BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-087O08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 23,628,038 - 23,753,695
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623873
Upstream gene1700025O08Rik, LOC625462, LOC383998, LOC100040464
Downstream geneLOC664973, F730047E07Rik, Klhl32
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-087O08.bB6Ng01-087O08.g
ACCDH900896DH900897
length1,1281,060
definitionDH900896|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087O08, 5' end.DH900897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-087O08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,752,561 - 23,753,695)(23,628,038 - 23,629,116)
sequence
gaattctttttcatgaattttcatgtatcaaactctaatctcctgttttt
ctgaaggtacctcagtgcctactttcatcactagtagcatttgtttgtac
acatgctcacaagtgacctgaagtacacagaagaggctcagggtatgaga
tgctgctggcaatgccttcaccccatgaaagggattagcgtatatgaaca
cataatatttccaacagaggtttgtagtgttgtcttgtaatttatttgtt
ctcttcaagtgagcataactatgaataatgaaagggaatagcctgaataa
aagagagtaatttatgtactttatcaaacctgcacaaccaatttatatcc
cagaaagcaacttgatgtatgtgtattcaaataaaataaaaataattttt
ttgttgctaagtatggaaaacactaagaaagggaaaacaaaacaagcatg
tataatttgttatctatgctttttatttacatatcttttaaaataataat
ttagtgaaaagtcatagagtatatttggttccatttgaacctacagtgtt
ccctgactccatcatagaatcttcccagaagatgtcagcaaagctattct
atccttctctagtcacagggcttagacagtaaccacctgagagggtgttt
tttaattagtattttgttagtactatttatatactttataattagttgat
tccatttatttctttagaatttaattttgtttcttcaacttatatcacac
acacacacacaaaaaaaatgcaagtttacctaaaacatgagcaatattgc
tcagcagcctttttttttttcctgacaaagtttggtctgtacttcagggt
gtagcttaagagatacttttctatgaaccactatccccctctctactgtc
ttgggtttctatcagcctcttttgtagtcctgtggccatgcattgctttc
tgaggtgcacattaagcattcttctgtacatcagcatttatggagcataa
ctcctcctgatgttttaaatgccttaaggatctccgtgtgtgttttgctc
tttaaggacccccctcccaccatttctactttgtatgctgagacttgtta
atgctgacgggaaaaatagaactgactg
gaattctttgtatattttgggtattagcttttactgagtatacagctagt
aaaaatcttttttcctctgtaggtttccactttcaaatggcagtgtcctt
tgctgttcagaagctttcccgtttcatgaagttcattaactaattgttgg
ccctaattattgtgctagtgttctgttcagaaagtcttttcccgtaccaa
tgagttaaaggctatttttcatttttcttttcatcaaatttcaatgtaga
ctgtgaactttctttgataatggcatgccactgttgagtttctgattgtg
tgaaggatactatactggtgcaagatattgattgaatggaattagatgac
atacactttatgggaaatctctacatctacttcaggacttttttggcaga
ccttatactattcaaaaattaaattttatggttgttgaagttttagctgt
ttactaccaatttatacatacttagttttcacctttaattaaccataagc
tttttagaagttcaagatgatgtcctaaatattttaatagctgtcttatg
atatacaatacttcaacctgtaaacattttatcagtaaagttcttttgca
atggtcctaatttgtattgtctcctgggaaccaggttattctttatctac
ctgcttacttaagtttttcaaggagacatttcaatgaatcacatttaata
gaagagaatataagtttttctttaaccttggatagattggctttaaaaaa
tttatagaaggaagaaaaataatatctaattttcaaatgcttcactgcat
aaaaatatctgaaagttcactgaatatcactctctggaaatatggatttt
ggattatgtcataacatgtggctttacttgattgaggtgaaaggcaaaac
taactttggagatgactcatggaaatttcatagataaaaacttacatgga
aagctgtatgtgtgatcgttccgtaaataaagtgttttttcctagattac
aataaaagtcaccataaagttctaaacacacacacacacaccaatttata
agacaagacg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_23752561_23753695
seq2: B6Ng01-087O08.b_47_1174 (reverse)

seq1  CAGTCAGTTTCTATTTTT-CCGTCAAGCATTTAACAAGTCTCAGCATACA  49
      ||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAG-TTCTATTTTTCCCGTC-AGCA-TTAACAAGTCTCAGCATACA  47

seq1  AAGTAGAAATGGGTGGGAGGGGGGTCTTTAAAGGAGCAAAAACACAACAC  99
      |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||
seq2  AAGTAGAAAT-GGTGGGAGGGGGGTCCTTAAA-GAGC-AAAACAC-ACAC  93

