BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082O22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 8,027,660 - 8,148,327
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCar8, LOC100039494
Upstream geneLOC666700
Downstream geneLOC100039505, LOC100039478, Rab2, EG666752, LOC666760, Chd7, LOC666782
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082O22.bB6Ng01-082O22.g
ACCDH897338DH897339
length1,1511,081
definitionDH897338|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082O22, 5' end.DH897339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082O22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,147,151 - 8,148,327)(8,027,660 - 8,028,741)
sequence
gaattcttcatcccctttctaatctcccattggacttgagagtttcctgt
catgcgctcatcccatggtttggcacatgttgagtccactgacttctttg
gctccgatagttcaaggacaaggcctcctcttcattcctttgatgacttt
tgtcattacaaactgctaggctcatctcaaaggtcacgaagttgatgaga
tgctcctattagtataggaattgttgtatttaattccatgaggaatctta
gtcctcctcaataagcagatgttcactagtatctaagagcttcccttctc
tcctcccttctgtcctcactcccagtcctgtggtttttaattaatttcta
ggccttacaccttaactacatcagaccctgacttcgcctccatgtagaac
catgtagatagtcaaccacctaatggattttccgttttggatatctggta
gacattacagagtaaagatcgtctgagccctttgtgaaaaagaactgttt
tgaggtttgctgcagtactaggcttctttctctgtcctccacacaggatg
tacttcatattaagtatgagattattccaagaaaggagtcatgtgtagct
ctgcctccacgactagaaattgctaatgtgtaatctacatcatacgtgaa
ctggacaggattacactggaatatttttcagcattatcttaatcattatt
ttaaaattttctcagatgctctggctattcatttcattcaaaagaaaccc
aagctttaaaagtgaaatgtgaattgcttcaaggaggggagaaaaaccca
aattggcggtgtactgaagagtgtgtgaggtgtgcccaggagttcaggaa
gagaaggcagcatcaagcatctgttgaggaagctcccaatgatatccttg
ttcttggtttctgcttagccctcccccgcccctgggcatagagatacctc
tcatttctaccaccttaaaaacatgtcatgttacctcttggctctgtccc
gagtgtacctgagaatggagagtgtacgcccacacatcaagagaaggaag
aaactacagcttgtgagaacaggtggagctggaggcggagtctgtgggct
gtcagaggggagacaaacagctctgcctctgttgggtgtggaagtaccat
t

gaattcaggcctcagtgctaagacacttgtgtcttagtcagggtttctat
tcctgcacaaacatcatgaccaagaagcaagttggggaggaaagggttta
ttcagcttacacttccatactgctattcatcaccaaggaagtcatgactg
gaactcaagcaggtcaggaagcaggagctgatgcagaggccatagaggga
tgctctttactggcttgcttcccctgggttgcttagccttctctcttata
gaaccaagactaccagtccagagatggtcccacccacaaagggcctttcc
accttgatcactaattgagaaaatgcctaacagttggatctcatggaggc
atttcctcaactgaagctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaag
ttgacacaaaactagccagtacacactgcaaacactttacagactgagcc
atctccccactgctccctttcaagtctaaaattccatttagtcatcacat
ctctgagatttctctcacttctaccatattctcagactttagttttttct
aaaaactaaattatttctaccatcaaatgtgtgaagaagtgtgacatata
tcaggtgtgtctatggctcaaatgatatatacaagtcagacaattaactt
actattatttgcatttttaacaactagctgaaacttgtcagaaagcagta
agaggagctgaattattttaattaaagttttcaacttctgatatttatct
tccatcacagtatggtatttttaaagataagtagtcatagcaacatattt
ccatgatttcatttatatacatgtttccttcatatataatagcagcttgc
taatactttttacgtgcatatttatgactatattaagtaaaatagctgcc
ttgatctttacatgagaattaagaaacactacttttaaagatcgccatga
tgactcccaagccattgtgctaaggcttgatcactttcttggtgctcatc
aggatcagctactgctaaggcacagcattttcttcattgcatttgcccat
tttgctggaagcctttcaaaaaggattgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_8147151_8148327
seq2: B6Ng01-082O22.b_48_1198 (reverse)

seq1  AATGGTGACCTTCCAACCCCAACAGGAGGCAGAGCTTGCTTTGTCCTCCC  50
      ||||||   ||||||  ||||||| |||||||||||   ||||| |||||
seq2  AATGGT--ACTTCCACACCCAACA-GAGGCAGAGCT--GTTTGT-CTCCC  44

seq1  CTCTGACCAGCCCCCACAGGACTCCCGCCTCCAGCCTCCACCCTGGTCCT  100
      |||||| |||||| ||   |||| |||||||||| ||||| |||| ||  
seq2  CTCTGA-CAGCCCACA---GACT-CCGCCTCCAG-CTCCA-CCTGTTC--  85

