BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-063L19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 142,555,835 - 142,703,233
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6330411D24Rik
Upstream geneTmem51, 9030409G11Rik, EG665983, LOC546484
Downstream genePrdm2, LOC666018, EG626575, LOC433776, Pdpn, Lrrc38, LOC621961, Pramel1, 4732496O08Rik, Oog4, LOC666015, LOC626700, OTTMUSG00000010207, LOC100040854, LOC100040861, BC080695, LOC666049, LOC279185, LOC277668, LOC100040924, OTTMUSG00000010333, LOC277666, OTTMUSG00000010009, OTTMUSG00000010328, OTTMUSG00000010433, LOC195555, LOC194224, LOC626889, LOC329984, LOC626922, LOC626943, LOC100041127, LOC436146, Pramel4, LOC100041077
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-063L19.bB6Ng01-063L19.g
ACCDH883738DH883739
length1,144749
definitionDH883738|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063L19, 5' end.DH883739|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-063L19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,555,835 - 142,556,987)(142,702,485 - 142,703,233)
sequence
gatgaatgtggggaaaggcacgcttgtgtgactggtccagtcgtggcagc
agcagcatgtggcagaggtctttcagagcacctgactcggaagcagaaca
cttagactgagcccagatgcaagaacagactttaaaggcccagccccaat
gacctgcttcctccagaaggctccaggatctctttacatagcttaaccaa
ctggaaagcaggtgttcaaacacagggacctgtgtgaaatattccacatt
cgaaccatgacagtaggtattgaaattgagtccatgtgatcatgtgtagg
tccccaaatggactgcaggcaatggcaggtgaacgcctgtgctttgatca
ctttgaaagcttagggcccacctcaacaggagaacattccatgattacat
agctatgccagaaaaagagaaggaaactatggagatgatgcagggagtgc
ttatcattgtttcccaagcctggcaatgccttcctctaacctctgacaat
acttttgtacacatcccctttcctcctgaagaacattcagcactcaggca
atctgtcccagaagagctgatcatagtcaccttgactttaacaatgagtt
tacaaaccaaatgggtcaatcggtatactctgttactctaggcttcaaat
gattcaggcaggaacccatagtcctgagcagatcagcagtgaaccttaaa
tctgggtgttgctggaagctctctttggctggagatgtgtcttgtgagca
tatcagaagcctggagttacctgcagccttcactatagagagctagccta
agggtggagttggtacagcaaaagagaaactgtgccctggagacattgtt
gaacccctgaaaacagccatgcctgccacttactcgatctgcctctccaa
agacatctacatagatagccaataactttcttcttaaacaggttgagtta
tgcttatactcatagatctatgaatagcatactatactggctggtctggt
gccactgacacagctagtggtcgtcagaagagaggagtcttcagtggagg
gaaatgcctccatgagatccagctgttagcccttctcattatgatcaatg
ggggaaggtcagtctatacagtggttccagccttgggcgtggtg
gaattcacagaggccttgggagtgtggctgaaattgtcttcccttcctgc
caaagatgcccaggggtaatgacagaatgggccgttcctgcaggttgctg
ggaaacactaggacagaaaccctgggcgggggagagggtgcgcccccttg
tggaaatgtctgtgtttgctgcctcctggagaagaggggccgcctagaga
ggaaggtggggcctgcaaagacttctgtgtctaggggctgattttgaatg
ttgggtagattcacaaggaagggtggtatcagatgccagagagtagctgt
caaggcttctcagagggaagctgaacgtgcggtgagatattaagagaaaa
agaacattcagcgatcttattctagcctaggctgataggaatctgttgca
caggttgaccccaaactcatgtgatcctcctgcctcagcttctatgtgct
ggggttacaagcatgagccaccaggcctggcttcatttgatttctaagtc
aaactttactacagcttgtatgtgtaaccatgctgtgtactgagctcagg
actgtttcagtactgggctcagtagtttcaagcgcccactggggatggag
tgtcctggagaagatcccttgttgctaaggggcgggtgctactgtgttag
actctggctgtatagctgtttgctgccttgtgcatagtggggtgtttcat
aacttcctgagcattgcttaacatatgcagtatgtgtatgtatgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_142555835_142556987
seq2: B6Ng01-063L19.b_58_1201

seq1  GATGAATGTGGGGAAAGGCACGCTTGTGTGACTGGTCCAGTCGTGGCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAATGTGGGGAAAGGCACGCTTGTGTGACTGGTCCAGTCGTGGCAGC  50