seq1  GGAGATCCTTAAGGCATTTAAAACATCAGGA-GAGTTATGCTCCATAAAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCCTTAAGGCATTTAAAACATCAGGAGGAGTTATGCTCCATAAAT  143

seq1  GCTGATGTTACAGAAGAATGCTTAATGTGCACCTCAGAAAGCAAATGCAT  198
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTGATG-TACAGAAGAATGCTTAATGTGCACCTCAGAAAGC-AATGCAT  191

seq1  GGCCACAGGACTACAAAAGAGGCTGATAGAAACCCAAGACAGTAGAGAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAGGACTACAAAAGAGGCTGATAGAAACCCAAGACAGTAGAGAGG  241

seq1  GGGATAGTGGTTCATAGAAAAGTATCTCTTAAGCTACACCCTGAAGTACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGTGGTTCATAGAAAAGTATCTCTTAAGCTACACCCTGAAGTACA  291

seq1  GACCAAACTTTGTCAGGAAAAAAAAAAAGGCTGCTGAGCAATATTGCTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAACTTTGTCAGGAAAAAAAAAAAGGCTGCTGAGCAATATTGCTCA  341

seq1  TGTTTTAGGTAAACTTGCATTTTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGATATAAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAGGTAAACTTGCATTTTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGATATAAGT  391

seq1  TGAAGAAACAAAATTAAATTCTAAAGAAATAAATGGAATCAACTAATTAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAACAAAATTAAATTCTAAAGAAATAAATGGAATCAACTAATTAT  441

seq1  AAAGTATATAAATAGTACTAACAAAATACTAATTAAAAAACACCCTCTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATATAAATAGTACTAACAAAATACTAATTAAAAAACACCCTCTCA  491

seq1  GGTGGTTACTGTCTAAGCCCTGTGACTAGAGAAGGATAGAATAGCTTTGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTACTGTCTAAGCCCTGTGACTAGAGAAGGATAGAATAGCTTTGC  541

seq1  TGACATCTTCTGGGAAGATTCTATGATGGAGTCAGGGAACACTGTAGGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTTCTGGGAAGATTCTATGATGGAGTCAGGGAACACTGTAGGTT  591

seq1  CAAATGGAACCAAATATACTCTATGACTTTTCACTAAATTATTATTTTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGAACCAAATATACTCTATGACTTTTCACTAAATTATTATTTTAA  641

seq1  AAGATATGTAAATAAAAAGCATAGATAACAAATTATACATGCTTGTTTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATGTAAATAAAAAGCATAGATAACAAATTATACATGCTTGTTTTG  691

seq1  TTTTCCCTTTCTTAGTGTTTTCCATACTTAGCAACAAAAAAATTATTTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCTTTCTTAGTGTTTTCCATACTTAGCAACAAAAAAATTATTTTT  741

seq1  ATTTTATTTGAATACACATACATCAAGTTGCTTTCTGGGATATAAATTGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTGAATACACATACATCAAGTTGCTTTCTGGGATATAAATTGG  791

seq1  TTGTGCAGGTTTGATAAAGTACATAAATTACTCTCTTTTATTCAGGCTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAGGTTTGATAAAGTACATAAATTACTCTCTTTTATTCAGGCTAT  841

seq1  TCCCTTTCATTATTCATAGTTATGCTCACTTGAAGAGAACAAATAAATTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTCATTATTCATAGTTATGCTCACTTGAAGAGAACAAATAAATTA  891

seq1  CAAGACAACACTACAAACCTCTGTTGGAAATATTATGTGTTCATATACGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAACACTACAAACCTCTGTTGGAAATATTATGTGTTCATATACGC  941

seq1  TAATCCCTTTCATGGGGTGAAGGCATTGCCAGCAGCATCTCATACCCTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCTTTCATGGGGTGAAGGCATTGCCAGCAGCATCTCATACCCTGA  991

seq1  GCCTCTTCTGTGTACTTCAGGTCACTTGTGAGCATGTGTACAAACAAATG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTCTGTGTACTTCAGGTCACTTGTGAGCATGTGTACAAACAAATG  1041

seq1  CTACTAGTGATGAAAGTAGGCACTGAGGTACCTTCAGAAAAACAGGAGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGTGATGAAAGTAGGCACTGAGGTACCTTCAGAAAAACAGGAGAT  1091

seq1  TAGAGTTTGATACATGAAAATTCATGAAAAAGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTGATACATGAAAATTCATGAAAAAGAATTC  1128

seq1: chr4_23628038_23629116
seq2: B6Ng01-087O08.g_71_1130

seq1  GAATTCTTTGTATATTTTGGGTATTAGCTTTTACTGAGTATACAGCTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTATATTTTGGGTATTAGCTTTTACTGAGTATACAGCTAGT  50

