BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-096D05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 5,350,878 - 5,517,025
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039297, LOC622019, Impad1, LOC100039338
Downstream gene1700012H17Rik, LOC669309, 3110003A22Rik, Cyp7a1, Sdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-096D05.bB6Ng01-096D05.g
ACCDH906929DH906930
length1,1771,123
definitionDH906929|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096D05, 5' end.DH906930|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-096D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,350,878 - 5,352,074)(5,515,895 - 5,517,025)
sequence
gaattccaacaacaaaatgaaataaagaaataaaagtgtacctcaactaa
gagataaaaatatgaggagatggagactcaactaaaagattgaaaagaaa
aaatgcaataagcaaatacttgaatagcttcaaggaaagcctcaccaaca
aaatagataaagcaacagacagaagactaggggttaaagacaaggtagag
gcaattgataattgagacagtaacaaagaaacaagtaacaatgaggaaaa
acttcgtcttttatgctacattttgtgtattttatctgaatcttgttttt
aaaaacacaaacacagagaggctgaagggggaatcaaaatgagaccctgg
tgacaatgtcgcacatcttaacacaacaaaatggtttgagctaagggaaa
atgagtgttcccacacattgtagtgggtgtttctatgatataagagttgt
ggcctacaagtgaacagtttctttcaagttataaaaaagctataaattca
acattagtggtttcctttgtagaatctattcaatgattacttcaatgtat
gaatataaaacaaagaaatgattattcatgtgtacatatttgagaaacgc
aaaattgtagaagcaagtttattcattttcaggtcaatggctaagtcaag
agaatacagtcataacacacaatactagtcaaatattaaaaatagataag
ggtgaactctatgaactataacaatgatcacctggcaagatacaaacatt
gaagcaacagtggcatgttatatggtaagcacatgttttctgattttatt
taaggcctgttctacagaaataaatacatgtgtggtattataaatctggc
caagaattcatggtcaggtatctcacagtcccgggggactacttactatt
tttctggcagaaagaacatattttcaaactactctctaaattcataatat
ccctctatccacagattactgccaactctcagacctcaccagagacattc
tttttgaagtggatggtggttagtgcataattcacaactgatcaagtgca
gaaaaatgattgtcagtagagtgatcagccacaatggacatccattatac
aacttcctccataccaagacttattacgattaaggaagaagattggagcc
agaaatcaagagacatgtgaaacgtac

gaattctcaaatcttcaaagttcatcagcactatacaattctgaccaagt
gtacattttacttatttcagtgaatttctcctgtcttactatttctacat
gtttatcttacaaatattttatccataaaattgaagtaattttattaagc
actattgatagtcaaagaaaaaagtcagcaaaattaatgcatagtgcttt
acataatttttctttattttctatctaaattgtaacatttaggagtatga
tgtcatccaaatatgttacaatattgtcacacacatacatatatattcat
gactgtatttataaacatgaaagttattttctgcaaatgcttgaacacaa
acatgcatatagaatacatatatcattatatacaactgtatgaaaatatt
cacatttatttcagctcataaaactcagtgtgcttacaaattataaagtt
atattacataaaacaatacatgtgttgatgaaaagtacttttatctgaac
tttaactgaatttttatctaagtttagctcccaatttgaatgtatttgtt
attaataggtaatgtggagaaaatacagatctggaataataaaactacaa
cacaaaatttaacttctggctaggaaaacatcctggtgtttatcttttaa
gagtcaagttttgttgctggcaggaattcctaagatatctcccaggattc
ctgtcctctgattattttatcaaaggctcatctagattctgctctgaagg
ggttttcagatctgattaaggtttctaatccttaacattgagagattacc
caacattaactgaatagaccccttagccttctatgggccccacatggtga
aggggagctatgcaccccagtgcttcaagtaagtggagttctgagacagc
gggagagtaaagctctgttattctgttgatggagcacagagctgtgagtg
tacattgaagctgagaaagacccaccaccagccaggggaaagcgggtctt
aaagggtgagtccagcactcagttgactgaacagctcattgtggagctca
ccaagtggcacagccgccgaaaccttgctctgacctggtgaagcccttgg
gatggactgctgatctcctgcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_5350878_5352074
seq2: B6Ng01-096D05.b_43_1219

seq1  GAATTCCAACAACAAAATGAAATAAAGAAATAAAAGTGTACCTCAACTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAACAAAATGAAATAAAGAAATAAAAGTGTACCTCAACTAA  50

seq1  GAGATAAAAATATGAGGAGATGGAGACTCAACTAAAAGATTGAAAAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAAATATGAGGAGATGGAGACTCAACTAAAAGATTGAAAAGAAA  100

seq1  AAATGCAATAAGCAAATACTTGAATAGCTTCAAGGAAAGCCTCACCAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAATAAGCAAATACTTGAATAGCTTCAAGGAAAGCCTCACCAACA  150

