BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-071G08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 139,848,642 - 139,948,732
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040728
Upstream genePqlc2, LOC100042808, Akr7a5, LOC625977, LOC626000, Mrto4, C230096C10Rik, Zubr1, C79267, Aldh4a1, Tas1r2, Pax7, Gm1667, Klhdc7a, Igsf21
Downstream geneArhgef10l, Rcc2, Padi6, Padi4, Padi3, Padi1, Padi2, Sdhb, Atp13a2, Mfap2, Crocc, Necap2, LOC638991, Spata21, D4Ertd22e, Fbxo42, 6330545A04Rik, Arhgef19, Epha2, Gm693, Clcnka
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-071G08.bB6Ng01-071G08.g
ACCDH889107DH889108
length1,1161,128
definitionDH889107|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071G08, 5' end.DH889108|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-071G08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,848,642 - 139,849,756)(139,947,581 - 139,948,732)
sequence
gaattcaccatgtatcccaagtgagcttcaactcacggcaatcttaatcc
tcctgcctcagcttctaagtgccagcatcacaagcacgagtcctcacagg
tagccagacagccctttctgcagagacaacgagaagagtcgagtgctgag
tcgaagcacctgtggtggtgggagctggggcgtgggagtggggagagagg
ctgtcactcatgtttgtgacccagaaggaggctgggtggcagggctgttt
gtgatggctttcctgtgtcacttcatatttatttgtttatttgttcattg
gttcaattgttcatctgctctgcaaccagtccagatgcggggtgccgggg
acggatatgacatccttcctgccctgaggtactccagacagacttgtaat
tggcaattaccaggaagagacggctgttaaaggtgctgcaaggccagatg
ggaggcgggcaccccaactgcctagagaatcaggtgcagcttcctgcagg
aaccaactggaggactgaacgagaaagctgggcgtggtctcccagacaca
gaaaccagccaagttgagtggagtctcaggcatgctggaagggtctggaa
cacaggcaaggcctgagaggagtcctcagcctggagaactgagtttgtgt
gcacaccccccaccccatctcagtcaaagtgtagagggactgtccctgtt
tcttaaccagctgaatgacctcacacccacacacagttctgtgtcacgtg
atgctcacaaatgcccctcaccctaggcttcacacggatcaggagtgaag
tccagacctgtctacccactcccaccccagatcctatggtgtatccccct
tcctccacccccactctgtgcaatgtgctcagcaaaagaggggacttgga
ctcattcacacctgctgtgtgtggggatgaggtgattgacttcttctagc
aagcataggcagtggaggccaacactgcttcaagccagagctgggcgtgg
atcctggactgacctcatagcttgcgtttagtcaacaaggtgggtgacag
attcctgccccaaggacgtctgggaggatcacagggggccaagcccagac
agtccagagggcttga
gaattcattcacgcgttcatccatccttcagtcatccacacaggcacatt
tgctccctgtgtggatcctccatccaagggcagcagcccatacagctcca
tttgtacagagtcaagactctgagacctttgatggccctggcaaagtgca
ctgtcccagtccccaggacactgccaccagccagccaatcagtgagccca
ctgtgcactgtgtgtctccttcatgctgttccaggctctctgtcacacag
acctggagaggaggctcagacaggagagatcccactaggaggcactaaaa
ataggatttagccctgggctgtcggtctgagagtccctgctgcataacat
gaggggctgggctagatcagaggtttgtaaaatgtttgtagtagagagcc
gctttgttcaaacagagtcatacgcggaaactctcagtagaacgcagata
aaagcagactgaagctgcagccggggtgggtgggcgagaaggaggggctg
gtgggccctttgcattcccctcctcttctgtacgtggcaaggatctgttt
gaattcttgggtctggggtcccttagagggtgacgctcatcctaagggat
atgattacccaggcccgttgaggtcacttggaggatcccagctacctgat
atttactaagtccattcccttacctggattctgctgggtttccaagacag
catgtggatcaggctacacctgttactggatgcctctccagccctgtgtt
acccagactgggtctcttctgacaacgccctccagaactggtggggagag
acttgccctttgctctctgtcctttgactacaggttgggaggaacaggag
aggacctgaattctgcagttagtcctgcaatttgcatccagagcctgcac
atggctcagcacagactgggatgttgtcagaggagactgggcaggctctg
ggaggcccagcccacacggcactggcatggctagagttgtggagagctgt
ctcgggcacagctggggacctggctctcgtgtgcgaagatccccagtcta
ggtgatttaggctgtagatggaagcttctgtgctcatgagactgtcactg
gtctcgggacaaggtaaaatagaaagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_139848642_139849756
seq2: B6Ng01-071G08.b_47_1156

seq1  GAATTCACCATGTATCCCAAGTGAGCTTCAACTCACGGCAATCTTAATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATGTATCCCAAGTGAGCTTCAACTCACGGCAATCTTAATCC  50

seq1  TCCTGCCTCAGCTTCTAAGTGCCAGCATCACAAGCACGAGTCCTCACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTCAGCTTCTAAGTGCCAGCATCACAAGCACGAGTCCTCACAGG  100

seq1  TAGCCAGACAGCCCTTTCTGCAGAGACAACGAGAAGAGTCGAGTGCTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGACAGCCCTTTCTGCAGAGACAACGAGAAGAGTCGAGTGCTGAG  150

seq1  TCGAAGCACCTGTGGTGGTGGGAGCTGGGGCGTGGGAGTGGGGAGAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGCACCTGTGGTGGTGGGAGCTGGGGCGTGGGAGTGGGGAGAGAGG  200

seq1  CTGTCACTCATGTTTGTGACCCAGAAGGAGGCTGGGTGGCAGGGCTGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACTCATGTTTGTGACCCAGAAGGAGGCTGGGTGGCAGGGCTGTTT  250

seq1  GTGATGGCTTTCCTGTGTCACTTCATATTTATTTGTTTATTTGTTCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCTTTCCTGTGTCACTTCATATTTATTTGTTTATTTGTTCATTG  300

seq1  GTTCAATTGTTCATCTGCTCTGCAACCAGTCCAGATGCGGGGTGCCGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATTGTTCATCTGCTCTGCAACCAGTCCAGATGCGGGGTGCCGGGG  350

seq1  ACGGATATGACATCCTTCCTGCCCTGAGGTACTCCAGACAGACTTGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGATATGACATCCTTCCTGCCCTGAGGTACTCCAGACAGACTTGTAAT  400

seq1  TGGCAATTACCAGGAAGAGACGGCTGTTAAAGGTGCTGCAAGGCCAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATTACCAGGAAGAGACGGCTGTTAAAGGTGCTGCAAGGCCAGATG  450

seq1  GGAGGCGGGCACCCCAACTGCCTAGAGAATCAGGTGCAGCTTCCTGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCGGGCACCCCAACTGCCTAGAGAATCAGGTGCAGCTTCCTGCAGG  500

seq1  AACCAACTGGAGGACTGAACGAGAAAGCTGGGCGTGGTCTCCCAGACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACTGGAGGACTGAACGAGAAAGCTGGGCGTGGTCTCCCAGACACA  550

seq1  GAAACCAGCCAAGTTGAGTGGAGTCTCAGGCATGCTGGAAGGGTCTGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAGCCAAGTTGAGTGGAGTCTCAGGCATGCTGGAAGGGTCTGGAA  600

seq1  CACAGGCAAGGCCTGAGAGGAGTCCTCAGCCTGGAGAACTGAGTTTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCAAGGCCTGAGAGGAGTCCTCAGCCTGGAGAACTGAGTTTGTGT  650

