BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-101E19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 129,734,228 - 129,812,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol16a1, Pef1, Hcrtr1
Upstream geneIbrdc3, Tmem54, Hpca, Fndc5, S100pbp, Yars, C77080, Sync, Rbbp4, Zbtb8os, 2410081M15Rik, LOC100039588, Zbtb8, Bsdc1, Tssk3, 1700125D06Rik, Marcksl1, Hdac1, Lck, BC030183, Eif3s2, 2510006D16Rik, LOC667452, Iqcc, Ccdc28b, Txlna, Kpna6, Tmem39b, Khdrbs1, LOC100040532, Ptp4a2, LOC622469, LOC622480, 1700003M07Rik, Bai2
Downstream geneTinagl, Gm853, Serinc2, Fabp3, Zcchc17, Wdr57, 2610200G18Rik, Pum1, LOC622577, Sdc3, Laptm5, Matn1, LOC622681, LOC100041575
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-101E19.bB6Ng01-101E19.g
ACCDH910527DH910528
length8331,097
definitionDH910527|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101E19, 5' end.DH910528|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,734,228 - 129,735,060)(129,811,642 - 129,812,741)
sequence
gaattctcctatcttcccttggtgactgtggtccttcccacttcatgtgg
ctcttgtggtcttgcatttatagcagaactatcccccagtgtgcgtaagc
ttgtgttagaaccagtgggctgtgtgtatagagtccagaactaccacctg
ctgcagccctctgggtaccaggccctgtgccctgtgtgtgcaatactaga
aggcgagtgctcccctttggcatctgaggactcacggtgtcagccatagg
tcacagtgatcgtatgtgggtgtgcctgtaatgttctggaacacacgtct
gctggtctgcacccatgtggccacaggctgaagattgagcccatgtatac
ctgcaggcctgatgggcctcaagcttgtgggtgatgggtgaacatggctc
atgtaggcgaatgctgtgtttcctttgccggctgtgagcgtgggggctct
gcccatcgtactgctgacagcacccaggcttttttttgctcattcctgga
gacaggtgtggcatcgtttctgttttactgatgaagaatctgagtctcag
ggaggtgaccctgcctctgccctgagtcctgtgttagcaagcacggggtt
cgagctcaggaaacttgacaattagctgtcatgggcttatgtcatcctgc
atgtctacacaacgtgttcacatgctgaggatatgctgttgtgtttgcta
atgtgcatgcccatgggtgtgggggaagggatactccctgcgtgagccgg
taggtttgccaaatagccttttggtgtgtatggagtccacgcactgtgtg
taatgagtgcatggtgtggggggtaggaggagg
gaattcagttgtccccaggtcttgctttggttcatgttgggacagggtgg
cattgctgaggcagacggggacctccagggtgaacttgacccttgtgtct
tgcgacctacagatgaactctaccccaagatctatcacagctgctttttc
attgtcacctacctggccccactgggcctcatggctatggcctatttcca
gatcttccgcaagctctggggccgccaggtgaggctcatctgctgtcgct
gtctgggctgggaagggggaagctgtttttctaagggagtagatggtccc
tgacattggaacatattatctgcactgcgaatatagcgaggccaggccca
gggacgtggggagctggaggccccaaagtgacttgcagcctcttttaatt
aatcaattaccttccagggctttggcataagccagacaagtgttccagca
ctaaagaatatgcacagagcctttctccctgatccaggttccctctgtcc
tttttaaaaatgttacagggtcttgctaagttggtctgactagactgaac
atccaattctcctgcctcagtctcctgtgtagctaggattataaagccgg
ctttaaccgccatatcttattcccctcccccctaaaaatgtgagaaaaca
gacccagagaagcaacacaatgtccctccctcctccggaaagcactcagc
tagccagcagaaaatcagaggtcaaaacccaagccaggctccagagctca
gcttaggatcagaatgttaacctttgcagtttcagaccacttgcccagtg
aggcactcttgcccacccctgagtgtgactgctaaggccagccaggccaa
ctggttccaggcctggcttctcctcattacatggagccttagtggggttg
ctgagattgtgttcacagaaaggtgggtgctaggagccatttgtactgtg
gcagtagtctgagctagtatctaggcagtgagagacacgtgtcacgggct
gaaaggtctcagtgacattctgggatatcatgtacgttctgcacaagtgc
tacccatgcctaggcatgcaaggcactgggttgggagaatgggttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_129734228_129735060
seq2: B6Ng01-101E19.b_47_879

