BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081A03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 117,699,239 - 117,829,249
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt3gal3, Jmjd2a
Upstream geneEif2b3, Ptch2, 9530048O09Rik, LOC100041324, 4833401D15Rik, Plk3, Best4-ps, LOC625405, Rps8, Kif2c, Gm1661, Tmem53, 4931406I20Rik, LOC100041093, Prnpip1, Dmap1, LOC433749, Klf17, Ppia-ps4_1138.1, Slc6a9, B4galt2, Atp6v0b, Dph2, Ipo13, Artn
Downstream genePtprf, Hyi, BC059842, Med8, Elovl1, Cdc20, Mpl, Tie1, LOC545675, LOC666596, 2610528J11Rik, 6330530A05Rik, 1110020C03Rik, Ebna1bp2, LOC100041290, Olfr62, Olfr1343-ps1, Olfr1342, Olfr1341, Olfr1340, Olfr1339, Olfr1338, Olfr1524-ps1, Olfr1337, Olfr219-ps1, GA_x5J8B7W3BSW-40181-41086, Olfr1335, Olfr1333, GA_x5J8B7TQTH0-2-774, Olfr1332-ps1, Olfr1331, Olfr1330, Olfr1329, Olfr1519, Lao1, LOC666703, OTTMUSG00000008833, Slc2a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081A03.bB6Ng01-081A03.g
ACCDH895983DH895984
length1,115895
definitionDH895983|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081A03, 5' end.DH895984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081A03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,699,239 - 117,700,370)(117,828,355 - 117,829,249)
sequence
gaattcttcactacattaactgagcatttaagtccctacaactggtaatt
ataagacaccataccatccttagacaggttccatggaacacatacccaaa
cccaactaaataattcaagtctaatccagtctatccccagaagtctcatg
ggagcgcaggaatcacacatctcagctctggtccttcgtgcatccagatg
tcttgtctcccaggaccagtggcaggcaccttcttgacaccttcatggta
tcacgagatttccttagggctttgtgtgggacgcccagccttgggatggg
gcttcaccaacacctctttcagtctttactgaagcatcacttttctaggg
agtcctgctggcatcgcctacttccacatgctgtgtcctccacagcaccc
cctcgctgtactgttgccctccttagcacatattacttcacaggaataag
agtttatttataacattcattaaagattttgtgttacttatatgtgtgct
atgtgattgcccaaggaggacattcacctataaaaagggcattggatccc
atgaggctggagttcggccctgttgtaagctactggatatggatcctaag
aactgaacaccacacctcagtaagagcatcaagggctgttaacccatacc
ccctcccaaccatttttgagcccccacaacagtttgtttattgtacgata
atgtattaagatctccgttgaatgaaagaggattacctgccttccagctg
tcatggggacaaccgtctgagctctcccaattcctgacttgaagcaagca
ctagcagaagcatttcagacagcctccagcctctcaaggggccaggcttg
aaccctgaagggaggctgtggctatgagcactacagccaggatggccagc
cctgggggcaaaatgtggccaacagcactcaccaccttgctgacattgag
tcctcttgttctctcgcccacatctgtgatactgtctcatctcactcact
gagctctgatctctgcctagtgctctcgcctgctcttactctagggtcat
tatgttcacgagtcttcacaatcctgtactgcagcctcctccgtgattct
ttactgtctactctc
gaattctcattctcggtaattcttctctgtccttcgtcagtgtgtgctgg
cagctttgagctacttaagttctccaaagaggtcttgtccgattggcctg
cttgctgtcctgtggagtcgttagggcctgtgttctgtatgccagaactg
ccttccaggacctccttgagagctctaagtacagacagataggagcatca
gtcccagcactgggtggtgatgggtaatgaagctcccactgaaagagctg
aaagttccccattgatgtggaaaaggagacttttggctcaatcttgaagt
ttggaggaatgtaccgggtagatagaaggtgattggaatgggagtctggg
aagaggagagtgttctcttcttcagagttctggtagcccacactgaggtc
agagcatgatacgtgtgctctgcaggctgtgcttggagactctgacctgt
acagagatggaacgtgagtgccgtggggagtgtgggtgcctgtcatgcag
atctgacctcaggctcttgtgcgcaattctccattcggcttttactactt
taaacccagatgcctcacaacttccttatcctttgggtctcactgtgtgt
cactggctattgtggaattcacttttgtgagcaaggctgtccttgaacaa
acaatgcataaaacacatagcctcctccactcagcgtcccttgctcagca
gcactgggcagatcctcccagcttggcccatgagctttccatacttgtgg
agcgagtgactgaagggcaggcttgttttagtgagaggcagcatggaggc
gtaacagctttgcctgtcccacagatctgacagcaccactgtgtgtttgg
aaagacgagggtttctgagaggactgtgtgtctcaggtactcaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_117699239_117700370
seq2: B6Ng01-081A03.b_45_1159

seq1  GAATTCTTCACTACATTAACTGAGCATTTAAGTCCCTACAACTGGTAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACTACATTAACTGAGCATTTAAGTCCCTACAACTGGTAATT  50

seq1  ATAAGACACCATACCATCCTTAGACAGGTTCCATGGAACACATACCCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACACCATACCATCCTTAGACAGGTTCCATGGAACACATACCCAAA  100

seq1  CCCAACTAAATAATTCAAGTCTAATCCAGTCTATCCCCAGAAGTCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTAAATAATTCAAGTCTAATCCAGTCTATCCCCAGAAGTCTCATG  150

seq1  GGAGCGCAGGAATCACACATCTCAGCTCTGGTCCTTCGTGCATCCAGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGCAGGAATCACACATCTCAGCTCTGGTCCTTCGTGCATCCAGATG  200

seq1  TCTTGTCTCCCAGGACCAGTGGCAGGCACCTTCTTGACACCTTCATGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTCCCAGGACCAGTGGCAGGCACCTTCTTGACACCTTCATGGTA  250

seq1  TCACGAGATTTCCTTAGGGCTTTGTGTGGGACGCCCAGCCTTGGGATGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGAGATTTCCTTAGGGCTTTGTGTGGGACGCCCAGCCTTGGGATGGG  300

seq1  GCTTCACCAACACCTCTTTCAGTCTTTACTGAAGCATCACTTTTCTAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACCAACACCTCTTTCAGTCTTTACTGAAGCATCACTTTTCTAGGG  350

seq1  AGTCCTGCTGGCATCGCCTACTTCCACATGCTGTGTCCTCCACAGCACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGCTGGCATCGCCTACTTCCACATGCTGTGTCCTCCACAGCACCC  400

seq1  CCTCGCTGTACTGTTGCCCTCCTTAGCACATATTACTTCACAGGAATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGCTGTACTGTTGCCCTCCTTAGCACATATTACTTCACAGGAATAAG  450

seq1  AGTTTATTTATAACATTCATTAAAGATTTTGTGTTACTTATATGTGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATTTATAACATTCATTAAAGATTTTGTGTTACTTATATGTGTGCT  500

seq1  ATGTGATTGCCCAAGGAGGACATTCACCTATAAAAAGGGCATTGGATCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTGCCCAAGGAGGACATTCACCTATAAAAAGGGCATTGGATCCC  550

seq1  ATGAGGCTGGAGTTCGGCCCTGTTGTAAGCTACTGGATATGGATCCTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCTGGAGTTCGGCCCTGTTGTAAGCTACTGGATATGGATCCTAAG  600

seq1  AACTGAACACCACACCTCAGTAAGAGCATCAAGGGCTGTTAACCCATACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAACACCACACCTCAGTAAGAGCATCAAGGGCTGTTAACCCATACC  650

seq1  CCCTCCCAACCATTTTTGAGCCCCCACAACAGTTTGTTTATTGTACGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCAACCATTTTTGAGCCCCCACAACAGTTTGTTTATTGTACGATA  700

seq1  ATGTATTAAGATCTCCGTTGAATGAAAGAGGATTACCTGCCTTCCAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTAAGATCTCCGTTGAATGAAAGAGGATTACCTGCCTTCCAGCTG  750

seq1  TCATGGGGACAACCGTCTGAGCTCTCCCAATTCCTGACTTGAAGCAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGGACAACCGTCTGAGCTCTCCCAATTCCTGACTTGAAGCAAGCA  800

seq1  CTAGCAGAAGCATTTCAGACAGCCTCCAGCCTCTCAAGGGGCCAGGCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGAAGCATTTCAGACAGCCTCCAGCCTCTCAAGGGGCCAGGCTTG  850

seq1  AACCCTGAAGGGAGGCTGTGGCTATGAGCACTACAGCCAGGATGGCCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGAAGGGAGGCTGTGGCTATGAGCACTACAGCCAGGATGGCCAGC  900

seq1  CCTGGGGGCAAAATGTGGCCAACAGCACTCACCACCTTGCTGACATTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGGCAAAATGTGGCCAACAGCACTCACCACCTTGCTGACATTGAG  950

seq1  TCCTCTTGTTCTCTCGCCCCACATCTGTGATACTTGTCTCATCTTCCACT  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||
seq2  TCCTCTTGTTCTCTCG-CCCACATCTGTGATAC-TGTCTCATCT--CACT  996

seq1  CACTGAGCTCTGAATCTTCTTGCCTAGTGCTTCTCGCCTTGCTCCTTACT  1050
      |||||||||||| ||||   |||||||||| ||||||| |||| ||||||
seq2  CACTGAGCTCTG-ATCT--CTGCCTAGTGC-TCTCGCC-TGCT-CTTACT  1040

seq1  CTAGGGTTCCATTATGTTCCACGAGGTCTTCACATCCCTGTATCTGCAGC  1100
      |||||||  ||||||||| ||||| |||||||||  |||||| |||||||
seq2  CTAGGGT--CATTATGTT-CACGA-GTCTTCACAATCCTGTA-CTGCAGC  1085

seq1  CTCCTCCGTGATTCTTTTTACTGTCTACTCTC  1132
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCGTGATTC--TTTACTGTCTACTCTC  1115

seq1: chr4_117828355_117829249
seq2: B6Ng01-081A03.g_70_964 (reverse)

seq1  TGTGAGTACCTGAGACACACAGTCCTCTCAGAAACCCTCGTCTTTCCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTACCTGAGACACACAGTCCTCTCAGAAACCCTCGTCTTTCCAAA  50

seq1  CACACAGTTGGTGCTGTCAGATCTGTGGGGACAGGCAAAGCTGTTACGCC  100
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAG-TGGTGCTGTCAGATCTGT-GGGACAGGCAAAGCTGTTACGCC  98

seq1  TCCATGCTGGCTTCTCACTAAAACAAGCCTGCCCTTCAGTCACTCGCTCC  150
      |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCT-GCCTCTCACTAAAACAAGCCTGCCCTTCAGTCACTCGCTCC  147

seq1  ACAAGTATGGAAAGCTCATGGGCCAAGCTGGGAGGATCTGCCCAGTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTATGGAAAGCTCATGGGCCAAGCTGGGAGGATCTGCCCAGTGCTG  197

seq1  CTGAGC-AGGGACGCTGAGTGGAGGAGGCTATGTG-TTTATGCATTGTTT  248
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGAGCAAGGGACGCTGAGTGGAGGAGGCTATGTGTTTTATGCATTGTTT  247

seq1  GTTCAAGGACAGCCTTGCTCAC-AAAGTGAATTCCACAATAGCCAGTGAC  297
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGGACAGCCTTGCTCACAAAAGTGAATTCCACAATAGCCAGTGAC  297

seq1  ACACAGTGAGACCCAAAGGATAAGGAAGTTGTGAGGCATCTGGGTTTAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTGAGACCCAAAGGATAAGGAAGTTGTGAGGCATCTGGGTTTAAA  347

seq1  GTAGTAAAAGCCGAATGGAGAATTGCGCACAAGAGCCTGAGGTCAGATCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAAAAGCCGAATGGAGAATTGCGCACAAGAGCCTGAGGTCAGATCT  397

seq1  GCATGACAGGCACCCACACTCCCCACGGCACTCACGTTCCATCTCTGTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGACAGGCACCCACACTCCCCACGGCACTCACGTTCCATCTCTGTAC  447

seq1  AGGTCAGAGTCTCCAAGCACAGCCTGCAGAGCACACGTATCATGCTCTGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGAGTCTCCAAGCACAGCCTGCAGAGCACACGTATCATGCTCTGA  497

seq1  CCTCAGTGTGGGCTACCAGAACTCTGAAGAAGAGAACACTCTCCTCTTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGTGGGCTACCAGAACTCTGAAGAAGAGAACACTCTCCTCTTCC  547

seq1  CAGACTCCCATTCCAATCACCTTCTATCTACCCGGTACATTCCTCCAAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCCCATTCCAATCACCTTCTATCTACCCGGTACATTCCTCCAAAC  597

seq1  TTCAAGATTGAGCCAAAAGTCTCCTTTTCCACATCAATGGGGAACTTTCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGATTGAGCCAAAAGTCTCCTTTTCCACATCAATGGGGAACTTTCA  647

seq1  GCTCTTTCAGTGGGAGCTTCATTACCCATCACCACCCAGTGCTGGGACTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTCAGTGGGAGCTTCATTACCCATCACCACCCAGTGCTGGGACTG  697

seq1  ATGCTCCTATCTGTCTGTACTTAGAGCTCTCAAGGAGGTCCTGGAAGGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCTATCTGTCTGTACTTAGAGCTCTCAAGGAGGTCCTGGAAGGCA  747

seq1  GTTCTGGCATACAGAACACAGGCCCTAACGACTCCACAGGACAGCAAGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGGCATACAGAACACAGGCCCTAACGACTCCACAGGACAGCAAGCA  797

seq1  GGCCAATCGGACAAGACCTCTTTGGAGAACTTAAGTAGCTCAAAGCTGCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAATCGGACAAGACCTCTTTGGAGAACTTAAGTAGCTCAAAGCTGCC  847

seq1  AGCACACACTGACGAAGGACAGAGAAGAATTACCGAGAATGAGAATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACACTGACGAAGGACAGAGAAGAATTACCGAGAATGAGAATTC  895