BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065J05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 127,013,516 - 127,152,560
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGjb4, Gjb5, LOC667296
Upstream geneEif2c3, Eif2c1, LOC100039351, Eif2c4, Clspn, LOC665197, 5730409E04Rik, LOC620877, Psmb2, Tcfap2e, Ncdn, AU040320, Sfpq, Zmym1, LOC665245, Zmym6, LOC100039968, LOC621588, Dlgap3, BC003266, Gja4, Gjb3
Downstream geneLOC635169, 4930465A12Rik, Hmgb4, 4930546G22Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065J05.bB6Ng01-065J05.g
ACCDH885008DH885009
length636987
definitionDH885008|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065J05, 5' end.DH885009|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,151,925 - 127,152,560)(127,013,516 - 127,014,508)
sequence
gaattccattaccttgccgtgtctctggagctggggcagactcacaatcg
atccagccaccctcaagaatgacctccttccccctggtcaaaatgcaacc
ttgcatggcatccatttccagaaagtcaagcagccagcgccaccagctga
agccctgggagggcacaaggtacagcaggagcctcaggtcccaaggaacc
cagtccatacccatcagcactccaccctgacaggctaaggtagaaccttc
ctcccacttccggaaggcaaactgaggctcatactagtcagtactcactg
aaagggtgtcacttccctaccgtcttccctcacagttgaccctggcagaa
gcaattgcagacccaccttcacactccaggctactgttgtttggccagca
gggagcacgtgactcggggagagccaatcggagtcccctgtaatatctgg
aaagcataattggcaagttgagaccgttagaaacaggaacaatgaacttg
gggcacgtgacaaggagagagagataactaagtgagagaaacaaatagag
acagagatagagacagagctgagcagagatcaaacaaccccatagaatca
cagagatgaagagaccctgcccccccccccccccac
gaattctttctccagcccagactattccctgaacgttgtacccatgtaca
tagttgtagtcagctatttctgatggctgcttagaagtctcaaactcact
ctgacttaagctctttacgttttttaacctctcaagactaggtctcacta
tgtagctcttgctgttcaggaactctctatgtagaccagactggcctcca
atccacagagatccacatgtgtctgcctcctaagtgctgggaataaaggt
ctgtattaactgtatccagctcagctctttatttaaggttgccagactta
gaggcaaagcaaaaacacaaagcaaaagcaggcaaaacccaagacaccta
attaaatatgaatacatgatgtattaaaaaaaactgtatagtgcaggaag
ctggggagatggcttagtgggtaagggcacgtgatgttcaagcatgaaga
tctgagtttggaccacaatacccttgtgaaaggacgagcttggtacagca
gttttgaacagggtattgggatgttctattgtaggattaaaaagacccct
atgtatactgatgcaaacacacagtaggcacttcatcccaatcctacaca
cattcccagtcaatcttaatccccagccacccccatcaggtaggggattt
ggctcaaaactggctgttttcaacacagccacatcttcctttactgctgc
tggattgggttccctgcaggacacctggatgggcatattcagggtcagtt
gcaggggagggccagacctctgggggcaggggaacagagatgtggaaccc
tcttgcatagctagtagaaatataaaatggtacagtgtttgcggaagaca
gtcaacagtacctcaaagattagcaagcttcccacgtgacccagcaaagg
cactcctaggcgtacgccccataggtgggaccagggaggcaaactgaccc
ttgatgtgaatttcacagtggtgcccctgctcatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_127151925_127152560
seq2: B6Ng01-065J05.b_45_680 (reverse)

seq1  GGGGGGGGGGGGGGGGGCAGGGTCTCTTCATCTCTGTGATTCTATGGGGT  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGGGGGGGGGGGCAGGGTCTCTTCATCTCTGTGATTCTATGGGGT  50

seq1  TGTTTGATCTCTGCTCAGCTCTGTCTCTATCTCTGTCTCTATTTGTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATCTCTGCTCAGCTCTGTCTCTATCTCTGTCTCTATTTGTTTCT  100

seq1  CTCACTTAGTTATCTCTCTCTCCTTGTCACGTGCCCCAAGTTCATTGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTAGTTATCTCTCTCTCCTTGTCACGTGCCCCAAGTTCATTGTTC  150

seq1  CTGTTTCTAACGGTCTCAACTTGCCAATTATGCTTTCCAGATATTACAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTAACGGTCTCAACTTGCCAATTATGCTTTCCAGATATTACAGG  200

seq1  GGACTCCGATTGGCTCTCCCCGAGTCACGTGCTCCCTGCTGGCCAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCCGATTGGCTCTCCCCGAGTCACGTGCTCCCTGCTGGCCAAACAA  250

seq1  CAGTAGCCTGGAGTGTGAAGGTGGGTCTGCAATTGCTTCTGCCAGGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCCTGGAGTGTGAAGGTGGGTCTGCAATTGCTTCTGCCAGGGTCA  300

seq1  ACTGTGAGGGAAGACGGTAGGGAAGTGACACCCTTTCAGTGAGTACTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAGGGAAGACGGTAGGGAAGTGACACCCTTTCAGTGAGTACTGAC  350

seq1  TAGTATGAGCCTCAGTTTGCCTTCCGGAAGTGGGAGGAAGGTTCTACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGAGCCTCAGTTTGCCTTCCGGAAGTGGGAGGAAGGTTCTACCTT  400

seq1  AGCCTGTCAGGGTGGAGTGCTGATGGGTATGGACTGGGTTCCTTGGGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTCAGGGTGGAGTGCTGATGGGTATGGACTGGGTTCCTTGGGACC  450

