BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063A11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 43,400,706 - 43,485,579
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRusc2, 4833436C18Rik, Tesk1, Cd72
Upstream geneLOC100039323, LOC665845, LOC100039973, LOC100039986, 4933409K07Rik, LOC100039344, LOC100039995, EG623054, Ccl19-ps2, LOC100039331, LOC100039131, LOC100040035, LOC100040048, Il11ra2, LOC665962, LOC545614, 1700008B15Rik, Ccl19, Ccl21b, LOC100039205, LOC433698, BC049635, N28178, Dnajb5, 1700022I11Rik, Vcp, Fancg, Pigo, Stoml2, B230312A22Rik, Unc13b, 4930417M19Rik
Downstream geneSit1, Rmrp, LOC622404, E130306D19Rik, Car9, Tpm2, Tln1, Creb3, Gba2, 1110029E03Rik, LOC100039672, LOC100040179, Npr2, Spag8, Hint2, Serf2-ps, 4930412F15Rik, Olfr70, Olfr71, LOC100039781, 5430416O09Rik, A630077J23Rik, GA_x5J8B7W5BNN-892919-892147, Olfr159, Olfr29-ps1, Olfr156, LOC100040268, Olfr155, Reck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313, OTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063A11.bB6Ng01-063A11.g
ACCDH883249DH883250
length8181,108
definitionDH883249|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063A11, 5' end.DH883250|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,485,026 - 43,485,579)(43,400,706 - 43,401,802)
sequence
gaattcagtctatagcccaggcttaagggggcagggcagggccaccttca
aggaaactggatgaaatttggaagcaataagaattctcctttctgtcttt
aaatatttttttatttttttcattttagcttcactttttaaaaaaagatt
tatttattttatgtatatgagtacaccattgctctcttcagacacaccag
aagagggcatcagatcccattacagatggttgtgagccaccatgtggttg
ctgggaattgaactcaggacctctagaagagtagtcagtgctcttaactg
ctgagccatctctccagcccttagcttcactttttactttattttatgtg
tatgagtgttttgcctgcaggtacctatgtgtaccttatatgtgcctgat
tccggcaaaggtcagaagaaagtgctggaccccctggaactgcagttatg
ggtgatcgtgagccaccatgttggttctgggaactgaacctaggtcctct
actagaacaacaaatgctcttaaccacggaaccaatgtatctcacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaccacacacac
acacatacacacatacacacacatacacacatacacacacacacacatac
tcacacacacacatacacacacatacacatacacacacacatacacacac
atacacatacacacatacacacacacacaaatacacatacacacacacta
cacacacacacatacacacacacacatacacatacacacacataccacac
acttaacacttcacacac
gaattcactctgtagcctaggctagcctcaaactctcagagatccacctt
cctctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgaaccatcactgcccgg
cttaaaacaatttttttttaatatttattttatatgagtacaccattgct
ctcttcagacacaccagaagagggcatcagatcccattacagatggtcgt
gagccatcatgtggttgctgggatttgaactcaggacctctggaagagca
gtcagtgctcttaaccactgagccatctctccagccccaaacaaatcttt
tttttaacgatccataggtggggcactgcctggcttaaaataatttaaaa
aacaaaatccctaggaagggcagatggtgtgggttcatgggccaccctgg
gaagtgctgctattccagttgtaatctcagccccttaccctttagatctc
acctgatcagtgtaaggggttttcttgtttggttttactgttattgtttt
gttttgacacatggtctcactatgtagtcctaactgacctggaactcact
atgtagaccaggctggccctgaatttacagagatccaactctccttcctc
ccaagcactggattaaaggcgtgtgtcaccaccccagctaaaacaaaaat
ctaagagaagctatgtggagtggggaggtggctgctctcatggaagacct
gggttcagttcccagtacctaagcaccatctcacaaccacctgtaacctc
cagctccaggggatctgacaccctcttctggcctcctggtacatggagag
gtgctcatacatacatggtgcaatgcatgctcatacatacatggtgcaat
gcatgctcatacatacatgtgcaatgcaaacatacatacttgggtactat
tgcatacatacttggtaccatgcataacatttcatgcatgggcagtgcat
gcatacatactggtaccatgcatacatcatgcatggtgcatgcatgcata
ctacatggtgcatgcatacatcatacatgtacacatgcatgcatactaca
tacatacataattgtgtaatgcatacataataatggtgccatgcatatat
atacatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_43485026_43485579
seq2: B6Ng01-063A11.b_50_603 (reverse)

seq1  TGTGTGTGTGTGAGATACATTGGTTCCGTGGTTAAGAGCATTTGTTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGAGATACATTGGTTCCGTGGTTAAGAGCATTTGTTGTTC  50

seq1  TAGTAGAGGACCTAGGTTCAGTTCCCAGAACCAACATGGTGGCTCACGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGAGGACCTAGGTTCAGTTCCCAGAACCAACATGGTGGCTCACGAT  100

seq1  CACCCATAACTGCAGTTCCAGGGGGTCCAGCACTTTCTTCTGACCTTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATAACTGCAGTTCCAGGGGGTCCAGCACTTTCTTCTGACCTTTGC  150

seq1  CGGAATCAGGCACATATAAGGTACACATAGGTACCTGCAGGCAAAACACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATCAGGCACATATAAGGTACACATAGGTACCTGCAGGCAAAACACT  200

seq1  CATACACATAAAATAAAGTAAAAAGTGAAGCTAAGGGCTGGAGAGATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACATAAAATAAAGTAAAAAGTGAAGCTAAGGGCTGGAGAGATGGC  250

