BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071B08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 44,596,322 - 44,672,274
singlet/doubletdoublet
Overlap genePax5
Upstream gene1110029E03Rik, LOC100039672, LOC100040179, Npr2, Spag8, Hint2, Serf2-ps, 4930412F15Rik, Olfr70, Olfr71, LOC100039781, 5430416O09Rik, A630077J23Rik, GA_x5J8B7W5BNN-892919-892147, Olfr159, Olfr29-ps1, Olfr156, LOC100040268, Olfr155, Reck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313, OTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk
Downstream gene5730488B01Rik, LOC545618, Zcchc7, D4Wsu132e, Grhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik, Frmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325, Wdr32, Mcart1, Shb, LOC100040140, LOC100040557
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071B08.bB6Ng01-071B08.g
ACCDH888886DH888887
length1,1221,050
definitionDH888886|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071B08, 5' end.DH888887|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071B08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,596,322 - 44,597,461)(44,671,226 - 44,672,274)
sequence
gaattccatactatatagtcttgtttctactagttaaaacaattgataag
attcatgtgctatgagataaataaaattcttttgaaagtaaaacgtgttt
tcacaaaactgaaggagagtgggcgttggcagggaggggcttatttttcc
ttctatattttttttctgtacagtttgaatatttaatcacatgaatgtat
caccttctgttcaaaattaacattttgatttaaaattaacttttttctta
agaaccagacagtgtctataccccaaggggcccacttgcagtctagaaag
agagatgaaatttaagacctgtgcagctcaggcctcctcctgtcccttgc
tttctgggacagcctcgggatgccaggagtatcttggccatgccacttat
acaagtgacaaatacttatcccgaaacccaccaggcctccccaggccagt
acccaacactcagtggttgcctgcctgaaatatcccactcaacaatgtct
gccccttgccacaaggctatgaacagcataagacctgctctgagcccttc
ctgcctccaactctggaaaacctagtcttcaggggcacatagttccaaca
gacgtggtggcttagcttcccaggttcctacccatgcattaaagaagtgg
ggaaggagacttaaccaagtcacgtcaccatggggaaagtgacaggtgag
tggtaatggcagtgtgttgattattttcctgttacaaagtccctggtgaa
agcaacctgaaggcagggtttatcatagctcagtttgagagtacagtccc
ccatggcaggcagtcaccgtggcaggagcgtgacacagcttgtcacagtg
cttgctcagtcaggaagcagagagaattgaacgctgcagctgagctctgc
ttgtacacagtctaggaccccagagcacaggaaggtgctgcccacacttc
agtgggtctgaaacccatcagaaaatcgatcgcagacactcacagggttt
gtctctctgtgatctaggccgttgagtgcgatcgggacacataagtgtca
gaaacaatatgagcagacacagaagccaaacctcatgtctggtgattgtg
gcaagaagcatgtctgtcagtt
gaattcagagatccaccagcctctgcctcccgagtgctgggactaaaggt
gtgagctttcatggcccagtgggggctagttgtcttctggaagctgaaat
gtcatttgagcagaggcactaagagaaacggcaatgagccaaacggacac
ctgggaaagctcttgaacagcaagtacaaaggcagagcatacttgatgta
gctgaagaaagagcagcgaggaggtcagagtgattacaacaggaagagca
agcagaagggagaggtgtcctagaggtgggcggaggagatggtgcaacag
ttgagtgcttgctgtacaagccaatggctggagtttgcatccccagaacc
ccaataaatggttgggtgggtgtggcagttctctggccattccaaccaca
gaaggcaaagacagagcaaattattagccagacaggcaaataggtgtgac
tgaggaccctgtcttaaggattaaggacaaaaaccaaggacgattccccg
tgtcaaccttgggcctacacaggcacatgagtacacattcatgggcttct
gccacataatgctcacatataccgcacacatacatgaagataaggatgaa
agaaaaagtaaggacatgtagagcaggagggggagcagccaggcctttaa
cgacatttcagctttaaggcctcagcaggtacgagcagctgtgggtcttg
ctgagaaagccagggtattagtagacaacagccaggacctctgacatgga
gtatgggaggtcctcctgtcacctagccctagatagccatcacttataga
ggacagtccatcctaactctggcacctgccccttctgtgggtagccattc
tcctgccatgtcctctctcagaataagaagttcctgcttgcttgagcaga
tgtctccctccagcgggtctccacactgtgcctacatcagaccataaagt
cctcttccccatgtgacagagacaaactgtgaatatattgataagatcag
ggaagggactgggatcttccaggggagggggtgcagggggaggaggaagt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_44596322_44597461
seq2: B6Ng01-071B08.b_46_1167

seq1  GAATTCCATACTATATAGTCTTGTTTCTACTAGTTAAAACAATTGATAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATACTATATAGTCTTGTTTCTACTAGTTAAAACAATTGATAAG  50

seq1  ATTCATGTGCTATGAGATAAATAAAATGCTTTTGAAAGTAAAACGTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGTGCTATGAGATAAATAAAATTCTTTTGAAAGTAAAACGTGTTT  100

seq1  TCACAAAACTGAAGGAGAGTGGGCGTTGGCAGGGAGGGGCTTATTTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAACTGAAGGAGAGTGGGCGTTGGCAGGGAGGGGCTTATTTTTCC  150

seq1  TTCTATATTTTTTTTCTGTACAGTTTGAATATTTAATCACATGAATGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATATTTTTTTTCTGTACAGTTTGAATATTTAATCACATGAATGTAT  200

seq1  CACCTTCTGTTCAAAATTAACATTTTGATTTAAAATTAACTTTTTTCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCTGTTCAAAATTAACATTTTGATTTAAAATTAACTTTTTTCTTA  250

seq1  AGAACCAGACAGTGTCTATACCCCAAGGGGCCCACTTGCAGTCTAGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAGACAGTGTCTATACCCCAAGGGGCCCACTTGCAGTCTAGAAAG  300

seq1  AGAGATGAAATTTAAGACCTGTGCAGCTCAGGCCTCCTCCTGTCCCTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGAAATTTAAGACCTGTGCAGCTCAGGCCTCCTCCTGTCCCTTGC  350

seq1  TTTCTGGGACAGCCTCGGGATGCCAGGAGTATCTTGGCCATGCCACTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGGACAGCCTCGGGATGCCAGGAGTATCTTGGCCATGCCACTTAT  400

seq1  ACAAGTGACAAATACTTATCCCGAAACCCACCAGGCCTCCCCAGGCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGACAAATACTTATCCCGAAACCCACCAGGCCTCCCCAGGCCAGT  450

seq1  ACCCAACACTCAGTGGTTGCCTGCCTGAAATATCCCACTCAACAATGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAACACTCAGTGGTTGCCTGCCTGAAATATCCCACTCAACAATGTCT  500

seq1  GCCCCTTGCCACAAGGCTATGAACAGCATAAGACCTGCTCTGAGCCCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTGCCACAAGGCTATGAACAGCATAAGACCTGCTCTGAGCCCTTC  550

seq1  CTGCCTCCAACTCTGGAAAACCTAGTCTTCAGGGGCACATAGTTCCAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCAACTCTGGAAAACCTAGTCTTCAGGGGCACATAGTTCCAACA  600

seq1  GACGTGGTGGCTTAGCTTCCCAGGTTCCTACCCATGCATTAAAGAAGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGGTGGCTTAGCTTCCCAGGTTCCTACCCATGCATTAAAGAAGTGG  650

seq1  GGAAGGAGACTTAACCAAGTCACGTCACCATGGGGAAAGTGACAGGTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAGACTTAACCAAGTCACGTCACCATGGGGAAAGTGACAGGTGAG  700

seq1  TGGTAATGGCAGTGTGTTGATTATTTTCCTGTTACAAAGTCCCTGGTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATGGCAGTGTGTTGATTATTTTCCTGTTACAAAGTCCCTGGTGAA  750

seq1  AGCAACCTGAAGGCAGGGTTTATCATAGCTCAGTTTGAGAGTACAGTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCTGAAGGCAGGGTTTATCATAGCTCAGTTTGAGAGTACAGTCCC  800

seq1  CCATGGCAGGGCAGTCACCGTGGCAGGAGCGTGACACAGCTTGTCACAGT  850
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCA-GGCAGTCACCGTGGCAGGAGCGTGACACAGCTTGTCACAGT  849

seq1  GCTTGCTCAGTCAGGAAGCAGAGAGAATTGAACGCTGCAGCTGAGCTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTCAGTCAGGAAGCAGAGAGAATTGAACGCTGCAGCTGAGCTCTG  899

seq1  CTTGTACACAGTCTAGGACCCCAGAGCACAGGAAGGTGCTGCCCACACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACACAGTCTAGGACCCCAGAGCACAGGAAGGTGCTGCCCACACTT  949

seq1  CAGGTGGGTCTGAAACCCATCAGGAAAATCGATCGCAGACACTCACAGGG  1000
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CA-GTGGGTCTGAAACCCATCA-GAAAATCGATCGCAGACACTCACA-GG  996

seq1  GTTTGTCTCTCTGGTGATTCTAGGGCCGGTTGAGTTGGCGATCGGGACAC  1050
      |||||||||||| |||| ||||||  | |||||||  |||||||||||||
seq2  GTTTGTCTCTCT-GTGA-TCTAGG--CCGTTGAGT--GCGATCGGGACAC  1040

seq1  ATAAGGTGTCAGGAAAACAATATGAGCAGACACAGAGCCCAAACCTCAGT  1100
      |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||  
seq2  ATAA-GTGTCAG--AAACAATATGAGCAGACACAGAAGCCAAACCTCA--  1085

seq1  GGTCTGGGTGATTTGTGGCAAG-AGCAGTGTCTGTCCAGTT  1140
       |||| ||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||
seq2  TGTCT-GGTGA-TTGTGGCAAGAAGCA-TGTCTGT-CAGTT  1122

seq1: chr4_44671226_44672274
seq2: B6Ng01-071B08.g_68_1117 (reverse)

seq1  ACTTCCTCCTCCCCCTGCACCCCCTCCCCTGG-AGAT-CCAGTCCCTTCC  48
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  ACTTCCTCCTCCCCCTGCACCCCCTCCCCTGGAAGATCCCAGTCCCTTCC  50

seq1  CTGATCTTATCAATATATTCACAGTTTGTCTCTGTCACATGGGGAAGAGG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTTATCAATATATTCACAGTTTGTCTCTGTCACATGGGGAAGAGG  100

seq1  ACCTTATGGTCTGATGTAGGCACAGTGTGGAGACCCTGCTGGAGGGAGAC  148
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTTTATGGTCTGATGTAGGCACAGTGTGGAGACCC-GCTGGAGGGAGAC  149

seq1  ATCTGCTCAAGCAAGCAGGAACTTCTTATTCTGAGAGAGGACATGGCAGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTCAAGCAAGCAGGAACTTCTTATTCTGAGAGAGGACATGGCAGG  199

seq1  AGAATGGCTACCCACAGAAGGGGCAGGTGCCAGAGTTAGGATGGACTGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGCTACCCACAGAAGGGGCAGGTGCCAGAGTTAGGATGGACTGTC  249

seq1  CTCTATAAGTGATGGCTATCTAGGGCTAGGTGACAGGAGGACCTCCCATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAAGTGATGGCTATCTAGGGCTAGGTGACAGGAGGACCTCCCATA  299

seq1  CTCCATGTCAGAGGTCCTGGCTGTTGTCTACTAATACCCTGGCTTTCTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTCAGAGGTCCTGGCTGTTGTCTACTAATACCCTGGCTTTCTCA  349

seq1  GCAAGACCCACAGCTGCTCGTACCTGCTGAGGCCTTAAAGCTGAAATGTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACCCACAGCTGCTCGTACCTGCTGAGGCCTTAAAGCTGAAATGTC  399

seq1  GTTAAAGGCCTGGCTGCTCCCCCTCCTGCTCTACATGTCCTTACTTTTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGGCCTGGCTGCTCCCCCTCCTGCTCTACATGTCCTTACTTTTTC  449

seq1  TTTCATCCTTATCTTCATGTATGTGTGCGGTATATGTGAGCATTATGTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCCTTATCTTCATGTATGTGTGCGGTATATGTGAGCATTATGTGG  499

seq1  CAGAAGCCCATGAATGTGTACTCATGTGCCTGTGTAGGCCCAAGGTTGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCCATGAATGTGTACTCATGTGCCTGTGTAGGCCCAAGGTTGAC  549

seq1  ACGGGGAATCGTCCTTGGTTTTTGTCCTTAATCCTTAAGACAGGGTCCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGGAATCGTCCTTGGTTTTTGTCCTTAATCCTTAAGACAGGGTCCTC  599

seq1  AGTCACACCTATTTGCCTGTCTGGCTAATAATTTGCTCTGTCTTTGCCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACACCTATTTGCCTGTCTGGCTAATAATTTGCTCTGTCTTTGCCTT  649

seq1  CTGTGGTTGGAATGGCCAGAGAACTGCCACACCCACCCAACCATTTATTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTTGGAATGGCCAGAGAACTGCCACACCCACCCAACCATTTATTG  699

seq1  GGGTTCTGGGGATGCAAACTCCAGCCATTGGCTTGTACAGCAAGCACTCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTGGGGATGCAAACTCCAGCCATTGGCTTGTACAGCAAGCACTCA  749

seq1  ACTGTTGCACCATCTCCTCCGCCCACCTCTAGGACACCTCTCCCTTCTGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGCACCATCTCCTCCGCCCACCTCTAGGACACCTCTCCCTTCTGC  799

seq1  TTGCTCTTCCTGTTGTAATCACTCTGACCTCCTCGCTGCTCTTTCTTCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTTCCTGTTGTAATCACTCTGACCTCCTCGCTGCTCTTTCTTCAG  849

seq1  CTACATCAAGTATGCTCTGCCTTTGTACTTGCTGTTCAAGAGCTTTCCCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATCAAGTATGCTCTGCCTTTGTACTTGCTGTTCAAGAGCTTTCCCA  899

seq1  GGTGTCCGTTTGGCTCATTGCCGTTTCTCTTAGTGCCTCTGCTCAAATGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCGTTTGGCTCATTGCCGTTTCTCTTAGTGCCTCTGCTCAAATGA  949

seq1  CATTTCAGCTTCCAGAAGACAACTAGCCCCCACTGGGCCATGAAAGCTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGCTTCCAGAAGACAACTAGCCCCCACTGGGCCATGAAAGCTCA  999

seq1  CACCTTTAGTCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCTGGTGGATCTCTGAATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTAGTCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCTGGTGGATCTCTGAATT  1049

seq1  C  1049
      |
seq2  C  1050