BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067H06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 47,231,428 - 47,415,548
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol15a1, Tgfbr1, LOC666236
Upstream geneLOC624430, LOC666379, LOC666389, Foxe1, 5830415F09Rik, Hemgn, LOC100040643, Anp32b, Nans, Trim14, Coro2a, Tbc1d2, Gabbr2, Anks6, LOC435781, Galnt12
Downstream geneLOC666473, Alg2, Sec61b, LOC100040788, Nr4a3, Stx17, Txndc4, Invs
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067H06.bB6Ng01-067H06.g
ACCDH886340DH886341
length924896
definitionDH886340|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067H06, 5' end.DH886341|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,414,628 - 47,415,548)(47,231,428 - 47,232,329)
sequence
gaattccttccatattttcttatagtttttctatacttttatgtgcatat
atttcagatcctcagagtataccccctatttgtgagataaagcaatgata
aataactccatttaagagaaaaggaatcatattccaacagtgttcatttc
ctcaacctacagagatagtagcagagctgggactccttagtgcctaaggc
atctgggctggattagttcacactcagtgttgctctggaggaagaagggc
agcagcaagtgaagataagaaacttctggggagccaagtatgacctcaat
agcatgtgacaaaactgaagtaagctttggtgagaactgacaagcttcag
tgacagactgtacagttctcaaagatgccagacaagatgatcataatttc
aatgctgctctctcagaaaaacctctgatgctaaaacaggaactaaagtg
ttgaaagagaaggctaaagagactaggactgaacctcactgtacaaggtg
atttggaacctaaacaacttgaaatgtgggtgctaagagttccttggtaa
actgatacatgcatctgaaatgtaacattaaggttggcaggctcctaggc
tacactggttcagtaaatgcaatttaactttgaagtagatgggaaaacaa
gaaacaacacaattcaataaaatatacaccctaagtcatgtactggctag
ttttatgtcagcctgacacatgctagagtcattaggaagcaaggaaactc
aacaaagaaaatgtccccacttaaagtggtctatggacatgcctggggtg
tacttttttgattaataaaccatggggagtactcatttgtgggaaatgcc
acctctacactgggtggtcctgggtgctaaaataaagcaacctgagccag
ccagagggagtcgggggtgggggg
gaattcattgaggaatgaatcttcaaagcctggggctgaggggatcccag
agaaaacccagcatcataagtcctatgatatgaatatctgtgtgctggag
gctacttagtccttccttctggttgttggaggtggtgaggagctgaaagc
agggcttacaacatagacaaattaggaagagagtgtgtttgcaggctgga
aatgttgcaaagtgttagagagcttgtgcagcgtgaacaaaaccattggt
tcaatccccagcacagcataaaccacatggtggttgtactccatagaagt
tcaaggtccgctacacaatgagtctgagaccagcctgggctaaacaagat
atttcctgaagagcaatccctgtttggtttgtcatgctgggaaattataa
ctgttctacccactggaatggagataccaagatccagctgatgagtcacc
atttcatcagtactctgtgcttctccaccctcctctgcttctccaccctc
aatcacacaggcttgcagctgcttgcctctggctttctgtccagcccaga
gaagtacagtgacaagctggaggttaaggtgcaaattgaaaacagagcca
catctacagggccttctggcttctaggttagtgctctgggacttagctgg
gacctggatactgataagtgtatggtgctttctatgcatttttattaaaa
tttgtcacacgctatgtttaatcacggtcccaccaactcctttcagactc
tcaactccatgtccactccaactttgtgtttttctctctcagactctctt
tctccaagaaaccaaattaaggaaaatcataaagaaaaagaagtcatcag
acgaaacaaaacattctacatcttgcaacttgtgatggtgtcagcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_47414628_47415548
seq2: B6Ng01-067H06.b_46_969 (reverse)

seq1  CCCCCCACCCCCGACTCCCTCTGGCTGGCTCAGGTTGCTTTATTTTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACCCCCGACTCCCTCTGGCTGGCTCAGGTTGCTTTATTTTAGCA  50

seq1  CCCAGGACCA-CCAGTGTAGAGGTGGCATTTCCCAC-AATGAGTACTCCC  98
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCAGGACCACCCAGTGTAGAGGTGGCATTTCCCACAAATGAGTACTCCC  100

seq1  CATGGTTTATTAATCAAAAAAGTACACCCCAGGCATGTCCATAGACCACT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTTATTAATCAAAAAAGTACACCCCAGGCATGTCCATAGACCACT  150

seq1  TT-AGTGGGGACATTTTCTTTGTTGAGTTTCCTTGCTTCCTAATGACTCT  197
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGGGGACATTTTCTTTGTTGAGTTTCCTTGCTTCCTAATGACTCT  200

seq1  AGCATGTGTCAGGCTGACATAAAACTAGCCAGTACATGACTTAGGGTGTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTGTCAGGCTGACATAAAACTAGCCAGTACATGACTTAGGGTGTA  250

seq1  TATTTTATTGAATTGTGTTGTTTCTTGTTTTCCCATCTACTTCAAAGTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTGAATTGTGTTGTTTCTTGTTTTCCCATCTACTTCAAAGTTA  300

seq1  AATTGCATTTACTGAACCAGTGTAGCCTAGGAGCCTGCCAACCTTAATGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCATTTACTGAACCAGTGTAGCCTAGGAGCCTGCCAACCTTAATGT  350

seq1  TACATTTCAGATGCATGTATCAGTTTACCAAGGAACTCTTAGCACCCACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTCAGATGCATGTATCAGTTTACCAAGGAACTCTTAGCACCCACA  400

seq1  TTTCAAGTTGTTTAGGTTCCAAATCACCTTGTACAGTGAGGTTCAGTCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGTTGTTTAGGTTCCAAATCACCTTGTACAGTGAGGTTCAGTCCT  450

seq1  AGTCTCTTTAGCCTTCTCTTTCAACACTTTAGTTCCTGTTTTAGCATCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTTAGCCTTCTCTTTCAACACTTTAGTTCCTGTTTTAGCATCAG  500

seq1  AGGTTTTTCTGAGAGAGCAGCATTGAAATTATGATCATCTTGTCTGGCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTTCTGAGAGAGCAGCATTGAAATTATGATCATCTTGTCTGGCAT  550

seq1  CTTTGAGAACTGTACAGTCTGTCACTGAAGCTTGTCAGTTCTCACCAAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGAACTGTACAGTCTGTCACTGAAGCTTGTCAGTTCTCACCAAAG  600

seq1  CTTACTTCAGTTTTGTCACATGCTATTGAGGTCATACTTGGCTCCCCAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTCAGTTTTGTCACATGCTATTGAGGTCATACTTGGCTCCCCAGA  650

seq1  AGTTTCTTATCTTCACTTGCTGCTGCCCTTCTTCCTCCAGAGCAACACTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTTATCTTCACTTGCTGCTGCCCTTCTTCCTCCAGAGCAACACTG  700

seq1  AGTGTGAACTAATCCAGCCCAGATGCCTTAGGCACTAAGGAGTCCCAGCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAACTAATCCAGCCCAGATGCCTTAGGCACTAAGGAGTCCCAGCT  750

seq1  CTGCTACTATCTCTGTAGGTTGAGGAAATGAACACTGTTGGAATATGATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTACTATCTCTGTAGGTTGAGGAAATGAACACTGTTGGAATATGATT  800

seq1  CCTTTTCTCTTAAATGGAGTTATTTATCATTGCTTTATCTCACAAATAGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTCTTAAATGGAGTTATTTATCATTGCTTTATCTCACAAATAGG  850

seq1  GGGTATACTCTGAGGATCTGAAATATATGCACATAAAAGTATAGAAAAAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATACTCTGAGGATCTGAAATATATGCACATAAAAGTATAGAAAAAC  900

seq1  TATAAGAAAATATGGAAGGAATTC  921
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAAAATATGGAAGGAATTC  924

seq1: chr4_47231428_47232329
seq2: B6Ng01-067H06.g_71_966

seq1  GAATTCATTGAGGAATGAATCTTCAAAGCCTGGGGCTGAGGGGATCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGAGGAATGAATCTTCAAAGCCTGGGGCTGAGGGGATCCCAG  50

seq1  AGAAAACCCAGCATCATAAGTCCTATGATATGAATATCTGTGTGCTGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCCAGCATCATAAGTCCTATGATATGAATATCTGTGTGCTGGAG  100

seq1  GCTACTTAGTCCTTCCTTCTGGTTGTTGGAGGTGGTGAGGAGCTGAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTAGTCCTTCCTTCTGGTTGTTGGAGGTGGTGAGGAGCTGAAAGC  150

seq1  AGGGCTTACAACATAGACAAATTAGGAAGAGAGTGTGTTTGCAGGCTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTACAACATAGACAAATTAGGAAGAGAGTGTGTTTGCAGGCTGGA  200

seq1  AATGTTGCAAAGTGTTAGAGAGCTTGTGCAGCGTGAACAAAACCATTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGCAAAGTGTTAGAGAGCTTGTGCAGCGTGAACAAAACCATTGGT  250

seq1  TCAATCCCCAGCACAGCATAAACCACATGGTGGTTGTACTCCATAGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCCCCAGCACAGCATAAACCACATGGTGGTTGTACTCCATAGAAGT  300

seq1  TCAAGGTCCGCTACACAATGAGTCTGAGACCAGCCTGGGCTAAACAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTCCGCTACACAATGAGTCTGAGACCAGCCTGGGCTAAACAAGAT  350

seq1  ATTTCCTGAAGAGCAATCCCTGTTTGGTTTGTCATGCTGGGAAATTATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTGAAGAGCAATCCCTGTTTGGTTTGTCATGCTGGGAAATTATAA  400

seq1  CTGTTCTACCCACTGGAATGGAGATACCAAGATCCAGCTGATGAGTCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTACCCACTGGAATGGAGATACCAAGATCCAGCTGATGAGTCACC  450

seq1  ATTTCATCAGTACTCTGTGCTTCTCCACCCTCCTCTGCTTCTCCACCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATCAGTACTCTGTGCTTCTCCACCCTCCTCTGCTTCTCCACCCTC  500

seq1  AATCACACAGGCTTGCAGCTGCTTGCCTCTGGCTTTCTGTCCAGCCCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACACAGGCTTGCAGCTGCTTGCCTCTGGCTTTCTGTCCAGCCCAGA  550

seq1  GAAGTACAGTGACAAGCTGGAGGTTAAGGTGCAAATTGAAAACAGAGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACAGTGACAAGCTGGAGGTTAAGGTGCAAATTGAAAACAGAGCCA  600

seq1  CATCTACAGGGCCTTCTGGCTTCTAGGTTAGTGCTCTGGGACTTAGCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACAGGGCCTTCTGGCTTCTAGGTTAGTGCTCTGGGACTTAGCTGG  650

seq1  GACCTGGATACTGATAAGTGTATGGTGCTTTCTATGCATTTTTATTAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGATACTGATAAGTGTATGGTGCTTTCTATGCATTTTTATTAAAA  700

seq1  TTTGTCACACGCTATGTTTTAATCACGGTCCCACCAACTCCTTTCAGACT  750
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACACGCTATG-TTTAATCACGGTCCCACCAACTCCTTTCAGACT  749

seq1  CTCAACTCCATGTCCACTCCAACTTTGTGTTTTTCTCTCTCAGTCTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCAACTCCATGTCCACTCCAACTTTGTGTTTTTCTCTCTCAGACTCTCT  799

seq1  TTCTCCAAAGAAACCAAAACAAAGGAAAAATCA-AAAGAAAAAGAAAGCC  849
      |||||| |||||||||||  ||  | ||||||| |||||||||| ||| |
seq2  TTCTCC-AAGAAACCAAATTAA--GGAAAATCATAAAGAAAAAG-AAGTC  845

seq1  AACAAGACGAAACAAAACAATCTACAATCTGGCACCTTGTGATGTGGTCA  899
      | | ||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||  ||||
seq2  ATC-AGACGAAACAAAACATTCTAC-ATCTTGCAACTTGTGATGGTGTCA  893

seq1  GCG  902
      |||
seq2  GCG  896