BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062C20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 125,322,540 - 125,502,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrik3
Upstream genePou3f1, Utp11l, Fhl3, Sf3a3, LOC664991, Inpp5b, LOC100039433, Mtf1, Yrdc, Gm50, Epha10, Cdca8, 9930104L06Rik, Rspo1, Gnl2, Dnali1, Snip1, 2310005N01Rik, Zc3h12a, LOC100039298, Ftl2
Downstream geneCsf3r, Mrps15, 1810007P19Rik, LOC100039645, Lsm10, Stk40, 2610027C15Rik, 1700029G01Rik, Thrap3, Mtap7d1, Trappc3, Col8a2, EG667193, Adprhl2, Tekt2, Eif2c3, Eif2c1, LOC100039351, Eif2c4, Clspn, LOC665197, 5730409E04Rik, LOC620877, Psmb2, Tcfap2e, Ncdn, AU040320
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062C20.bB6Ng01-062C20.g
ACCDH882654DH882655
length1,137893
definitionDH882654|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062C20, 5' end.DH882655|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062C20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,322,540 - 125,323,689)(125,501,755 - 125,502,649)
sequence
gaattcagtgtgtcaacatttggcatcggaaatgcaactttttgccaagc
tgcagagttgcccacagttcaccgtgttgagcacttagggtcttggcccc
ggggcagtttgaacaaaaaaacacgaaaacaagagctgaacaaagaggcc
tcttctccagctcctccatgccactgccctcataccccagggatgggggt
gctctgtgccactgggcataggaaacgcacgtcatagagaagcccagacg
ggagtctgacttggagggagtgactccatgccctgccacccactagaact
tacatctagactgtcccccgtggcctcagctcctgctttggatacttgtt
ccatagctggtggcagtaattttggaggaccttaggagatagggccagct
gctgtaactaggtccttcagggttacacacagcccctggttcctgccaca
cttcctgcttcctgctccaccatcataggaacacttatttcaacacattc
ccacctctccagtgtccactgcttactctcccttcccctgactatgatag
gatccaagtctctgaaacccaaagctagaataagcctttatttgcttgaa
cttgtctgtcagggattttgtcacagccctgaaaaaaagcaatcccatgc
ccccattgcagctaggcaccaggcagagcagcctctctagcacgtgagcc
tccccatcagtggttctccatctaatgctgcgacccttcagtacagttcc
tcatgatgtggtgacccccaaccatagaattatttcattgctacatcata
acttattttgctactgtttgaatcataatataaatatctgatatacatga
tatctgacatggcatccccaagggggtcttgacacacaggttgagaacca
ctgctctccaccaaagcagagatgccatccttcatactgagtcagaggcc
ctgggaaggctactaattgagcctctgtcaagtcttggcagagcctcaca
ctgagatgggtgagcataagcatggtctcagcagctcaacttcagcccaa
acttacataccactgcaaatcgacaatctgctcactctcaggcttctgga
aggggctctagcctggtctagagcgacttcatcagtg
gaattctcttcctcttgggggcacactgggaccttgtgtggacacacttg
ccatgggacagatggggagccagggttgacctggcctctctggggctctg
aaggagaagagcctccttcaggggccacagatatgtttgggttttctcac
agcagaaccattgaacactcactcagctcctgcagggtacatgtgtgttt
gtgtgtggttgcccatgtatatgttttttctgtgcaagtgaatatctgtc
tctgtctttctctctgtatttttgttgctcataggctgaactttaaatac
ttcttgcttccccaaggcactggttcctgagccctgtgcaagttcatctc
ctgccttctatgctcctgaccatcttgtctcactcctcagtatggactgg
aaaagcccagcttctgggtcctcaggcttctcctgagagaagttacattg
ggagaggacctcttggtgggctatggcttcccaccttctgctggttgacc
ttgcttctctgttccagtctcagcaccttgtctccctgtcccctgcccat
cctccccccacttccctgtgaggtgctcctctctcccagtctgcctctcc
ttcccctaaactcttctctctgtcactctctccgcggtcctggccaccag
cacatgccgacagctgctcctatgggaggtgtgaagaagagctggcagct
gagcttctatagaggttctgagccaggagtccctggggctgctctgcact
ggggatgggggtggctgtgtccttgagtggagagaatcctgggaaagtga
aaagaggaaggtgaaggatcttccatcaggggtagggtattgctaggaga
ggccaaagcttgtggggagttagaagttagtatggtaaggaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_125322540_125323689
seq2: B6Ng01-062C20.b_46_1182

seq1  GAATTCAGTGTGTCAACATTTGGCATCGGAAATGCAACTTTTTGCCAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTGTCAACATTTGGCATCGGAAATGCAACTTTTTGCCAAGC  50