seq1  TCAGCAGTTAAGAGCACTGACTACTCTTCTAGAGGTCCTGAGTTCAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTTAAGAGCACTGACTACTCTTCTAGAGGTCCTGAGTTCAATTC  300

seq1  CCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCC  350

seq1  TCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAGCAATGGTGTACTCATATACATAAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGTGTGTCTGAAGAGAGCAATGGTGTACTCATATACATAAAATA  400

seq1  AATAAATCTTTTTTTAAAAAGTGAAGCTAAAATGAAAAAAATAAAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATCTTTTTTTAAAAAGTGAAGCTAAAATGAAAAAAATAAAAAAAT  450

seq1  ATTTAAAGACAGAAAGGAGAATTCTTATTGCTTCCAAATTTCATCCAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAGACAGAAAGGAGAATTCTTATTGCTTCCAAATTTCATCCAGTT  500

seq1  TCCTTGAAGGTGGCCCTGCCCTGCCCCCTTAAGCCTGGGCTATAGACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAAGGTGGCCCTGCCCTGCCCCCTTAAGCCTGGGCTATAGACTGA  550

seq1  ATTC  554
      ||||
seq2  ATTC  554

seq1: chr4_43400706_43401802
seq2: B6Ng01-063A11.g_68_1175

seq1  GAATTCACTCTGTAGCCTAGGCTAGCCTCAAACTCTCAGAGATCCACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGCCTAGGCTAGCCTCAAACTCTCAGAGATCCACCTT  50

seq1  CCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGAACCATCACTGCCCGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGAACCATCACTGCCCGG  100

seq1  CTTAAAACAATTTTTTTTTAATATTTATTTTATATGAGTACACCATTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAACAATTTTTTTTTAATATTTATTTTATATGAGTACACCATTGCT  150

seq1  CTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTACAGATGGTCGT  200

seq1  GAGCCATCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCA  250

seq1  GTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAACAAATCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAACAAATCTTT  300

seq1  TTTTTAACGATCCATAGGTGGGGCACTGCCTGGCTTAAAATAATTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAACGATCCATAGGTGGGGCACTGCCTGGCTTAAAATAATTTAAAA  350

seq1  AACAAAATCCCTAGGAAGGGCAGATGGTGTGGGTTCATGGGCCACCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATCCCTAGGAAGGGCAGATGGTGTGGGTTCATGGGCCACCCTGG  400

seq1  GAAGTGCTGCTATTCCAGTTGTAATCTCAGCCCCTTACCCTTTAGATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCTGCTATTCCAGTTGTAATCTCAGCCCCTTACCCTTTAGATCTC  450

seq1  ACCTGATCAGTGTAAGGGGTTTTCTTGTTTGGTTTTACTGTTATTGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATCAGTGTAAGGGGTTTTCTTGTTTGGTTTTACTGTTATTGTTTT  500

seq1  GTTTTGACACATGGTCTCACTATGTAGTCCTAACTGACCTGGAACTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGACACATGGTCTCACTATGTAGTCCTAACTGACCTGGAACTCACT  550

seq1  ATGTAGACCAGGCTGGCCCTGAATTTACAGAGATCCAACTCTCCTTCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGACCAGGCTGGCCCTGAATTTACAGAGATCCAACTCTCCTTCCTC  600

seq1  CCAAGCACTGGATTAAAGGCGTGTGTCACCACCCCAGCTAAAACAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCACTGGATTAAAGGCGTGTGTCACCACCCCAGCTAAAACAAAAAT  650

seq1  CTAAGAGAAGCTATGTGGAGTGGGGAGGTGGCTGCTCTCATGGAAGACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGAAGCTATGTGGAGTGGGGAGGTGGCTGCTCTCATGGAAGACCT  700

seq1  GGGTTCAGTTCCCAGTACCTAAGCACCATCTCACAACCACCTGTAACCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCAGTTCCCAGTACCTAAGCACCATCTCACAACCACCTGTAACCTC  750

seq1  CAGCTCCAGGGGATCTGACACCCTCTTCTGGCCTCCTGGTACCATGGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGCTCCAGGGGATCTGACACCCTCTTCTGGCCTCCTGGTA-CATGGAGA  799

seq1  GGTGCTCATACATACATGGTGCAATGCATGCTCATACATACATGGTGCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCATACATACATGGTGCAATGCATGCTCATACATACATGGTGCAA  849

seq1  TGCATGCTCATACATACATGGTGCAATGCAAACATACATACTT-GGTACT  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCATGCTCATACATACAT-GTGCAATGCAAACATACATACTTGGGTACT  898

seq1  A-TGCATACATACTTGGTACCATGCAT-ACA-TTCATGCATGGTGCAGTG  946
      | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||
seq2  ATTGCATACATACTTGGTACCATGCATAACATTTCATGCATGG-GCAGTG  947

seq1  CATGCATACATACTTGGTACCATGCATACATTCATGCATGGTGCAGTGCA  996
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  CATGCATACATAC-TGGTACCATGCATACA-TCATGCATGGTGCA-TGCA  994

seq1  TGCATACATACATGGTGCAATGCATACATTCATACATGGTACACATGCAT  1046
      ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  TGCATAC-TACATGGTGC-ATGCATACA-TCATACAT-GTACACATGCAT  1040

seq1  GCATACATACATACATACATAAATGGTGTACATGCATAC-----------  1085
      |||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||           
seq2  GCATAC-TACATACATACAT-AATTGTGTA-ATGCATACATAATAATGGT  1087

seq1  ---------ATATATACATGG  1097
               ||||||||||||
seq2  GCCATGCATATATATACATGG  1108