seq1  AAATAGATAAAGCAACAGACAGAAGACTAGGGGTTAAAGACAAGGTAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGATAAAGCAACAGACAGAAGACTAGGGGTTAAAGACAAGGTAGAG  200

seq1  GCAATTGATAATTGAGACAGTAACAAAGAAACAAGTAACAATGAGGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTGATAATTGAGACAGTAACAAAGAAACAAGTAACAATGAGGAAAA  250

seq1  ACTTCGTCTTTTATGCTACATTTTGTGTATTTTATCTGAATCTTGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCGTCTTTTATGCTACATTTTGTGTATTTTATCTGAATCTTGTTTTT  300

seq1  AAAAACACAAACACAGAGAGGCTGAAGGGGGAATCAAAATGAGACCCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACAAACACAGAGAGGCTGAAGGGGGAATCAAAATGAGACCCTGG  350

seq1  TGACAATGTCGCACATCTTAACACAACAAAATGGTTTGAGCTAAGGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATGTCGCACATCTTAACACAACAAAATGGTTTGAGCTAAGGGAAA  400

seq1  ATGAGTGTTCCCACACATTGTAGTGGGTGTTTCTATGATATAAGAGTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTTCCCACACATTGTAGTGGGTGTTTCTATGATATAAGAGTTGT  450

seq1  GGCCTACAAGTGAACAGTTTCTTTCAAGTTATAAAAAAGCTATAAATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTACAAGTGAACAGTTTCTTTCAAGTTATAAAAAAGCTATAAATTCA  500

seq1  ACATTAGTGGTTTCCTTTGTAGAATCTATTCAATGATTACTTCAATGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAGTGGTTTCCTTTGTAGAATCTATTCAATGATTACTTCAATGTAT  550

seq1  GAATATAAAACAAAGAAATGATTATTCATGTGTACATATTTGAGAAACGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAAAACAAAGAAATGATTATTCATGTGTACATATTTGAGAAACGC  600

seq1  AAAATTGTAGAAGCAAGTTTATTCATTTTCAGGTCAATGGCTAAGTCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTAGAAGCAAGTTTATTCATTTTCAGGTCAATGGCTAAGTCAAG  650

seq1  AGAATACAGTCATAACACACAATACTAGTCAAATATTAAAAATAGATAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACAGTCATAACACACAATACTAGTCAAATATTAAAAATAGATAAG  700

seq1  GGTGAACTCTATGAACTATAACAATGATCACCTGGCAAGATACAAACATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACTCTATGAACTATAACAATGATCACCTGGCAAGATACAAACATT  750

seq1  GAAGCAACAGTGGCATGTTATATGGTAAGCACATGTTTTCTGATTTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAACAGTGGCATGTTATATGGTAAGCACATGTTTTCTGATTTTATT  800

seq1  TAAGGCCTGTTCTACAGAAATAAATACATGTGTGGTATTATAAATCTGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCCTGTTCTACAGAAATAAATACATGTGTGGTATTATAAATCTGGC  850

seq1  CAAGAATTCATGGTCAGGTATCTCACAGGTCCCGGGGGACTACTTACTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATTCATGGTCAGGTATCTCACA-GTCCCGGGGGACTACTTACTAT  899

seq1  TTTTCTGGCAGAAAGAACATATTTTCAAACTACTCTCTAAATTCATAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGGCAGAAAGAACATATTTTCAAACTACTCTCTAAATTCATAATA  949

seq1  TCCCTCTATCCACAGATTACTGCCAACTCTCAGACCTCACCAGAGAACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCCTCTATCCACAGATTACTGCCAACTCTCAGACCTCACCAGAG-ACAT  998

seq1  TCTTTTTGAAGTGGATGGTGGTTAGTGCATAAATTCACAACTGATCAAAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TCTTTTTGAAGTGGATGGTGGTTAGTGCAT-AATTCACAACTGATC-AAG  1046

seq1  TGCAGAAAAATGATTGTCAGTAGAGTGATCAGCCACAAATGGGACATCCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TGCAGAAAAATGATTGTCAGTAGAGTGATCAGCCACAA--TGGACATCCA  1094

seq1  TATCACACTTCCCTCCAATACACAAGAACTATTACAGAATAGAGGAAAAG  1150
      |   |||  | ||||| |||| |||||  |||||| || || |||  |||
seq2  TTATACAACTTCCTCC-ATAC-CAAGACTTATTAC-GATTA-AGG--AAG  1138

seq1  AAGATTGGAAGGGCCAGAGATCAGAGAGGACCATGGTGAAACAGTAC  1197
      |||||||||   |||||| |||| ||||   ||| ||||||| ||||
seq2  AAGATTGGA---GCCAGAAATCA-AGAG--ACAT-GTGAAAC-GTAC  1177


seq1: chr4_5515895_5517025
seq2: B6Ng01-096D05.g_66_1188 (reverse)