seq1  AGCAGCATGTGGCAGAGGTCTTTCAGAGCACCTGACTCGGAAGCAGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCATGTGGCAGAGGTCTTTCAGAGCACCTGACTCGGAAGCAGAACA  100

seq1  CTTAGACTGAGCCCAGATGCAAGAACAGACTTTAAAGGCCCAGCCCCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACTGAGCCCAGATGCAAGAACAGACTTTAAAGGCCCAGCCCCAAT  150

seq1  GACCTGCTTCCTCCAGAAGGCTCCAGGATCTCTTTACATAGCTTAACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGCTTCCTCCAGAAGGCTCCAGGATCTCTTTACATAGCTTAACCAA  200

seq1  CTGGAAAGCAGGTGTTCAAACACAGGGACCTGTGTGAAATATTCCACATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAGCAGGTGTTCAAACACAGGGACCTGTGTGAAATATTCCACATT  250

seq1  CGAACCATGACAGTAGGTATTGAAATTGAGTCCATGTGATCATGTGTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACCATGACAGTAGGTATTGAAATTGAGTCCATGTGATCATGTGTAGG  300

seq1  TCCCCAAATGGACTGCAGGCAATGGCAGGTGAACGCCTGTGCTTTGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAATGGACTGCAGGCAATGGCAGGTGAACGCCTGTGCTTTGATCA  350

seq1  CTTTGAAAGCTTAGGGCCCACCTCAACAGGAGAACATTCCATGATTACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAGCTTAGGGCCCACCTCAACAGGAGAACATTCCATGATTACAT  400

seq1  AGCTATGCCAGAAAAAGAGAAGGAAACTATGGAGATGATGCAGGGAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGCCAGAAAAAGAGAAGGAAACTATGGAGATGATGCAGGGAGTGC  450

seq1  TTATCATTGTTTCCCAAGCCTGGCAATGCCTTCCTCTAACCTCTGACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATTGTTTCCCAAGCCTGGCAATGCCTTCCTCTAACCTCTGACAAT  500

seq1  ACTTTTGTACACATCCCCTTTCCTCCTGAAGAACATTCAGCACTCAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGTACACATCCCCTTTCCTCCTGAAGAACATTCAGCACTCAGGCA  550

seq1  ATCTGTCCCAGAAGAGCTGATCATAGTCACCTTGACTTTAACAATGAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTCCCAGAAGAGCTGATCATAGTCACCTTGACTTTAACAATGAGTT  600

seq1  TACAAACCAAATGGGTCAATCGGTATACTCTGTTACTCTAGGCTTCAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACCAAATGGGTCAATCGGTATACTCTGTTACTCTAGGCTTCAAAT  650

seq1  GATTCAGGCAGGAACCCATAGTCCTGAGCAGATCAGCAGTGAACCTTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGGCAGGAACCCATAGTCCTGAGCAGATCAGCAGTGAACCTTAAA  700

seq1  TCTGGGTGTTGCTGGAAGCTCTCTTTGGCTGGAGATGTGTCTTGTGAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTGTTGCTGGAAGCTCTCTTTGGCTGGAGATGTGTCTTGTGAGCA  750

seq1  TATCAGAAGCCTGGAGTTACCTGCAGCCTTCACTATAGAGAGCTAGCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAAGCCTGGAGTTACCTGCAGCCTTCACTATAGAGAGCTAGCCTA  800

seq1  AGGGTGGAGTTGGTACAGCAAAAGAGAAACTGTGCCCTGGAGACATTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGGAGTTGGTACAGCAAAAGAGAAACTGTGCCCTGGAGACATTGTT  850

seq1  GAACCCCTGAAAACAGCCATGCCTGCCACTTACTCGATCTGCCTCTCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCTGAAAACAGCCATGCCTGCCACTTACTCGATCTGCCTCTCCAA  900

seq1  AGACATCTACATAGATAAGCCAATAACTTTCTTCTTAAACAGGTTGAGTT  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCTACATAGAT-AGCCAATAACTTTCTTCTTAAACAGGTTGAGTT  949

seq1  ATGCTTATAATTCATAGATCTATGAATAGCATACTATACTGGCTGGTCTT  1000
      |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATGCTTAT-ACTCATAGATCTATGAATAGCATACTATACTGGCTGGTCTG  998

