAGTCAT  400

seq1  ATGATAGGCGGTGACCCTTCTTATGTCTATTCTGCACTGACATAAGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGGCGGTGACCCTTCTTATGTCTATTCTGCACTGACATAAGGTCT  450

seq1  CCTAAGAAGGACGAGAGTGGTTGCCATGATTGGTTAGTTACATCTGCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAAGGACGAGAGTGGTTGCCATGATTGGTTAGTTACATCTGCTGT  500

seq1  GGGCACATTATAGGACAGTGGCTCACATTTCCTGAAGGTCCCAAGACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACATTATAGGACAGTGGCTCACATTTCCTGAAGGTCCCAAGACAAA  550

seq1  CTTATTCCAAGTCTTGTATTCCAGCTGACAGAGTTTGGAAATGGTTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCCAAGTCTTGTATTCCAGCTGACAGAGTTTGGAAATGGTTACAT  600

seq1  GAGGCAAAGTTGGAGCTAAGTTCTTTGAATTC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAAGTTGGAGCTAAGTTCTTTGAATTC  632