BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093D03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 13,450,086 - 13,558,160
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOTTMUSG00000004461, LOC100039988
Downstream geneRunx1t1, LOC625831, LOC433687, LOC100040030, LOC433688, Slc26a7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093D03.bB6Ng01-093D03.g
ACCDH904748DH904749
length1,161883
definitionDH904748|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093D03, 5' end.DH904749|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093D03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,556,985 - 13,558,160)(13,450,086 - 13,450,969)
sequence
gaattcatttgtagagggtgctgtgttttaatctggacaaggatgttttg
atcatttataattatattttgtcatgttgaagaagtatacttttgaggta
ctatattagacttacatacaatatgaatgaactgcttgcatgaatgatgt
tgatatttctgtatgctaattaaaaagtgttacacatggtcttgctgaag
cttgaggttttaaagggtaaacttactcagttttaaaccagggagttgaa
tgaaagcaagaatcaactgattttcttatatatgacagatgtcagagaat
gaccaatgagaagagggatgactctgaagaatacagggacatgattatat
ataaatcaaggttatttttgtgtcaacaacttctagatgggtttttttgg
caagttcttgaaggaagaatatccctgttgaagcccaagaaacaagccca
aatctatcttaagcctatttttaatggtttactttgaatgaaaatcatta
acaacagaaaatttttaccaataacttagagtggagaatagttaggagca
catcataggtaaggctgggtctgaaatctgtgtagtgctcttagattgga
gagaaagaattgggttatgtaagcactctaacaatcttccacattaagac
ttttttcattaatttttgttctggtgatgctagaaattgagtctagggtc
acacactaagcaagttctctcctgcttagccactctctaatagttcttga
agtacagtggaagtatatgaaactatataaacatcaaggccctggcactt
ttagcacagatttttaatgcatatttaaatcttctccatgaaagagtaca
ttttttttctattcactatctgcttattacctatatctgtgctttgggag
tcttttacagatggacatgaagatttacagagtccaaaagtgttatatat
tgtttaaaatatctccagggagccctggtatgtaagcttttgagttgccg
agacagtacacgctacttaagtggtcatgtttatgctgtgatgaggatga
ctttcgactttgatggcctgacatataaataggaaagagattcttatcat
ccttttcctttaagatcttcaaccagaactgcatcataagagcttctgag
ttacccatctt
gaattccatcctatgtgatcaaccctaaacatatgcacatatggataact
taaattaaccaaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcttgtgtgtaatgat
tataattatcaaagaaggggtcatggatttgagagggggtagtggccaac
atgaagaagtagaagagagagagcaaagggtggaaaagacataaatacag
tgtacccatgtacaaaattctgaaagaagaaattgatttttaaaatggta
attctgaatacggctaatgttgtgagtaataaactgtcctttgcccccaa
atcagaagttaatgcaaatgacctgttttataaataggtcactcacaaac
tacacctggtgtacttttcaacatgtaagaaagggagtgtttcgtagttt
gtctttcttgacaatcagattttcttcagcaattccactagcaagtcata
tttagaacaacaataaaggaccagatagtaagtacctttagacttttcag
tccactatactgtgtttctaacttctcttgttagagcacaaaggagacat
caaccatagagaataaataatcatagctgtgttcctgtgaaacctcatta
tatggacaataaaatttaaattttttatgattcatatgctataaaataat
acattttacaattcttaatctttcaaaaatttacaaagcacaataaatca
caggctgtagaaaagcagatgccagattatgtggcccatgaaccaccaac
tgaataagaaaaggaaccctccattaaatctattagtctgttttgtgttc
ttcttctcctagtccacatgaaagaatcttaagaaagtggaaaaatagaa
ttgaagagattggggttgagggtagtggggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_13556985_13558160
seq2: B6Ng01-093D03.b_44_1204 (reverse)

seq1  AAGATGGGTTAACTTCAGAAGACTCTTAATGAATGCAG-TCTGGTTGAAG  49
      |||||||| |||| ||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||| 
seq2  AAGATGGG-TAAC-TCAGAAG-CTCTT-ATG-ATGCAGTTCTGGTTGAA-  44

seq1  GATCCTTAAGGGAAAAGGATTGATAAGAATACCTCTTCCTATTTATATGT  99
      ||| ||||| ||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||
seq2  GAT-CTTAAAGGAAAAGGA-TGATAAGAATCTCT-TTCCTATTTATATGT  91

