BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-078B08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 116,214,950 - 116,339,796
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem69, Gpbp1l1, LOC622665, Nasp, Akr1a4
Upstream geneLOC666168, LOC631037, LOC100040843, Cyp4b1, LOC546843, 4732418C07Rik, 4930544O15Rik, Atpaf1, Mobkl2c, Mknk1, Kncn, 6430628N08Rik, Dmbx1, Faah, Nsun4, Uqcrh, Lrrc41, Rad54l, 1520402A15Rik, Pomgnt1, Tspan1, 1700042G07Rik, LOC433748, Pik3r3, Mast2, LOC631400, Ipp
Downstream genePrdx1, Mmachc, 0610037D15Rik, Tesk2, Toe1, Mutyh, Hpdl, LOC625336, LOC100041048, Zswim5, Urod, Hectd3, Eif2b3, Ptch2, 9530048O09Rik, LOC100041324, 4833401D15Rik, Plk3, Best4-ps, LOC625405, Rps8, Kif2c, Gm1661, Tmem53, 4931406I20Rik, LOC100041093, Prnpip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-078B08.bB6Ng01-078B08.g
ACCDH893882DH893883
length1,052807
definitionDH893882|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B08, 5' end.DH893883|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-078B08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,338,742 - 116,339,796)(116,214,950 - 116,215,591)
sequence
gaattcattcattttatgtaaatatgtgttctgtctgaatgtctgtctgt
gcatcacatatgagtagtgccctcagcagagagcattagatcctctgaca
ctggagttacaaacgattgtcagctgccaaccccccccctttttttttaa
tcacccattgagctcaattcgtgctgcccatgtgcttatggtcataagac
catctactaccatgtgttaaatgtatgaaaatacaccctttaaaaaagct
gacactccttttccaaaaaccatcaactgtcaatagttcttcagtttgga
gtggtgcttacaagtctcttcacactagagtgactcaatcttatgctgac
ggtcacagctgacagctgctgtgggtgtgctgcttccttccaggaggaga
cactgctttgttccactcctccctgactactatctctgaacaacctactc
ccctgttcctccagctccagtgggtccgacatcctcctctgcctccagga
tgcttgtgctcatgcacacccacacccacgtgcacacacacatagtatag
acaaataacactttttaaaaaaatttcttaatgtaaacgaggaaaatacc
taataaaaataaaattaaattaaaaaaaaatttcttgggctggtgagatg
gctcagtgggtaagagcacccgactgctcttccgaaggtccgaagttcaa
atcccagcaaccacatggtggctcacaaccatccataatgagatctgact
ccctcttctggagtgtctgaagacagctacagtgtacttatatataataa
aaataaataaatctttaaaaaaaatttctttatgggggagagggaggaac
ttttcagacttggcatggtgggtgttacagggctctctcagttcttgtct
cctggaaagaattcagttgggagatgcaggcagcaatccaagcaagcatt
ccagagagagggagtgggcttccctaaattagggctggcagcacatggat
gccgggattgtggcttttttttttgttgtgtgtgttttggtttgtttttt
ga
gaattcactacaatgctggttaaacatcttcagggcaagctgctatcaag
actctccacatgaaccacttctgggcttgtccccacatcagtgattaaaa
tggaagagtgacagtgacagagaatgatccctgacgtttacctgggtgta
gtggctattcctggttgtcaacttgacaatatttggaatgaactacaatc
cggaattggaaggctcaccagtgacccttatctggaggcttggagatcct
tatctggatcttggtttgaagatcttgagccatagtggctatggattcca
gaagattgaatctccgagttaaggaacacacctttaatctgggctatgcc
tttcatctgggattaaaggtgtggtggaacacacctttaatctgggctat
gcctttcatctgggattaaaggtgtggtggaacacacctttaatctgggc
tacaccttttgctggagacaatataaggacattggaagaagggagtctag
ctcttgctcttgctcctttgcctgcttgctgcgtgagactgagtaactgc
tagatccttggacttccattcacagctgcgactgaacaattgttgggaat
taggctgccgactgtaagtcatcaataaattcctttactatttagagatt
atccataagttctgtgactctagagaaccctgactaatacagaagttggt
accaggagtgtttctagagtaacagaagtacaaggatgaatcttttaaaa
ttctggaattggcttgttgatccaccagcactttcaactattgaacctct
ccagatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_116338742_116339796
seq2: B6Ng01-078B08.b_45_1096 (reverse)

seq1  TCAAAAAACAAAACAAAACAACAACAACAACAAAAAAAAAAGCCACAAT-  49
      |||||||||||| |||||| |||   ||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCAAAAAACAAACCAAAAC-ACA--CACAACAAAAAAAAAAGCCACAATC  47

seq1  CCGGCATCCATTGTGCTGCCAGCCCTAATTTAGGGAAGCCCACTCCCTCT  99
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCATCCA-TGTGCTGCCAGCCCTAATTTAGGGAAGCCCACTCCCTCT  96

seq1  CTCTGGAATGCTTGCTTGGATTTGCTGCCTGCATCTCCCAACTGAATTCT  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAATGCTTGCTTGGA-TTGCTGCCTGCATCTCCCAACTGAATTCT  145

seq1  TTCCAGGAGACAAGAACTGAGAGAGCCCTGTAACA-CCACCATGCCAAGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCCAGGAGACAAGAACTGAGAGAGCCCTGTAACACCCACCATGCCAAGT  195

seq1  CTGAAAAGTTCCTCCCTCTCCCCCATAAAGAAATTTTTTTTAAAGATTTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAGTTCCTCCCTCTCCCCCATAAAGAAATTTTTTTTAAAGATTTA  245

seq1  TTTATTTTTATTATATATAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTATTATATATAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAG  295

seq1  AAGAGGGAGTCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGAGTCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTG  345

seq1  CTGGGATTTGAACTTCGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTTGAACTTCGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCC  395

seq1  ACTGAGCCATCTCACCAGCCCAAGAAATTTTTTTTTAATTTAATTTTATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCATCTCACCAGCCCAAGAAATTTTTTTTTAATTTAATTTTATT  445

seq1  TTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTAAGAAATTTTTTTAAAAAGTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTAAGAAATTTTTTTAAAAAGTGT  495

seq1  TATTTGTCTATACTATGTGTGTGTGCACGTGGGTGTGGGTGTGCATGAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTCTATACTATGTGTGTGTGCACGTGGGTGTGGGTGTGCATGAGC  545

seq1  ACAAGCATCCTGGAGGCAGAGGAGGATGTCGGACCCACTGGAGCTGGAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCATCCTGGAGGCAGAGGAGGATGTCGGACCCACTGGAGCTGGAGG  595

seq1  AACAGGGGAGTAGGTTGTTCAGAGATAGTAGTCAGGGAGGAGTGGAACAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGGAGTAGGTTGTTCAGAGATAGTAGTCAGGGAGGAGTGGAACAA  645

seq1  AGCAGTGTCTCCTCCTGGAAGGAAGCAGCACACCCACAGCAGCTGTCAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGTCTCCTCCTGGAAGGAAGCAGCACACCCACAGCAGCTGTCAGC  695

seq1  TGTGACCGTCAGCATAAGATTGAGTCACTCTAGTGTGAAGAGACTTGTAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCGTCAGCATAAGATTGAGTCACTCTAGTGTGAAGAGACTTGTAA  745

seq1  GCACCACTCCAAACTGAAGAACTATTGACAGTTGATGGTTTTTGGAAAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACTCCAAACTGAAGAACTATTGACAGTTGATGGTTTTTGGAAAAG  795

seq1  GAGTGTCAGCTTTTTTAAAGGGTGTATTTTCATACATTTAACACATGGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCAGCTTTTTTAAAGGGTGTATTTTCATACATTTAACACATGGTA  845

seq1  GTAGATGGTCTTATGACCATAAGCACATGGGCAGCACGAATTGAGCTCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGGTCTTATGACCATAAGCACATGGGCAGCACGAATTGAGCTCAA  895

seq1  TGGGTGATTAAAAAAAAAGGGGGGGGGTTGGCAGCTGACAATCGTTTGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGATTAAAAAAAAAGGGGGGGGGTTGGCAGCTGACAATCGTTTGTA  945

seq1  ACTCCAGTGTCAGAGGATCTAATGCTCTCTGCTGAGGGCACTACTCATAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGTGTCAGAGGATCTAATGCTCTCTGCTGAGGGCACTACTCATAT  995

seq1  GTGATGCACAGACAGACATTCAGACAGAACACATATTTACATAAAATGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGCACAGACAGACATTCAGACAGAACACATATTTACATAAAATGAA  1045

seq1  TGAATTC  1055
      |||||||
seq2  TGAATTC  1052

seq1: chr4_116214950_116215591
seq2: B6Ng01-078B08.g_67_708

seq1  GAATTCACTACAATGCTGGTTAAACATCTTCAGGGCAAGCTGCTATCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTACAATGCTGGTTAAACATCTTCAGGGCAAGCTGCTATCAAG  50

seq1  ACTCTCCACATGAACCACTTCTGGGCTTGTCCCCACATCAGTGATTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCCACATGAACCACTTCTGGGCTTGTCCCCACATCAGTGATTAAAA  100

seq1  TGGAAGAGTGACAGTGACAGAGAATGATCCCTGACGTTTACCTGGGTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGAGTGACAGTGACAGAGAATGATCCCTGACGTTTACCTGGGTGTA  150

seq1  GTGGCTATTCCTGGTTGTCAACTTGACAATATTTGGAATGAACTACAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTATTCCTGGTTGTCAACTTGACAATATTTGGAATGAACTACAATC  200

seq1  CGGAATTGGAAGGCTCACCAGTGACCCTTATCTGGAGGCTTGGAGATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAATTGGAAGGCTCACCAGTGACCCTTATCTGGAGGCTTGGAGATCCT  250

seq1  TATCTGGATCTTGGTTTGAAGATCTTGAGCCATAGTGGCTATGGATTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGATCTTGGTTTGAAGATCTTGAGCCATAGTGGCTATGGATTCCA  300

seq1  GAAGATTGAATCTCCGAGTTAAGGAACACACCTTTAATCTGGGCTATGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTGAATCTCCGAGTTAAGGAACACACCTTTAATCTGGGCTATGCC  350

seq1  TTTCATCTGGGATTAAAGGTGTGGTGGAACACACCTTTAATCTGGGCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTGGGATTAAAGGTGTGGTGGAACACACCTTTAATCTGGGCTAT  400

seq1  GCCTTTCATCTGGGATTAAAGGTGTGGTGGAACACACCTTTAATCTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCATCTGGGATTAAAGGTGTGGTGGAACACACCTTTAATCTGGGC  450

seq1  TACACCTTTTGCTGGAGACAATATAAGGACATTGGAAGAAGGGAGTCTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTTTTGCTGGAGACAATATAAGGACATTGGAAGAAGGGAGTCTAG  500

seq1  CTCTTGCTCTTGCTCCTTTGCCTGCTTGCTGCGTGAGACTGAGTAACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTCTTGCTCCTTTGCCTGCTTGCTGCGTGAGACTGAGTAACTGC  550

seq1  TAGATCCTTGGACTTCCATTCACAGCTGCGACTGAACAATTGTTGGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCCTTGGACTTCCATTCACAGCTGCGACTGAACAATTGTTGGGAAT  600

seq1  TAGGCTGCCGACTGTAAGTCATCAATAAATTCCTTTACTATT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCCGACTGTAAGTCATCAATAAATTCCTTTACTATT  642