seq1  AAAAATCTTTTTTCCTCTGTAGGTTTCCACTTTCAAATGGCAGTGTCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTTTTTTCCTCTGTAGGTTTCCACTTTCAAATGGCAGTGTCCTT  100

seq1  TGCTGTTCAGAAGCTTTCCCGTTTCATGAAGTTCATTAACTAATTGTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTCAGAAGCTTTCCCGTTTCATGAAGTTCATTAACTAATTGTTGG  150

seq1  CCCTAATTATTGTGCTAGTGTTCTGTTCAGAAAGTCTTTTCCCGTACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATTATTGTGCTAGTGTTCTGTTCAGAAAGTCTTTTCCCGTACCAA  200

seq1  TGAGTTAAAGGCTATTTTTCATTTTTCTTTTCATCAAATTTCAATGTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAAAGGCTATTTTTCATTTTTCTTTTCATCAAATTTCAATGTAGA  250

seq1  CTGTGAACTTTCTTTGATAATGGCATGCCACTGTTGAGTTTCTGATTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAACTTTCTTTGATAATGGCATGCCACTGTTGAGTTTCTGATTGTG  300

seq1  TGAAGGATACTATACTGGTGCAAGATATTGATTGAATGGAATTAGATGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATACTATACTGGTGCAAGATATTGATTGAATGGAATTAGATGAC  350

seq1  ATACACTTTATGGGAAATCTCTACATCTACTTCAGGACTTTTTTGGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTTTATGGGAAATCTCTACATCTACTTCAGGACTTTTTTGGCAGA  400

seq1  CCTTATACTATTCAAAAATTAAATTTTATGGTTGTTGAAGTTTTAGCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATACTATTCAAAAATTAAATTTTATGGTTGTTGAAGTTTTAGCTGT  450

seq1  TTACTACCAATTTATACATACTTAGTTTTCACCTTTAATTAACCATAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTACCAATTTATACATACTTAGTTTTCACCTTTAATTAACCATAAGC  500

seq1  TTTTTAGAAGTTCAAGATGATGTCCTAAATATTTTAATAGCTGTCTTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGAAGTTCAAGATGATGTCCTAAATATTTTAATAGCTGTCTTATG  550

seq1  ATATACAATACTTCAACCTGTAAACATTTTATCAGTAAAGTTCTTTTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACAATACTTCAACCTGTAAACATTTTATCAGTAAAGTTCTTTTGCA  600

seq1  ATGGTCCTAATTTGTATTGTCTCCTGGGAACCAGGTTATTCTTTATCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCTAATTTGTATTGTCTCCTGGGAACCAGGTTATTCTTTATCTAC  650

seq1  CTGCTTACTTAAGTTTTTCAAGGAGACATTTCAATGAATCACATTTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTACTTAAGTTTTTCAAGGAGACATTTCAATGAATCACATTTAATA  700

seq1  GAAGAGAATATAAGTTTTTCTTTAACCTTGGATAGATTGGCTTTAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAATATAAGTTTTTCTTTAACCTTGGATAGATTGGCTTTAAAAAA  750

seq1  TTTATAGAAGGAAGAAAAATAATATCTAATTTTCAAATGCTTCACTGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGAAGGAAGAAAAATAATATCTAATTTTCAAATGCTTCACTGCAT  800

seq1  AAAAATATCTGAAAGTTCACTGAATATCACTCTCTGGAAAATATGGATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAAATATCTGAAAGTTCACTGAATATCACTCTCTGG-AAATATGGATTT  849

seq1  TGGATTATGTCATAACATGTGGCTTTACTTGATTGAGGTGAAAGGCAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTATGTCATAACATGTGGCTTTACTTGATTGAGGTGAAAGGCAAAA  899

seq1  CTAACTTTGGAGATGAACTCATGGAAAATTTCATAGATAAAAACTTACAA  950
      ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTAACTTTGGAGATG-ACTCATGG-AAATTTCATAGATAAAAACTTAC-A  946

seq1  TGGAAAGCTGTATGTGTGATCGTTCCGTAAATAAAAGTGTTTTTTCCTAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TGGAAAGCTGTATGTGTGATCGTTCCGTAAAT-AAAGTGTTTTTTCCTA-  994

seq1  GAATTACAATAAAAAGTCACCATAAAGTTTCTAAAAACAACAACAACAAC  1050
        |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||       |||  
seq2  -GATTACAAT-AAAAGTCACCATAAAG-TTCTAAACAC-------ACA--  1032

seq1  AACAACAACCAATTTATAAGACAAAGACG  1079
       |||   ||||||||||||||| ||||||
seq2  CACACACACCAATTTATAAGAC-AAGACG  1060