BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077N02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 113,992,104 - 114,127,552
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666048
Upstream geneLOC100040607, LOC242627, LOC100040625, A630098G03Rik
Downstream geneFoxd2, LOC100040736, Foxe3, Cmpk, Stil, Tal1, Pdzk1ip1, Cyp4x1, Cyp4a21-ps, LOC384042, LOC230639, Cyp4a12, LOC546842, Cyp4a12b, LOC435802, LOC666393
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077N02.bB6Ng01-077N02.g
ACCDH893694DH893695
length951341
definitionDH893694|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077N02, 5' end.DH893695|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,992,104 - 113,993,049)(114,127,212 - 114,127,552)
sequence
gaattcctcactgtttcatattctatcattcaatatcttgattatcctta
ttgccaactttcagaaagtggataattatgactttcttacaatttatgat
tttagacattaatagtccagacagattaagttttagattctgaaacactg
tgattccaagacaataagaaatgccagaaaactgttatcagatgctctgg
atgaagaagcatccagggaagttggatgtgaacaagcttcaggagggagt
gatgggtctcaggtgggaacatggctgtatggcaagaatgttacactcct
agagtgaaggagagagaaatcaacctcttttttaaaaatagaacaccaag
aaaagccacaccctataggcttccggagcccctgccaagcagtgaggaca
agtttaatatcttccaatcaagtatgttagttgcttcacaagtgattgta
aataaaaaaaatagaaatgagacttaatgtccagagttattaaaactgtt
tacagctatacatttgagtagttctcctcccagggttaagggtgagctct
ctcacctcttgcaggcaaaccctatatctatcagggttgccatttgggtt
gtttgattcttcccagcttagctacaaagtactctggatgtggtgagagg
tgggaaggtgtaataggccttaaagccatggaagtgattttagacaagtg
tttagaaactggagcctggcccacacctcagattttataagaagcttcat
gagggcttacagaaattctgagctgaacacatcccagagcccagatctcc
atctgtagcccagaagcatcgaaattcttagcttggaaaaaacttaaggt
ggaagagagtgttctcaatgcagcagggctgagccctgtatggaaagagc
tgcagtgatgtagagataagtttgagcaagtccccgatttttccaaccat
c
ccatgatctgcttccaaagttgataaagccacaaataggacttgtgtctg
ttttgtcactggccacatttcccagggagaagggtcaagggctagactca
gagctcagagtggggaggtaaggggaaggacctggtggccccaagaggtc
agagtctgtgtcatgaagaactcttagaatgatgctaggatgagcctgtc
tcaaggctagaggaaggtccagtctgagctgtagcctgatgtatacacag
tgaagggtcagacagtatccaccctgcccacatcctcttctccatctacc
agaaaaccacagtgggatggggttgtggggcgggtggatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_113992104_113993049
seq2: B6Ng01-077N02.b_49_999

seq1  GAATTCCTCACTGTTTCATATTCTATCATTCAATATCTTGATTATCCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACTGTTTCATATTCTATCATTCAATATCTTGATTATCCTTA  50

seq1  TTGCCAACTTTCAGAAAGTGGATAATTATGACTTTCTTACAATTTATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAACTTTCAGAAAGTGGATAATTATGACTTTCTTACAATTTATGAT  100

seq1  TTTAGACATTAATAGTCCAGACAGATTAAGTTTTAGATTCTGAAACACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACATTAATAGTCCAGACAGATTAAGTTTTAGATTCTGAAACACTG  150

seq1  TGATTCCAAGACAATAAGAAATGCCAGAAAACTGTTATCAGATGCTCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCAAGACAATAAGAAATGCCAGAAAACTGTTATCAGATGCTCTGG  200

seq1  ATGAAGAAGCATCCAGGGAAGTTGGATGTGAACAAGCTTCAGGAGGGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGCATCCAGGGAAGTTGGATGTGAACAAGCTTCAGGAGGGAGT  250

seq1  GATGGGTCTCAGGTGGGAACATGGCTGTATGGCAAGAATGTTACACTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGTCTCAGGTGGGAACATGGCTGTATGGCAAGAATGTTACACTCCT  300

seq1  AGAGTGAAGGAGAGAGAAATCAACCTCTTTTTTAAAAATAGAACACCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAAGGAGAGAGAAATCAACCTCTTTTTTAAAAATAGAACACCAAG  350

seq1  AAAAGCCACACCCTATAGGCTTCCGGAGCCCCTGCCAAGCAGTGAGGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCACACCCTATAGGCTTCCGGAGCCCCTGCCAAGCAGTGAGGACA  400

seq1  AGTTTAATATCTTCCAATCAAGTATGTTAGTTGCTTCACAAGTGATTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAATATCTTCCAATCAAGTATGTTAGTTGCTTCACAAGTGATTGTA  450

seq1  AATAAAAAAAATAGAAATGAGACTTAATGTCCAGAGTTATTAAAACTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAAAATAGAAATGAGACTTAATGTCCAGAGTTATTAAAACTGTT  500

seq1  TACAGCTATACATTTGAGTAGTTCTCCTCCCAGGGTTAAGGGTGAGCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTATACATTTGAGTAGTTCTCCTCCCAGGGTTAAGGGTGAGCTCT  550

seq1  CTCACCTCTTGCAGGCAAACCCTATATCTATCAGGGTTGCCATTTGGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTCTTGCAGGCAAACCCTATATCTATCAGGGTTGCCATTTGGGTT  600

seq1  GTTTGATTCTTCCCAGCTTAGCTACAAAGTACTCTGGATGTGGTGAGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATTCTTCCCAGCTTAGCTACAAAGTACTCTGGATGTGGTGAGAGG  650

seq1  TGGGAAGGTGTAATAGGCCTTAAAGCCATGGAAGTGA-TTTAGACAAGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGAAGGTGTAATAGGCCTTAAAGCCATGGAAGTGATTTTAGACAAGTG  700

seq1  TTTAGAAACTGGAGCCTGGCCCACACCTCAGATTTTATAAGAAGC-TCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTAGAAACTGGAGCCTGGCCCACACCTCAGATTTTATAAGAAGCTTCAT  750

seq1  GAGGGCTTACAGAAATTCTGAGCTGAACACATCCCAGAGCCAAGATCTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGGGCTTACAGAAATTCTGAGCTGAACACATCCCAGAGCCCAGATCTCC  800

seq1  ATCTGTAG-CCAGAAGCATCGAAA-TCTTAGCTTGGAAAAAACTGAAGGT  846
      |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATCTGTAGCCCAGAAGCATCGAAATTCTTAGCTTGGAAAAAACTTAAGGT  850

seq1  GGAAGAGAGTGTTCTCAGTGCAGCAGGGCTGAGCCCTTGATGGAAAGAGC  896
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||
seq2  GGAAGAGAGTGTTCTCAATGCAGCAGGGCTGAGCCCTGTATGGAAAGAGC  900

seq1  TGCAGTGTTGTAGAGATAAGTTTGAGCAAGTCCACCA-TTATCCAACCAT  945
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||
seq2  TGCAGTGATGTAGAGATAAGTTTGAGCAAGTCCCCGATTTTTCCAACCAT  950

seq1  C  946
      |
seq2  C  951

seq1: chr4_114127212_114127552
seq2: B6Ng01-077N02.g_75_415 (reverse)

seq1  CCATCCACCCGCCCCACAACCCCATCCCACTGTGGTTTTCTGGTAGATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCACCCGCCCCACAACCCCATCCCACTGTGGTTTTCTGGTAGATGG  50

seq1  AGAAGAGGATGTGGGCAGGGTGGATACTGTCTGACCCTTCACTGTGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGATGTGGGCAGGGTGGATACTGTCTGACCCTTCACTGTGTATA  100

seq1  CATCAGGCTACAGCTCAGACTGGACCTTCCTCTAGCCTTGAGACAGGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGCTACAGCTCAGACTGGACCTTCCTCTAGCCTTGAGACAGGCTC  150

seq1  ATCCTAGCATCATTCTAAGAGTTCTTCATGACACAGACTCTGACCTCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGCATCATTCTAAGAGTTCTTCATGACACAGACTCTGACCTCTTG  200

seq1  GGGCCACCAGGTCCTTCCCCTTACCTCCCCACTCTGAGCTCTGAGTCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACCAGGTCCTTCCCCTTACCTCCCCACTCTGAGCTCTGAGTCTAG  250

seq1  CCCTTGACCCTTCTCCCTGGGAAATGTGGCCAGTGACAAAACAGACACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGACCCTTCTCCCTGGGAAATGTGGCCAGTGACAAAACAGACACAA  300

seq1  GTCCTATTTGTGGCTTTATCAACTTTGGAAGCAGATCATGG  341
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATTTGTGGCTTTATCAACTTTGGAAGCAGATCATGG  341