BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089N03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 56,273,694 - 56,394,644
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRad23b, LOC666953, LOC100041348, Klf4
Downstream geneActl7b, Actl7a, Ikbkap, BC026590, Ctnnal1, D730040F13Rik, 6430704M03Rik, Epb4.1l4b, Ptpn3, LOC100041460, 1700042G15Rik, LOC100041342
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089N03.bB6Ng01-089N03.g
ACCDH902298DH902299
length1,1571,061
definitionDH902298|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089N03, 5' end.DH902299|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089N03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,273,694 - 56,274,861)(56,393,572 - 56,394,644)
sequence
gaattccatagtgaacctagagagaagcaaaaagatcatgaaattcacta
cactgtgctgggaaatttaattcttacaccaccacagaagaaccagctgc
gctagaaactactacggcatctatggtgtccaagcaaggactatagctta
caaagatgagtacagaagtgtagtcctctatttcctagaatggctgccta
tgaagagtgacatgtgtctgggatcaaaatgtcttgcaggcatagctttg
agttgagatgtagtcaagtgtccaggactaggtaaacacaagaaagctct
tcctcgggctggttagaaatccaaaatatcctaccactaggggtttctcc
actaatgtgacacccatcagtgttggatgcttattggtctctcagtctga
caggagttacagatcagtgttggctagaggaaagatggattctcaggaaa
ctctgccattaccaagaagccccagccagaagttctaaaactactctctc
ctattggttaagctttcaatagacacactccaggagtttaagactcagaa
tgtcagaatggggtgagcagagtttgattgaaagacacaaatgttttttg
ccctggactacggagaatcacccatgggaggggcaaagcaagcacccaat
atcttctttctctttactattgtccttaccagctggtcatgtgtcccctg
atagggaaggaggtgtgagggttccaaaatcccccagtggaggacaaatt
ctgtaagagagttctccctgagggtggaccactagtcggagaagagatct
cctcacccttgaccatgtccatccaaggacatgatcttcattcctgatta
tccaaggtcaatgaagacaaattgagcagtgagacctgggttatgtctta
aaccacattctcaaatccaggctaatttttaaaattgtatctatttctgt
atttatctgggggagtgcatgtatagaagcatgcatgtaaagtgagacac
aaccatcgggtgttggctggtctcttcccttatttgggttctgagagcaa
cttagtcatcaatcttggcagcaggcagctacttgttaccaatgcatcta
acaatgcatttgggctcactagatttctcaccaggcaggaatgggtggat
gagacta
gaattctcgtgtgtgctttctttgatgaagtttgttgtctctttggagta
agcacctggtatccctttcccactttcctctgatctctatcaactttatg
ctgttgtgagatagagaggcattgtgtctctgaaaatgtgagtaaggtct
ctaagaaaattctgaggggtatagtttcagtcaagtgtgtactaaattaa
tggtatttgagagtgtgaatgtttgtgttgttcctttatgtctgtttatt
ccctggctttgaaagagtagtatttcctcttatgttaaatgattgacact
tttgtttggcttgtagaatattgataaacttgactgtgagagaccattga
tctgttttgttcattaaccatgtgtatagatggcctgagacatttcaaaa
tagtctgtcactactcacctaatgacaatgtatagttacacgtgaactgg
ctaagaacaaatgacgtcataaaattttttgactacaaacacaaaccttc
caagatacacaagtgccacagcacacagtcactgcaacaatatcagatgg
aaaaaaatgactgtggtggtttgaatagaaatggccaccatagactcatg
gttttaaatgcttggcccatagcaagtagcattattaagaggtgtggcct
tgttgaagcaggtgtgaccttgttggatgaaggatgtcagtgtgggggtg
agctttgatgtctcctgtgctcaagctgcacatcaagatgtagaactttt
agctcctccagcatcatgtgcaccttcacactgccatgcttcctgccatg
atgataatagactaaatctctgaaactgtaagccaaccccatttaaatgt
cttcctttataagcattgtcatgctcatggttatctcttcacagaaacaa
aacattaattaatatatcacatctcaccgtgattgaatagatatctgtct
tttagttgtgtattcatctgcacttatctataaagttgtgtgccttatct
ccagtgatcagatttatgcaggatcgatcttatcatgagaagtcatctca
atctcaactac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_56273694_56274861
seq2: B6Ng01-089N03.b_48_1204

seq1  GAATTCCATAGTGAACCTAGAGAGAAGCAAAAAGATCATGAAATTCACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGTGAACCTAGAGAGAAGCAAAAAGATCATGAAATTCACTA  50

seq1  CACTGTGCTGGGAAATTTAATTCTTACACCACCACAGAAGAACCAGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCTGGGAAATTTAATTCTTACACCACCACAGAAGAACCAGCTGC  100

seq1  GCTAGAAACTACTACGGCATCTATGGTGTCCAAGCAAGGACTATAGCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAACTACTACGGCATCTATGGTGTCCAAGCAAGGACTATAGCTTA  150

