BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100E17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 35,919,161 - 36,026,567
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMobkl2b, Ifnk, 3110043O21Rik, LOC620559, LOC621227, Lingo2
Downstream geneLOC100042132
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100E17.bB6Ng01-100E17.g
ACCDH909832DH909833
length1,1291,091
definitionDH909832|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100E17, 5' end.DH909833|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,919,161 - 35,920,293)(36,025,467 - 36,026,567)
sequence
gaattccctcattgcatgggtctcctacatttatggcaacatccttcaaa
ataaataaaatatattataaaaatataacatatttttataaaccaataag
aatgataaaagagacatttatcaaccaaaagtgctaatgtcactaagcta
ataaaaattctataatttgtactctacacaatattgagtacattagatag
tatgcactcaatatatattatgtgttttattagtagactgaggggtattt
aatttttgtgtaagtttttgaagtggtgttgatgatcagacctatgtctt
caaacatgcaaaattcttgcttcactaccagtcacaaaccctacccccta
acagaatttaaatgataaaattttaggtatagtggactcctgaaataaaa
atcatggtaatatagtaggtcatttatttctcaaaagttaacaagcacca
aatatagttgaaatagtacctgcattccatctataattatggaacatctt
aaagctacaaaagtaaaacactggaatcatgggttaaagacaaggaaaaa
attctaagaatctttgtgtgtgttttccaattcatacccatgtacttggt
actatttacttttcctttgttgtttggatgtacaatgctgtggtggtttg
aataaacttggcccagggagtggcactattaggaggagtggccttgttgg
agtaagtgtgtcactgtgggggtgggctttgacaccctcctcctagctgc
cagaggacaaacctgctccctggattccttctggtgaaaatgtagaaaat
gcctgcctggacactgcccatgctcccatcttgatgatattgaactgaat
ctctgaacctgtaagtcagccccagttaaatgtcctcataagagatgcct
tgttacatgttggagcatctcctggtatatactcagagtagtattgctgg
gttctcagttgtactatgtccatttttagatgaaccaccaaactgatttc
cagagtggttgttacctgcttgcacttccacaaccatggtaggacacaag
ttcactaatgttaatggaaatccttatttataatactgaaagcttgggag
aacccaaagtcccttcacctaggactgga
gaattctctcctttgcatctcttatgtgtttatgaaggtagaagtgcttc
aagtcattgttgttccaattgtaaagcaaattagtccaacagtagctaga
tattaactcagccaaccttgaaaggacatgggaatcctggtgggataaag
gggccaagtacctgtttcaactcagttgcttcttggatggctacagcatg
agtatattacttgctgatggccttttgatgtgaatcactgcacagatgtc
tgcgagagtggccattcaagctatgccttcatctcttcttgttttgatat
gcttcgtttcaacaaagcctgaaactgggtttgccaggactgcattactg
gagctttaaaagttggaccacactctgtggcagtcaaaagtgtgacttaa
aagtaccgactttgaaagtctgtaagggctagcacctctagccctccttg
tagtgtgtatgaattaatgcagtatttcatccctaccatcagtctatctt
catgtgaaccaggacaacagatgggagaaaagcagaacagaattactgtc
cattgaaagcatcgtatttaaagactctatttttgtaataacgaaatggc
cacctgattattaaaatccagcgtcattatagtcagatttgaattatatc
tgtagaattttcatagcatatccttcctttatttcttccattgaagttct
gccttttgctgtctcccatgttgtcttgctcatagtcttaaggactttac
aaataaatgaagatactaaacaacttaatctatggggaaagattatgtca
ctttggtaagatttgtgacttgagagtcttattgtttgtatataaagtgt
ctctcaaagtgcttcatatggtgaaggcttagtacccatctgtactggct
aattttgtgtcacttgacacaagctggagttatcacagagaaaggcaatt
tagttggggaaatgcctccatgagatcagctgtgggcatctctcattagt
gatcaagggcccttgtgagtgggacatctctgggctgtaatcttggttct
atagaaagcaagctgagccagccaggggaaacaagcagtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_35919161_35920293
seq2: B6Ng01-100E17.b_45_1173

seq1  GAATTCCCTCATTGCATGGGTCTCCTACATTTATGGCAACATCCTTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCATTGCATGGGTCTCCTACATTTATGGCAACATCCTTCAAA  50

seq1  ATAAATAAAATATATTATAAAAATATAACATATTTTTATAAACCAATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAAATATATTATAAAAATATAACATATTTTTATAAACCAATAAG  100

seq1  AATGATAAAAGAGACATTTATCAACCAAAAGTGCTAATGTCACTAAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAAAAGAGACATTTATCAACCAAAAGTGCTAATGTCACTAAGCTA  150

seq1  ATAAAAATTCTATAATTTGTACTCTACACAATATTGAGTACATTAGATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATTCTATAATTTGTACTCTACACAATATTGAGTACATTAGATAG  200

seq1  TATGCACTCAATATATATTATGTGTTTTATTAGTAGACTGAGGGGTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACTCAATATATATTATGTGTTTTATTAGTAGACTGAGGGGTATTT  250

seq1  AATTTTTGTGTAAGTTTTTGAAGTGGTGTTGATGATCAGACCTATGTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTGTGTAAGTTTTTGAAGTGGTGTTGATGATCAGACCTATGTCTT  300

seq1  CAAACATGCAAAATTCTTGCTTCACTACCAGTCACAAACCCTACCCCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATGCAAAATTCTTGCTTCACTACCAGTCACAAACCCTACCCCCTA  350

seq1  ACAGAATTTAAATGATAAAATTTTAGGTATAGTGGACTCCTGAAATAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATTTAAATGATAAAATTTTAGGTATAGTGGACTCCTGAAATAAAA  400

seq1  ATCATGGTAATATAGTAGGTCATTTATTTCTCAAAAGTTAACAAGCACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGTAATATAGTAGGTCATTTATTTCTCAAAAGTTAACAAGCACCA  450

seq1  AATATAGTTGAAATAGTACCTGCATTCCATCTATAATTATGGAACATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTTGAAATAGTACCTGCATTCCATCTATAATTATGGAACATCTT  500

seq1  AAAGCTACAAAAGTAAAACACTGGAATCATGGGTTAAAGACAAGGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTACAAAAGTAAAACACTGGAATCATGGGTTAAAGACAAGGAAAAA  550

seq1  ATTCTAAGAATCTTTGTGTGTGTTTTCCAATTCATACCCATGTACTTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAAGAATCTTTGTGTGTGTTTTCCAATTCATACCCATGTACTTGGT  600

seq1  ACTATTTACTTTTCCTTTGTTGTTTGGATGTACAATGCTGTGGTGGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTACTTTTCCTTTGTTGTTTGGATGTACAATGCTGTGGTGGTTTG  650

seq1  AATAAACTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGGAGGAGTGGCCTTGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACTTGGCCCAGGGAGTGGCACTATTAGGAGGAGTGGCCTTGTTGG  700

seq1  AGTAAGTGTGTCACTGTGGGGGTGGGCTTTGACACCCTCCTCCTAGCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTGTGTCACTGTGGGGGTGGGCTTTGACACCCTCCTCCTAGCTGC  750

seq1  CAGAGGAC-AACCTGCTCCCTGGATTCCTTCTGGTGAAAATGTAGAAAAT  799
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGACAAACCTGCTCCCTGGATTCCTTCTGGTGAAAATGTAGAAAAT  800

seq1  GCCTGCCTGGACACTG-CCATGCTCCCATCTTGATGATATTGAACTGAAT  848
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTGGACACTGCCCATGCTCCCATCTTGATGATATTGAACTGAAT  850

seq1  CTCTGAACCTGTAAGTCAGCCCCAGTTAAATGTCCTTCATAAGAGATGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCTGAACCTGTAAGTCAGCCCCAGTTAAATGTCC-TCATAAGAGATGCC  899

seq1  TTGTTACATGTTGGAGCATCTCCTGGGTATATACTCAGGAGTAGTATTGC  948
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTTACATGTTGGAGCATCTCCT-GGTATATACTCA-GAGTAGTATTGC  947

seq1  TGGGTTCTCAGGTTGTACTATGTCCAATTTTTAGATGAACCACCAAACTG  998
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTCTCA-GTTGTACTATGTCC-ATTTTTAGATGAACCACCAAACTG  995

seq1  ATTTCCAGAGTGGTTG-TACCTGCTTGCACTCCCACAAACAATGGTAGGA  1047
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||
seq2  ATTTCCAGAGTGGTTGTTACCTGCTTGCACTTCCAC-AACCATGGTAGGA  1044

seq1  CACATGTTCCACT-ATGTTCATGG-AATCCTTATTTATAATAGCCAGAAG  1095
      |||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |   |||
seq2  CACAAGTT-CACTAATGTTAATGGAAATCCTTATTTATAATA-CTGAAAG  1092

seq1  CTGGGAAGAACCCAGATGTCCCTCAACAGAGGACTGGA  1133
      || || |||||||| | ||||||  ||  |||||||||
seq2  CTTGGGAGAACCCA-AAGTCCCTTCACCTAGGACTGGA  1129

seq1: chr4_36025467_36026567
seq2: B6Ng01-100E17.g_69_1159 (reverse)

seq1  TTACTGGCTTGTTTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCA  50
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||
seq2  TTACT-GCTTGTTTCCCCTGGCTGGCTCAGCTTGCTTTC-TATAGAACCA  48

seq1  AGATTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACTCACAAGGGGCCCTTGATCACTA  100
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGATTA-CAGCCCAGAGAT-GTCCCACTCACAA-GGGCCCTTGATCACTA  95

seq1  ATTGAGAAGATGCCCCACAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCCCAACTA  150
      | |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TGAG-AGATG-CCCACAGCT-GATCTCATGGAGGCATTTCCCCAACTA  141

seq1  AATTGCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTTGTGTCAAGTTGACACAAAAT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATTGCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTTGTGTCAAG-TGACACAAAAT  190

seq1  TAGCCAGTACAGATGGGTACTAAGCCTTCACCATATGAAGCACTTTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGTACAGATGGGTACTAAGCCTTCACCATATGAAGCACTTTGAGA  240

seq1  GACACTTTATATACAAACAATAAGACTCTCAAGTCACAAATCTTACCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTTATATACAAACAATAAGACTCTCAAGTCACAAATCTTACCAAA  290

seq1  GTGACATAATCTTTCCCCATAGATTAAGTTGTTTAGTATCTTCATTTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATAATCTTTCCCCATAGATTAAGTTGTTTAGTATCTTCATTTATT  340

seq1  TGTAAAGTCCTTAAGACTATGAGCAAGACAACATGGGAGACAGCAAAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGTCCTTAAGACTATGAGCAAGACAACATGGGAGACAGCAAAAGG  390

seq1  CAGAACTTCAATGGAAGAAATAAAGGAAGGATATGCTATGAAAATTCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTCAATGGAAGAAATAAAGGAAGGATATGCTATGAAAATTCTAC  440

seq1  AGATATAATTCAAATCTGACTATAATGACGCTGGATTTTAATAATCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAATTCAAATCTGACTATAATGACGCTGGATTTTAATAATCAGGT  490

seq1  GGCCATTTCGTTATTACAAAAATAGAGTCTTTAAATACGATGCTTTCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATTTCGTTATTACAAAAATAGAGTCTTTAAATACGATGCTTTCAAT  540

seq1  GGACAGTAATTCTGTTCTGCTTTTCTCCCATCTGTTGTCCTGGTTCACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTAATTCTGTTCTGCTTTTCTCCCATCTGTTGTCCTGGTTCACAT  590

seq1  GAAGATAGACTGATGGTAGGGATGAAATACTGCATTAATTCATACACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAGACTGATGGTAGGGATGAAATACTGCATTAATTCATACACACT  640

seq1  ACAAGGAGGGCTAGAGGTGCTAGCCCTTACAGACTTTCAAAGTCGGTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAGGGCTAGAGGTGCTAGCCCTTACAGACTTTCAAAGTCGGTACT  690

seq1  TTTAAGTCACACTTTTGACTGCCACAGAGTGTGGTCCAACTTTTAAAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTCACACTTTTGACTGCCACAGAGTGTGGTCCAACTTTTAAAGCT  740

seq1  CCAGTAATGCAGTCCTGGCAAACCCAGTTTCAGGCTTTGTTGAAACGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAATGCAGTCCTGGCAAACCCAGTTTCAGGCTTTGTTGAAACGAAG  790

seq1  CATATCAAAACAAGAAGAGATGAAGGCATAGCTTGAATGGCCACTCTCGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAAAACAAGAAGAGATGAAGGCATAGCTTGAATGGCCACTCTCGC  840

seq1  AGACATCTGTGCAGTGATTCACATCAAAAGGCCATCAGCAAGTAATATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCTGTGCAGTGATTCACATCAAAAGGCCATCAGCAAGTAATATAC  890

seq1  TCATGCTGTAGCCATCCAAGAAGCAACTGAGTTGAAACAGGTACTTGGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTGTAGCCATCCAAGAAGCAACTGAGTTGAAACAGGTACTTGGCC  940

seq1  CCTTTATCCCACCAGGATTCCCATGTCCTTTCAAGGTTGGCTGAGTTAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATCCCACCAGGATTCCCATGTCCTTTCAAGGTTGGCTGAGTTAAT  990

seq1  ATCTAGCTACTGTTGGACTAATTTGCTTTACAATTGGAACAACAATGACT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGCTACTGTTGGACTAATTTGCTTTACAATTGGAACAACAATGACT  1040

seq1  TGAAGCACTTCTACCTTCATAAACACATAAGAGATGCAAAGGAGAGAATT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCACTTCTACCTTCATAAACACATAAGAGATGCAAAGGAGAGAATT  1090

seq1  C  1101
      |
seq2  C  1091