BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-085I14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 154,231,011 - 154,376,993
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2
Upstream geneBC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16, Prdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2
Downstream genePex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik, Ssu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l, Pusl1, Centb5, Ube2j2, C1qdc2, B3galt6, Sdf4, LOC100043436
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-085I14.bB6Ng01-085I14.g
ACCDH899184DH899185
length1,111943
definitionDH899184|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085I14, 5' end.DH899185|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-085I14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,375,876 - 154,376,993)(154,231,011 - 154,231,948)
sequence
gaattctgcgccttctacaagatgatgctaaataggcgagacctctacct
gctcatgctgacctacagcaaccataaggaccacttggatgcctccgacc
tgcagcgctttctggaggtggagcagaaggtgaggccctgccagaagctg
tgtggctggtgggtgtggcctcaatttcagcctcagcttctgccaccatg
tgttctgagcttcctagcagagtagagttgggcccttgacgctgccaggt
aagtgaggaagcttataggttcttcgcagacagagggggcctctggtcag
ctccattctggcattgggtcccacacccaaagcctccagggggtcacccc
tccccttggcaaaattttcatactgagcatttcatgggctggggttacat
tgcccgatctttgggaaccactcttctggatgttgatgcagcaatgtgtt
ccgcctgactccacatgtggcctttctgcagttaccagtccattcagcaa
acacttaaatacccctagcattttttacctcggccctaggaactcagtcc
accatgaaggaatcaacaccaaaactgtgtttctaggcactgccctgctg
cctaccccactcatgtgtggagccccagagacaccatcccctcaccttag
atcaggcctgggcatggacaaggtactgcccactctgatgacagggagat
gggaggcccagccctctggagagaacacttccatagacaatagggtagca
tgtggttccccactggggcactttgaggaacagctttcttggacttatct
gccagggtcttcttggatcttttcccaggaggagggcatgctttggggat
tagttactggctgggacctgctcacagccctcagttttttccagctacat
gctcagagtccctcttatatggtagaccatgtctcaccacgcatgaagag
actaggtagctgaatagcagctggtgggcttgggatttaaggtttgagtt
ctgtctcttgcccaaggttacctccacacaccattggctacaggttattg
ctagacccactcttactctatgacgtgggccaaatccactactggatttt
tttctgtgctg
gaattccatgcctctggccttcaagggcacttgccctcatatacgtacat
actcacacatgctctcacacacaatgtttaaaataattttcttgttttat
ttttttaatttttttatttgctggactgtatgtgtatcacgtgtgtgcag
tgccagcaaaagccagaagagggcgtcagctcttgggaattacaattgcg
gtcaccaggtggatgctgggaatcgaaccccagtcttctgggaaagtgct
tttaaccactgaggcgcctctctgccctctccccaccactaccacacaca
ctttttcctttttaaatggaaaaaaacaaaatccttgaacattagttccc
tgccgtatatagttctggttgtttctttttgtgcataatgtctcaaaatg
cagagtttttgctgaagctgaagctcgtcccacctgcagtagataatgag
ttttaagtttctctttgttgctaaatgcatttgtgacaccttgtctccac
aactctttgtcttaaaggggggacaggtgtagctctggctcagtgggcag
ctccaaggaagggtctttgatttcaattgctgcctcccctcccctcccag
acacacgtaacacactgctgcctggtgtgtgcacctccagctgcctagcc
ctcccccaccactgtcagtccacaccccacacctccccatgagcttcctc
tgccctggtgtgaattgctattatgttttcttttgtgatgaacccagcaa
agctaaaccatgggattcttgtgtttacaaaaaaaggaaaccgaggtgga
gtctgctggggtcctcaggcagatttggtgcctactttctgtgtagtgtc
tgccccacgggatggtagggtgagcagggggagagagtgtaggatcatgt
tatgatcctggacataggtgatgtgtatggtccctttgcagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_154375876_154376993
seq2: B6Ng01-085I14.b_33_1144 (reverse)

seq1  CAGCAACAGAAAAGAATCCAAGATGTTGGATTTGGGCCAGCCTCATAGAG  50
      |||| |||||||| ||||||   |  ||||||||| ||| | ||||||||
seq2  CAGC-ACAGAAAAAAATCCA--GTAGTGGATTTGGCCCA-CGTCATAGAG  46

seq1  TGAAGTG-GGGTCTAGCAATAACCCTGTAAGCCATGGTGTTGTGGAGGTA  99
      | ||| | |||||||||||||| ||||||  | |||||| ||||||||||
seq2  T-AAGAGTGGGTCTAGCAATAA-CCTGTAGCCAATGGTG-TGTGGAGGTA  93

seq1  ACCCTGGGC-AGAGACAGGACTCAAACCTCAAATCCCAAGCCCA-CAGCT  147
      ||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  ACCTTGGGCAAGAGACAGAACTCAAACCTTAAATCCCAAGCCCACCAGCT  143

seq1  GCTATTCAGCTACCTAGTCCTCTTCCTGCTGTGGTGAGACATGGTCTACC  197
      |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTCAGCTACCTAGT-CTCTTCATGC-GTGGTGAGACATGGTCTACC  191

seq1  ATTATAAGAGGGACTCTGAGCATGTAGCTGGAAAAAACTGAGGGCTGTGA  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TATAAGAGGGACTCTGAGCATGTAGCTGGAAAAAACTGAGGGCTGTGA  240

seq1  GCAGGTCCCAGCCAGTAACTAATCCCCAAAGCATGCCCTCCTCCTGGGAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCCCAGCCAGTAACTAATCCCCAAAGCATGCCCTCCTCCTGGGAA  290

seq1  AAGATCCAGGAAGACCCTGGCAGATAAGTCCAAG-AAGCTGTTCCTCAAA  346
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGATCCAAGAAGACCCTGGCAGATAAGTCCAAGAAAGCTGTTCCTCAAA  340

seq1  GTGCCCCAGTGGGGAACCACATGCTACCCTATTGTCTATGGAAGTGTTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCAGTGGGGAACCACATGCTACCCTATTGTCTATGGAAGTGTTCT  390

seq1  CTCCAGAGGGCTGGGCCTCCCATCTCCCTGTCATCAGAGTGGGCAGTACC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAGGGCTGGGCCTCCCATCTCCCTGTCATCAGAGTGGGCAGTACC  440

seq1  TTGTCCATGCCCAGGCCTGATCTAAGGTGAGGGGATGGTGTCTCTGGGGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCATGCCCAGGCCTGATCTAAGGTGAGGGGATGGTGTCTCTGGGGC  490

seq1  TCCACACATGAGTGGGGTAGGCAGCAGGGCAGTGCCTAGAAACACAGTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACATGAGTGGGGTAGGCAGCAGGGCAGTGCCTAGAAACACAGTTT  540

seq1  TGGTGTTGATTCCTTCATGGTGGACTGAGTTCCTAGGGCCGAGGTAAAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTGATTCCTTCATGGTGGACTGAGTTCCTAGGGCCGAGGTAAAAA  590

seq1  ATGCTAGGGGTATTTAAGTGTTTGCTGAATGGACTGGTAACTGCAGAAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGGGGTATTTAAGTGTTTGCTGAATGGACTGGTAACTGCAGAAAG  640

seq1  GCCACATGTGGAGTCAGGCGGAACACATTGCTGCATCAACATCCAGAAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATGTGGAGTCAGGCGGAACACATTGCTGCATCAACATCCAGAAGA  690

seq1  GTGGTTCCCAAAGATCGGGCAATGTAACCCCAGCCCATGAAATGCTCAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCCCAAAGATCGGGCAATGTAACCCCAGCCCATGAAATGCTCAGT  740

seq1  ATGAAAATTTTGCCAAGGGGAGGGGTGACCCCCTGGAGGCTTTGGGTGTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAATTTTGCCAAGGGGAGGGGTGACCCCCTGGAGGCTTTGGGTGTG  790

seq1  GGACCCAATGCCAGAATGGAGCTGACCAGAGGCCCCCTCTGTCTGCGAAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCAATGCCAGAATGGAGCTGACCAGAGGCCCCCTCTGTCTGCGAAG  840

seq1  AACCTATAAGCTTCCTCACTTACCTGGCAGCGTCAAGGGCCCAACTCTAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATAAGCTTCCTCACTTACCTGGCAGCGTCAAGGGCCCAACTCTAC  890

seq1  TCTGCTAGGAAGCTCAGAACACATGGTGGCAGAAGCTGAGGCTGAAATTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTAGGAAGCTCAGAACACATGGTGGCAGAAGCTGAGGCTGAAATTG  940

seq1  AGGCCACACCCACCAGCCACACAGCTTCTGGCAGGGCCTCACCTTCTGCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACACCCACCAGCCACACAGCTTCTGGCAGGGCCTCACCTTCTGCT  990

seq1  CCACCTCCAGAAAGCGCTGCAGGTCGGAGGCATCCAAGTGGTCCTTATGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCCAGAAAGCGCTGCAGGTCGGAGGCATCCAAGTGGTCCTTATGG  1040

seq1  TTGCTGTAGGTCAGCATGAGCAGGTAGAGGTCTCGGCGGGTAGACATCAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |   ||||||
seq2  TTGCTGTAGGTCAGCATGAGCAGGTAGAGGTCTCGCCTATTTAGCATCAT  1090

