BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067E09
Chromosome4 (Build37)
Map Location 140,285,119 - 140,426,719
singlet/doubletdoublet
Overlap genePadi6, Padi4, Padi3, Padi1
Upstream genePax7, Gm1667, Klhdc7a, Igsf21, LOC100040728, Arhgef10l, Rcc2
Downstream genePadi2, Sdhb, Atp13a2, Mfap2, Crocc, Necap2, LOC638991, Spata21, D4Ertd22e, Fbxo42, 6330545A04Rik, Arhgef19, Epha2, Gm693, Clcnka, Clcnkb, Hspb7, Gm694, Zbtb17, Spen, LOC100042951, B330016D10Rik, Fblim1, BC025833, Slc25a34, Plekhm2, Ddi2, Agmat, Dnajc16, Casp9, Ela2a, Ctrc, Efhd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067E09.bB6Ng01-067E09.g
ACCDH886214DH886215
length1,0361,052
definitionDH886214|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067E09, 5' end.DH886215|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,425,679 - 140,426,719)(140,285,119 - 140,286,173)
sequence
gaattctgggggtgtggccagagtgggatgagaaggacccacactttctc
ggggtgggggaggctgctgagggcttggttttaggaaggcttgtctttcc
cacgcgtcattgggctagactagatctcagaggcccaggaagaaggcagg
gcttccagccccacacagaatgcagttcaagtcttccaacaaggctgggc
cccatcggccattagcacctggcttcttcccactctttgagccaaggagc
cctgcccatcccccagtttgacaggagcccaccctaagtacctaagtccc
aacctgcactgtcctcgcctcgtgcccgccccacctggaaaacatcaaat
ccctaagcctgggctggtatagcctccaacaggatgtctctcccagtcta
tccagaaggcagatagtctattcttcagggtcccaggcaactcctgtcta
cagcaggcaatgcacatgagctcaaataactggctggaagacctcaggta
ggctgttaaaggtcctggtttcctcgtctgtaaaccacggcgcataatgg
ttcctgcctctaatgggttgacacttgtaagcccttctgggaacgcctct
atgcgactaagtggtaaatatcacccactattaataagattatgcttacc
tcatccggctggcatgggaattgttgtcaagggcttagtcctggtgagca
ctcaggaaggctaagtgtgatcctcccttgtttcgatcaccattcttacc
aacccaccctcatcactaccgtcatcaactgtcatccccctgcctctgtc
tccatccctaccaccatcaccagtccatccattttgtcttttcagatggg
tgggaaagaaccgtgcctggttctttggtcttaaggtcaagctttgggac
cgagctcatgagaattaaggaagcagtggtggatgaagagattgcgtgag
gattagactgttacgtctgtggcgaggggcactagcttccctcaatcttg
ggacgggataggaattctagctttgtagaggtctcg
gaattcagagaaaaggctggcgtgcaagaggccagcatccctgactagtc
tttgctggacagccaccagtgtcacaaggcgccttcatccctcagatgaa
cagacttggggctgggaggcagacggcagccttcagaccccaggttcttc
ctttggggatctaaagtagccactctcgcctgctcaacacacccgtgggg
cacttccctgctaatagcatcacccttggacccaacgtcaaggctcaccc
tggccctataccccagcaggtaccaaccctgccagggcaggtggcaccat
gcacagcggtatagtctatgtcataaggacccaataaacagcacccccct
gcacccctgaagtccatgtatctggggctggcggctgttcccacccccca
gtaggatcaaaatcccccctgcaagtctggcagtgccaatgccttagtgg
ggacagccctgcaccccaggcttcatggggacagccccgcgccccaggcc
attacctcaacataggtgttctgctctcgaaaactcttgtcagccaggat
ttgggaaatagttttgctctccctccctgtggaaagagacaggacagatc
agtgaccagcttgactcagcaactgagtctagtgacttgaatctggtgct
gaacacactattcaacaccagaaagcccagacccgggctcgagggaaaca
agctcggagtaagtcagaatggtgacatcagcctccactcagctgggcag
cggtatggcgctacccacctaagtgtgtatcgggacccttctacacgtgg
gcaacagctcaaactttgttccttgggtgccagctccgaggtgacatgtg
cagcctttgccttctggtttgtttccctcatgaccttctgtcactgtgac
aactaggccctaccacagacttgctatggagttgagaggggtaggttggc
tccagtctcaaccccaggtctaggagaactaccaatggccccactctcct
ttctggggcaggtcttgtcctcccagttcccatcacatttctgtcagtgg
cc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_140425679_140426719
seq2: B6Ng01-067E09.b_51_1086 (reverse)

seq1  CGAGACCTCTACAAAGCTAGAACTTCTGATCCCGTCCCCAGATTGAGGGC  50
      |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||||||||| 
seq2  CGAGACCTCTACAAAGCTAGAA-TTCCTATCCCGTCCCAAGATTGAGGGA  49