seq1  CAGGCCATCAAAGTCGAAAGTCATCCTCATCACAGCATAAACATTGACCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGGCCATCAAAGTCGAAAGTCATCCTCATCACAGCATAAACA-TGACCA  140

seq1  CTTAAGTAGCGTGTACTGTCTCGGGCAACTCAAAAGCTTACATACCAGGG  199
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTAGCGTGTACTGTCTC-GGCAACTCAAAAGCTTACATACCAGGG  189

seq1  CTCCCTGGAGATTATTTTTTAAACAATATATAACACCTTTTGGACTCTGT  249
      ||||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCCCTGGAG---ATATTTTAAACAATATATAACA-CTTTTGGACTCTGT  235

seq1  AAATCTTCATGTCCCTTCTGTAAAAGACTCCCAAAGCACAGATATAGGTA  299
      |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTCATGT-CCATCTGTAAAAGACTCCCAAAGCACAGATATAGGTA  284

seq1  ATAAGCAGATAGTGAATAGAAAAAAAATGTACTCTTTCATGGAGAAGATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGATAGTGAATAGAAAAAAAATGTACTCTTTCATGGAGAAGATT  334

seq1  TAAATATGCATTAAAAATCTGTGCTAAAAGTGCCAGGGCCTTGATGTTTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGCATTAAAAATCTGTGCTAAAAGTGCCAGGGCCTTGATGTTTA  384

seq1  TATAGTTTCATATACTTCCACTGTACTTCAAGAACTATTAGAGAGTGGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTCATATACTTCCACTGTACTTCAAGAACTATTAGAGAGTGGCT  434

seq1  AAGCAGGAGAGAACTTGCTTAGTGTGTGACCCTAGACTCAATTTCTAGCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAGAGAACTTGCTTAGTGTGTGACCCTAGACTCAATTTCTAGCA  484

seq1  TCACCAGAACAAAAATTAATGAAAAAAGTCTTAATGTGGAAGATTGTTAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGAACAAAAATTAATGAAAAAAGTCTTAATGTGGAAGATTGTTAG  534

seq1  AGTGCTTACATAACCCAATTCTTTCTCTCCAATCTAAGAGCACTACACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTACATAACCCAATTCTTTCTCTCCAATCTAAGAGCACTACACAG  584

seq1  ATTTCAGACCCAGCCTTACCTATGATGTGCTCCTAACTATTCTCCACTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGACCCAGCCTTACCTATGATGTGCTCCTAACTATTCTCCACTCT  634

seq1  AAGTTATTGGTAAAAATTTTCTGTTGTTAATGATTTTCATTCAAAGTAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATTGGTAAAAATTTTCTGTTGTTAATGATTTTCATTCAAAGTAAA  684

seq1  CCATTAAAAATAGGCTTAAGATAGATTTGGGCTTGTTTCTTGGGCTTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAAAAATAGGCTTAAGATAGATTTGGGCTTGTTTCTTGGGCTTCAA  734

seq1  CAGGGATATTCTTCCTTCAAGAACTTGCCAAAAAAACCCATCTAGAAGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATATTCTTCCTTCAAGAACTTGCCAAAAAAACCCATCTAGAAGTT  784

seq1  GTTGACACAAAAATAACCTTGATTTATATATAATCATGTCCCTGTATTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACACAAAAATAACCTTGATTTATATATAATCATGTCCCTGTATTCT  834

seq1  TCAGAGTCATCCCTCTTCTCATTGGTCATTCTCTGACATCTGTCATATAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCATCCCTCTTCTCATTGGTCATTCTCTGACATCTGTCATATAT  884

seq1  AAGAAAATCAGTTGATTCTTGCTTTCATTCAACTCCCTGGTTTAAAACTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATCAGTTGATTCTTGCTTTCATTCAACTCCCTGGTTTAAAACTG  934

seq1  AGTAAGTTTACCCTTTAAAACCTCAAGCTTCAGCAAGACCATGTGTAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTTACCCTTTAAAACCTCAAGCTTCAGCAAGACCATGTGTAACA  984

seq1  CTTTTTAATTAGCATACAGAAATATCAACATCATTCATGCAAGCAGTTCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAATTAGCATACAGAAATATCAACATCATTCATGCAAGCAGTTCA  1034

