BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086H15
Chromosome4 (Build37)
Map Location 83,867,265 - 83,968,336
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBnc2
Upstream gene1810054D07Rik, Snapc3, Psip1, LOC100040611, 4930473A06Rik, LOC668010
Downstream geneLOC100040660, LOC624465, LOC100040284, D530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303, Sh3gl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086H15.bB6Ng01-086H15.g
ACCDH899864DH899865
length1,1081,135
definitionDH899864|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086H15, 5' end.DH899865|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086H15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,967,216 - 83,968,336)(83,867,265 - 83,868,423)
sequence
gaattctgtggcatgtcctctgtctggtctacattcaataaaatccaata
aaattggtactaaaaaatgtttttttttaaaaggaagggacataagttaa
ggctaaaacttgtatttaaaacttgtttacggagggattgattttagttc
cttaaagggattctaagtgtacctttctatagtcatgctgtgacataaac
ttctcagaatatttaaagtattcttgtagctgttgtcagagtcccatgat
gagaaaaggtaggatcccttctgaggatcaaagaacttgaaagtaaatgt
atttaaaacttgtttacacgtgaaggctagaaactggtgcaggactgtgg
gtaaagggaaggcagcctgaaagagataagtgacttttttttttaccttt
gaggctcacatggtctcaaaagaatgcatacaaccaacagcccacatgaa
gacaaagctctcagcaccccagtagcaaaaaggctaagtagcaaataatt
aattaaacaatgtattttaactaggtttctatttagtcagcagcttgtca
gctgcctatgtgctgggcgttataaacaggaaaggttactatttctgctg
ccacacagctcagtttcagagctgatctttgtgttgctggagataaggac
aaacagaagctaaagagtgcacttcccattcagacctgaggctgaaacac
ggctgttaaactctccaaaccttagcttgcacacactaatacctacttct
aggaagttgttgggaaaactactcaaaatgccatatataaaatatatagt
gagataaatcataggaagaaaatataccaaaaaaaaatgttggctggtgt
taatacatgagtaagaggagggggtcttctcagagtagctgggccatcag
agagagcatccctgaggagctagagacgtttgatgtactatctaaaggca
gaagtgtgagttccttaggacagatgccctgcacacgctaacagaaaggc
agtcatagctagaacagaaatggaagtgtgttccagatctgtggacgatg
ctcctggaacatagaaggtaacagagaaacacagtacatgggtagtctct
gctggagg
gaattctttttaacctcctaaatacaaccatgatcactaacggacgtgct
ctcatcagtaggcctgtagtggtgggcattaggcttcctggagctggagc
aacagcttcaaatgctgcctctgctattcaccacctggttggcttccttc
ctgctttcagttgggttgtcaaaatcttaggacttctatagcatcaagga
aacaaaaggcccctcatttcagtgccttcatcatgaactttctcttatag
ggaaccacgatgagaactgttctctactagccccagaagtctggaggtat
atcacagctggtgtcttctccttcccaggctcctaagcactggagactag
ccacccatctggatgtccctaggggcactctctgagagtgctgcctagcc
tggggaggacaagagagtcagaaaagtctgtgaattcagagtgagttcat
ctgttcctaccagctcccacactttctacccaaacaccaggaagcactct
cttccatcactgtttaaatccctgctggccctgtacatggcattacacag
aactaactccttcacccgtatttaagggtgtcagcaatgataggcaatag
tgccctttcatgctttgtgcctccttcaacaggaaaaagtgagtctctct
gactgtcctggcatgattctgtcctgctctggggctcctgtgcttctctc
tgccaccggatgagaggtcccttggagatctcagctatgacagattcacc
taagctttgcccctggaatggacacaaagacccctcattctgattctttg
cggcagacagcatccactctatactctgattttcatttctctgtgtccct
tatccttgagccaaaggacataaaatgctctcaaaggagctcagccagtg
gcttagtcccatactgggctctgcagttccctcaaacccgcctgctatca
gtctctctctcctcactcacttatgagcaaataaggaaagaaaattaagc
taaaaattaacagcttagtgaagatcatagaattctataaagctctgggc
tgtagtatggatggagccagaaatcttcatcccactctgcacatgcatgt
aagtaccttggagagaaaatactccttctcagctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_83967216_83968336
seq2: B6Ng01-086H15.b_44_1151 (reverse)

seq1  CCTCCAGCAGAGACTACCCATGTACTGTGTTTTCTCCCTGTTTACCTTCT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||   || ||| |||||||| 
seq2  CCTCCAGCAGAGACTACCCATGTACTGTGTT---TCTCTG-TTACCTTC-  45

seq1  TATGTTCCAGGAGCATCTGTCCACAAGGTTCTGGAACACACTTCCATTTC  100
      ||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCCAGGAGCATC-GTCCACA--GATCTGGAACACACTTCCATTTC  92

seq1  TGTTTCTAAGCTATTGACTGCCTTTCTGTTAGCGTGTGCAGGGCATCTTG  150
      || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TG-TTCT-AGCTA-TGACTGCCTTTCTGTTAGCGTGTGCAGGGCATC-TG  138

seq1  TCCTAAGGAACTCACACTTCTGCCTTTAGATAGTACATCAAACGTCTCTT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCTAAGGAACTCACACTTCTGCCTTTAGATAGTACATCAAACGTCTC-T  187

seq1  AGCTCCTCAGGGATGCTCTCTCTGATGGCCCAGCTACTCTGAGAAGACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTCAGGGATGCTCTCTCTGATGGCCCAGCTACTCTGAGAAGACCC  237

seq1  CCTCCTCTTACTCATGTATTAACACCAGCCAACATTTTTTTTTGGTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTTACTCATGTATTAACACCAGCCAACATTTTTTTTTGGTATAT  287

seq1  TTTCTTCCTATGATTTATCTCACTATATATTTTATATATGGCATTTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTATGATTTATCTCACTATATATTTTATATATGGCATTTTGAG  337

seq1  TAGTTTTCCCAACAACTTCCTAGAAGTAGGTATTAGTGTGTGCAAGCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTCCCAACAACTTCCTAGAAGTAGGTATTAGTGTGTGCAAGCTAA  387

seq1  GGTTTGGAGAGTTTAACAGCCGTGTTTCAGCCTCAGGTCTGAATGGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGAGAGTTTAACAGCCGTGTTTCAGCCTCAGGTCTGAATGGGAAG  437

seq1  TGCACTCTTTAGCTTCTGTTTGTCCTTATCTCCAGCAACACAAAGATCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTTTAGCTTCTGTTTGTCCTTATCTCCAGCAACACAAAGATCAG  487

seq1  CTCTGAAACTGAGCTGTGTGGCAGCAGAAATAGTAACCTTTCCTGTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAACTGAGCTGTGTGGCAGCAGAAATAGTAACCTTTCCTGTTTAT  537

seq1  AACGCCCAGCACATAGGCAGCTGACAAGCTGCTGACTAAATAGAAACCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCCAGCACATAGGCAGCTGACAAGCTGCTGACTAAATAGAAACCTA  587

seq1  GTTAAAATACATTGTTTAATTAATTATTTGCTACTTAGCCTTTTTGCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATACATTGTTTAATTAATTATTTGCTACTTAGCCTTTTTGCTAC  637

seq1  TGGGGTGCTGAGAGCTTTGTCTTCATGTGGGCTGTTGGTTGTATGCATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGCTGAGAGCTTTGTCTTCATGTGGGCTGTTGGTTGTATGCATTC  687

seq1  TTTTGAGACCATGTGAGCCTCAAAGGTAAAAAAAAAAGTCACTTATCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGACCATGTGAGCCTCAAAGGTAAAAAAAAAAGTCACTTATCTCT  737

seq1  TTCAGGCTGCCTTCCCTTTACCCACAGTCCTGCACCAGTTTCTAGCCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCTGCCTTCCCTTTACCCACAGTCCTGCACCAGTTTCTAGCCTTC  787

seq1  ACGTGTAAACAAGTTTTAAATACATTTACTTTCAAGTTCTTTGATCCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTAAACAAGTTTTAAATACATTTACTTTCAAGTTCTTTGATCCTCA  837

seq1  GAAGGGATCCTACCTTTTCTCATCATGGGACTCTGACAACAGCTACAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGATCCTACCTTTTCTCATCATGGGACTCTGACAACAGCTACAAGA  887

seq1  ATACTTTAAATATTCTGAGAAGTTTATGTCACAGCATGACTATAGAAAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTAAATATTCTGAGAAGTTTATGTCACAGCATGACTATAGAAAGG  937

seq1  TACACTTAGAATCCCTTTAAGGAACTAAAATCAATCCCTCCGTAAACAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTAGAATCCCTTTAAGGAACTAAAATCAATCCCTCCGTAAACAAG  987

seq1  TTTTAAATACAAGTTTTAGCCTTAACTTATGTCCCTTCCTTTTAAAAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATACAAGTTTTAGCCTTAACTTATGTCCCTTCCTTTTAAAAAAA  1037

seq1  AACATTTTTTAGTACCAATTTTATTGGATTTTATTGAATGTAGACCAGAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTTTAGTACCAATTTTATTGGATTTTATTGAATGTAGACCAGAC  1087

seq1  AGAGGACATGCCACAGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACATGCCACAGAATTC  1108

seq1: chr4_83867265_83868423
seq2: B6Ng01-086H15.g_67_1201

seq1  GAATTCTTTTTAACCTCCTAAATACAACCATGATCACTAACGGACGTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTAACCTCCTAAATACAACCATGATCACTAACGGACGTGCT  50

seq1  CTCATCAGTAGGCCTGTAGTGGTGGGCATTAGGCTTCCTGGAGCTGGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAGTAGGCCTGTAGTGGTGGGCATTAGGCTTCCTGGAGCTGGAGC  100

seq1  AACAGCTTCAAATGCTGCCTCTGCTATTCACCACCTGGTTGGCTTCCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTCAAATGCTGCCTCTGCTATTCACCACCTGGTTGGCTTCCTTC  150

seq1  CTGCTTTCAGTTGGGTTGTCAAAATCTTAGGACTTCTATAGCATCAAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTCAGTTGGGTTGTCAAAATCTTAGGACTTCTATAGCATCAAGGA  200

seq1  AACAAAAGGCCCCTCATTTCAGTGCCTTCATCATGAACTTTCTCTTATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGGCCCCTCATTTCAGTGCCTTCATCATGAACTTTCTCTTATAG  250

seq1  GGAACCACGATGAGAACTGTTCTCTACTAGCCCCAGAAGTCTGGAGGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCACGATGAGAACTGTTCTCTACTAGCCCCAGAAGTCTGGAGGTAT  300

seq1  ATCACAGCTGGTGTCTTCTCCTTCCCAGGCTCCTAAGCACTGGAGACTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGCTGGTGTCTTCTCCTTCCCAGGCTCCTAAGCACTGGAGACTAG  350

seq1  CCACCCATCTGGATGTCCCTAGGGGCACTCTCTGAGAGTGCTGCCTAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCATCTGGATGTCCCTAGGGGCACTCTCTGAGAGTGCTGCCTAGCC  400

seq1  TGGGGAGGACAAGAGAGTCAGAAAAGTCTGTGAATTCAGAGTGAGTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGACAAGAGAGTCAGAAAAGTCTGTGAATTCAGAGTGAGTTCAT  450

seq1  CTGTTCCTACCAGCTCCCACACTTTCTACCCAAACACCAGGAAGCACTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCTACCAGCTCCCACACTTTCTACCCAAACACCAGGAAGCACTCT  500

seq1  CTTCCATCACTGTTTAAATCCCTGCTGGCCCTGTACATGGCATTACACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCACTGTTTAAATCCCTGCTGGCCCTGTACATGGCATTACACAG  550

seq1  AACTAACTCCTTCACCCGTATTTAAGGGTGTCAGCAATGATAGGCAATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACTCCTTCACCCGTATTTAAGGGTGTCAGCAATGATAGGCAATAG  600

seq1  TGCCCTTTCATGCTTTGTGCCTCCTTCAACAGGAAAAAGTGAGTCTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTCATGCTTTGTGCCTCCTTCAACAGGAAAAAGTGAGTCTCTCT  650

seq1  GACTGTCCTGGCATGATTCTGTCCTGCTCTGGGGCTCCTGTGCTTCTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCCTGGCATGATTCTGTCCTGCTCTGGGGCTCCTGTGCTTCTCTC  700

seq1  TGCCACCGGATGAGAGGTCCCTTGGAGATCTCAGCTATGACAGATTCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCGGATGAGAGGTCCCTTGGAGATCTCAGCTATGACAGATTCACC  750

seq1  TAAGCTTTGCCCCTGGAATGGACACAAAGACCCCTCATTCTGATTCTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTTTGCCCCTGGAATGGACACAAAGACCCCTCATTCTGATTCTTTG  800

seq1  CGGCAGACAGCATCCACTCTATACTCTGATTTTCATTTCTCTGTGTCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCAGACAGCATCCACTCTATACTCTGATTTTCATTTCTCTGTGTCCCT  850

seq1  TATCCTTGAGCCAAAGGACATAAAATGCTCTCAAAGGAGCTCAGCCAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTGAGCCAAAGGACATAAAATGCTCTCAAAGGAGCTCAGCCAGTG  900

seq1  GCTTAGTCCCATACTGGGCTCTGCAGTTCCCTCAAACCCGCCTGCTATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGTCCCATACTGGGCTCTGCAGTTCCCTCAAACCCGCCTGCTATCA  950

seq1  GTCTCCCCCCCCCCCCTCACCTCAACTTAATGAGCAAATAAGGAAAGAAA  1000
      ||||| | | || | |||||       | |||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTCTCCTCACTCAC-------TTATGAGCAAATAAGGAAAGAAA  993

seq1  ATTAAAGCTAAAAAAATTAAACAGCTTTAGTGAAGATCAATAGAATTCTA  1050
      ||| ||||||||||   | |||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  ATT-AAGCTAAAAA---TTAACAGC-TTAGTGAAGATC-ATAGAATTCTA  1037

seq1  TAAAGCTCTGGGCTGTAGTATTGAGTGAGCACAGACACCCCCCACCCCCC  1100
      ||||||||||||||||||||| ||  |||| |||| | |  |  ||    
seq2  TAAAGCTCTGGGCTGTAGTATGGATGGAGC-CAGAAATCTTCATCC----  1082

seq1  ACCCCCGGCACACTGCATGTTAAGTTAACTTGTGAGAGAAATACACTCCT  1150
       | | | ||||| |||||| |||| || |||| |||||||| | ||||||
seq2  -CACTCTGCACA-TGCATG-TAAG-TACCTTG-GAGAGAAA-ATACTCCT  1126

seq1  TCTCAGCTG  1159
      |||||||||
seq2  TCTCAGCTG  1135