seq1  CCACAGGCCCTGTAGTGTCTTCCTTCCTCTTTGATGTTGTGTGGCGTACA  150
       |||| |  ||||||| |||||||| ||| |||||| |||| ||||||||
seq2  TCACAAG--CTGTAGTTTCTTCCTT-CTC-TTGATG-TGTG-GGCGTACA  129

seq1  CTCTCCTTTCTCAGGTACACTCGGGACAGGAGCC-AGAGGTAACATGACA  199
      |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  CTCTCCATTCTCAGGTACACTCGGGACA-GAGCCAAGAGGTAACATGACA  178

seq1  TGTTTTTTAAGGTGGTAGAAATGAGAGGGTATCTCTATGCCCAGGGGGCG  249
      || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   
seq2  TG-TTTTTAAGGTGGTAGAAATGAGA-GGTATCTCTATGCCCAGGGG--C  224

seq1  GGGGGAGGGCTAAGCAGAAAACCAAGAACAAGGATATCATTGGGAGCTTC  299
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGAGGGCTAAGCAG-AAACCAAGAACAAGGATATCATTGGGAGCTTC  273

seq1  CTCAACAGATGCTTGATGCTGCCTTCTCTTCCTGAACTCCTGGGCACACC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGATGCTTGATGCTGCCTTCTCTTCCTGAACTCCTGGGCACACC  323

seq1  TCACACACTCTTCAGTACACCGCCAATTTGGGTTTTTCTCCCCTCCTTGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACTCTTCAGTACACCGCCAATTTGGGTTTTTCTCCCCTCCTTGA  373

seq1  AGCAATTCACATTTCACTTTTAAAGCTTGGGTTTCTTTTGAATGAAATGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTCACATTTCACTTTTAAAGCTTGGGTTTCTTTTGAATGAAATGA  423

seq1  ATAGCCAGAGCATCTGAGAAAATTTTAAAATAATGATTAAGATAATGCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCAGAGCATCTGAGAAAATTTTAAAATAATGATTAAGATAATGCTG  473

seq1  AAAAATATTCCAGTGTAATCCTGTCCAGTTCACGTATGATGTAGATTACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATTCCAGTGTAATCCTGTCCAGTTCACGTATGATGTAGATTACA  523

seq1  CATTAGCAATTTCTAGTCGTGGAGGCAGAGCTACACATGACTCCTTTCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCAATTTCTAGTCGTGGAGGCAGAGCTACACATGACTCCTTTCTT  573

seq1  GGAATAATCTCATACTTAATATGAAGTACATCCTGTGTGGAGGACAGAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAATCTCATACTTAATATGAAGTACATCCTGTGTGGAGGACAGAGA  623

seq1  AAGAAGCCTAGTACTGCAGCAAACCTCAAAACAGTTCTTTTTCACAAAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCCTAGTACTGCAGCAAACCTCAAAACAGTTCTTTTTCACAAAGG  673

seq1  GCTCAGACGATCTTTACTCTGTAATGTCTACCAGATATCCAAAACGGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACGATCTTTACTCTGTAATGTCTACCAGATATCCAAAACGGAAA  723

seq1  ATCCATTAGGTGGTTGACTATCTACATGGTTCTACATGGAGGCGAAGTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTAGGTGGTTGACTATCTACATGGTTCTACATGGAGGCGAAGTCA  773

seq1  GGGTCTGATGTAGTTAAGGTGTAAGGCCTAGAAATTAATTAAAAACCACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTGATGTAGTTAAGGTGTAAGGCCTAGAAATTAATTAAAAACCACA  823

seq1  GGACTGGGAGTGAGGACAGAAGGGAGGAGAGAAGGGAAGCTCTTAGATAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGGAGTGAGGACAGAAGGGAGGAGAGAAGGGAAGCTCTTAGATAC  873

seq1  TAGTGAACATCTGCTTATTGAGGAGGACTAAGATTCCTCATGGAATTAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAACATCTGCTTATTGAGGAGGACTAAGATTCCTCATGGAATTAAA  923

seq1  TACAACAATTCCTATACTAATAGGAGCATCTCATCAACTTCGTGACCTTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACAATTCCTATACTAATAGGAGCATCTCATCAACTTCGTGACCTTT  973

seq1  GAGATGAGCCTAGCAGTTTGTAATGACAAAAGTCATCAAAGGAATGAAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAGCCTAGCAGTTTGTAATGACAAAAGTCATCAAAGGAATGAAGA  1023

seq1  GGAGGCCTTGTCCTTGAACTATCGGAGCCAAAGAAGTCAGTGGACTCAAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCTTGTCCTTGAACTATCGGAGCCAAAGAAGTCAGTGGACTCAAC  1073