seq1  TTCATATTGTATGTAAGTCTAATATAGTACCTCAAAAGTATACTTCTTCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTGTATGTAAGTCTAATATAGTACCTCAAAAGTATACTTCTTCA  1084

seq1  ACATGACAAAATATAATTATAAATGATCAAAACATCCTTGTCCAGATTAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACAAAATATAATTATAAATGATCAAAACATCCTTGTCCAGATTAA  1134

seq1  AACACAGCACCCTCTACAAATGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGCACCCTCTACAAATGAATTC  1161

seq1: chr4_13450086_13450969
seq2: B6Ng01-093D03.g_67_949

seq1  GAATTCCATCCTATGTGATCAACCCTAAACATATGCACATATGGATAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCTATGTGATCAACCCTAAACATATGCACATATGGATAACT  50

seq1  TAAATTAACCAAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTGTGTAATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAACCAAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTGTGTAATGAT  100

seq1  TATAATTATCAAAGAAGGGGTCATGGATTTGAGAGGGGGTAGTGGCCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTATCAAAGAAGGGGTCATGGATTTGAGAGGGGGTAGTGGCCAAC  150

seq1  ATGAAGAAGTAGAAGAGAGAGAGCAAAGGGTGGAAAAGACATAAATACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGTAGAAGAGAGAGAGCAAAGGGTGGAAAAGACATAAATACAG  200

seq1  TGTACCCATGTACAAAATTCTGAAAGAAGAAATTGATTTTTAAAATGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCATGTACAAAATTCTGAAAGAAGAAATTGATTTTTAAAATGGTA  250

seq1  ATTCTGAATACGGCTAATGTTGTGAGTAATAAACTGTCCTTTGCCCCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGAATACGGCTAATGTTGTGAGTAATAAACTGTCCTTTGCCCCCAA  300

seq1  ATCAGAAGTTAATGCAAATGACCTGTTTTATAAATAGGTCACTCACAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAGTTAATGCAAATGACCTGTTTTATAAATAGGTCACTCACAAAC  350

seq1  TACACCTGGTGTACTTTTCAACATGTAAGAAAGGGAGTGTTTCGTAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTGGTGTACTTTTCAACATGTAAGAAAGGGAGTGTTTCGTAGTTT  400

seq1  GTCTTTCTTGACAATCAGATTTTCTTCAGCAATTCCACTAGCAAGTCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTTGACAATCAGATTTTCTTCAGCAATTCCACTAGCAAGTCATA  450

seq1  TTTAGAACAACAATAAAGGACCAGATAGTAAGTACCTTTAGACTTTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAACAACAATAAAGGACCAGATAGTAAGTACCTTTAGACTTTTCAG  500

seq1  TCCACTATACTGTGTTTCTAACTTCTCTTGTTAGAGCACAAAGGAGACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTATACTGTGTTTCTAACTTCTCTTGTTAGAGCACAAAGGAGACAT  550

seq1  CAACCATAGAGAATAAATAATCATAGCTGTGTTCCTGTGAAACCTCATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATAGAGAATAAATAATCATAGCTGTGTTCCTGTGAAACCTCATTA  600

seq1  TATGGACAATAAAATTTAAATTTTTTATGATTCATATGCTATAAAATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACAATAAAATTTAAATTTTTTATGATTCATATGCTATAAAATAAT  650

seq1  ACATTTTACAATTCTTAATCTTTCAAAAATTTACAAAGCACAATAAATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTACAATTCTTAATCTTTCAAAAATTTACAAAGCACAATAAATCA  700

seq1  CAGGCTGTAGAAAAGCAGATGCCAGATTATGTGGCCCATGAACCACCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTAGAAAAGCAGATGCCAGATTATGTGGCCCATGAACCACCAAC  750

seq1  TGAATAAGAAAAGGAACCCTCCATTAAATCTATTAGTCTGTTTTGTGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAGAAAAGGAACCCTCCATTAAATCTATTAGTCTGTTTTGTGTTC  800

seq1  TTCTTCTCCTAGTCCACATGAAAGAATCTTAAGAAAGTGGAAAAATAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCCTAGTCCACATGAAAGAATCTTAAGAAAGTGGAAAAATAGAA  850

seq1  TTGAAGAGATTTGGGGTTGAGGGTAGTGGGGAGA  884
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGA-TTGGGGTTGAGGGTAGTGGGGAGA  883