seq1  TGAGGCTCCTGCTGTACCTTGTGCCCTCCCAGGGCTTCAGCTGGTGGCGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTCCTGCTGTACCTTGTGCCCTCCCAGGGCTTCAGCTGGTGGCGC  500

seq1  TGGCTGCTTGACTTTCTGGAAATGGATGCCATGCAAGGTTGCATTTTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCTTGACTTTCTGGAAATGGATGCCATGCAAGGTTGCATTTTGAC  550

seq1  CAGGGGGAAGGAGGTCATTCTTGAGGGTGGCTGGATCGATTGTGAGTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGGAAGGAGGTCATTCTTGAGGGTGGCTGGATCGATTGTGAGTCTG  600

seq1  CCCCAGCTCCAGAGACACGGCAAGGTAATGGAATTC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCTCCAGAGACACGGCAAGGTAATGGAATTC  636

seq1: chr4_127013516_127014508
seq2: B6Ng01-065J05.g_69_1055

seq1  GAATTCTTTCTCCAGCCCAGACTATTCCCTGAACGTTGTACCCATGTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCCAGCCCAGACTATTCCCTGAACGTTGTACCCATGTACA  50

seq1  TAGTTGTAGTCAGCTATTTCTGATGGCTGCTTAGAAGTCTCAAACTCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTAGTCAGCTATTTCTGATGGCTGCTTAGAAGTCTCAAACTCACT  100

seq1  CTGACTTAAGCTCTTTACGTTTTTTAACCTCTCAAGACTAGGTCTCACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTAAGCTCTTTACGTTTTTTAACCTCTCAAGACTAGGTCTCACTA  150

seq1  TGTAGCTCTTGCTGTTCAGGAACTCTCTATGTAGACCAGACTGGCCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTCTTGCTGTTCAGGAACTCTCTATGTAGACCAGACTGGCCTCCA  200

seq1  ATCCACAGAGATCCACATGTGTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGAATAAAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACAGAGATCCACATGTGTCTGCCTCCTAAGTGCTGGGAATAAAGGT  250

seq1  CTGTATTAACTGTATCCAGCTCAGCTCTTTATTTAAGGTTGCCAGACTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTAACTGTATCCAGCTCAGCTCTTTATTTAAGGTTGCCAGACTTA  300

seq1  GAGGCAAAGCAAAAACACAAAGCAAAAGCAGGCAAAACCCAAGACACCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAAGCAAAAACACAAAGCAAAAGCAGGCAAAACCCAAGACACCTA  350

seq1  ATTAAATATGAATACATGATGTATTAAAAAAAACTGTATAGTGCAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATGAATACATGATGTATTAAAAAAAACTGTATAGTGCAGGAAG  400

seq1  CTGGGGAGATGGCTTAGTGGGTAAGGGCACGTGATGTTCAAGCATGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGATGGCTTAGTGGGTAAGGGCACGTGATGTTCAAGCATGAAGA  450

seq1  TCTGAGTTTGGACCACAATACCCTTGTGAAAGGACGAGCTTGGTACAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTTGGACCACAATACCCTTGTGAAAGGACGAGCTTGGTACAGCA  500

seq1  GTTTTGAACAGGGTATTGGGATGTTCTATTGTAGGATTAAAAAGACCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAACAGGGTATTGGGATGTTCTATTGTAGGATTAAAAAGACCCCT  550

seq1  ATGTATACTGATGCAAACACACAGTAGGCACTTCATCCCAATCCTACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACTGATGCAAACACACAGTAGGCACTTCATCCCAATCCTACACA  600

seq1  CATTCCCAGTCAATCTTAATCCCCAGCCACCCCCATCAGGTAGGGGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCAGTCAATCTTAATCCCCAGCCACCCCCATCAGGTAGGGGATTT  650

seq1  GGCTCAAAACTGGCTGTTTTCAACACAGCCACATCTTCCTTTACTGCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAAACTGGCTGTTTTCAACACAGCCACATCTTCCTTTACTGCTGC  700

seq1  TGGATTTGGGTTCCCTGCAGGACACCTGGATGGGCATATTCAGGGTCAGT  750
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGA-TTGGGTTCCCTGCAGGACACCTGGATGGGCATATTCAGGGTCAGT  749

seq1  TGCAGGGGAGGGCCAGACCTCTGGGGGCAGGGGAACAGAGATGTGGAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGGAGGGCCAGACCTCTGGGGGCAGGGGAACAGAGATGTGGAACC  799

seq1  CTCTTGCATAGCTAGTAGAAATATAAAATGGTACAGTGTTTGCGGAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCATAGCTAGTAGAAATATAAAATGGTACAGTGTTTGCGGAAGAC  849

seq1  AGTTCAACAGTACCTCAAAAGATAAGCAAGCTTCCCACGTGACCCAGCAA  900
      || ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TCAACAGTACCTC-AAAGATTAGCAAGCTTCCCACGTGACCCAGCAA  897

seq1  AGCCACTCCTAGGCGTACGCCCCAGAGGGTGGGACCCAGGGAGGCAAACT  950
      || ||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGCACTCCTAGGCGTACGCCCCATA-GGTGGGA-CCAGGGAGGCAAACT  945

seq1  GACCCTTGATGTGAATTTTCACAGTGGTGCCCCTGCTCATGAT  993
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTGATGTGAA-TTTCACAGTGGTGCCCCTGCTCATGAT  987