BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-075J04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 86,802,709 - 86,894,457
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc24a2
Upstream geneAdamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l
Downstream geneMllt3, BC057079
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-075J04.bB6Ng01-075J04.g
ACCDH892095DH892096
length1,2271,038
definitionDH892095|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075J04, 5' end.DH892096|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-075J04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,893,215 - 86,894,457)(86,802,709 - 86,803,756)
sequence
gaattcttgggatatttctgtctgatttcctcctctctaagtaccattct
cattccataaaacatgtctaacaaacaaaggagatgagtagatgtgtgtc
cgtgtctgcaacattcatttggtaagttctcactaaatattcatgcccca
aactgtgcactggtttaagaattttcaactgctttatttgtttcttttcc
caaacttttgaatgtttctattccttccttcagggtgtgtgtgcatgtga
gtgtgcgcatgtggtatgtgtggctctgctcatctgcatggcatgtgtgc
aggtcagagatggatctcaggcattttcctcagtcactttcctcattttt
gagacaggatctctcgcaaaacctagagctccccatttaagctagagtgg
ctggctagtcctcaaagctggatttctagatgtatgctcccttgcccagc
ttttaactgggtgctagaaatcctgaggaagatgtcatgcttatcaacaa
gcatttgaactgtggacgtacttcttggccttatttcactagttttaatg
ttttaaaatgtttccttcctaactagtggcctctaaagtcccttacttaa
catcatcaacttttgaagaacatatttcctaatgtactaaaatattattt
cactattttttcttttagctatttaattctgtattacttttttattattt
tcttatatctgaaagattcctgtttattacatataacagatactgaaaag
taactctaaaagttgtgactccttccttctggatgtcagtatgtaatagg
gtgttataaattcttatattctcatataggtatagaaacctagaactcag
actgttcaagtacagtagtaactaaaatgcaatgtgattctctcaaaagc
agagagtttgtcaagaattcccagcatatttccactgagtcctagattgg
ccacctagccccagagctacagtcttagatattgcatgatattgctcatt
tatcagggtggttaagatgacctacacttggacaggagactcatgcatga
tacttataacaatacctttccttggtgtttagttaaatttccaggtagtt
acagaagtatttcaacattgaacagaattgggccatgaactattgaccta
cctgccttggagtctctcctacgagatagaatatactttaatagagtcat
gcttgctctcatataacttggtctgtg
gaattccagatatatgagaagtgacctttaatggagagtgggctgagtat
tttggagactcatcaacttccccttgtgttttgctcttaggtgatacact
gataggtaggaagatgattagagtgagtagcccttcccatcaaggttagc
actgtaattgcattgctcgactccactttagaaggcacctagcagaaaag
acatattacccaaccagggagaaatgtgtttattgttaaaaggctgctgt
caaaatgtttgctttgaagagcagtaagaacactgcagcgattttaaaaa
gccgatttgtgtgattatgtttttaggattctaacaggaagaatccacac
aaacacattgcttttgaaggctcaattgttcaacaatatggttacgctga
gtggctcggcattctgcttgagagtctggacttctttttattattattat
tttaattgctcaggagagctactctcttatctcaatgcttttgatgaaga
ttgttgaagaggggtgattgtagtataaatatattgtgaccattgggggg
ggaaagtaaaagccaattttattaaaaagtatctgtcaaacagaaaaaaa
aaaagaactccaaagcctctttcagcaaccacattatattatatcttttt
catacaaggatcgttaaaggtttagcttctcagtgacttaactaaatgaa
aatccggagagaatgcatgtgttttgtaagtcctactgcaactgggcagt
gtgaagacaagtgtgaattgggtatccattatatacaacttggggtatct
cacatggttagaacatcactatgtcacttggataggcactaaagcccttg
ctaccaacggggttatatcattatgtaaaggacacacaagactagaccca
gggctggaactcatatatgtctgatactttgatccacagtatccaaaggg
aatgcctttctatctctcattaaaagaaaagagaatcagaatttgaggag
agcagggggtttatgggaaggtgcaaggagggaaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_86893215_86894457
seq2: B6Ng01-075J04.b_46_1272 (reverse)

seq1  CACAGACCAAGTTAATAGGGAGCAGCATAGCAT--CT-TATTAATAATA-  46
      ||||||||||||||   | |||||    |||||  || |||||| | || 
seq2  CACAGACCAAGTTATATGAGAGCA----AGCATGACTCTATTAA-AGTAT  45

seq1  ATTCTCTTATCCTCTGTAAGGAGAGACTC--AAGCAGGGTTAGGGTCAAT  94
      ||||| |    ||| || |||||||||||  | |||||  || |||||||
seq2  ATTCTAT----CTC-GT-AGGAGAGACTCCAAGGCAGG--TA-GGTCAAT  86

seq1  AGTTCATGGCCATATTTCTTGTTCAATGTTGAAATACTTCTGT-ACTACC  143
      |||||||||||  |||   |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTTCATGGCCCAATT--CTGTTCAATGTTGAAATACTTCTGTAACTACC  134

seq1  TGGAAATTTTACTATAACACCAAGGGAAAGGTATTGTTATAAGTATCATG  193
      ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATTTAACTA-AACACCAA-GGAAAGGTATTGTTATAAGTATCATG  182

seq1  CATGAGTTCTCCTGTTCAAGTTGTAGGTCATCTTAACCACCCTTGATAAA  243
      |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CATGAG-TCTCCTGTCCAAG-TGTAGGTCATCTTAACCACCC-TGATAAA  229

seq1  TGAGCAATATCATGCAATATCTAAGACTTGTAGCTCTGGGGCTAGGTGGC  293
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAATATCATGCAATATCTAAGAC-TGTAGCTCTGGGGCTAGGTGGC  278

seq1  CAATCTAGGACTCAGTGGAAATATGCTGGGAATTCTTGACAAACTCTCTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTAGGACTCAGTGGAAATATGCTGGGAATTCTTGACAAACTCTCTG  328

seq1  CTTTTTGAGAGAATCACATTGCATTTTAGTTACTACTGTACTTGAACAGT  393
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTTTGAGAGAATCACATTGCATTTTAGTTACTACTGTACTTGAACAGT  377

seq1  CTGAGTTCTAGGTTTCTATACCTATATGAGAATATAAGAATTTATAACAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCTAGGTTTCTATACCTATATGAGAATATAAGAATTTATAACAC  427

seq1  CCTATTACATACTGACATCCAGAAGGAAGGAGTCACAACTTTTAGAGTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTACATACTGACATCCAGAAGGAAGGAGTCACAACTTTTAGAGTTA  477

seq1  CTTTTCAGTATCTGTTATATGTAATAAACAGGAATCTTTCAGATATAAGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGTATCTGTTATATGTAATAAACAGGAATCTTTCAGATATAAGA  527

seq1  AAATAATAAAAAAGTAATACAGAATTAAATAGCTAAAAGAAAAAATAGTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATAAAAAAGTAATACAGAATTAAATAGCTAAAAGAAAAAATAGTG  577

seq1  AAATAATATTTTAGTACATTAGGAAATATGTTCTTCAAAAGTTGATGATG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATTTTAGTACATTAGGAAATATGTTCTTCAAAAGTTGATGATG  627

seq1  TTAAGTAAGGGACTTTAGAGGCCACTAGTTAGGAAGGAAACATTTTAAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAAGGGACTTTAGAGGCCACTAGTTAGGAAGGAAACATTTTAAAA  677

seq1  CATTAAAACTAGTGAAATAAGGCCAAGAAGTACGTCCACAGTTCAAATGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAACTAGTGAAATAAGGCCAAGAAGTACGTCCACAGTTCAAATGC  727

seq1  TTGTTGATAAGCATGACATCTTCCTCAGGATTTCTAGCACCCAGTTAAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGATAAGCATGACATCTTCCTCAGGATTTCTAGCACCCAGTTAAAA  777

seq1  GCTGGGCAAGGGAGCATACATCTAGAAATCCAGCTTTGAGGACTAGCCAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCAAGGGAGCATACATCTAGAAATCCAGCTTTGAGGACTAGCCAG  827

seq1  CCACTCTAGCTTAAATGGGGAGCTCTAGGTTTTGCGAGAGATCCTGTCTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTAGCTTAAATGGGGAGCTCTAGGTTTTGCGAGAGATCCTGTCTC  877

seq1  AAAAATGAGGAAAGTGACTGAGGAAAATGCCTGAGATCCATCTCTGACCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAGGAAAGTGACTGAGGAAAATGCCTGAGATCCATCTCTGACCT  927

seq1  GCACACATGCCATGCAGATGAGCAGAGCCACACATACCACATGCGCACAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACATGCCATGCAGATGAGCAGAGCCACACATACCACATGCGCACAC  977

seq1  TCACATGCACACACACCCTGAAGGAAGGAATAGAAACATTCAAAAGTTTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCACACACACCCTGAAGGAAGGAATAGAAACATTCAAAAGTTTG  1027

seq1  GGAAAAGAAACAAATAAAGCAGTTGAAAATTCTTAAACCAGTGCACAGTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAAACAAATAAAGCAGTTGAAAATTCTTAAACCAGTGCACAGTT  1077

seq1  TGGGGCATGAATATTTAGTGAGAACTTACCAAATGAATGTTGCAGACACG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCATGAATATTTAGTGAGAACTTACCAAATGAATGTTGCAGACACG  1127

seq1  GACACACATCTACTCATCTCCTTTGTTTGTTAGACATGTTTTATGGAATG  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACATCTACTCATCTCCTTTGTTTGTTAGACATGTTTTATGGAATG  1177

seq1  AGAATGGTACTTAGAGAGGAGGAAATCAGACAGAAATATCCCAAGAATTC  1243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGTACTTAGAGAGGAGGAAATCAGACAGAAATATCCCAAGAATTC  1227

seq1: chr4_86802709_86803756
seq2: B6Ng01-075J04.g_68_1105

seq1  GAATTCCAGATATATGAGAAGTGACCTTTAATGGAGAGTGGGCTGAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATATATGAGAAGTGACCTTTAATGGAGAGTGGGCTGAGTAT  50

seq1  TTTGGAGACTCATCAACTTCCCCTTGTGTTTTGCTCTTAGGTGATACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGACTCATCAACTTCCCCTTGTGTTTTGCTCTTAGGTGATACACT  100

seq1  GATAGGTAGGAAGATGATTAGAGTGAGTAGCCCTTCCCATCAAGGTTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTAGGAAGATGATTAGAGTGAGTAGCCCTTCCCATCAAGGTTAGC  150

seq1  ACTGTAATTGCATTGCTCGACTCCACTTTAGAAGGCACCTAGCAGAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAATTGCATTGCTCGACTCCACTTTAGAAGGCACCTAGCAGAAAAG  200

seq1  ACATATTACCCAACCAGGGAGAAATGTGTTTATTGTTAAAAGGCTGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTACCCAACCAGGGAGAAATGTGTTTATTGTTAAAAGGCTGCTGT  250

seq1  CAAAATGTTTGCTTTGAAGAGCAGTAAGAACACTGCAGCGATTTTAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTTTGCTTTGAAGAGCAGTAAGAACACTGCAGCGATTTTAAAAA  300

seq1  GCCGATTTGTGTGATTATGTTTTTAGGATTCTAACAGGAAGAATCCACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGATTTGTGTGATTATGTTTTTAGGATTCTAACAGGAAGAATCCACAC  350

seq1  AAACACATTGCTTTTGAAGGCTCAATTGTTCAACAATATGGTTACGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATTGCTTTTGAAGGCTCAATTGTTCAACAATATGGTTACGCTGA  400

seq1  GTGGCTCGGCATTCTGCTTGAGAGTCTGGACTTCTTTTTATTATTATTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCGGCATTCTGCTTGAGAGTCTGGACTTCTTTTTATTATTATTAT  450

seq1  TTTAATTGCTCAGGAGAGCTACTCTCTTATCTCAATGCTTTTGATGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGCTCAGGAGAGCTACTCTCTTATCTCAATGCTTTTGATGAAGA  500

seq1  TTGTTGAAGAGGGGTGATTGTAGTATAAATATATTGTGACCATTGGGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAAGAGGGGTGATTGTAGTATAAATATATTGTGACCATTGGGGGG  550

seq1  GGAAAGTAAAAGCCAATTTTATTAAAAAGTATCTGTCAAACAGAAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTAAAAGCCAATTTTATTAAAAAGTATCTGTCAAACAGAAAAAAA  600

seq1  AAAAGAACTCCAAAGCCTCTTTCAGCAACCACATTATATTATATCTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAACTCCAAAGCCTCTTTCAGCAACCACATTATATTATATCTTTTT  650

seq1  CATACAAGGATCGTTAAAGGTTTAGCTTCTCAGTGACTTAACTAAATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAGGATCGTTAAAGGTTTAGCTTCTCAGTGACTTAACTAAATGAA  700

seq1  AATCCGGAGAGAATGCATGTGTTTTGTAAGTCCTACTGCAACTGGGCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCGGAGAGAATGCATGTGTTTTGTAAGTCCTACTGCAACTGGGCAGT  750

seq1  GTGAAGACAAGTGTGAATTGGGTATCCATTATATACAACTTGGGGTATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGACAAGTGTGAATTGGGTATCCATTATATACAACTTGGGGTATCT  800

seq1  CACATGGTTAGAACATCACTATGTCACTTGGATAGGCACTAAGGCCCTTG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACATGGTTAGAACATCACTATGTCACTTGGATAGGCACTAAAGCCCTTG  850

seq1  CTACCAACGGGGTTATATCATTATGTAAAGGACACAACAAGACTAGACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTACCAACGGGGTTATATCATTATGTAAAGGACAC-ACAAGACTAGACCC  899

seq1  AGGGCTGGAACTCATATATGTCTGGATACTTTGATCCACAGTATCCAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGGCTGGAACTCATATATGTCT-GATACTTTGATCCACAGTATCCAAA-  947

seq1  GGGGAATGCCTTTCTATCTCTTCATTAAAAGGAAAAGAGATCAAGAATTT  1000
       ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   |||||||
seq2  -GGGAATGCCTTTCTATCTC-TCATTAAAA-GAAAAGAGAATCAGAATTT  994

seq1  GAGAGAGAGCAAGGGGGTTTATGGGAAGGGTGGCAGGGAGGGAAGGAA  1048
      ||| |||||| ||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||
seq2  GAG-GAGAGC-AGGGGGTTTATGGGAAGG--TGCAAGGAGGGAAGGAA  1038