BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093H07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 144,576,870 - 144,734,208
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVps13d
Upstream geneLOC626943, LOC100041127, LOC436146, Pramel4, LOC100041077, LOC100041144, Oog3, Oog2, C87977, Pramel5, LOC666150, LOC626995, OTTMUSG00000010537, EG627009, Pramef12, D530049N12Rik, 1700012P22Rik, Aadacl3, 9430007A20Rik, LOC100041232, LOC666194, LOC627085, LOC666215, LOC435815, Gm436, LOC546849, Gm438, LOC666242, LOC676844, Dhrs3
Downstream geneTnfrsf1b, Tnfrsf8, LOC666282, 9230115A19Rik, LOC195576, LOC622846, LOC666314, LOC545701, OTTMUSG00000010965, LOC666334, LOC545703, LOC384081, LOC100041379, LOC666349, LOC666351, LOC545704, 1700029I01Rik, LOC236069, LOC384084, LOC666386, LOC666390, LOC100041433, LOC433790, LOC433791
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093H07.bB6Ng01-093H07.g
ACCDH904943DH904944
length1,0251,109
definitionDH904943|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093H07, 5' end.DH904944|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093H07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,576,870 - 144,577,897)(144,733,100 - 144,734,208)
sequence
gaattcacttgtatctgtttactattaccccatggtatgaacatctgagt
actggcccaagtcttggtattataagtgatgtggctataaacattcttgt
gcatttgaataacaaataataataatatacattttgtattgttgatgacc
tttggatttggacatacacacacatacatacatgcacactttctgccagt
atattaaagtttgctgaagaggagagttttagctagttttaaagaggtga
agccattttgtacttcccccatgatgtagtagaacgacctaactacctac
tgtctagggcagcactgtttaatatgctgtcgctgccacatggctactga
gcatgtgagatgtgaccagtgtaacaaaagaaccaaaatttaaatttact
ttcacctgagaacccatctcaaaacaaactgacaaaagaaaggaaaagaa
aggaacgtcggatatgtgtgtgtgtctgtgtgtgtggtatactcccagca
ttcaggaaccagaagtggtggcaagaggtgggggacagggtgtcagtaac
tcaaggcaagcctaaattaaaagcaaattaaaggctagtctggattacat
aatatcctgtctcagaggtaaaaagaaaacaaaattaaattgattcatac
ttagttgtatgttggagaactctgatctagagtctatttgcatttattca
tttgtttatttattgtgggagaggtgtgtgcatgccatagcatatgtgaa
gaggtcagaggacatctcttgggtgtctctcactgtgggttctagaaatc
aagctcagtcaagttcaggcagcaaacactgcaaagtcatctcacaactg
gggtagattcttcagccttgctgcttggagtggtataaaatggcctcaat
gttcgtattcatcttccttttggatgacaggataatggtgttctgtaata
gcaattctcaactgtagcctagactacatctgggaatcacggaaacctag
ctgttggacactctgggcgaaattt
gaattcttcctggagcatcgtgttgtaagtagtagggtgtatgcagcaca
agcctaaatactgctccttccttaaggaatgtgtaatgcagtagtgaaca
ttaagatgctgatgccatcacgatatcaggaataccatttagagatgaaa
tggactaatttagaggtctcatggtctgatattagcattctaaaaagtgg
tctttaactgggagaagcatggcatttttgttagacgacattaggaatca
aaatatatgtatgtcatgagtccctggggagctgctctggcctgccagag
gtatataccttggcgagcatagtgtcagctgggtaatgttgttattgctc
ttttcctctttagtagctagcctagaacttccatgcagaatagtctgatc
tccaactcagggagccactgtaccccaactcccacccccaagaaggattg
ttttacgcacctgttctagtagcatgtgcctcagtacctatctccatgct
ctcaccccagaagtgtgctcgcccagctaccaagcacactaaatccgctg
tgtgtcagcaccgttgtattttcttcctttatcaagtcattccaggccca
ctccatgctgcctgagcagctgacacaaacacttcctcattctcttatat
tcttagttcaacacatagaccctgtgttggctccctctggtctcagaatc
ctgcttctgtaagtcggcagtcctttttagtttaattcctttcttgcacc
cctaggatgcagtgttgctggcttgtgtacatgatgttgttgttgtttag
acttgttcaactcgtttaaactttgttattgaaatagcatatgaaatgtt
ttcctggtgtcttggcatctgaaaattacttctgacacttattttgatta
aaaaaaaagatggaagttggaggcatgtgcatatcattttattcagatga
tttagggatttcagaaaggtccataataacagttctgatttcgaccaatg
tagaaggagacttggccttgcagggaagcatcggggagcctgtctcctga
gtgacctcccggccacatggagatttctacatagaaacgctgcaccacag
gtggagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_144576870_144577897
seq2: B6Ng01-093H07.b_43_1067

seq1  GAATTCACTTGTATCTGTTTACTATTACCCCATGGTATGAACATCTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGTATCTGTTTACTATTACCCCATGGTATGAACATCTGAGT  50

seq1  ACTGGCCCAAGTCTTGGTATTATAAGTGATGTGGCTATAAACATTCTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCCAAGTCTTGGTATTATAAGTGATGTGGCTATAAACATTCTTGT  100

seq1  GCATTTGAATAACAAATAATAATAATATACATTTTGTATTGTTGATGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTGAATAACAAATAATAATAATATACATTTTGTATTGTTGATGACC  150

seq1  TTTGGATTTGGACATACACACACATACATACATGCACACTTTCTGCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATTTGGACATACACACACATACATACATGCACACTTTCTGCCAGT  200

seq1  ATATTAAAGTTTGCTGAAGAGGAGAGTTTTAGCTAGTTTTAAAGAGGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAGTTTGCTGAAGAGGAGAGTTTTAGCTAGTTTTAAAGAGGTGA  250

seq1  AGCCATTTTGTACTTCCCCCATGATGTAGTAGAACGACCTAACTACCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTTTGTACTTCCCCCATGATGTAGTAGAACGACCTAACTACCTAC  300

seq1  TGTCTAGGGCAGCACTGTTTAATATGCTGTCGCTGCCACATGGCTACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGGGCAGCACTGTTTAATATGCTGTCGCTGCCACATGGCTACTGA  350

seq1  GCATGTGAGATGTGACCAGTGTAACAAAAGAACCAAAATTTAAATTTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGAGATGTGACCAGTGTAACAAAAGAACCAAAATTTAAATTTACT  400

seq1  TTCACCTGAGAACCCATCTCAAAACAAACTGACAAAAGAAAGGAAAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTGAGAACCCATCTCAAAACAAACTGACAAAAGAAAGGAAAAGAA  450

seq1  AGGAACGTCGGATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGGTATACTCCCAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACGTCGGATATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGGTATACTCCCAGCA  500

seq1  TTCAGGAACCAGAAGTGGTGGCAAGAGGTGGGGGACAGGGTGTCAGTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAACCAGAAGTGGTGGCAAGAGGTGGGGGACAGGGTGTCAGTAAC  550

seq1  TCAAGGCAAGCCTAAATTAAAAGCAAATTAAAGGCTAGTCTGGATTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCAAGCCTAAATTAAAAGCAAATTAAAGGCTAGTCTGGATTACAT  600

seq1  AATATCCTGTCTCAGAGGTAAAAAGAAAACAAAATTAAATTGATTCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCTGTCTCAGAGGTAAAAAGAAAACAAAATTAAATTGATTCATAC  650

seq1  TTAGTTGTATGTTGGAGAACTCTGATCTAGAGTCTATTTGCATTTATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGTATGTTGGAGAACTCTGATCTAGAGTCTATTTGCATTTATTCA  700

seq1  TTTGTTTATTTATTGT-GGAGAGGTGTGTGCATGCCATAGCATATGTGAA  749
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTATTTATTGTGGGAGAGGTGTGTGCATGCCATAGCATATGTGAA  750

seq1  GAGGTCAGAGGACATCTCTTGGGTGTCTCTCACTGTGGGTTCTAGAAATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGAGGACATCTCTTGGGTGTCTCTCACTGTGGGTTCTAGAAATC  800

seq1  AAGCTCAGGTCAAGTTCAGGCAGCAAACACTGCAAAGTCATCTCACCAAC  849
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGCTCA-GTCAAGTTCAGGCAGCAAACACTGCAAAGTCATCTCA-CAAC  848

seq1  TGGGGTTAGATTCTTCAGCC-TGCTGC-TGGAGTGGGTATAAAATGGCCT  897
      ||||| |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||
seq2  TGGGG-TAGATTCTTCAGCCTTGCTGCTTGGAGT-GGTATAAAATGGCCT  896

seq1  CAGTGTTCGTATTCCATC-TCCTTTTGGATGACAGGATAATGGTGTTCTG  946
      || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTCGTATT-CATCTTCCTTTTGGATGACAGGATAATGGTGTTCTG  945

seq1  TAATAGCAATTCTCAACTGTAGCCTAGACTACATCTGGGAATCAACGGAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAATAGCAATTCTCAACTGTAGCCTAGACTACATCTGGGAATC-ACGGAA  994

seq1  ACCAAGCTGTTGGACACTCCTGGGCGAAATTT  1028
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCTAGCTGTTGGACACT-CTGGGCGAAATTT  1025

seq1: chr4_144733100_144734208
seq2: B6Ng01-093H07.g_68_1176 (reverse)

seq1  CCTCTCCACTTGTGGTGAAGCG-TTCTCTGTAGAAGTCTCCATGTGG-CG  48
      ||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||| ||
seq2  CCTCTCCACCTGTGGTGCAGCGTTTCTATGTAGAAATCTCCATGTGGCCG  50

seq1  TGAGGTCACTCA-GAGACAGGCT-CCCGATGCTTCCCTGCAAGGCCAGGT  96
       ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGAGGTCACTCAGGAGACAGGCTCCCCGATGCTTCCCTGCAAGGCCAAGT  100

seq1  CTCCTTCTACATGTGTCGAAATCAGAACATGTTATTATGGACCTTTTCTG  146
      ||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CTCCTTCTACATTGGTCGAAATCAGAAC-TGTTATTATGGACC-TTTCTG  148

seq1  AAATCCCTTAATTCATCTGAATTAAAATGATATGCACATGCCTCCAACTT  196
      ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCC-TAAATCATCTGAA-TAAAATGATATGCACATGCCTCCAACTT  196

seq1  CCATCTTTTTTTTTAATCAAAATAAGTGTCAGAAGTAAATTTTCAGATGC  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCATCTTTTTTTTTAATCAAAATAAGTGTCAGAAGT-AATTTTCAGATGC  245

seq1  CAAGACACCAGGAAAACATTTCATATGCTATTTCAATAACAAAGTTTAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACCAGGAAAACATTTCATATGCTATTTCAATAACAAAGTTTAAA  295

seq1  CGAGTTGAACAAGTCTAAACAACAACAACATCATGTACACAAGCCAGCAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTGAACAAGTCTAAACAACAACAACATCATGTACACAAGCCAGCAA  345

seq1  CACTGCATCCTAGGGGTGCAAGAAAGGAATTAAACT-AAAAGGACTGCCG  395
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACTGCATCCTAGGGGTGCAAGAAAGGAATTAAACTAAAAAGGACTGCCG  395

seq1  ACTTACAGAAGCAGGATTCTGAGACCAGAGGGAGCCAACACAGGGTCTAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAGAAGCAGGATTCTGAGACCAGAGGGAGCCAACACAGGGTCTAT  445

seq1  GTGTTGAACTAAGAATATAAGAGAATGAGGAAGTGTTTGTGTCAGCTGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGAACTAAGAATATAAGAGAATGAGGAAGTGTTTGTGTCAGCTGCT  495

seq1  CAGGCAGCATGGAGTGGGCCTGGAATGACTTGATAAAGGAAGAAAATACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGCATGGAGTGGGCCTGGAATGACTTGATAAAGGAAGAAAATACA  545

seq1  ACGGTGCTGACACACAGCGGATTTAGTGTGCTTGGTAGCTGGGCGAGCAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGCTGACACACAGCGGATTTAGTGTGCTTGGTAGCTGGGCGAGCAC  595

seq1  ACTTCTGGGGTGAGAGCATGGAGATAGGTACTGAGGCACATGCTACTAGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGGGGTGAGAGCATGGAGATAGGTACTGAGGCACATGCTACTAGA  645

seq1  ACAGGTGCGTAAAACAATCCTTCTTGGGGGTGGGAGTTGGGGTACAGTGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGCGTAAAACAATCCTTCTTGGGGGTGGGAGTTGGGGTACAGTGG  695

seq1  CTCCCTGAGTTGGAGATCAGACTATTCTGCATGGAAGTTCTAGGCTAGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGAGTTGGAGATCAGACTATTCTGCATGGAAGTTCTAGGCTAGCT  745

seq1  ACTAAAGAGGAAAAGAGCAATAACAACATTACCCAGCTGACACTATGCTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGAGGAAAAGAGCAATAACAACATTACCCAGCTGACACTATGCTC  795

seq1  GCCAAGGTATATACCTCTGGCAGGCCAGAGCAGCTCCCCAGGGACTCATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGTATATACCTCTGGCAGGCCAGAGCAGCTCCCCAGGGACTCATG  845

seq1  ACATACATATATTTTGATTCCTAATGTCGTCTAACAAAAATGCCATGCTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATATATTTTGATTCCTAATGTCGTCTAACAAAAATGCCATGCTT  895

seq1  CTCCCAGTTAAAGACCACTTTTTAGAATGCTAATATCAGACCATGAGACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTTAAAGACCACTTTTTAGAATGCTAATATCAGACCATGAGACC  945

seq1  TCTAAATTAGTCCATTTCATCTCTAAATGGTATTCCTGATATCGTGATGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATTAGTCCATTTCATCTCTAAATGGTATTCCTGATATCGTGATGG  995

seq1  CATCAGCATCTTAATGTTCACTACTGCATTACACATTCCTTAAGGAAGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGCATCTTAATGTTCACTACTGCATTACACATTCCTTAAGGAAGGA  1045

seq1  GCAGTATTTAGGCTTGTGCTGCATACACCCTACTACTTACAACACGATGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATTTAGGCTTGTGCTGCATACACCCTACTACTTACAACACGATGC  1095

seq1  TCCAGGAAGAATTC  1109
      ||||||||||||||
seq2  TCCAGGAAGAATTC  1109