seq1  CAAAGATGAGTACAGAAGTGTAGTCCTCTATTTCCTAGAATGGCTGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGAGTACAGAAGTGTAGTCCTCTATTTCCTAGAATGGCTGCCTA  200

seq1  TGAAGAGTGACATGTGTCTGGGATCAAAATGTCTTGCAGGCATAGCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGTGACATGTGTCTGGGATCAAAATGTCTTGCAGGCATAGCTTTG  250

seq1  AGTTGAGATGTAGTCAAGTGTCCAGGACTAGGTAAACACAAGAAAGCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGATGTAGTCAAGTGTCCAGGACTAGGTAAACACAAGAAAGCTCT  300

seq1  TCCTCGGGCTGGTTAGAAATCCAAAATATCCTACCACTAGGGGTTTCTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGGGCTGGTTAGAAATCCAAAATATCCTACCACTAGGGGTTTCTCC  350

seq1  ACTAATGTGACACCCATCAGTGTTGGATGCTTATTGGTCTCTCAGTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATGTGACACCCATCAGTGTTGGATGCTTATTGGTCTCTCAGTCTGA  400

seq1  CAGGAGTTACAGATCAGTGTTGGCTAGAGGAAAGATGGATTCTCAGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTTACAGATCAGTGTTGGCTAGAGGAAAGATGGATTCTCAGGAAA  450

seq1  CTCTGCCATTACCAAGAAGCCCCAGCCAGAAGTTCTAAAACTACTCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCATTACCAAGAAGCCCCAGCCAGAAGTTCTAAAACTACTCTCTC  500

seq1  CTATTGGTTAAGCTTTCAATAGACACACTCCAGGAGTTTAAGACTCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGTTAAGCTTTCAATAGACACACTCCAGGAGTTTAAGACTCAGAA  550

seq1  TGTCAGAATGGGGTGAGCAGAGTTTGATTGAAAGACACAAATGTTTTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAATGGGGTGAGCAGAGTTTGATTGAAAGACACAAATGTTTTTTG  600

seq1  CCCTGGACTACGGAGAATCACCCATGGGAGGGGCAAAGCAAGCACCCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGACTACGGAGAATCACCCATGGGAGGGGCAAAGCAAGCACCCAAT  650

seq1  ATCTTCTTTCTCTTTACTATTGTCCTTACCAGCTGGTCATGTGTCCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTTTCTCTTTACTATTGTCCTTACCAGCTGGTCATGTGTCCCCTG  700

seq1  ATAGGGAAGGAGGTGTGAGGGTTCCAAAATCCCCCAGTGGAGGACAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGAAGGAGGTGTGAGGGTTCCAAAATCCCCCAGTGGAGGACAAATT  750

seq1  CTGTAAGAGAGTTCTCCCTGAGGGTGGACCACTAGTCGGAGAAGAGATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGAGAGTTCTCCCTGAGGGTGGACCACTAGTCGGAGAAGAGATCT  800

seq1  CCTCACCCTTGACCATGTCCATCCAAGGACATGATCTTCATTCCTGATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCTTGACCATGTCCATCCAAGGACATGATCTTCATTCCTGATTA  850

seq1  TCCAAGGTCAATGAAGACAAATTGAGCAGTGAGACCTGGGTTATGTCTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGTCAATGAAGACAAATTGAGCAGTGAGACCTGGGTTATGTCTTA  900

seq1  AACCACATTCTCAAAATCCAGGCTAATTTTTAAAAATTGTATCTATTTCT  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AACCACATTCTC-AAATCCAGGCTAATTTTT-AAAATTGTATCTATTTCT  948

seq1  GTATTTATCTGGGGGAGTGCATGTATAGAAGCATGCATGTAAAAGTGAGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTATTTATCTGGGGGAGTGCATGTATAGAAGCATGCATGT-AAAGTGAGA  997

seq1  CAACAACCATCGGGTGTTGGCTGTCTTCTTCCCTTATGTGGGTCCTGAGG  1050
      | |||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||| |
seq2  C-ACAACCATCGGGTGTTGGCTGGTCTCTTCCCTTATTTGGGTTCTGA-G  1045

seq1  AGCAAACTTAGTCATCACTCTCGGCAGCAGGCAGCCTACCTGGTAACCAA  1100
      ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| || || |||||
seq2  AGC-AACTTAGTCATCAATCTTGGCAGCAGGCAG-CTA-CTTGTTACCAA  1092

seq1  TGCATCTTACCAATGCATTTTGGGTTCACCTAGATTTCTCAGCAGGCAGG  1150
      |||||| || ||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TGCATC-TAACAATGCA-TTTGGGCTCA-CTAGATTTCTCACCAGGCAGG  1139

seq1  AAT-GGTGGATGAAGACTA  1168
      ||| |||||||| ||||||
seq2  AATGGGTGGATG-AGACTA  1157

seq1: chr4_56393572_56394644
seq2: B6Ng01-089N03.g_70_1130 (reverse)