seq1  CTTGTAGAAGGCGCAGAATTCC  1118
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGAAGGCGCAGAATTCC  1112

seq1: chr4_154231011_154231948
seq2: B6Ng01-085I14.g_69_1011

seq1  GAATTCCATGCCTCTGGCCTTCAAGGGCACTTGCCCTCATATACGTACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCCTCTGGCCTTCAAGGGCACTTGCCCTCATATACGTACAT  50

seq1  ACTCACACATGCTCTCACACACAATGTTTAAAATAATTTTCTTGTTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACATGCTCTCACACACAATGTTTAAAATAATTTTCTTGTTTTAT  100

seq1  TTTTTTAATTTTTTTATTTGCTGGACTGTATGTGTATCACGTGTGTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAATTTTTTTATTTGCTGGACTGTATGTGTATCACGTGTGTGCAG  150

seq1  TGCCAGCAAAAGCCAGAAGAGGGCGTCAGCTCTTGGGAATTACAATTGCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCAAAAGCCAGAAGAGGGCGTCAGCTCTTGGGAATTACAATTGCG  200

seq1  GTCACCAGGTGGATGCTGGGAATCGAACCCCAGTCTTCTGGGAAAGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAGGTGGATGCTGGGAATCGAACCCCAGTCTTCTGGGAAAGTGCT  250

seq1  TTTAACCACTGAGGCGCCTCTCTGCCCTCTCCCCACCACTACCACACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCACTGAGGCGCCTCTCTGCCCTCTCCCCACCACTACCACACACA  300

seq1  CTTTTTCCTTTTTAAATGGAAAAAAACAAAATCCTTGAACATTAGTTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCCTTTTTAAATGGAAAAAAACAAAATCCTTGAACATTAGTTCCC  350

seq1  TGCCGTATATAGTTCTGGTTGTTTCTTTTTGTGCATAATGTCTCAAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGTATATAGTTCTGGTTGTTTCTTTTTGTGCATAATGTCTCAAAATG  400

seq1  CAGAGTTTTTGCTGAAGCTGAAGCTCGTCCCACCTGCAGTAGATAATGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTTTTGCTGAAGCTGAAGCTCGTCCCACCTGCAGTAGATAATGAG  450

seq1  TTTTAAGTTTCTCTTTGTTGCTAAATGCATTTGTGACACCTTGTCTCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGTTTCTCTTTGTTGCTAAATGCATTTGTGACACCTTGTCTCCAC  500

seq1  AACTCTTTGTCTTAAAGGGGGGACAGGTGTAGCTCTGGCTCAGTGGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTGTCTTAAAGGGGGGACAGGTGTAGCTCTGGCTCAGTGGGCAG  550

seq1  CTCCAAGGAAGGGTCTTTGATTTCAATTGCTGCCTCCCCTCCCCTCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGGAAGGGTCTTTGATTTCAATTGCTGCCTCCCCTCCCCTCCCAG  600

seq1  ACACACGTAACACACTGCTGCCTGGTGTGTGCACCTCCAGCTGCCTAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACGTAACACACTGCTGCCTGGTGTGTGCACCTCCAGCTGCCTAGCC  650

seq1  CTCCCCCACCACTGTCAGTCCACACCCCACACCTCCCCATGAGCTTCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCACCACTGTCAGTCCACACCCCACACCTCCCCATGAGCTTCCTC  700

seq1  TGCCCTGGTGTGAATTGCTATTATGTTT--CTTTGTGATGAACCCAGCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGGTGTGAATTGCTATTATGTTTTCTTTTGTGATGAACCCAGCAA  750

seq1  AGCTAAACCAT-GGATTCTTGTGTTTACAAAAAAAGGAAACCGAGGTGGA  797
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAACCATGGGATTCTTGTGTTTACAAAAAAAGGAAACCGAGGTGGA  800

seq1  GTCTGCTGGGGTCCTCAGGCAGATTTGGTGCCTAC-TTCTGTGTAGTGTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTCTGCTGGGGTCCTCAGGCAGATTTGGTGCCTACTTTCTGTGTAGTGTC  850

seq1  TGCCCCACGGGATGGTAGGGGGAGCAGGGGGAGAGAGTGAAGGAACAGGT  896
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||
seq2  TGCCCCACGGGATGGTAGGGTGAGCAGGGGGAGAGAGTGTAGGATCATGT  900

seq1  TAGGAACCTGGACAGAGGTGATGTG-ATGGTCCCTCTGCAGCT  938
      || || |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TATGATCCTGGACATAGGTGATGTGTATGGTCCCTTTGCAGCT  943