seq1  ATGTGCCAAACCATGGGATGAGCGCATGACAGGAAACTCTCAAGTCCAAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCAAACCATGGGATGAGCGCATGACAGGAAACTCTCAAGTCCAAT  1123

seq1  GGGAGATTAGAAAGGGGATGAAGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATTAGAAAGGGGATGAAGAATTC  1151


seq1: chr4_8027660_8028741
seq2: B6Ng01-082O22.g_68_1148

seq1  GAATTCAGGCCTCAGTGCTAAGACACTTGTGTCTTAGTCAGGGTTTCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCCTCAGTGCTAAGACACTTGTGTCTTAGTCAGGGTTTCTAT  50

seq1  TCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTA  100

seq1  TTCAGCTTACACTTCCATACTGCTATTCATCACCAAGGAAGTCATGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTTACACTTCCATACTGCTATTCATCACCAAGGAAGTCATGACTG  150

seq1  GAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATAGAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATAGAGGGA  200

seq1  TGCTCTTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGGTTGCTTAGCCTTCTCTCTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTACTGGCTTGCTTCCCCTGGGTTGCTTAGCCTTCTCTCTTATA  250

seq1  GAACCAAGACTACCAGTCCAGAGATGGTCCCACCCACAAAGGGCCTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAGACTACCAGTCCAGAGATGGTCCCACCCACAAAGGGCCTTTCC  300

seq1  ACCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTAACAGTTGGATCTCATGGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTAACAGTTGGATCTCATGGAGGC  350

seq1  ATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTCAACTGAAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAG  400

seq1  TTGACACAAAACTAGCCAGTACACACTGCAAACACTTTACAGACTGAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACAAAACTAGCCAGTACACACTGCAAACACTTTACAGACTGAGCC  450

seq1  ATCTCCCCACTGCTCCCTTTCAAGTCTAAAATTCCATTTAGTCATCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCACTGCTCCCTTTCAAGTCTAAAATTCCATTTAGTCATCACAT  500

seq1  CTCTGAGATTTCTCTCACTTCTACCATATTCTCAGACTTTAGTTTTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGATTTCTCTCACTTCTACCATATTCTCAGACTTTAGTTTTTTCT  550

seq1  AAAAACTAAATTATTTCTACCATCAAATGTGTGAAGAAGTGTGACATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTAAATTATTTCTACCATCAAATGTGTGAAGAAGTGTGACATATA  600

seq1  TCAGGTGTGTCTATGGCTCAAATGATATATACAAGTCAGACAATTAACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGTGTCTATGGCTCAAATGATATATACAAGTCAGACAATTAACTT  650

seq1  ACTATTATTTGCATTTTTAACAACTAGCTGAAACTTGTCAGAAAGCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTATTTGCATTTTTAACAACTAGCTGAAACTTGTCAGAAAGCAGTA  700

seq1  AGAGGAGCTGAATTATTTTAATTAAAGTTTTCAACTTCTGATATTTATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGCTGAATTATTTTAATTAAAGTTTTCAACTTCTGATATTTATCT  750

seq1  TCCATCACAGTATGGTATTTTTAAAGATAAGTAGTCATAGCAACATATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACAGTATGGTATTTTTAAAGATAAGTAGTCATAGCAACATATTT  800

seq1  CCATGATTTCATTTATATACATG-TTCCTTCATATATAATAGCAGCTTGC  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATTTCATTTATATACATGTTTCCTTCATATATAATAGCAGCTTGC  850

seq1  TAATACTTTTTACGTGCATATTTATGACTATATTAAGTAAAATAGCTGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTTTTTACGTGCATATTTATGACTATATTAAGTAAAATAGCTGCC  900

seq1  TTGATCTTTACAATGAGAATTAAGAAACACTACTTTTAAAGATCGCCCAT  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGATCTTTAC-ATGAGAATTAAGAAACACTACTTTTAAAGATCG-CCAT  948

seq1  GATGACTCCCAAGCCATTGTGCTAAGGCTTGATCACTTTCTTGGTGCTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCCCAAGCCATTGTGCTAAGGCTTGATCACTTTCTTGGTGCTCA  998

seq1  TCAGGATCAGCTACTGCTAAAGGCACAGCATTTCTTCCATTTGCAATTTG  1049
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || |||| |||||
seq2  TCAGGATCAGCTACTGCT-AAGGCACAGCATTTTCTTCA-TTGC-ATTTG  1045

seq1  CCCA-TTTGCT-GAAGCCTTTCAAAAA-GATTGCAA  1082
      |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCATTTTGCTGGAAGCCTTTCAAAAAGGATTGCAA  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |