BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093D20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 66,184,207 - 66,290,146
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAstn2, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4, LOC100039379, Hmgb1-rs18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093D20.bB6Ng01-093D20.g
ACCDH904780DH904781
length1,1031,008
definitionDH904780|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093D20, 5' end.DH904781|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093D20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,289,039 - 66,290,146)(66,184,207 - 66,185,218)
sequence
gaattctatgtgcacaaaggtaaaaagagagaagttaaatcaatagaaag
aagtggagaaacatatatgtaaactagtacaaagagatgttcacaataga
atgacagggtaggcctacattaaggttcataaatcatgaggtctaattgt
ctaggtcattgttcagccgaaacagtggaaagaatttgtcagtatctatc
cacatactgttggaagaaagtgtaacttccagggagttgatgacagagtc
tatagctttctgctttcctacacttagagcactatttgcttcaatgcctt
ttccttctctttgctgtggtaacgatatgagatagtgatgtttcatcaaa
cattaccctcaagtttcatactcaggtagagtgaccactttctaaatgga
gactactggccataaaatcatggaaatgggtgttgttgacagatttttgt
gttgaaagtctctatttgcctctgcatttaatgttttgttttgttttcaa
gacagggtttctctgtgtagtcctggctgtcctgtagctcactctgtaga
ccaggctggcctcgaattcagaaaccaccctgcctctgcctcccagtgct
gggattaaaggtgtgcaccatcacacccggctgcatttaatattttttat
gtgtcttactttcttaaatatctcttgttgctcctagaatgattttgtgc
tctcaacaaaagaaagatttatcccttttttgaagttccaaactagtgtt
acccatttggtatgtttctttggaaaatcactgattaataacatagtaat
aataacagatatcatcttattatgaaattagtacttgtcaataacctaca
tatgtggggaattgcaggctggtttcagtggagctgaggtctgaatcctg
atggtcataattcacctacatgtcacggtaggtgttctctcatgctcctg
gaactccagcccctgcctaaggtaccatctctcacagcccccacagaaag
catggtcaatagtcatgtaagcaatggcccaagcttctgaccttcaggct
aactccttcccaagttacctagcaacagtgaagacccttaaaagggggct
cag
gaattctaggctagcctgagctacctagggagagtgggtagtaggacaaa
cacataaccatgggaagactagcactgtaataaagaaaagggggtcattt
aagagcaaataaggtatcgctaataattacactaatgtagctagtataaa
cttagaaatcttgagaaaaggtgaaggcatgatcaccccggctaaaaagc
aaaacctcgatttctatgcaccatagtgactctctctttgttctgagttt
tagaaaggtaaagcatgcccagggtcacataataaatacatggcagagct
gtctgtccgattccaaaagcttgggctgtggcagatatcacagatgggga
ctcttgacattctagccacgaaagaactgaccgcatacttcctttctgct
cccggttatgctgccagccattgtccttggatatgggaactcaggtgaag
tgtgatgactgtgctgtcccagaagagggcagtgttgccatgtcagccaa
gtcagaggctacaggaaacaggaaggaggcctggattgagcaggactagt
ggcctggctcagcatccctagaaaagccagccccaccaggctgcctcaaa
accagctgcttccctggcttgcatcccctgaatcctcacggtagataaag
ctgctgtccccatcacctgtctactggctcccatgatccaacacctgaac
aaattagagaactctgtgccacctggggtacaaagaggcccagagagagt
ttccagatagaaaataggaaccgttgccattttttatttgctcagaatta
ttctagagctgggagtgctgttgacatacttgtaccacttaatctttaat
aaggaatcattttcatgggggagctgagttctggatccatgccagtttag
ataattatattccccagaagactgaagctgctaaggcagattcttttcaa
ggagatgagaagtcctcaagactgagattaatgtaaaatagagattgggg
ggtgggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_66289039_66290146
seq2: B6Ng01-093D20.b_43_1145 (reverse)

seq1  CTGAGCACCCCTTTTTATGGTCTTCACTGTTGCTAGGTAAC-TGGGGAGG  49
      |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  CTGAGC-CCCCTTTTAAGGGTCTTCACTGTTGCTAGGTAACTTGGGAAGG  49

seq1  AGTTTAGCCTGAAGGTCAGAAGCTTGGGCCATTGCTTACATGACTATTGA  99
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TTAGCCTGAAGGTCAGAAGCTTGGGCCATTGCTTACATGACTATTGA  98

seq1  CCATGCTTTTCTTGTGGGGGCTGTGAGAGATGGTACCTTAGGCAGGGGCT  149
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTTT--CTGTGGGGGCTGTGAGAGATGGTACCTTAGGCAGGGGCT  146

seq1  GGAGTTCCAGGAGCATGAGAGAACACCTACCGTGACATGTAGGTGAATTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCCAGGAGCATGAGAGAACACCTACCGTGACATGTAGGTGAATTA  196

seq1  TGACCATCAGGATTCAGACCTCAGCTCCACTGGAAACCAGCCTGCAATTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGACCATCAGGATTCAGACCTCAGCTCCACT-GAAACCAGCCTGCAATTC  245

seq1  CCCACATATGTAGGTTATTGACAAGTACTAATTTCATAATAAGATGATAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATATGTAGGTTATTGACAAGTACTAATTTCATAATAAGATGATAT  295

seq1  CTGTTATTATTACTATTGTTATTAATCAGTGATTTTCCAAAGAAACATAC  349
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATTATTACTA-TGTTATTAATCAGTGATTTTCCAAAGAAACATAC  344

seq1  CAAATGGGTAACACTAGTTTGGAACTTCAAAAAAGGGATAAATCTTTCTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGGTAACACTAGTTTGGAACTTCAAAAAAGGGATAAATCTTTCTT  394

seq1  TTGTTGAGAGCACAAAATCATTCTAGGAGCAACAAGAGATATTTAAGAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAGAGCACAAAATCATTCTAGGAGCAACAAGAGATATTTAAGAAA  444

seq1  GTAAGACACATAAAAAATATTAAATGCAGCCGGGTGTGATGGTGCACACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACACATAAAAAATATTAAATGCAGCCGGGTGTGATGGTGCACACC  494

seq1  TTTAATCCCAGCACTGGGAGGCAGAGGCAGGGTGGTTTCTGAATTCGAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCCCAGCACTGGGAGGCAGAGGCAGGGTGGTTTCTGAATTCGAGG  544

seq1  CCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGCTACAGGACAGCCAGGACTACACAGAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGCTACAGGACAGCCAGGACTACACAGAGA  594

seq1  AACCCTGTCTTGAAAACAAAACAAAACATTAAATGCAGAGGCAAATAGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGTCTTGAAAACAAAACAAAACATTAAATGCAGAGGCAAATAGAG  644

seq1  ACTTTCAACACAAAAATCTGTCAACAACACCCATTTCCATGATTTTATGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAACACAAAAATCTGTCAACAACACCCATTTCCATGATTTTATGG  694

seq1  CCAGTAGTCTCCATTTAGAAAGTGGTCACTCTACCTGAGTATGAAACTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAGTCTCCATTTAGAAAGTGGTCACTCTACCTGAGTATGAAACTTG  744

seq1  AGGGTAATGTTTGATGAAACATCACTATCTCATATCGTTACCACAGCAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAATGTTTGATGAAACATCACTATCTCATATCGTTACCACAGCAAA  794

seq1  GAGAAGGAAAAGGCATTGAAGCAAATAGTGCTCTAAGTGTAGGAAAGCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGAAAAGGCATTGAAGCAAATAGTGCTCTAAGTGTAGGAAAGCAG  844

seq1  AAAGCTATAGACTCTGTCATCAACTCCCTGGAAGTTACACTTTCTTCCAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTATAGACTCTGTCATCAACTCCCTGGAAGTTACACTTTCTTCCAA  894

seq1  CAGTATGTGGATAGATACTGACAAATTCTTTCCACTGTTTCGGCTGAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGTGGATAGATACTGACAAATTCTTTCCACTGTTTCGGCTGAACA  944

seq1  ATGACCTAGACAATTAGACCTCATGATTTATGAACCTTAATGTAGGCCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTAGACAATTAGACCTCATGATTTATGAACCTTAATGTAGGCCTA  994

seq1  CCCTGTCATTCTATTGTGAACATCTCTTTGTACTAGTTTACATATATGTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCATTCTATTGTGAACATCTCTTTGTACTAGTTTACATATATGTT  1044

seq1  TCTCCACTTCTTTCTATTGATTTAACTTCTCTCTTTTTACCTTTGTGCAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACTTCTTTCTATTGATTTAACTTCTCTCTTTTTACCTTTGTGCAC  1094

seq1  ATAGAATTC  1108
      |||||||||
seq2  ATAGAATTC  1103

seq1: chr4_66184207_66185218
seq2: B6Ng01-093D20.g_69_1076

seq1  GAATTCTAGGCTAGCCTGAGCTACCTAGGGAGAGTGGGTAGTAGGACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCTAGCCTGAGCTACCTAGGGAGAGTGGGTAGTAGGACAAA  50

seq1  CACATAACCATGGGAAGACTAGCACTGTAATAAAGAAAAGGGGGTCATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAACCATGGGAAGACTAGCACTGTAATAAAGAAAAGGGGGTCATTT  100

seq1  AAGAGCAAATAAGGTATCGCTAATAATTACACTAATGTAGCTAGTATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAAATAAGGTATCGCTAATAATTACACTAATGTAGCTAGTATAAA  150

seq1  CTTAGAAATCTTGAGAAAAGGTGAAGGCATGATCACCCCGGCTAAAAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAATCTTGAGAAAAGGTGAAGGCATGATCACCCCGGCTAAAAAGC  200

seq1  AAAACCTCGATTTCTATGCACCATAGTGACTCTCTCTTTGTTCTGAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTCGATTTCTATGCACCATAGTGACTCTCTCTTTGTTCTGAGTTT  250

seq1  TAGAAAGGTAAAGCATGCCCAGGGTCACATAATAAATACATGGCAGAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGGTAAAGCATGCCCAGGGTCACATAATAAATACATGGCAGAGCT  300

seq1  GTCTGTCCGATTCCAAAAGCTTGGGCTGTGGCAGATATCACAGATGGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCCGATTCCAAAAGCTTGGGCTGTGGCAGATATCACAGATGGGGA  350

seq1  CTCTTGACATTCTAGCCACGAAAGAACTGACCGCATACTTCCTTTCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGACATTCTAGCCACGAAAGAACTGACCGCATACTTCCTTTCTGCT  400

seq1  CCCGGTTATGCTGCCAGCCATTGTCCTTGGATATGGGAACTCAGGTGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGTTATGCTGCCAGCCATTGTCCTTGGATATGGGAACTCAGGTGAAG  450

seq1  TGTGATGACTGTGCTGTCCCAGAAGAGGGCAGTGTTGCCATGTCAGCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGACTGTGCTGTCCCAGAAGAGGGCAGTGTTGCCATGTCAGCCAA  500

seq1  GTCAGAGGCTACAGGAAACAGGAAGGAGGCCTGGATTGAGCAGGACTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGGCTACAGGAAACAGGAAGGAGGCCTGGATTGAGCAGGACTAGT  550

seq1  GGCCTGGCTCAGCATCCCTAGAAAAGCCAGCCCCACCAGGCTGCCTCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGCTCAGCATCCCTAGAAAAGCCAGCCCCACCAGGCTGCCTCAAA  600

seq1  ACCAGCTGCTTCCCTGGCTTGCATCCCCTGAATCCTCACGGTAGATAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTGCTTCCCTGGCTTGCATCCCCTGAATCCTCACGGTAGATAAAG  650

seq1  CTGCTGTCCCCATCACCTGTCTACTGGCTCCCATGATCCAACACCTGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCCCCATCACCTGTCTACTGGCTCCCATGATCCAACACCTGAAC  700

seq1  AAATTAGAGAACTCTGTGCCACCTGGGGTACAAAGAGGCCCAGAGAGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGAGAACTCTGTGCCACCTGGGGTACAAAGAGGCCCAGAGAGAGT  750

seq1  TTCCAGATAGAAAATAGGAACCGTTGCCATTTTTTATTTGCTCAGAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATAGAAAATAGGAACCGTTGCCATTTTTTATTTGCTCAGAATTA  800

seq1  TTCTAGAGCTGGGAGTGCTGTTGACATACTTGTTACCACTTAATCTTTAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAGCTGGGAGTGCTGTTGACATACTTG-TACCACTTAATCTTTAA  849

seq1  TAAGGAATCATTTTCATGGGGGAGCTGAGTTCTGGATCCATGCCAGTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAATCATTTTCATGGGGGAGCTGAGTTCTGGATCCATGCCAGTTTA  899

seq1  GATAATTATATTCCCCCAGAAGACTGAAGCTGCTAAGGCAGAATTCTTTC  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  GATAATTATATT-CCCCAGAAGACTGAAGCTGCTAAGGCAG-ATTCTTTT  947

seq1  CAAGAAGAGTGAGAAGTCTCAAAGACTGAGATTAAGTGTAAAATAGAGAT  1000
      |||| ||| |||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAAGGAGA-TGAGAAGTCCTCAAGACTGAGATTAA-TGTAAAATAGAGAT  995

seq1  T-GGGGGTGGGTA  1012
      | |||||||||||
seq2  TGGGGGGTGGGTA  1008