BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066D24
Chromosome4 (Build37)
Map Location 63,830,151 - 63,961,798
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKif12, Col27a1, Orm1, Orm-ps, Orm3, Orm2, Akna, Whrn, Atp6v1g1, 6330416G13Rik, LOC670833, 1700018C11Rik, LOC667451, Tnfsf15, Tnfsf8, Rpl17-ps, Tnc
Downstream genePappa
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066D24.bB6Ng01-066D24.g
ACCDH885479DH885480
length1,195846
definitionDH885479|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066D24, 5' end.DH885480|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066D24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,830,151 - 63,831,380)(63,961,244 - 63,961,798)
sequence
gaattcccaagtatgaaataagcaagttggacttccaaccatcacttatc
gagtaagtcaaatgttcctttaaaatcccttaaaatgttgagcaactact
gatttgcattcacaacttggatttaaggctataaagatggccaagtcact
gacctccacaaataagtcatagtgtcatggccaatagagtggtgtaaaga
aacaaatatccatctgaggtggattatagcacatcatttcatgtaatgtg
tccaataaataaataacttgttacatcattatttagttatccttataatt
ttaatctagtatatgaagcattgcatattataaaggagatctgctaaatg
gtttcctcattctctccctgactcaagggaaagccattaggaaatgtgat
tgaagatgaacattacaatttttttctcagtagatacaaagtactaagaa
attcacaactggtcaaattctaaggaataactgactgtggaatgctgaac
tccaactaatacagctacactacaacccctacacctagggttcaggagac
agcacagtagagggagtggagagattgcaagagtcagaagaccaggacac
ctgttaccaccactacttttctaagtcaatataggtttgctaaacattta
actttgtaaccatagatacatctagctatcacctctctatagagaagctt
atgtctgcagaagatggaaaatatcatagagatccacagctggttaaaat
gtagaaaataagtgagcatatggaaaggagtcctagttggcacatctaca
gcacaacgaatactcccaaggtgtaggaagcatcaaaggagaggaattag
gaaagattctaagagctgggggtctaggacatttgctgtaagatggcatc
ttctagatgtcacagggatgctgcaaccatgaaatatgaacactattgct
gcctgaacaaacctgcataatggcatctccaagccctcaccttacatgaa
gacccacagcaattaatgtctgctgagagacagacagagagagagagaga
gacagaaacagagacgagagacgagacttctccacatgaaccagtgatag
ttgatagtatcacccactagtcaggccttaacttaccaacaaacatacgc
acacaacacacacactgaagggactcgtgtccttattatgttaat
gaattcccagagacctgagatgggggaggctcctaggagttaatgtgggt
gaccttagccaagttgcctaacagtggggacatggaaccagaagaagcca
ggcaggatcccaagtggagatcccacccacaaaactttctaccctaaatg
tgtcatgtctaagtgcaatgcaaagaaaggcaaagatagagccgagactg
aaagaatagccaaccaataactgccccaccttgaggcccatcccataagc
aagcaccaatccctgaaactagtaatgatacttagttatgcttatagaca
agagcctagcataagtgttctctgagaggctctaccctttagttgaatga
aacagatgaagatacccacagccaaacactgaattgaggttgggaacatt
tatagaagagttggagaaagaattgaagtccctgaagggaaaggggaccc
cacaagacaaccaacagcgtcaactagcatggacctctgggagctctcag
agactgatccaccaactaaagaacatacatgagttgaaacaaggtaccct
ggtacatatgtaacaaatatgtagctcattctctatggctgccttttcag
gactcagtgggagaggatacctggggagtacaactcatcaaaggagaagg
ggaacaggaagtgacctgtgagggaaggaccaggagggggagccatgttt
gggatgtaaataaataaataaaatagtaaaataataatctgtaccaaaaa
aatataatctatagaattcatagattgttagtgacaaggttgtaagtata
tttgtttatagatggtggatctgcaccctgacttcttcactgacgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_63830151_63831380
seq2: B6Ng01-066D24.b_45_1239

seq1  GAATTCCCAAGTATGAAATAAGCAAGTTGGACTTCCAACCATCACTTATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGTATGAAATAAGCAAGTTGGACTTCCAACCATCACTTATC  50

seq1  GAGTAAGTCAAATGTTCCTTTAAAATCCCTTAAAATGTTGAGCAACTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGTCAAATGTTCCTTTAAAATCCCTTAAAATGTTGAGCAACTACT  100

seq1  GATTTGCATTCACAACTTGGATTTAAGGCTATAAAGATGGCCAAGTCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCATTCACAACTTGGATTTAAGGCTATAAAGATGGCCAAGTCACT  150

seq1  GACCTCCACAAATAAGTCATAGTGTCATGGCCAATAGAGTGGTGTAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCACAAATAAGTCATAGTGTCATGGCCAATAGAGTGGTGTAAAGA  200

seq1  AACAAATATCCATCTGAGGTGGATTATAGCACATCATTTCATGTAATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATATCCATCTGAGGTGGATTATAGCACATCATTTCATGTAATGTG  250

seq1  TCCAATAAATAAATAACTTGTTACATCATTATTTAGTTATCCTTATAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAAATAAATAACTTGTTACATCATTATTTAGTTATCCTTATAATT  300

seq1  TTAATCTAGTATATGAAGCATTGCATATTATAAAGGAGATCTGCTAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTAGTATATGAAGCATTGCATATTATAAAGGAGATCTGCTAAATG  350

seq1  GTTTCCTCATTCTCTCCCTGACTCAAGGGAAAGCCATTAGGAAATGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTCATTCTCTCCCTGACTCAAGGGAAAGCCATTAGGAAATGTGAT  400

seq1  TGAAGATGAACATTACAATTTTTTTCTCAGTAGATACAAAGTACTAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGAACATTACAATTTTTTTCTCAGTAGATACAAAGTACTAAGAA  450

seq1  ATTCACAACTGGTCAAATTCTAAGGAATAACTGACTGTGGAATGCTGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAACTGGTCAAATTCTAAGGAATAACTGACTGTGGAATGCTGAAC  500

seq1  TCCAACTAATACAGCTACACTACAACCCCTACACCTAGGGTTCAGGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTAATACAGCTACACTACAACCCCTACACCTAGGGTTCAGGAGAC  550

seq1  AGCACAGTAGAGGGAGTGGAGAGATTGCAAGAGTCAGAAGACCAGGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGTAGAGGGAGTGGAGAGATTGCAAGAGTCAGAAGACCAGGACAC  600

seq1  CTGTTACCACCACTACTTTTCTAAGTCAATATAGGTTTGCTAAACATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACCACCACTACTTTTCTAAGTCAATATAGGTTTGCTAAACATTTA  650

seq1  ACTTTGTAACCATAGATACATCTAGCTATCACCTCTCTATAGAGAAGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTAACCATAGATACATCTAGCTATCACCTCTCTATAGAGAAGCTT  700

seq1  ATGTCTGCAGAAGATGGAAAATATCATAGAGATCCACAGCTGGTTAAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGCAGAAGATGGAAAATATCATAGAGATCCACAGCTGGTTAAAAT  750

seq1  GTAGAAAATAAGTGAGCATATGGAAAGGAGTCCTAGTTGGCACATCTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAATAAGTGAGCATATGGAAAGGAGTCCTAGTTGGCACATCTACA  800

seq1  GCACAACGAATACTCCCAAGGTGTAGGAAGCATCAAAGGAGAGGAATTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAACGAATACTCCCAAGGTGTAGGAAGCATCAAAGGAGAGGAATTAG  850

seq1  GAAAGATTCTAAGAGCTGGGGGTCTAGGACATTTGCTGTAAGATGGCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTCTAAGAGCTGGGGGTCTAGGACATTTGCTGTAAGATGGCATC  900

seq1  TTCTAGATGTCACAGGGATGCTGCAACCATGAAATATGAACACTATTGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGATGTCACAGGGATGCTGCAACCATGAAATATGAACACTATTGCT  950

seq1  GCCTGAACAAAACCTGCATAATGGCATCTCCAAGCCCTCACCTTTACATG  1000
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCCTGAAC-AAACCTGCATAATGGCATCTCCAAGCCCTCACC-TTACATG  998

seq1  AAGACCCACAAGCAATTAATGTCTGCTGAGAGACAGACAGAGAGAGAGAG  1050
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCAC-AGCAATTAATGTCTGCTGAGAGACAGACAGAGAGAGAGAG  1047

seq1  AGAGACAGAAACAGAGACAGAGAGACAGAGACTTCTCCAACAATGAACCC  1100
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   ||||| ||
seq2  AGAGACAGAAACAGAGAC-GAGAGAC-GAGACTTCTCCA--CATGAA-CC  1092

seq1  AGTGATAGGTTGATAGGTTATACAACCCCAACTAGTCAGCCCTAAACATA  1150
      ||||||| ||||||||  |||    | || ||||||||| ||| ||| ||
seq2  AGTGATA-GTTGATAG--TAT----CACCCACTAGTCAGGCCTTAACTTA  1135

seq1  CACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGAA  1200
      | | ||| ||| || ||||||               ||||||||||||||
seq2  C-CAACAAACATACGCACACA---------------ACACACACACTGAA  1169

seq1  TGGACTCAGTAGCCATTATATTATGTTAAT  1230
       |||||| ||  ||    ||||||||||||
seq2  GGGACTC-GTGTCC---TTATTATGTTAAT  1195

seq1: chr4_63961244_63961798
seq2: B6Ng01-066D24.g_356_915 (reverse)

seq1  GCGTCAGTGAAGAAGTCAGGGTGCAGATCCA-CATCTATAAAC-AATATA  48
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  GCGTCAGTGAAGAAGTCAGGGTGCAGATCCACCATCTATAAACAAATATA  50

seq1  CTTACAACCTTGTCACTAACAATCTATGAATTCTATAGATTATA-TTTTT  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTTACAACCTTGTCACTAACAATCTATGAATTCTATAGATTATATTTTTT  100

seq1  TGGTACAGATTATTA-TTTACTA-TTTATTTATTTATTTACATCCCAAAC  145
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACAGATTATTATTTTACTATTTTATTTATTTATTTACATCCCAAAC  150

seq1  ATGGCTCCCCCTCCTGGTCCTTCCCTCACAGGTCACTTCCTGTTCCCCTT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCCCCCTCCTGGTCCTTCCCTCACAGGTCACTTCCTGTTCCCCTT  200

seq1  CTCCTTTGATGAGTTGTACTCCCCAGGTATCCTCTCCCACTGAGTCCTGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTGATGAGTTGTACTCCCCAGGTATCCTCTCCCACTGAGTCCTGA  250

seq1  AAAGGCAGCCATAGAGAATGAGCTACATATTTGTTACATATGTACCAGGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAGCCATAGAGAATGAGCTACATATTTGTTACATATGTACCAGGG  300

seq1  TACCTTGTTTCAACTCATGTATGTTCTTTAGTTGGTGGATCAGTCTCTGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGTTTCAACTCATGTATGTTCTTTAGTTGGTGGATCAGTCTCTGA  350

seq1  GAGCTCCCAGAGGTCCATGCTAGTTGACGCTGTTGGTTGTCTTGTGGGGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCCAGAGGTCCATGCTAGTTGACGCTGTTGGTTGTCTTGTGGGGT  400

seq1  CCCCTTTCCCTTCAGGGACTTCAATTCTTTCTCCAACTCTTCTATAAATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTCCCTTCAGGGACTTCAATTCTTTCTCCAACTCTTCTATAAATG  450

seq1  TTCCCAACCTCAATTCAGTGTTTGGCTGTGGGTATCTTCATCTGTTTCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAACCTCAATTCAGTGTTTGGCTGTGGGTATCTTCATCTGTTTCAT  500

seq1  TCAACTAAAGGGTAGAGCCTCTCAGAGAACACTTATGCTAGGCTCTTGTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTAAAGGGTAGAGCCTCTCAGAGAACACTTATGCTAGGCTCTTGTC  550

seq1  TATAAGCATA  555
      ||||||||||
seq2  TATAAGCATA  560