seq1  TGCAGAGTTGCCCACAGTTCACCGTGTTGAGCACTTAGGGTCTTGGCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGTTGCCCACAGTTCACCGTGTTGAGCACTTAGGGTCTTGGCCCC  100

seq1  GGGGCAGTTTGAACAAAAAAACACGAAAACAAGAGCTGAACAAAGAGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGTTTGAACAAAAAAACACGAAAACAAGAGCTGAACAAAGAGGCC  150

seq1  TCTTCTCCAGCTCCTCCATGCCACTGCCCTCATACCCCAGGGATGGGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCCAGCTCCTCCATGCCACTGCCCTCATACCCCAGGGATGGGGGT  200

seq1  GCTCTGTGCCACTGGGCATAGGAAACGCACGTCATAGAGAAGCCCAGACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGCCACTGGGCATAGGAAACGCACGTCATAGAGAAGCCCAGACG  250

seq1  GGAGTCTGACTTGGAGGGAGTGACTCCATGCCCTGCCACCCACTAGAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTGACTTGGAGGGAGTGACTCCATGCCCTGCCACCCACTAGAACT  300

seq1  TACATCTAGACTGTCCCCCGTGGCCTCAGCTCCTGCTTTGGATACTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTAGACTGTCCCCCGTGGCCTCAGCTCCTGCTTTGGATACTTGTT  350

seq1  CCATAGCTGGTGGCAGTAATTTTGGAGGACCTTAGGAGATAGGGCCAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGCTGGTGGCAGTAATTTTGGAGGACCTTAGGAGATAGGGCCAGCT  400

seq1  GCTGTAACTAGGTCCTTCAGGGTTACACACAGCCCCTGGTTCCTGCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAACTAGGTCCTTCAGGGTTACACACAGCCCCTGGTTCCTGCCACA  450

seq1  CTTCCTGCTTCCTGCTCCACCATCATAGGAACACTTATTTCAACACATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCTTCCTGCTCCACCATCATAGGAACACTTATTTCAACACATTC  500

seq1  CCACCTCTCCAGTGTCCACTGCTTACTCTCCCTTCCCCTGACTATGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCTCCAGTGTCCACTGCTTACTCTCCCTTCCCCTGACTATGATAG  550

seq1  GATCCAAGTCTCTGAAACCCAAAGCTAGAATAAGCCTTTATTTGCTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCAAGTCTCTGAAACCCAAAGCTAGAATAAGCCTTTATTTGCTTGAA  600

seq1  CTTGTCTGTCAGGGATTTTGTCACAGCCCTGAAAAAAAGCAATCCCATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGTCAGGGATTTTGTCACAGCCCTGAAAAAAAGCAATCCCATGC  650

seq1  CCCCATTGCAGCTAGGCACCAGGCAGAGCAGCCTCTCTAGCACGTGAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTGCAGCTAGGCACCAGGCAGAGCAGCCTCTCTAGCACGTGAGCC  700

seq1  TCCCCATCAGTGGTTCTCCATCTAATGCTGCGACCCTTCAGTACAGTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATCAGTGGTTCTCCATCTAATGCTGCGACCCTTCAGTACAGTTCC  750

seq1  TCATGATGTGGTGACCCCCAACCATAGAATTATTTCATTGCTACATCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGATGTGGTGACCCCCAACCATAGAATTATTTCATTGCTACATCATA  800

seq1  ACTTATTTTGCTACTGTTTGAATCATAATATAAATATCTGATATACATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTTTGCTACTGTTTGAATCATAATATAAATATCTGATATACATGA  850

seq1  TATCTGACATGGCATCCCCAAGGGGGTCTTGACACACAGGTTGAGAACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGACATGGCATCCCCAAGGGGGTCTTGACACACAGGTTGAGAACCA  900

seq1  CTGCTCCCCACCAAAGCAGAGATGCCATCCTTCATACTGAGTCAGAGGCC  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCCACCAAAGCAGAGATGCCATCCTTCATACTGAGTCAGAGGCC  950

seq1  CTGGGAAGGCTACTAATTGAGCCTCTGTCAAGTCTTGGCAGAGCCTCACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAGGCTACTAATTGAGCCTCTGTCAAGTCTTGGCAGAGCCTCACA  1000

seq1  CTGAGATGGGTGAGCATTAGGCATGGTCCCAGCAGCTCAACTCCAGCCCC  1050
      |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| |||
seq2  CTGAGATGGGTGAGCA-TAAGCATGGTCTCAGCAGCTCAACTTCAG-CCC  1048

seq1  AAACTTACATACACACTGCAAATCGACAATCTGCCTCACTCTCCAGGCCT  1100
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  
seq2  AAACTTACATAC-CACTGCAAATCGACAATCTG-CTCACTCT-CAGGC--  1093