seq1  GTAGTTTTGGAGATTTGAGATGACTTCTCATGATAAAGATTTGATCCTGC  50
      ||||||   |||| |||||||||||||||||||| |||| | ||||||||
seq2  GTAGTT---GAGA-TTGAGATGACTTCTCATGAT-AAGA-TCGATCCTGC  44

seq1  ATAAAATCTGATCAACTGAGATAAGGCCACACAACTTTATAAGATACAGT  100
      || |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||
seq2  AT-AAATCTGATCACTGGAGATAAGG-CACACAACTTTAT-AGATA-AGT  90

seq1  GCAAGATGAATACACAACTAAAAGACAGATATTCTATTCAATCACGGTGA  150
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GC-AGATGAATACACAACTAAAAGACAGATA-TCTATTCAATCACGGTGA  138

seq1  GATGTTGATATATTAATTAATGTTTTGTTTCTGTGAAGAGAT-ACCATGA  199
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GATG-TGATATATTAATTAATGTTTTGTTTCTGTGAAGAGATAACCATGA  187

seq1  GCATGACAATGCTTATAAAGGAAGACATTTAAATGGGGTTGGCTTACAGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGACAATGCTTATAAAGGAAGACATTTAAATGGGGTTGGCTTACAGT  237

seq1  TTCAGAGATTTAGTCTATTATCATCATGGCAGGAAGCATGGCAGTGTGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGATTTAGTCTATTATCATCATGGCAGGAAGCATGGCAGTGTGAA  287

seq1  GGTGCACATGATGCTGGAGGAGCTAAAAGTTCTACATCTTGATGTGCAGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCACATGATGCTGGAGGAGCTAAAAGTTCTACATCTTGATGTGCAGC  337

seq1  TTGAGCACAGGAGACATCAAAGCTCACCCCCACACTGACATCCTTCATCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCACAGGAGACATCAAAGCTCACCCCCACACTGACATCCTTCATCC  387

seq1  AACAAGGTCACACCTGCTTCAACAAGGCCACACCTCTTAATAATGCTACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGTCACACCTGCTTCAACAAGGCCACACCTCTTAATAATGCTACT  437

seq1  TGCTATGGGCCAAGCATTTAAAACCATGAGTCTATGGTGGCCATTTCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGGGCCAAGCATTTAAAACCATGAGTCTATGGTGGCCATTTCTAT  487

seq1  TCAAACCACCACAGTCATTTTTTTCCATCTGATATTGTTGCAGTGACTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCACCACAGTCATTTTTTTCCATCTGATATTGTTGCAGTGACTGT  537

seq1  GTGCTGTGGCACTTGTGTATCTTGGAAGGTTTGTGTTTGTAGTCAAAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGGCACTTGTGTATCTTGGAAGGTTTGTGTTTGTAGTCAAAAAA  587

seq1  TTTTATGACGTCATTTGTTCTTAGCCAGTTCACGTGTAACTATACATTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGACGTCATTTGTTCTTAGCCAGTTCACGTGTAACTATACATTGT  637

seq1  CATTAGGTGAGTAGTGACAGACTATTTTGAAATGTCTCAGGCCATCTATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGTGAGTAGTGACAGACTATTTTGAAATGTCTCAGGCCATCTATA  687

seq1  CACATGGTTAATGAACAAAACAGATCAATGGTCTCTCACAGTCAAGTTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTTAATGAACAAAACAGATCAATGGTCTCTCACAGTCAAGTTTA  737

seq1  TCAATATTCTACAAGCCAAACAAAAGTGTCAATCATTTAACATAAGAGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATTCTACAAGCCAAACAAAAGTGTCAATCATTTAACATAAGAGGA  787

seq1  AATACTACTCTTTCAAAGCCAGGGAATAAACAGACATAAAGGAACAACAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTACTCTTTCAAAGCCAGGGAATAAACAGACATAAAGGAACAACAC  837

seq1  AAACATTCACACTCTCAAATACCATTAATTTAGTACACACTTGACTGAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCACACTCTCAAATACCATTAATTTAGTACACACTTGACTGAAA  887

seq1  CTATACCCCTCAGAATTTTCTTAGAGACCTTACTCACATTTTCAGAGACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCCCTCAGAATTTTCTTAGAGACCTTACTCACATTTTCAGAGACA  937

seq1  CAATGCCTCTCTATCTCACAACAGCATAAAGTTGATAGAGATCAGAGGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCTCTCTATCTCACAACAGCATAAAGTTGATAGAGATCAGAGGAA  987

seq1  AGTGGGAAAGGGATACCAGGTGCTTACTCCAAAGAGACAACAAACTTCAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAAAGGGATACCAGGTGCTTACTCCAAAGAGACAACAAACTTCAT  1037

seq1  CAAAGAAAGCACACACGAGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAGCACACACGAGAATTC  1061