BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080N22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 47,907,651 - 48,041,304
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGabbr2, Anks6, LOC435781, Galnt12, Col15a1, Tgfbr1, LOC666236, LOC666473, Alg2, Sec61b
Downstream geneLOC100040788, Nr4a3, Stx17, Txndc4, Invs, Tex10, 5730528L13Rik, Tmeff1, 2310039E09Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080N22.bB6Ng01-080N22.g
ACCDH895886DH895887
length721996
definitionDH895886|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080N22, 5' end.DH895887|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080N22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,907,651 - 47,908,371)(48,040,347 - 48,041,304)
sequence
gaattcctgtgtcctccatgacttatcagtgattactagtaattgtcaat
tttttgactatcaattttctcaatattctaaggcaattaatacatgcaat
aaattttatatttaagactaagaattaggcatcattcttttgaggagact
gcttaaagtatgtaacaagttgttatggtgattaaattacaataattagt
attctgtgaaaataattttagcctcaaatttaagcctcagagaagagaag
tgagaggtaaacaaagtgaaatttactgggtccacttttcagaggtgtcc
tcttcttgccaggctgtgagccttaccatgctcacaaccatactgtgagt
aagttagcatggagcttagagatgaggaattggagttccagaggtcgtga
ttttaatagcataaagaaataaactgcaaataaaggcttgaaatccaaag
gccgtgttccccttccccgggtatatgaattaaggaagagtaacatagta
caattacagtcctatctgattggaaagtgatagtcatgaagtttatgcag
gctgcagtaatcttgttctgtcaacacaaacacaaatcttggagctaaga
aaatctgcatcagggattgagtgtcccatggaaaaataaattacgttaag
atagatgatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatagatagatagatgataga
gaattcactacatagtccaagctggcctcgaactaaagaagatccacttt
cctgtgcatctggagtgctaggattaaaggcatatgcccccacccccagc
ctcaatttattctttttagatgttatattcttatcctcaagaaagttgag
gcttgaagaagagaaacctttccatactttttaatatgtacggtagtatt
tcttattgttacagtaatagtaattataagaacatacaaacgcatacttt
atgtggacatggccgaggggagattgtggcattctgacaagggtttttgt
ggagcaggagtgctcagcttgtgcctgtaccccatggaggtacttggtct
ctcaggcaagaggaactaaaggaactaggtctggaaggaggtcagggtca
gctggtggggaaacccaggaactggaggtagaggtaagttagcaaggaac
tcactcagtagagtaagtgaggccagtgagagtgagaggaggactctgct
gggcgagttcacagataatgcagaacttattcaaaatggcttgttcgtgt
ctatggaagaagtaaactgattgggcgactcctactgaatcagtgcaact
gtagtaaggttgtctgcaggaagtgacttgatctcagaggcaaaagagag
atcattgtacgttagtgactgcttgcttctatatataaaagttggtatta
agaagtgatatgatgcaaaacaaccctgagattccacctcacaccagtca
gaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagcagatgctggcgaggatgt
ggagaaagaggaacactccctccattgttggtgggagttgcaggcttgtt
acaaccactctggaaatcagtctggcgtgttcttcagaaaactgggacat
agtactaccgggaggatccagcaatacctttcttgggcattatatccaga
ggatgccccacaggtagaaggacacatgctccactatgttcatagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_47907651_47908371
seq2: B6Ng01-080N22.b_48_768

seq1  GAATTCCTGTGTCCTCCATGACTTATCAGTGATTACTAGTAATTGTCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTGTCCTCCATGACTTATCAGTGATTACTAGTAATTGTCAAT  50

seq1  TTTTTGACTATCAATTTTCTCAATATTCTAAGGCAATTAATACATGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGACTATCAATTTTCTCAATATTCTAAGGCAATTAATACATGCAAT  100

seq1  AAATTTTATATTTAAGACTAAGAATTAGGCATCATTCTTTTGAGGAGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTATATTTAAGACTAAGAATTAGGCATCATTCTTTTGAGGAGACT  150

seq1  GCTTAAAGTATGTAACAAGTTGTTATGGTGATTAAATTACAATAATTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAGTATGTAACAAGTTGTTATGGTGATTAAATTACAATAATTAGT  200

seq1  ATTCTGTGAAAATAATTTTAGCCTCAAATTTAAGCCTCAGAGAAGAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTGAAAATAATTTTAGCCTCAAATTTAAGCCTCAGAGAAGAGAAG  250

seq1  TGAGAGGTAAACAAAGTGAAATTTACTGGGTCCACTTTTCAGAGGTGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGTAAACAAAGTGAAATTTACTGGGTCCACTTTTCAGAGGTGTCC  300

seq1  TCTTCTTGCCAGGCTGTGAGCCTTACCATGCTCACAACCATACTGTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTGCCAGGCTGTGAGCCTTACCATGCTCACAACCATACTGTGAGT  350

seq1  AAGTTAGCATGGAGCTTAGAGATGAGGAATTGGAGTTCCAGAGGTCGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGCATGGAGCTTAGAGATGAGGAATTGGAGTTCCAGAGGTCGTGA  400

seq1  TTTTAATAGCATAAAGAAATAAACTGCAAATAAAGGCTTGAAATCCAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAGCATAAAGAAATAAACTGCAAATAAAGGCTTGAAATCCAAAG  450

seq1  GCCGTGTTCCCCTTCCCCGGGTATATGAATTAAGGAAGAGTAACATAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGTTCCCCTTCCCCGGGTATATGAATTAAGGAAGAGTAACATAGTA  500

seq1  CAATTACAGTCCTATCTGATTGGAAAGTGATAGTCATGAAGTTTATGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTACAGTCCTATCTGATTGGAAAGTGATAGTCATGAAGTTTATGCAG  550

seq1  GCTGCAGTAATCTTGTTCTGTCAACACAAACACAAATCTTGGAGCTAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAGTAATCTTGTTCTGTCAACACAAACACAAATCTTGGAGCTAAGA  600

seq1  AAATCTGCATCAGGGATTGAGTGTCCCATGGAAAAATAAATTACGTTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGCATCAGGGATTGAGTGTCCCATGGAAAAATAAATTACGTTAAG  650

seq1  ATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  700

seq1  GATAGATAGATAGATGATAGA  721
      |||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATGATAGA  721

seq1: chr4_48040347_48041304
seq2: B6Ng01-080N22.g_70_1034 (reverse)

seq1  ACCTGTTGGGGCATCTTCTGGATAT-ATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGA  49
      ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||
seq2  ACCTG-TGGGGCATCCTCTGGATATAATGCCCAAGAAAGGTATTGCTGGA  49

seq1  TCCT-CCGGTAGTACTATGT-CCAGTTTTCTGAGGAAC-CGCCAGACTGA  96
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TCCTCCCGGTAGTACTATGTCCCAGTTTTCTGAAGAACACGCCAGACTGA  99

seq1  TTTCCAGAGTGGTTGT-ACAAGCCTGC-ACTCCCACCAACAATGGA-GGA  143
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  TTTCCAGAGTGGTTGTAACAAGCCTGCAACTCCCACCAACAATGGAGGGA  149

seq1  GTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTGCTGTCACCTGAATTT  199

seq1  TTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTT  249

seq1  GCATCATATCACTTCTTAATACCAACTTTTATATATAGAAGCAAGCAGTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATATCACTTCTTAATACCAACTTTTATATATAGAAGCAAGCAGTC  299

seq1  ACTAACGTACAATGATCTCTC-TTTGCCTCTGAGATCAAGTCACTTCCTG  342
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACGTACAATGATCTCTCTTTTGCCTCTGAGATCAAGTCACTTCCTG  349

seq1  CAGACAACCTTACTACAGTTGCACTGATTCAGTAGGAGTCGCCCAATCAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAACCTTACTACAGTTGCACTGATTCAGTAGGAGTCGCCCAATCAG  399

seq1  TTTACTTCTTCCATAGACACGAACAAGCCATTTTGAATAAGTTCTGCATT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTCTTCCATAGACACGAACAAGCCATTTTGAATAAGTTCTGCATT  449

seq1  ATCTGTGAACTCGCCCAGCAGAGTCCTCCTCTCACTCTCACTGGCCTCAC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGAACTCGCCCAGCAGAGTCCTCCTCTCACTCTCACTGGCCTCAC  499

seq1  TTACTCTACTGAGTGAGTTCCTTGCTAACTTACCTCTACCTCCAGTTCCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTACTGAGTGAGTTCCTTGCTAACTTACCTCTACCTCCAGTTCCT  549

seq1  GGGTTTCCCCACCAGCTGACCCTGACCTCCTTCCAGACCTAGTTCCTTTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCCCCACCAGCTGACCCTGACCTCCTTCCAGACCTAGTTCCTTTA  599

seq1  GTTCCTCTTGCCTGAGAGACCAAGTACCTCCATGGGGTACAGGCACAAGC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTTGCCTGAGAGACCAAGTACCTCCATGGGGTACAGGCACAAGC  649

seq1  TGAGCACTCCTGCTCCACAAAAACCCTTGTCAGAATGCCACAATCTCCCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACTCCTGCTCCACAAAAACCCTTGTCAGAATGCCACAATCTCCCC  699

seq1  TCGGCCATGTCCACATAAAGTATGCGTTTGTATGTTCTTATAATTACTAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCCATGTCCACATAAAGTATGCGTTTGTATGTTCTTATAATTACTAT  749

seq1  TACTGTAACAATAAGAAATACTACCGTACATATTAAAAAGTATGGAAAGG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAACAATAAGAAATACTACCGTACATATTAAAAAGTATGGAAAGG  799

seq1  TTTCTCTTCTTCAAGCCTCAACTTTCTTGAGGATAAGAATATAACATCTA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTCTTCAAGCCTCAACTTTCTTGAGGATAAGAATATAACATCTA  849

seq1  AAAAGAATAAATTGAGGCTGGGGGTGGGGGCATATGCCTTTAATCCTAGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATAAATTGAGGCTGGGGGTGGGGGCATATGCCTTTAATCCTAGC  899

seq1  ACTCCAGATGCACAGGAAAGTGGATCTTCTTTAGTTCGAGGCCAGCTTGG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGATGCACAGGAAAGTGGATCTTCTTTAGTTCGAGGCCAGCTTGG  949

seq1  ACTATGTAGTGAATTC  958
      ||||||||||||||||
seq2  ACTATGTAGTGAATTC  965