seq1  TAGCAGGAGATCAGCAGTCCATACCAAGGGCTTTTCACAGGTCAGAGCCA  50
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||| |
seq2  TAGCAGGAGATCAGCAGTCCATCCCAAGGGCTTCAC-CAGGTCAGAGCAA  49

seq1  GGTGTCTGCGGCTGTGCCACTTTTGGTGAGCTCCAACAATGAGCCTGTTT  100
      ||| || |||||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||| ||
seq2  GGTTTCGGCGGCTGTGCCAC--TTGGTGAGCTCC-ACAATGAG-CTG-TT  94

seq1  CAGTCAACTGAGTGCTGGACTCACCCTTTAAGACCCGCTTTCCCCTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAACTGAGTGCTGGACTCACCCTTTAAGACCCGCTTTCCCCTGGCT  144

seq1  GGTGGTGGGTCTTTCTCAGCCTTCAATGTACACTCACAGCTCTGTGCTCC  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGGTCTTTCTCAG-CTTCAATGTACACTCACAGCTCTGTGCTCC  193

seq1  ATCAACAGAATAACAGAGCTTTTACTCTCCCGCTGTCTCAGAACTCCACT  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACAGAATAACAGAGC-TTTACTCTCCCGCTGTCTCAGAACTCCACT  242

seq1  TACTTGAAGCACTGGGGTGCATAGCTCCCCTTCACCATGTGGGGCCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGAAGCACTGGGGTGCATAGCTCCCCTTCACCATGTGGGGCCCATA  292

seq1  GAAGGCTAAGGGGTCTATTCAGTTAATGTTGGGTAATCTCTCAATGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTAAGGGGTCTATTCAGTTAATGTTGGGTAATCTCTCAATGTTAA  342

seq1  GGATTAGAAACCTTAATCAGATCTGAAAACCCCTTCAGAGCAGAATCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGAAACCTTAATCAGATCTGAAAACCCCTTCAGAGCAGAATCTAG  392

seq1  ATGAGCCTTTGATAAAATAATCAGAGGACAGGAATCCTGGGAGATATCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCTTTGATAAAATAATCAGAGGACAGGAATCCTGGGAGATATCTT  442

seq1  AGGAATTCCTGCCAGCAACAAAACTTGACTCTTAAAAGATAAACACCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTCCTGCCAGCAACAAAACTTGACTCTTAAAAGATAAACACCAGG  492

seq1  ATGTTTTCCTAGCCAGAAGTTAAATTTTGTGTTGTAGTTTTATTATTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCCTAGCCAGAAGTTAAATTTTGTGTTGTAGTTTTATTATTCCA  542

seq1  GATCTGTATTTTCTCCACATTACCTATTAATAACAAATACATTCAAATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTATTTTCTCCACATTACCTATTAATAACAAATACATTCAAATTG  592

seq1  GGAGCTAAACTTAGATAAAAATTCAGTTAAAGTTCAGATAAAAGTACTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAAACTTAGATAAAAATTCAGTTAAAGTTCAGATAAAAGTACTTT  642

seq1  TCATCAACACATGTATTGTTTTATGTAATATAACTTTATAATTTGTAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAACACATGTATTGTTTTATGTAATATAACTTTATAATTTGTAAGC  692

seq1  ACACTGAGTTTTATGAGCTGAAATAAATGTGAATATTTTCATACAGTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAGTTTTATGAGCTGAAATAAATGTGAATATTTTCATACAGTTGT  742

seq1  ATATAATGATATATGTATTCTATATGCATGTTTGTGTTCAAGCATTTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATGATATATGTATTCTATATGCATGTTTGTGTTCAAGCATTTGCA  792

seq1  GAAAATAACTTTCATGTTTATAAATACAGTCATGAATATATATGTATGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAACTTTCATGTTTATAAATACAGTCATGAATATATATGTATGTG  842

seq1  TGTGACAATATTGTAACATATTTGGATGACATCATACTCCTAAATGTTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAATATTGTAACATATTTGGATGACATCATACTCCTAAATGTTAC  892

seq1  AATTTAGATAGAAAATAAAGAAAAATTATGTAAAGCACTATGCATTAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAGATAGAAAATAAAGAAAAATTATGTAAAGCACTATGCATTAATT  942

seq1  TTGCTGACTTTTTTCTTTGACTATCAATAGTGCTTAATAAAATTACTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGACTTTTTTCTTTGACTATCAATAGTGCTTAATAAAATTACTTCA  992

seq1  ATTTTATGGATAAAATATTTGTAAGATAAACATGTAGAAATAGTAAGACA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGGATAAAATATTTGTAAGATAAACATGTAGAAATAGTAAGACA  1042

seq1  GGAGAAATTCACTGAAATAAGTAAAATGTACACTTGGTCAGAATTGTATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAATTCACTGAAATAAGTAAAATGTACACTTGGTCAGAATTGTATA  1092

seq1  GTGCTGATGAACTTTGAAGATTTGAGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGATGAACTTTGAAGATTTGAGAATTC  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |