BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077A12
Chromosome4 (Build37)
Map Location 80,387,157 - 80,503,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTyrp1
Upstream genenone
Downstream geneD4Bwg0951e, Mpdz, LOC100040131, LOC100040144, EG668895
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077A12.bB6Ng01-077A12.g
ACCDH893114DH893115
length1,112733
definitionDH893114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077A12, 5' end.DH893115|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077A12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,502,623 - 80,503,671)(80,387,157 - 80,387,889)
sequence
gaattcatatctgtcactccaaacttactctgttgctgagctaattgtca
caaagccaaactacccattaaatatttatgtttatacccaaagacaaatt
ctgctcccagccctgatcagagagaagctgctttcagtgattggcagtga
atgcagagatgcacagctgcccaaggtgataaatattggggtaggtctgg
tgctgtcatgtattcaaatgctaaattctcttccccaagatctggttgct
ccaagatgagcaaattctcactaatagcagcttttgttgtacaaactttg
ccccctccccctgccccaagtaaaaggctaaagcctgtgattgggcagta
aagagagataggtgggacttcctgggagggagaaaggaactctgggaaga
agaaaaaggaaggctttgctgaggagatgtgaagggagttggagatgaat
acagtcctggaaggtatagttagtcatgtagctggataggtgaacttaga
tgaactagttgagagtctgcccacattaggctgtagctttaaaatattaa
aatgtttctgtgtcgttgtttaggaaaatacctagttaaggaataagtgc
cgacatgtgactttctatctttaattgatacagaataaataatacaggat
attaataatctttttacagataagaataagcaatggttgagtattgagct
caaaatggagcatttataccactacacaccatagactctcacccattgta
gaagaggaaacagaaagaatatgagaactagaagacagggagaaaggagg
gttgaatgacttctggccatgtcagacaatgcagtcattatgtcacatca
gctgtggctgcctgcaatgggtctaagcaagactggcctgtgatgggaaa
gtgtccacagagccctacctatcaccttctgctgatgaactggttgctga
agaatttggagacgcagtcattgtcttcagtgtatacccacttatggaca
tccttatggtcacacagatgatcctggttaacttcatgaacctcaacaac
aaaacaaaaaagcaaacctggatacgtgaagttgaatcgaggaaggtggc
taccacggagtg
gaattcattgtttataatgatgtggcccctggtaggtctaatctgctaca
gtagatagccacacactactactgggattcattgtaaacaatgaagactc
atagttgggtggttgcataagactggtgagccttagcttatgggtacccc
cgagtaaaacatgtggagctgggaatcgatgaaaaaagcatgaagaattt
attgttccagtgcactagtgtcatcctagacctgaaagtgaggcagcaac
cccatgcagctcattcagtgagctttttgtacagttttcagggcagcagc
cattaggcacaatgtgattggcagaacagtgtgactttttaaactgattg
gtctttagggaatgagatggcaaggacttcccttgtctgatggtggccta
tggaatgtgtcccacccgaaggttggtaccccccccactgtggtctgagg
aatattaattagcctctcccttccagaggggcaagtgttccatgactttc
caaaagtttatgagctgaccttttcagatgtagctggaggaaatttggaa
ggggatgaagattacaaaagtatagtgtatgaaattctcaagaaattaat
aaaaatattttaaataaataaatattgtatatacaggggtatttgaaagt
gtgtgtctatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacacttgcatgt
gtatgtgtctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_80502623_80503671
seq2: B6Ng01-077A12.b_117_1155 (reverse)

seq1  CACTCC-TTGTAGCCACCCTTCCTCGATTTCAAACCTTCACGTATCCAGG  49
      |||||| | ||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||
seq2  CACTCCGTGGTAGCCA-CCTTCCTCGA-TTCAA--CTTCACGTATCCAGG  46

seq1  TTTGCTTTTTTTGTTTTGGTTTGTTTGAGGTTCATGGAGTTTAACCAGGA  99
      ||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| || ||||||||||
seq2  TTTGC-TTTTTTGTTTTG--TTG-TTGAGGTTCATGAAG-TTAACCAGGA  91

seq1  TCATCTGTGTGACCATAAGGATGTCCATAAGTGGGTATACAACTGAAGAC  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCATCTGTGTGACCATAAGGATGTCCATAAGTGGGTATAC-ACTGAAGAC  140

seq1  AATGACTGCGTTCTCCAAAATTCTTCAGCAACCAGTTCATCAGCAGAAGG  199
      |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTGCG-TCTCC-AAATTCTTCAGCAACCAGTTCATCAGCAGAAGG  188

seq1  TGATAGGTAGGGCTCTGTGGACACCTTCCCATCACAGGCCAGTCTTGCTT  249
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGTAGGGCTCTGTGGACACTTTCCCATCACAGGCCAGTCTTGCTT  238

seq1  AGACCCATTGCAGGCAGCCACAGCTGATGTGACATAATGACTGCATTGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCATTGCAGGCAGCCACAGCTGATGTGACATAATGACTGCATTGTC  288

seq1  TGACATGGCCAGAAGTCATTCAACCCTCC-TTCTCCCTGTCTTCTAGTTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGGCCAGAAGTCATTCAACCCTCCTTTCTCCCTGTCTTCTAGTTC  338

seq1  TCATATTCTTTCTGTTTCCTCTTCTACAATGGGTGAGAGTCTTTGGTGTG  398
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCATATTCTTTCTGTTTCCTCTTCTACAATGGGTGAGAGTCTATGGTGTG  388

seq1  TAGTGGTATAAATGCTCCATTTTGAGCTCAATACTCAACCATTGCTTATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTATAAATGCTCCATTTTGAGCTCAATACTCAACCATTGCTTATT  438

seq1  CTTATCTGTAAAAAGATTATTAATATCCTGTATTATTTATTCTGTATCAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTGTAAAAAGATTATTAATATCCTGTATTATTTATTCTGTATCAA  488

seq1  TTAAAGATAGAAAGTCACATGTCGGCACTTATTCCTTAACTAGGTATTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATAGAAAGTCACATGTCGGCACTTATTCCTTAACTAGGTATTTT  538

seq1  CCTAAACAACGACACAGAAACATTTTAATATTTTAAAGCTACAGCCTAAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACAACGACACAGAAACATTTTAATATTTTAAAGCTACAGCCTAAT  588

seq1  GTGGGCAGACTCTCAACTAGTTCATCTAAGTTCACCTATCCAGCTACATG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCAGACTCTCAACTAGTTCATCTAAGTTCACCTATCCAGCTACATG  638

seq1  ACTAACTATACCTTCCAGGACTGTATTCATCTCCAACTCCCTTCACATCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTATACCTTCCAGGACTGTATTCATCTCCAACTCCCTTCACATCT  688

seq1  CCTCAGCAAAGCCTTCCTTTTTCTTCTTCCCAGAGTTCCTTTCTCCCTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCAAAGCCTTCCTTTTTCTTCTTCCCAGAGTTCCTTTCTCCCTCC  738

seq1  CAGGAAGTCCCACCTATCTCTCTTTACTGCCCAATCACAGGCTTTAGCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGTCCCACCTATCTCTCTTTACTGCCCAATCACAGGCTTTAGCCT  788

seq1  TTTACTTGGGGCAGGGGGAGGGGGCAAAGTTTGTACAACAAAAGCTGCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGGGGCAGGGGGAGGGGGCAAAGTTTGTACAACAAAAGCTGCTA  838

seq1  TTAGTGAGAATTTGCTCATCTTGGAGCAACCAGATCTTGGGGAAGAGAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGAGAATTTGCTCATCTTGGAGCAACCAGATCTTGGGGAAGAGAAT  888

seq1  TTAGCATTTGAATACATGACAGCACCAGACCTACCCCAATATTTATCACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATTTGAATACATGACAGCACCAGACCTACCCCAATATTTATCACC  938

seq1  TTGGGCAGCTGTGCATCTCTGCATTCACTGCCAATCACTGAAAGCAGCTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAGCTGTGCATCTCTGCATTCACTGCCAATCACTGAAAGCAGCTT  988

seq1  CTCTCTGATCAGGGCTGGGAGCAGAATTTGTCTTTGGGTATAAACATAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGATCAGGGCTGGGAGCAGAATTTGTCTTTGGGTATAAACATAAA  1038

seq1  T  1049
      |
seq2  T  1039

seq1: chr4_80387157_80387889
seq2: B6Ng01-077A12.g_66_798

seq1  GAATTCATTGTTTATAATGATGTGGCCCCTGGTAGGTCTAATCTGCTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGTTTATAATGATGTGGCCCCTGGTAGGTCTAATCTGCTACA  50

seq1  GTAGATAGCCACACACTACTACTGGGATTCATTGTAAACAATGAAGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATAGCCACACACTACTACTGGGATTCATTGTAAACAATGAAGACTC  100

seq1  ATAGTTGGGTGGTTGCATAAGACTGGTGAGCCTTAGCTTATGGGTACCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGGGTGGTTGCATAAGACTGGTGAGCCTTAGCTTATGGGTACCCC  150

seq1  CGAGTAAAACATGTGGAGCTGGGAATCGATGAAAAAAGCATGAAGAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTAAAACATGTGGAGCTGGGAATCGATGAAAAAAGCATGAAGAATTT  200

seq1  ATTGTTCCAGTGCACTAGTGTCATCCTAGACCTGAAAGTGAGGCAGCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCCAGTGCACTAGTGTCATCCTAGACCTGAAAGTGAGGCAGCAAC  250

seq1  CCCATGCAGCTCATTCAGTGAGCTTTTTGTACAGTTTTCAGGGCAGCAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCAGCTCATTCAGTGAGCTTTTTGTACAGTTTTCAGGGCAGCAGC  300

seq1  CATTAGGCACAATGTGATTGGCAGAACAGTGTGACTTTTTAAACTGATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGCACAATGTGATTGGCAGAACAGTGTGACTTTTTAAACTGATTG  350

seq1  GTCTTTAGGGAATGAGATGGCAAGGACTTCCCTTGTCTGATGGTGGCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTAGGGAATGAGATGGCAAGGACTTCCCTTGTCTGATGGTGGCCTA  400

seq1  TGGAATGTGTCCCACCCGAAGGTTGGTACCCCCCCCACTGTGGTCTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGTGTCCCACCCGAAGGTTGGTACCCCCCCCACTGTGGTCTGAGG  450

seq1  AATATTAATTAGCCTCTCCCTTCCAGAGGGGCAAGTGTTCCATGACTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAATTAGCCTCTCCCTTCCAGAGGGGCAAGTGTTCCATGACTTTC  500

seq1  CAAAAGTTTATGAGCTGACCTTTTCAGATGTAGCTGGAGGAAATTTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTTTATGAGCTGACCTTTTCAGATGTAGCTGGAGGAAATTTGGAA  550

seq1  GGGGATGAAGATTACAAAAGTATAGTGTATGAAATTCTCAAGAAATTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGAAGATTACAAAAGTATAGTGTATGAAATTCTCAAGAAATTAAT  600

seq1  AAAAATATTTTAAATAAATAAATATTGTATATACAGGGGTATTTGAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATTTTAAATAAATAAATATTGTATATACAGGGGTATTTGAAAGT  650

seq1  GTGTGTCTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACTTGCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACTTGCATGT  700

seq1  GTATGTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  733
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  733