seq1  GTGCCAACTTGACACAAGCTAGT-GTCGTCAGAGGAGAAGGAGTC-TCAG  1048
      ||||||   |||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||
seq2  GTGCCA--CTGACAC-AGCTAGTGGTCGTCAGAAGAG-AGGAGTCTTCAG  1044

seq1  TTGA-GGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTAAGGCACTTTCTCAATTA  1097
      | || ||||||||||||||||||||||||||| ||   | ||||||  | 
seq2  TGGAGGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTTAG--CCCTTCTCA--TT  1090

seq1  ATGATCAATGGGGGAAGGCCCAGTCCATAGTCAGTGGTGCCAGCCCTGGG  1147
      ||||||||||||||||||  ||||| |||  ||||||| |||||| ||||
seq2  ATGATCAATGGGGGAAGG-TCAGTCTATA--CAGTGGTTCCAGCCTTGGG  1137

seq1  C-TGGTG  1153
      | |||||
seq2  CGTGGTG  1144

seq1: chr4_142702485_142703233
seq2: B6Ng01-063L19.g_68_816 (reverse)

seq1  ACACACATACATACACATACTGCATATGTTAAGCAATGCTCAGGAAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACATACACATACTGCATATGTTAAGCAATGCTCAGGAAGTTA  50

seq1  TGAAACACCCCACTATGCACAAGGCAGCAAACAGCTATACAGCCAGAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACACCCCACTATGCACAAGGCAGCAAACAGCTATACAGCCAGAGTC  100

seq1  TAACACAGTAGCACCCGCCCCTTAGCAACAAGGGATCTTCTCCAGGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAGTAGCACCCGCCCCTTAGCAACAAGGGATCTTCTCCAGGACAC  150

seq1  TCCATCCCCAGTGGGCGCTTGAAACTACTGAGCCCAGTACTGAAACAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCCCAGTGGGCGCTTGAAACTACTGAGCCCAGTACTGAAACAGTC  200

seq1  CTGAGCTCAGTACACAGCATGGTTACACATACAAGCTGTAGTAAAGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCAGTACACAGCATGGTTACACATACAAGCTGTAGTAAAGTTTG  250

seq1  ACTTAGAAATCAAATGAAGCCAGGCCTGGTGGCTCATGCTTGTAACCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAAATCAAATGAAGCCAGGCCTGGTGGCTCATGCTTGTAACCCCA  300

seq1  GCACATAGAAGCTGAGGCAGGAGGATCACATGAGTTTGGGGTCAACCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATAGAAGCTGAGGCAGGAGGATCACATGAGTTTGGGGTCAACCTGT  350

seq1  GCAACAGATTCCTATCAGCCTAGGCTAGAATAAGATCGCTGAATGTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGATTCCTATCAGCCTAGGCTAGAATAAGATCGCTGAATGTTCTT  400

seq1  TTTCTCTTAATATCTCACCGCACGTTCAGCTTCCCTCTGAGAAGCCTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTAATATCTCACCGCACGTTCAGCTTCCCTCTGAGAAGCCTTGA  450

seq1  CAGCTACTCTCTGGCATCTGATACCACCCTTCCTTGTGAATCTACCCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTCTCTGGCATCTGATACCACCCTTCCTTGTGAATCTACCCAAC  500

seq1  ATTCAAAATCAGCCCCTAGACACAGAAGTCTTTGCAGGCCCCACCTTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAATCAGCCCCTAGACACAGAAGTCTTTGCAGGCCCCACCTTCCT  550

seq1  CTCTAGGCGGCCCCTCTTCTCCAGGAGGCAGCAAACACAGACATTTCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGCGGCCCCTCTTCTCCAGGAGGCAGCAAACACAGACATTTCCAC  600

seq1  AAGGGGGCGCACCCTCTCCCCCGCCCAGGGTTTCTGTCCTAGTGTTTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGCGCACCCTCTCCCCCGCCCAGGGTTTCTGTCCTAGTGTTTCCC  650

seq1  AGCAACCTGCAGGAACGGCCCATTCTGTCATTACCCCTGGGCATCTTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCTGCAGGAACGGCCCATTCTGTCATTACCCCTGGGCATCTTTGG  700

seq1  CAGGAAGGGAAGACAATTTCAGCCACACTCCCAAGGCCTCTGTGAATTC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGGAAGACAATTTCAGCCACACTCCCAAGGCCTCTGTGAATTC  749