seq1  TCCTGGAAGGGGCTCTTAGGCCTGGGTCTAGAAGCAGACTTCTATCAGTG  1150
      | ||||||||||||||   |||| ||||||| ||| |||||| |||||||
seq2  TTCTGGAAGGGGCTCT--AGCCT-GGTCTAG-AGC-GACTTC-ATCAGTG  1137

seq1: chr4_125501755_125502649
seq2: B6Ng01-062C20.g_66_958 (reverse)

seq1  GTTCCTCACCATACTAACTTCTAACTCCCCACAGGCTTTGGCCCTCTCCT  50
      |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  GTTCCTTACCATACTAACTTCTAACTCCCCACAAGCTTTGG-CCTCTCCT  49

seq1  AGCAATACCCTACCCCTGATGGAAGTTCCTTCCCCTTCCTCTTTTCACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCAATACCCTACCCCTGATGGAAGATCCTTCACCTTCCTCTTTTCACTT  99

seq1  TCCCAGGGATTCTCTCCACTCAAGGACACAGCCACCCCCATCCCCAGTGC  150
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCA-GGATTCTCTCCACTCAAGGACACAGCCACCCCCATCCCCAGTGC  148

seq1  AGAGCAGCCCCAGGGACTCCTGGCTCAGAACCTCTATAGAAGCTCAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCCCCAGGGACTCCTGGCTCAGAACCTCTATAGAAGCTCAGCTG  198

seq1  CCAGCTCTTCTTCACACCTCCCATAGGAGCAGCTGTCGGCATGTGCTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCTTCTTCACACCTCCCATAGGAGCAGCTGTCGGCATGTGCTGGT  248

seq1  GGCCAGGACCGCGGAGAGAGTGACAGAGAGAAGAGTTTAGGGGAAGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGACCGCGGAGAGAGTGACAGAGAGAAGAGTTTAGGGGAAGGAGA  298

seq1  GGCAGACTGGGAGAGAGGAGCACCTCACAGGGAAGTGGGGGGAGGATGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACTGGGAGAGAGGAGCACCTCACAGGGAAGTGGGGGGAGGATGGG  348

seq1  CAGGGGACAGGGAGACAAGGTGCTGAGACTGGAACAGAGAAGCAAGGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGACAGGGAGACAAGGTGCTGAGACTGGAACAGAGAAGCAAGGTCA  398

seq1  ACCAGCAGAAGGTGGGAAGCCATAGCCCACCAAGAGGTCCTCTCCCAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAGAAGGTGGGAAGCCATAGCCCACCAAGAGGTCCTCTCCCAATG  448

seq1  TAACTTCTCTCAGGAGAAGCCTGAGGACCCAGAAGCTGGGCTTTTCCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTCTCAGGAGAAGCCTGAGGACCCAGAAGCTGGGCTTTTCCAGT  498

seq1  CCATACTGAGGAGTGAGACAAGATGGTCAGGAGCATAGAAGGCAGGAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTGAGGAGTGAGACAAGATGGTCAGGAGCATAGAAGGCAGGAGAT  548

seq1  GAACTTGCACAGGGCTCAGGAACCAGTGCCTTGGGGAAGCAAGAAGTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGCACAGGGCTCAGGAACCAGTGCCTTGGGGAAGCAAGAAGTATT  598

seq1  TAAAGTTCAGCCTATGAGCAACAAAAATACAGAGAGAAAGACAGAGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTCAGCCTATGAGCAACAAAAATACAGAGAGAAAGACAGAGACAG  648

seq1  ATATTCACTTGCACAGAAAAAACATATACATGGGCAACCACACACAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCACTTGCACAGAAAAAACATATACATGGGCAACCACACACAAACA  698

seq1  CACATGTACCCTGCAGGAGCTGAGTGAGTGTTCAATGGTTCTGCTGTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTACCCTGCAGGAGCTGAGTGAGTGTTCAATGGTTCTGCTGTGAG  748

seq1  AAAACCCAAACATATCTGTGGCCCCTGAAGGAGGCTCTTCTCCTTCAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCAAACATATCTGTGGCCCCTGAAGGAGGCTCTTCTCCTTCAGAG  798

seq1  CCCCAGAGAGGCCAGGTCAACCCTGGCTCCCCATCTGTCCCATGGCAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGAGGCCAGGTCAACCCTGGCTCCCCATCTGTCCCATGGCAAGT  848

seq1  GTGTCCACACAAGGTCCCAGTGTGCCCCCAAGAGGAAGAGAATTC  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCACACAAGGTCCCAGTGTGCCCCCAAGAGGAAGAGAATTC  893