seq1  GAATTCTCCTATCTTCCCTTGGTGACTGTGGTCCTTCCCACTTCATGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTATCTTCCCTTGGTGACTGTGGTCCTTCCCACTTCATGTGG  50

seq1  CTCTTGTGGTCTTGCATTTATAGCAGAACTATCCCCCAGTGTGCGTAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTGGTCTTGCATTTATAGCAGAACTATCCCCCAGTGTGCGTAAGC  100

seq1  TTGTGTTAGAACCAGTGGGCTGTGTGTATAGAGTCCAGAACTACCACCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTAGAACCAGTGGGCTGTGTGTATAGAGTCCAGAACTACCACCTG  150

seq1  CTGCAGCCCTCTGGGTACCAGGCCCTGTGCCCTGTGTGTGCAATACTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCCCTCTGGGTACCAGGCCCTGTGCCCTGTGTGTGCAATACTAGA  200

seq1  AGGCGAGTGCTCCCCTTTGGCATCTGAGGACTCACGGTGTCAGCCATAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGAGTGCTCCCCTTTGGCATCTGAGGACTCACGGTGTCAGCCATAGG  250

seq1  TCACAGTGATCGTATGTGGGTGTGCCTGTAATGTTCTGGAACACACGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGATCGTATGTGGGTGTGCCTGTAATGTTCTGGAACACACGTCT  300

seq1  GCTGGTCTGCACCCATGTGGCCACAGGCTGAAGATTGAGCCCATGTATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTCTGCACCCATGTGGCCACAGGCTGAAGATTGAGCCCATGTATAC  350

seq1  CTGCAGGCCTGATGGGCCTCAAGCTTGTGGGTGATGGGTGAACATGGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGCCTGATGGGCCTCAAGCTTGTGGGTGATGGGTGAACATGGCTC  400

seq1  ATGTAGGCGAATGCTGTGTTTCCTTTGCCGGCTGTGAGCGTGGGGGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGCGAATGCTGTGTTTCCTTTGCCGGCTGTGAGCGTGGGGGCTCT  450

seq1  GCCCATCGTACTGCTGACAGCACCCAGGCTTTTTTTTGCTCATTCCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCGTACTGCTGACAGCACCCAGGCTTTTTTTTGCTCATTCCTGGA  500

seq1  GACAGGTGTGGCATCGTTTCTGTTTTACTGATGAAGAATCTGAGTCTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTGTGGCATCGTTTCTGTTTTACTGATGAAGAATCTGAGTCTCAG  550

seq1  GGAGGTGACCCTGCCTCTGCCCTGAGTCCTGTGTTAGCAAGCACGGGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGACCCTGCCTCTGCCCTGAGTCCTGTGTTAGCAAGCACGGGGTT  600

seq1  CGAGCTCAGGAAACTTGACAATTAGCTGTCATGGGCTTATGTCATCCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTCAGGAAACTTGACAATTAGCTGTCATGGGCTTATGTCATCCTGC  650

seq1  ATGTCTACACAACGTGTTCACATGCTGAGGATATGCTGTTGTGTTTGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTACACAACGTGTTCACATGCTGAGGATATGCTGTTGTGTTTGCTA  700

seq1  ATGTGCATGCCCATGGGTGTGGGGGAAGGGATACTCCCTGCGTGAGCCGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATGCCCATGGGTGTGGGGGAAGGGATACTCCCTGCGTGAGCCGG  750

seq1  TAGGTTTGCCAAATAGCCTTTTGGTGTGTATGGAGTCCACGCACTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTGCCAAATAGCCTTTTGGTGTGTATGGAGTCCACGCACTGTGTG  800

seq1  TAATGAGTGCATGGTGTGGGGGGTAGGAGGAGG  833
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTGCATGGTGTGGGGGGTAGGAGGAGG  833

seq1: chr4_129811642_129812741
seq2: B6Ng01-101E19.g_68_1164 (reverse)

seq1  CCAACCCA-TCTCCCAACCCAGTGCCCTGCATGGCCTAGGCATGGGTAGC  49
      |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  CCAACCCATTCTCCCAACCCAGTGCCTTGCAT-GCCTAGGCATGGGTAGC  49

seq1  AC-TGTGCAGAACGTACATGATATCCCAGAATGTCACTGAGACCTGTCAG  98
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTTGTGCAGAACGTACATGATATCCCAGAATGTCACTGAGACCTTTCAG  99

seq1  CCCGTGACACGTGTTCTCTCACTGCCTAGATACTGGCTCAGGACTTACTG  148
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||
seq2  CCCGTGACACGTG-TCTCTCACTGCCTAGATACTAGCTCA-GAC-TACTG  146

seq1  CCACAGTACAAATGGCTCCTAGCACCCACCTTTCTGTGAACACAATCTCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTACAAATGGCTCCTAGCACCCACCTTTCTGTGAACACAATCTCA  196

seq1  GCAACCCCACTAAGGCTCCATGTAATGAGGAGAAAGCCAGGCCTGGAACC  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCAACCCCACTAAGGCTCCATGTAATGAGGAG-AAGCCAGGCCTGGAACC  245

seq1  AGTTGGCCTGGCTGGCCTTAGCAGTCACACTCAGGGGTGGGCAAGAGTGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCCTGGCTGGCCTTAGCAGTCACACTCAGGGGTGGGCAAGAGTGC  295

seq1  CTCACTGGGCAAGTGGTCTGAAACTGCAAAGGTTAACATTCTGATCCTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGGCAAGTGGTCTGAAACTGCAAAGGTTAACATTCTGATCCTAA  345

seq1  GCTGAGCTCTGGAGCCTGGCTTGGGTTTTGACCTCTGATTTTCTGCTGGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCTCTGGAGCCTGGCTTGGGTTTTGACCTCTGATTTTCTGCTGGC  395

seq1  TAGCTGAGTGCTTTCCGGAGGAGGGAGGGACATTGTGTTGCTTCTCTGGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGAGTGCTTTCCGGAGGAGGGAGGGACATTGTGTTGCTTCTCTGGG  445

seq1  TCTGTTTTCTCACATTTTTAGGGGGGAGGGGAATAAGATATGGCGGTTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTCTCACATTTTTAGGGGGGAGGGGAATAAGATATGGCGGTTAA  495

seq1  AGCCGGCTTTATAATCCTAGCTACACAGGAGACTGAGGCAGGAGAATTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGGCTTTATAATCCTAGCTACACAGGAGACTGAGGCAGGAGAATTGG  545

seq1  ATGTTCAGTCTAGTCAGACCAACTTAGCAAGACCCTGTAACATTTTTAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGTCTAGTCAGACCAACTTAGCAAGACCCTGTAACATTTTTAAA  595

seq1  AAGGACAGAGGGAACCTGGATCAGGGAGAAAGGCTCTGTGCATATTCTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAGAGGGAACCTGGATCAGGGAGAAAGGCTCTGTGCATATTCTTT  645

seq1  AGTGCTGGAACACTTGTCTGGCTTATGCCAAAGCCCTGGAAGGTAATTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGGAACACTTGTCTGGCTTATGCCAAAGCCCTGGAAGGTAATTGA  695

seq1  TTAATTAAAAGAGGCTGCAAGTCACTTTGGGGCCTCCAGCTCCCCACGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAAAAGAGGCTGCAAGTCACTTTGGGGCCTCCAGCTCCCCACGTC  745

seq1  CCTGGGCCTGGCCTCGCTATATTCGCAGTGCAGATAATATGTTCCAATGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCCTGGCCTCGCTATATTCGCAGTGCAGATAATATGTTCCAATGT  795

seq1  CAGGGACCATCTACTCCCTTAGAAAAACAGCTTCCCCCTTCCCAGCCCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACCATCTACTCCCTTAGAAAAACAGCTTCCCCCTTCCCAGCCCAG  845

seq1  ACAGCGACAGCAGATGAGCCTCACCTGGCGGCCCCAGAGCTTGCGGAAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCGACAGCAGATGAGCCTCACCTGGCGGCCCCAGAGCTTGCGGAAGA  895

seq1  TCTGGAAATAGGCCATAGCCATGAGGCCCAGTGGGGCCAGGTAGGTGACA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAATAGGCCATAGCCATGAGGCCCAGTGGGGCCAGGTAGGTGACA  945

seq1  ATGAAAAAGCAGCTGTGATAGATCTTGGGGTAGAGTTCATCTGTAGGTCG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAGCAGCTGTGATAGATCTTGGGGTAGAGTTCATCTGTAGGTCG  995

seq1  CAAGACACAAGGGTCAAGTTCACCCTGGAGGTCCCCGTCTGCCTCAGCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACAAGGGTCAAGTTCACCCTGGAGGTCCCCGTCTGCCTCAGCAA  1045

seq1  TGCCACCCTGTCCCAACATGAACCAAAGCAAGACCTGGGGACAACTGAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCCTGTCCCAACATGAACCAAAGCAAGACCTGGGGACAACTGAAT  1095

seq1  TC  1100
      ||
seq2  TC  1097