seq1  GCACACCCCCCACCCCATCTCAGTCAAAGTGTAGAGGGACTGTCCCTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCCCCCACCCCATCTCAGTCAAAGTGTAGAGGGACTGTCCCTGTT  700

seq1  TCTTAACCAGCTGAATGACCTCACACCCACACACAGTTCTGTGTCACGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCAGCTGAATGACCTCACACCCACACACAGTTCTGTGTCACGTG  750

seq1  ATGCTCACAAATGCCCCTCACCCTAGGCTTCACACGGATCAGGAGTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCACAAATGCCCCTCACCCTAGGCTTCACACGGATCAGGAGTGAAG  800

seq1  TCCAGACCTGTCTACCCACTCCCACCCCAGATCCTATGGTGTATCCCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACCTGTCTACCCACTCCCACCCCAGATCCTATGGTGTATCCCCCT  850

seq1  TCCTCCACCCCCACTCTGTGCAATGTGCTCAGCAAAAGAGGGGACTTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCACCCCCACTCTGTGCAATGTGCTCAGCAAAAGAGGGGACTTGGA  900

seq1  CTCATTCACACCTGCTGTGTGTGGGGATGAGGTGATCTGACTTCTTCTAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCATTCACACCTGCTGTGTGTGGGGATGAGGTGAT-TGACTTCTTCTAG  949

seq1  CAAGCATAGGCAGTGGAGGCCAACACAAGCTTCAAGCCAGAGCTGGGCGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATAGGCAGTGGAGGCCAACAC-TGCTTCAAGCCAGAGCTGGGCGT  998

seq1  -GATCCTGGACTGACCTCATAGCTTGCGTTTAAGTCCAACAAGGTGGGTG  1049
       |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| 
seq2  GGATCCTGGACTGACCTCATAGCTTGCGTTT-AGT-CAACAAGGTGGGT-  1045

seq1  GACAGATTCCTGCCCCAAGGACGTCTGGGAGTGATCACAAGGTGCCAAGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||
seq2  GACAGATTCCTGCCCCAAGGACGTCTGGGAG-GATCACAGGGGGCCAAGC  1094

seq1  CCAGACAGTACAGAGG  1115
      ||||||||| ||||||
seq2  CCAGACAGTCCAGAGG  1110

seq1: chr4_139947581_139948732
seq2: B6Ng01-071G08.g_67_1194 (reverse)

seq1  GTCTTTTCTTTATTTTACCCCTTGTCCCCGAGACCCAGTGACATGATCCT  50
      |||||   | |||||||  |||||| ||||||| |||||||||   ||  
seq2  GTCTT---TCTATTTTA--CCTTGT-CCCGAGA-CCAGTGACAGTCTC--  41

seq1  CAATGGCAGCACAGAAGACTCTCCATCTACAGCCTAAAATCACCTAGACT  100
        |||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  --ATG--AGCACAGAAG-CT-TCCATCTACAGCCT-AAATCACCTAGACT  84

seq1  TGGGGGGATCTTTCGCAACACGAGAGCCAGGTCCCCAGCTGTGCCCGAGA  150
         ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ---GGGGATC-TTCGC-ACACGAGAGCCAGGTCCCCAGCTGTGCCCGAGA  129

seq1  CAGCTCTCCACAACTCTAGCCATGCCAGTGCCGGTGTTGGGCTGGGCCTC  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  CAGCTCTCCACAACTCTAGCCATGCCAGTGCC-GTG-TGGGCTGGGCCTC  177

seq1  CCAGAGCCTGCCCAGTCTCCCTCTGACAACATCCCAGTCTGTGCTGAGCC  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCCTGCCCAGTCT-CCTCTGACAACATCCCAGTCTGTGCTGAGCC  226

seq1  ATGTGCAGGCTCTGGATGCAAATTGCAGGACTAACTGCAGAATTCAGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAGGCTCTGGATGCAAATTGCAGGACTAACTGCAGAATTCAGGTC  276

seq1  CTCTCCTGTTCCTCCCAACCTGTAGTCAAAGGACAGAGAGCAAAGGGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTGTTCCTCCCAACCTGTAGTCAAAGGACAGAGAGCAAAGGGCAA  326

seq1  GTCTCTCCCCACCAGTTCTGGAGGGCGTTGTCAGAAGAGACCCAGTCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCCCACCAGTTCTGGAGGGCGTTGTCAGAAGAGACCCAGTCTGG  376

seq1  GTAACACAGGGCTGGAGAGGCATCCAGTAACAGGTGTAGCCTGATCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACACAGGGCTGGAGAGGCATCCAGTAACAGGTGTAGCCTGATCCACA  426

seq1  TGCTGTCTTGGAAACCCAGCAGAATCCAGGTAAGGGAATGGACTTAGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTTGGAAACCCAGCAGAATCCAGGTAAGGGAATGGACTTAGTAA  476

seq1  ATATCAGGTAGCTGGGATCCTCCAAGTGACCTCAACGGGCCTGGGTAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGGTAGCTGGGATCCTCCAAGTGACCTCAACGGGCCTGGGTAATC  526

seq1  ATATCCCTTAGGATGAGCGTCACCCTCTAAGGGACCCCAGACCCAAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCTTAGGATGAGCGTCACCCTCTAAGGGACCCCAGACCCAAGAAT  576

seq1  TCAAACAGATCCTTGCCACGTACAGAAGAGGAGGGGAATGCAAAGGGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAGATCCTTGCCACGTACAGAAGAGGAGGGGAATGCAAAGGGCCC  626

seq1  ACCAGCCCCTCCTTCTCGCCCACCCACCCCGGCTGCAGCTTCAGTCTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCCCTCCTTCTCGCCCACCCACCCCGGCTGCAGCTTCAGTCTGCT  676

seq1  TTTATCTGCGTTCTACTGAGAGTTTCCGCGTATGACTCTGTTTGAACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGCGTTCTACTGAGAGTTTCCGCGTATGACTCTGTTTGAACAAA  726

seq1  GCGGCTCTCTACTACAAACATTTTACAAACCTCTGATCTAGCCCAGCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGCTCTCTACTACAAACATTTTACAAACCTCTGATCTAGCCCAGCCCC  776

seq1  TCATGTTATGCAGCAGGGACTCTCAGACCGACAGCCCAGGGCTAAATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTATGCAGCAGGGACTCTCAGACCGACAGCCCAGGGCTAAATCCT  826

seq1  ATTTTTAGTGCCTCCTAGTGGGATCTCTCCTGTCTGAGCCTCCTCTCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAGTGCCTCCTAGTGGGATCTCTCCTGTCTGAGCCTCCTCTCCAG  876

seq1  GTCTGTGTGACAGAGAGCCTGGAACAGCATGAAGGAGACACACAGTGCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTGACAGAGAGCCTGGAACAGCATGAAGGAGACACACAGTGCAC  926

seq1  AGTGGGCTCACTGATTGGCTGGCTGGTGGCAGTGTCCTGGGGACTGGGAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCTCACTGATTGGCTGGCTGGTGGCAGTGTCCTGGGGACTGGGAC  976

seq1  AGTGCACTTTGCCAGGGCCATCAAAGGTCTCAGAGTCTTGACTCTGTACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACTTTGCCAGGGCCATCAAAGGTCTCAGAGTCTTGACTCTGTACA  1026

seq1  AATGGAGCTGTATGGGCTGCTGCCCTTGGATGGAGGATCCACACAGGGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGCTGTATGGGCTGCTGCCCTTGGATGGAGGATCCACACAGGGAG  1076

seq1  CAAATGTGCCTGTGTGGATGACTGAAGGATGGATGAACGCGTGAATGAAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTGCCTGTGTGGATGACTGAAGGATGGATGAACGCGTGAATGAAT  1126

seq1  TC  1152
      ||
seq2  TC  1128