BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067A06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 122,724,158 - 122,831,914
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrit1, Bmp8b, Oxct2b, Ppie
Upstream geneLOC666937, LOC633269, LOC633279, 9530002B09Rik, Ppt1, Cap1, Mfsd2, Mycl1
Downstream geneHpcal4, Nt5c1a, Heyl, LOC194197, LOC622334, Pabpc4, Bmp8a, Oxct2a, Macf1, D830031N03Rik, LOC100039110, Ndufs5, 6330407G11Rik, Rhbdl2, LOC667064, Mycbp, Rragc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067A06.bB6Ng01-067A06.g
ACCDH886033DH886034
length1,182529
definitionDH886033|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067A06, 5' end.DH886034|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067A06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,830,710 - 122,831,914)(122,724,158 - 122,724,692)
sequence
gaattcacaggacagccagcctaacctattgggttggctagtgtgggtac
aggcaaacagaagagccccaaagaaccaaccaagtcctatgaaaatttac
ccaccaccaataacaacaaccatgctttaaagaaacagactacccctggg
ttatgcaaactacagcaaacagccaactaaacaaacccaacaaacagaca
gaaacccaaaggaatatgacccagtgcatcttattaggctaaaaaaggtc
tacaattgttcatcctaaacttatataagtttgggagaccagagagatag
gtcagtgtctaagagcatatactactcttgcagaggccccaagttcagtt
ctcagcatctgtttggtggctcacaactacctgtaaccccggcatcctct
gactttcaagaatacctgtgtgcacatatgcacacacacttgtgtaagca
cacacatgcacacacaagcacacgcatgcacacaggtgcacacagtatat
atctttacatttatatgagtttgggagttaaaagatatgtatatctgact
ccatagtaatatagtacagctggactaacttcacacagtcaagtgtccca
gtgacaaaatatattaagcagatacatagaagtttgagcgtgcctcagaa
gctcagaataggttttaatgcccctcaggtttactcaaaaatctttcttt
acctccaacaaacaaacaacaaaagtatctgctgctagttttcaaaaaac
aattaattttggaattaccaataaggattttagacctacacaaccaatgc
ccaactaacccaggatggtatgaaaaaagaaaattcaatccaaatttagt
cgtgaatatattggcagaaatactacagtaaacactaaaaaaatagaatc
tggtattgtataaaatcagtatgtcctgggtcacgggacctggctcagtt
ggcaaagtgcttaccatacaagtgtgagacccaagtctgggttccagagc
ccatgttaaaaaaacaaaacaaacaaaaaaacctgtttcagtggatttga
gcacctgtcatgctgatggaggtggaacagattctggagctcactagcag
ctagccagcagagtcacccagctcatgtcagggagagactgcttcacctc
tgctcccatgcatgtacatgccacacgtgtac
cttcatcgtcagcacgcagaggaaggcggtggtcctcttggaggccctct
caggttccctaacccatgcatcctctggctccatgctgaccaggcaggta
aatgcttcggtccagagtctgtctgagacaaaacggagaatactagggtt
ttatgtgtcaagtgcttcgaaccactggtggctgacactgagcactagtg
tgagctcccaagtttactgtgtcagccaccacaccttgccttagacccca
tgtagtgcttccttagtgattcaggaaagaagggaaggagaatactggtt
ctcagataaccagcgtagggtaggatgaaatgtgcagactaaagagagac
tgctgctgagaaggttgaaaggacagagggagggaggtttcctgtcggac
ctcatggttggctgctggtaggatctctcattaggcctgagaaatgggtg
tggcaactggctagctaacctgatagcatttgttgctaaagtatcctgat
gccctgtgctggggactgtttcacccaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_122830710_122831914
seq2: B6Ng01-067A06.b_51_1232 (reverse)

seq1  GTACACGTGTGTGGGCATGTACATGCATGTGGAAGCCAGAGGTTGAGAGC  50
      ||||||||||   |||||||||||||||| |||   |||||| ||| |||
seq2  GTACACGTGT---GGCATGTACATGCATG-GGA--GCAGAGG-TGA-AGC  42

seq1  AGGTCTCTCACTGAACATGGAGCTGGGTGACTCTGCTGGGCTAGCTGGCT  100
      | ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  A-GTCTCTCCCTG-ACAT-GAGCTGGGTGACTCTGCT-GGCTAGCT-GCT  87

seq1  AGTGAGCTCCAGGAATCCTGTTTCCACCTCCATCAGCATGACAGGTGCTC  150
      ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCTCCA-GAAT-CTG-TTCCACCTCCATCAGCATGACAGGTGCTC  134

seq1  AAATCCACTGAAACAGGTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTAACA  200
      |||||||||||||||||||||||   | ||||||||   |||||||||||
seq2  AAATCCACTGAAACAGGTTTTTT---TGTTTGTTTT--GTTTTTTTAACA  179

seq1  TGGGCTCTGGGAACCCAGACTTGGGTCCTCACACTTGTATGGTAAGCACT  250
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCT-GGAACCCAGACTTGGGT-CTCACACTTGTATGGTAAGCACT  227

seq1  TTGCCAACTGAGCCAGGTCCCCTGACCCAGGACATACTGATTTTATACAA  300
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAACTGAGCCAGGTCCCGTGACCCAGGACATACTGATTTTATACAA  277

seq1  TACCAGATTCTATTTTTTTAGTGTTTACTGTAGTATTTCTGCCAATATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGATTCTATTTTTTTAGTGTTTACTGTAGTATTTCTGCCAATATAT  327

seq1  TCACGACTAAATTTGGATTGAATTTTCTTTTTTCATACCATCCTGGGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGACTAAATTTGGATTGAATTTTCTTTTTTCATACCATCCTGGGTTA  377

seq1  GTTGGGCATTGGTTGTGTAGGTCTAAAATCCTTATTGGTAATTCCAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCATTGGTTGTGTAGGTCTAAAATCCTTATTGGTAATTCCAAAAT  427

seq1  TAATTGTTTTTTGAAAACTAGCAGCAGATACTTTTGTTGTTTGTTTGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTTTTTGAAAACTAGCAGCAGATACTTTTGTTGTTTGTTTGTTG  477

seq1  GAGGTAAAGAAAGATTTTTGAGTAAACCTGAGGGGCATTAAAACCTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAAGAAAGATTTTTGAGTAAACCTGAGGGGCATTAAAACCTATTC  527

seq1  TGAGCTTCTGAGGCACGCTCAAACTTCTATGTATCTGCTTAATATATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTCTGAGGCACGCTCAAACTTCTATGTATCTGCTTAATATATTTT  577

seq1  GTCACTGGGACACTTGACTGTGTGAAGTTAGTCCAGCTGTACTATATTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGGGACACTTGACTGTGTGAAGTTAGTCCAGCTGTACTATATTAC  627

seq1  TATGGAGTCAGATATACATATCTTTTAACTCCCAAACTCATATAAATGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAGTCAGATATACATATCTTTTAACTCCCAAACTCATATAAATGTA  677

seq1  AAGATATATACTGTGTGCACCTGTGTGCATGCGTGTGCTTGTGTGTGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATATACTGTGTGCACCTGTGTGCATGCGTGTGCTTGTGTGTGCAT  727

seq1  GTGTGTGCTTACACAAGTGTGTGTGCATATGTGCACACAGGTATTCTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCTTACACAAGTGTGTGTGCATATGTGCACACAGGTATTCTTGA  777

seq1  AAGTCAGAGGATGCCGGGGTTACAGGTAGTTGTGAGCCACCAAACAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGAGGATGCCGGGGTTACAGGTAGTTGTGAGCCACCAAACAGATG  827

seq1  CTGAGAACTGAACTTGGGGCCTCTGCAAGAGTAGTATATGCTCTTAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAACTGAACTTGGGGCCTCTGCAAGAGTAGTATATGCTCTTAGACA  877

seq1  CTGACCTATCTCTCTGGTCTCCCAAACTTATATAAGTTTAGGATGAACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTATCTCTCTGGTCTCCCAAACTTATATAAGTTTAGGATGAACAA  927

seq1  TTGTAGACCTTTTTTAGCCTAATAAGATGCACTGGGTCATATTCCTTTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGACCTTTTTTAGCCTAATAAGATGCACTGGGTCATATTCCTTTGG  977

seq1  GTTTCTGTCTGTTTGTTGGGTTTGTTTAGTTGGCTGTTTGCTGTAGTTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTCTGTTTGTTGGGTTTGTTTAGTTGGCTGTTTGCTGTAGTTTG  1027

seq1  CATAACCCAGGGGTAGTCTGTTTCTTTAAAGCATGGTTGTTGTTATTGGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACCCAGGGGTAGTCTGTTTCTTTAAAGCATGGTTGTTGTTATTGGT  1077

seq1  GGTGGGTAAATTTTCATAGGACTTGGTTGGTTCTTTGGGGCTCTTCTGTT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTAAATTTTCATAGGACTTGGTTGGTTCTTTGGGGCTCTTCTGTT  1127

seq1  TGCCTGTACCCACACTAGCCAACCCAATAGGTTAGGCTGGCTGTCCTGTG  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTACCCACACTAGCCAACCCAATAGGTTAGGCTGGCTGTCCTGTG  1177

seq1  AATTC  1205
      |||||
seq2  AATTC  1182

seq1: chr4_122724158_122724692
seq2: B6Ng01-067A06.g_67_601

seq1  GAATTCCTTCATCGTCAGCACGCAGAGGAAGGCGGTGGTCCTCTTGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCATCGTCAGCACGCAGAGGAAGGCGGTGGTCCTCTTGGAGG  50

seq1  CCCTCTCAGGTTCCCTAACCCATGCATCCTCTGGCTCCATGCTGACCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCAGGTTCCCTAACCCATGCATCCTCTGGCTCCATGCTGACCAGG  100

seq1  CAGGTAAATGCTTCGGTCCAGAGTCTGTCTGAGACAAAACGGAGAATACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAATGCTTCGGTCCAGAGTCTGTCTGAGACAAAACGGAGAATACT  150

seq1  AGGGTTTTATGTGTCAAGTGCTTCGAACCACTGGTGGCTGACACTGAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTTATGTGTCAAGTGCTTCGAACCACTGGTGGCTGACACTGAGCA  200

seq1  CTAGTGTGAGCTCCCAAGTTTACTGTGTCAGCCACCACACCTTGCCTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTGAGCTCCCAAGTTTACTGTGTCAGCCACCACACCTTGCCTTAG  250

seq1  ACCCCATGTAGTGCTTCCTTAGTGATTCAGGAAAGAAGGGAAGGAGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCATGTAGTGCTTCCTTAGTGATTCAGGAAAGAAGGGAAGGAGAATA  300

seq1  CTGGTTCTCAGATAACCAGCGTAGGGTAGGATGAAATGTGCAGACTAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCTCAGATAACCAGCGTAGGGTAGGATGAAATGTGCAGACTAAAG  350

seq1  AGAGACTGCTGCTGAGAAGGTTGAAAGGACAGAGGGAGGGAGGTTTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGCTGCTGAGAAGGTTGAAAGGACAGAGGGAGGGAGGTTTCCTG  400

seq1  TCGGACCTCATGGTTGGCTGCTGGTAGGATCTCTCATTAGGCCTGAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACCTCATGGTTGGCTGCTGGTAGGATCTCTCATTAGGCCTGAGAAA  450

seq1  TGGGTGTGGCAACTGGCTAGCTAACCTGATAGCATTTGTTGCTAAAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTGGCAACTGGCTAGCTAACCTGATAGCATTTGTTGCTAAAGTAT  500

seq1  CCTGATGCCCTGTGCTGGGGACTGTTTCACCCAGA  535
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGCCCTGTGCTGGGGACTGTTTCACCCAGA  535