seq1  AGCTTGGTGCCCCTCCGGCCACAGACGTGACAGTTCTAATCCTCACGCAA  100
      ||| | |||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  AGC-TAGTGCCCCTC--GCCACAGACGTAACAG-TCTAATCCTCACGCAA  95

seq1  TCTTCTTCATCCACCACCTGCTTCCTTAATTCTCCTGAGCTCGGTCCC-A  149
      || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  TC-TCTTCATCCACCA-CTGCTTCCTTAATTCTCATGAGCTCGGTCCCAA  143

seq1  AGCTTGACCCTGAGACCAAAGAACCAGGCACGGTTCTTTCCCACCCATCT  199
      ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGACCTTAAGACCAAAGAACCAGGCACGGTTCTTTCCCACCCATCT  193

seq1  GGAAAGAC-AAATGGATGGACTGGTGATGGTGGTAGGGATGGAGACAGAG  248
      | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGACAAAATGGATGGACTGGTGATGGTGGTAGGGATGGAGACAGAG  243

seq1  GCAGGGGGATGACAGTTGATGACGGTAGTGATGAGGGTGGGTTGGTAAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCAGGGGGATGACAGTTGATGACGGTAGTGATGAGGGTGGGTTGGTAAGA  293

seq1  ATGGTGATCGAAACAAGGGAGGATCACACTTAGCCTTCCTGAGTGCTCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATCGAAACAAGGGAGGATCACACTTAGCCTTCCTGAGTGCTCAC  343

seq1  CAGGACTAAGCCCTTGACAACAATTCCCATGCCAGCCGGATGAGGTAAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTAAGCCCTTGACAACAATTCCCATGCCAGCCGGATGAGGTAAGC  393

seq1  ATAATCTTATTAATAGTGGGTGATATTTACCACTTAGTCGCATAGAGGCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTATTAATAGTGGGTGATATTTACCACTTAGTCGCATAGAGGCG  443

seq1  TTCCCAGAAGGGCTTACAAGTGTCAACCCATTAGAGGCAGGAACCATTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGAAGGGCTTACAAGTGTCAACCCATTAGAGGCAGGAACCATTAT  493

seq1  GCGCCGTGGTTTACAGACGAGGAAACCAGGACCTTTAACAGCCTACCTGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCGTGGTTTACAGACGAGGAAACCAGGACCTTTAACAGCCTACCTGA  543

seq1  GGTCTTCCAGCCAGTTATTTGAGCTCATGTGCATTGCCTGCTGTAGACAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTCCAGCCAGTTATTTGAGCTCATGTGCATTGCCTGCTGTAGACAG  593

seq1  GAGTTGCCTGGGACCCTGAAGAATAGACTATCTGCCTTCTGGATAGACTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCCTGGGACCCTGAAGAATAGACTATCTGCCTTCTGGATAGACTG  643

seq1  GGAGAGACATCCTGTTGGAGGCTATACCAGCCCAGGCTTAGGGATTTGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGACATCCTGTTGGAGGCTATACCAGCCCAGGCTTAGGGATTTGAT  693

seq1  GTTTTCCAGGTGGGGCGGGCACGAGGCGAGGACAGTGCAGGTTGGGACTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCAGGTGGGGCGGGCACGAGGCGAGGACAGTGCAGGTTGGGACTT  743

seq1  AGGTACTTAGGGTGGGCTCCTGTCAAACTGGGGGATGGGCAGGGCTCCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACTTAGGGTGGGCTCCTGTCAAACTGGGGGATGGGCAGGGCTCCTT  793

seq1  GGCTCAAAGAGTGGGAAGAAGCCAGGTGCTAATGGCCGATGGGGCCCAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAAGAGTGGGAAGAAGCCAGGTGCTAATGGCCGATGGGGCCCAGC  843

seq1  CTTGTTGGAAGACTTGAACTGCATTCTGTGTGGGGCTGGAAGCCCTGCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGAAGACTTGAACTGCATTCTGTGTGGGGCTGGAAGCCCTGCCT  893

seq1  TCTTCCTGGGCCTCTGAGATCTAGTCTAGCCCAATGACGCGTGGGAAAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGGGCCTCTGAGATCTAGTCTAGCCCAATGACGCGTGGGAAAGA  943

seq1  CAAGCCTTCCTAAAACCAAGCCCTCAGCAGCCTCCCCCACCCCGAGAAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTTCCTAAAACCAAGCCCTCAGCAGCCTCCCCCACCCCGAGAAAG  993

seq1  TGTGGGTCCTTCTCATCCCACTCTGGCCACACCCCCAGAATTC  1041
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTCCTTCTCATCCCACTCTGGCCACACCCCCAGAATTC  1036

seq1: chr4_140285119_140286173
seq2: B6Ng01-067E09.g_69_1120

seq1  GAATTCAGAGAAAAGGCTGGCGTGCAAGAGGCCAGCATCCCTGACTAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAAAAGGCTGGCGTGCAAGAGGCCAGCATCCCTGACTAGTC  50

seq1  TTTGCTGGACAGCCACCAGTGTCACAAGGCGCCTTCATCCCTCAGATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGGACAGCCACCAGTGTCACAAGGCGCCTTCATCCCTCAGATGAA  100

seq1  CAGACTTGGGGCTGGGAGGCAGACGGCAGCCTTCAGACCCCAGGTTCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTGGGGCTGGGAGGCAGACGGCAGCCTTCAGACCCCAGGTTCTTC  150

seq1  CTTTGGGGATCTAAAGTAGCCACTCTCGCCTGCTCAACACACCCGTGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGGATCTAAAGTAGCCACTCTCGCCTGCTCAACACACCCGTGGGG  200

seq1  CACTTCCCTGCTAATAGCATCACCCTTGGACCCAACGTCAAGGCTCACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCCTGCTAATAGCATCACCCTTGGACCCAACGTCAAGGCTCACCC  250

seq1  TGGCCCTATACCCCAGCAGGTACCAACCCTGCCAGGGCAGGTGGCACCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTATACCCCAGCAGGTACCAACCCTGCCAGGGCAGGTGGCACCAT  300

seq1  GCACAGCGGTATAGTCTATGTCATAAGGACCCAATAAACAGCACCCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCGGTATAGTCTATGTCATAAGGACCCAATAAACAGCACCCCCCT  350

seq1  GCACCCCTGAAGTCCATGTATCTGGGGCTGGCGGCTGTTCCCACCCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCTGAAGTCCATGTATCTGGGGCTGGCGGCTGTTCCCACCCCCCA  400

seq1  GTAGGATCAAAATCCCCCCTGCAAGTCTGGCAGTGCCAATGCCTTAGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATCAAAATCCCCCCTGCAAGTCTGGCAGTGCCAATGCCTTAGTGG  450

seq1  GGACAGCCCTGCACCCCAGGCTTCATGGGGACAGCCCCGCGCCCCAGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCCCTGCACCCCAGGCTTCATGGGGACAGCCCCGCGCCCCAGGCC  500

seq1  ATTACCTCAACATAGGTGTTCTGCTCTCGAAAACTCTTGTCAGCCAGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTCAACATAGGTGTTCTGCTCTCGAAAACTCTTGTCAGCCAGGAT  550

seq1  TTGGGAAATAGTTTTGCTCTCCCTCCCTGTGGAAAGAGACAGGACAGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAATAGTTTTGCTCTCCCTCCCTGTGGAAAGAGACAGGACAGATC  600

seq1  AGTGACCAGCTTGACTCAGCAACTGAGTCTAGTGACTTGAATCTGGTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCAGCTTGACTCAGCAACTGAGTCTAGTGACTTGAATCTGGTGCT  650

seq1  GAACACACTATTCAACACCAGAAAGCCCAGACCCGGGCTCGAGGGAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACACTATTCAACACCAGAAAGCCCAGACCCGGGCTCGAGGGAAACA  700

seq1  AGCTCGGAGTAAGTCAGAATGGTGACATCAGCCTCCACTCAGCTGGGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCGGAGTAAGTCAGAATGGTGACATCAGCCTCCACTCAGCTGGGCAG  750

seq1  CGGTATGGCGCTACCCACCTAAGTGTGTATCGGGACCCTTCTACACGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTATGGCGCTACCCACCTAAGTGTGTATCGGGACCCTTCTACACGTGG  800

seq1  GCAACAGCTCAAACTTTGTTCCTTGGGTGCCAGCTCCGAGGTGACATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGCTCAAACTTTGTTCCTTGGGTGCCAGCTCCGAGGTGACATGTG  850

seq1  CAGCCTTTGCCTTCTGGTTTGTTTCCC-CATGACCTTCTGTCACTGTGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTTGCCTTCTGGTTTGTTTCCCTCATGACCTTCTGTCACTGTGAC  900

seq1  AACTAGGCCCTACCACAGACTTGCTATGGAGTTGAGAGGGGTAGGTTGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGGCCCTACCACAGACTTGCTATGGAGTTGAGAGGGGTAGGTTGGC  950

seq1  TCCAGTCTCTAACCCAGGTCTA-GAGAACCTACCAATGGCCCCACCTCTC  998
      ||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  TCCAGTCTCAACCCCAGGTCTAGGAGAA-CTACCAATGGCCCCA-CTCTC  998

seq1  CTTTCTGGGGCAGGTCTTTGTCCCCCCAAGTTCCCATCACATTTCTGTCA  1048
      |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGGGCAGGTC-TTGTCCTCCC-AGTTCCCATCACATTTCTGTCA  1046

seq1  GGTGGCC  1055
       ||||||
seq2  -GTGGCC  1052